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中医学的主要思维方式，属于原创思维，是植根于中国传统文化、体现中医药本质与特色、相对稳定的思维模式和方法。中医原创思维是中医学发展与进步的灵魂之所在。掌握和运用中医原创思维，对于中医学理论体系和临床实践活动，具有重要的指导意义和应用价值；对当代和未来中医学领域的科学研究和创新发展具有极其重要的启示和促进作用。
象思维，是以直观的形象、物象、现象为基础，以意象、应象为特征和法则来类推事物的发展变化规律，从而认识生命、健康和疾病的思维方式。
从汉字发生学而论，“象形”是汉字的主要构造法，除通常汉字造字以外，也源于对中医药学知识、实践的客观描摹，如“
”，即是古人源于对心的解剖观察，而达到汉字与所指事物的形似或神似。从思维发生学而论，《周易》以“象”为基本观念，观察各类事物的不同形象、征象，归纳为天下深邃之道理。如《易传·系辞上》：“圣人有以见天下之赜，而拟诸其形容，象其物宜，是故谓之象。”
象思维，主要包括形象思维、意向思维和应象思维三种思维方式，以形象思维为根本，以意象思维为特征，以应象思维为法则。
形象思维是用直观形象和表象解决问题的思维方式。通过对客观事物的直接接触而获得的感性认识，常常是人们在实践中对客观事物的直接、生动的直觉反映。如中医学观察五脏，心“状如莲蕊”、肺“虚如蜂巢”、脾“扁似马蹄”等，将藏于体内的脏腑的形象和生理功能以及外在表现，称为“藏象”。四诊中望诊观察舌质和舌苔的变化，称为“舌象”；切诊观察脉的形象变化以测知疾病，称为“脉象”，这些都是中医辨证所依据的主要因素。
形象思维并不满足于对已有形象的观察和再现，更致力于对已有形象的类比推理，获得新的形象，使形象思维具有创造性的优点。如中医学认识病因，“观物取象”，观察自然界的风由空气流动引起，“风胜则动”，临床上凡是肢体动摇的震颤、抽搐，病位游走不定等病象都归因于“风邪”。再如中药“以象名之”：如根之形象如人形者，名曰人参；全株密生白色茸毛，状如白头老翁，名曰白头翁；形如乌鸦之头，名曰乌头。形象思维可以同时运用感知的许多形象，或由一个形象跳跃到另一个形象，常可产生形象联想、灵感思维、发散思维等。
意象思维是在形象思维的基础上，从具体事物或现象进行抽象的思维方式。从众多不同事物的形象、现象、表象中“去粗取精、去伪存真、由此及彼、由表及里”进行提炼，抽取事物的本质，舍弃非本质的特征，即《易传·系辞上》：“立象以尽意。”中医学重视意象思维，见于《后汉书·郭玉传》：“医之为言，意也。”
“意象思维”的优势在于从“形象思维”的“具象”特点升华为“抽象”特点，即由具体的、可见的“形态之象”，升华为只有在意识中可以感知的抽象的、不可见的“意念之象”，从而实现由“形态之象”上升为“功能动态之象”，进而有助于实现“司外揣内”“取象比类”的类比功能。
如自然界春季属木，阳气升发，草木枝叶条畅，而肝的疏泄功能主升散，性喜条达舒畅，与春之木气相像，故将肝归属于木；再如中医审察自然界的天象、气象（气候）、物象（物候），人体的藏象、舌象、脉象、病象（证候）等变化，据此来推测自然气化可能对人体产生的影响，分析人体病象、舌象、脉象来判断内在的病情，即所谓“司外揣内”；进一步以医者之意“运用之妙，存乎一心”“慧然独悟，昭然独明”，即以既往的知识、经验积累为基础，以直觉感悟、思虑，进行演绎推理；从整体功能动态上把握事物表现出来的现象以及这些现象之间的联系，提取主要病因病机，确立病证和治法。
应象思维是以取象比类为基本方法，根据某类事物的特性，将与其相近、相似、相同特性的物象、现象，归纳为同一类别，同气相求，同类相通，以此证彼的思维方式。中医学以天地阴阳消长、万物变化之象与人体生命活动之象相参相应，探求人与自然之间共同的、本质性的特征，如《素问·阴阳应象大论》，即“以天地之阴阳，合于人身之阴阳，其象相应，故名篇，其义无穷（马莳注）”。人的生命活动，效法天地，亦称为“法象”。中医学“取象比类”的应象思维方式，对于解释天、地、生、人，其象相应，具有积极的意义。如以中国地域的东、西、南、北四海，合于人体的气海、血海、髓海、水谷之海；以十二条主要河流和八个湖泽，合于人体的十二经脉和奇经八脉；以自然界的器物形象，合于“五脉应象：肝脉弦，心脉钩，脾脉代，肺脉毛，肾脉石”，以合于春夏长夏秋冬之阳气的生长化收藏。
在临床实践中，辨证论治，处方遣药，无处不见应象思维方式的应用。如《景景室医稿杂存·以药治病关乎气化说》：“天地间金石草木鸟兽鱼虫亦得四时阴阳之气以生，唯皆偏而不纯，故取以为药，乃偏以治偏之法。以寒气之药化病气之热，以热气之药化病气之寒，我中华用气化以医病，其道本法乎天气、地气之变迁，病气、药气之制伏。是药之所以能治病者，其原理本乎四时阴阳而来，乃贯彻天人一致之学。”自然、社会、环境、生物、人，作为各自独立的形态，虽或有别，但作为一个宇宙生命的整体，具有同一本原和普遍联系，皆遵循着“其象相应”的法则。
中医象思维，是在形象思维的基础上，通过意象思维和应象思维的抽象和提炼，据象归类事物，整体分析世界，从而实现了中医学对自然、社会和人体整体功能动态之象相互关系和统一性的认识。
系统思维是把认识对象作为系统，研究系统和要素（系统的构成部分、因素、单元）、要素和要素、系统和外部环境的相互联系、相互作用，从而综合地考察认识对象的整体性思维方式。所谓系，即联系，连续；所谓统，即总括，统一。《周易》构建了最早的系统思维方法，对中医学的整体观念起到奠基作用。如《素问·天元纪大论》：“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天，布气真灵，揔统坤元……生生化化，品物咸章。”说明整个宇宙是太虚一元之气发生分化而来，世间万物存在普遍联系。
中医学的整体思维，源于中国传统文化，认为世界万物由混沌一体的元气分化演变而来，气分阴阳二气，阴阳二气生五行之气，五行之气生万事万物。如道家著作《老子·四十二章》说：“道生一，一生二，二生三，三生万物。”儒家著作《易传·系辞上》：“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。”所谓“一”或“太极”，皆强调世界的本原性、统一性、规律性。本原性，是古人对自然界万物最初根源的认识；统一性，是事物各部分相互联系而整合成为一体；规律性，是客观事物发展过程中的本质联系，具有普遍性的形式。
中医学注重人与自然、人与社会、人体内部各功能系统之间的相互联系、相互作用，其重要特征，是强调整体大于部分之和，而不是整体等于部分之和；没有孤立的局部，只有整体下的部分。局部病变要从整体调治，以整体效应的最大限度发挥为目的，使局部问题得到解决。
中医学理论体系基本特点之一的整体观念，就是整体思维的具体体现。如天、地、人是一个整体，人自身是一个整体，形与神是一个整体等等。中医学临床实践经验丰富，辨证论治，治贵权变，然其指导思想在于治病求本，从整体出发，协调机体内部脏腑阴阳气血，顺应自然社会环境变化，如《素问·标本病传论》：“阴阳逆从标本之为道也，小而大，言一而知百病之害，少而多，浅而博，可以言一而知百也。”
中医学注重从整体出发的宏观认识。宏观，是与“微观”相对而言，泛指从大的方面、整体方面进行研究的思维方法；微观，即从小的方面、局部方面进行研究的思维方法。中医学辩证地对待宏观与微观的关系，认为宏观变化来自微观，而微观变化又与宏观密切相关。如《素问·灵兰秘典论》：“恍惚之数，生于毫氂，毫氂之数，起于度量，千之万之，可以益大，推之大之，其形乃制。”恍惚，即宏观世界，模糊难辨；毫氂，即微观世界，可以度量。两者之间，以把握整体和大局为要，则“其形乃制”。
中医学的宏观认识，宏观考察生物人、自然人、社会人的总体功能变化规律；宏观认识人体自身，总括为五脏系统，建立五脏一体观；宏观把握五脏系统与精气神、经络、体质等要素的相互联系和相互作用，特别关注系统、要素、环境相互联系、相互作用的综合效应，构建“天人相应”的宏观认识。《素问·气交变大论》说：“善言天者，必应于人；善言古者，必验于今；善言气者，必彰于物；善言应者，同天地之化；善言化言变者，通神明之理。”中医学立足于生命活动的人体，善于将时间、空间、环境、生物、人体等统一起来，重视时间、空间对环境的影响，以及与生物、人的相互联系、相互作用，从而把握系统整体的“活”的联系。
天人合一是指天、地、人本原于一气，同构同律，相参相应的思维方式。天，即天地、自然。天人合一属于中国古代哲学的命题之一，天、地、人关系密切，故可从天地（大宇宙）的本质与现象来分析人的生命活动（小宇宙）的规律。如清·唐大烈《吴医汇讲·人身一小天地论》：“人禀健顺之德，以生五行之气，隐于五脏，见于六腑。呼吸，即阴阳运输也；津液，即雨露灌溉也；光泽，即花木荣繁也；耳目，即日月晦明也。人身一小天地，信哉！”
天人合一思维，源自道家，如《老子·二十五章》：“人法地，地法天，天法道，道法自然。”法，效法；道，规律。“道”是宇宙万物的本原和规律，天道、地道、人道“统归于一”。《庄子·齐物论》：“天地与我并生，而万物与我为一。”明确提出天地万物与人类共生一致的观点，有着统一的本原、属性、结构和规律，故人当效法自然，顺应自然。《周易》以阴爻、阳爻代表阴阳，构成三爻组合而成的经卦，即八卦；以经卦上下组合而成的别卦，即六十四卦，天、地、人思维寓于其中，谓之“三才（三材）”，以此解析自然、社会、人事等的变化。如《易传·系辞下》：“《易》之为书也，广大悉备。有天道焉，有人道焉，有地道焉。兼三材而两之。”天道、地道、人道，其规律和法则相通相应。
天人同气，即天、地、人同源于一气。如《素问·宝命全形论》：“人生于地，悬命于天，天地合气，命之曰人。”天食人以五气，地食人以五味，从而维持人的生命活动。人与万物相同，生于天地气交之中，气之升降出入、聚散阖辟的运动变化，形成万物生长化收藏、人体生命活动的生长壮老已。
天人同构，即天、地、人的结构相同。中医学认为，人是天地的缩影，其结构与天地相应。如《灵枢·邪客》：“天圆地方，人头圆足方以应之。天有日月，人有两目。地有九州，人有九窍。天有风雨，人有喜怒。天有雷电，人有音声。天有四时，人有四肢。天有五音，人有五脏。天有六律，人有六腑。天有冬夏，人有寒热。天有十日，人有手十指……此人与天地相应者也。”
天人同律，即天、地、人的节律相同。天地自然的节律主要为年、月、日、时，人亦应之。年节律，由于阴阳消长而形成春、夏、秋、冬季节更替，人以五脏系统相应，形成“四时五脏阴阳”整体观。月节律，由于月之朔望，形成大地海水潮汐节律变化，人之气血，月满则盈，月亏则虚，故《素问·八正神明论》说：“月生无泻，月满无补，月郭空无治，是谓得时而调之。”日节律，《灵枢·顺气一日分为四时》谓之“朝则为春，日中为夏，日入为秋，夜半为冬”。并以此构建经脉“子午流注”理论，应用于说明脏腑经络气血的生理功能、疾病的诊治、针灸按时取穴以及养生保健。
天人合一，作为中医学的系统思维方式，指导着对人体生理、病理的认识，融汇在疾病的诊断和治疗措施中。如《素问·著至教论》说：“子知医之道乎……而道上知天文，下知地理，中知人事，可以长久。”因此，中医学始终把人的生命活动，放在天文地理、季节气候、民俗民风、社会地位、社会责任、生活习惯等天、地、人三大要素构成的宇宙框架之中去分析和权衡，以寻找其本质和规律，预测其发展变化。
变易思维是指在观察分析和研究处理问题时，注重事物的运动变化规律，中医学用来研究生命和健康过程以及防治疾病等的思维方式。变易，即改变，变化，变易思维突出体现于《周易》。如《易传·系辞下》：“易之为常也不可远，为道也屡迁，变动不居，周流六虚，上下无常，刚柔相易，不可为典要，唯变所适。”运动是物质的存在形式，宇宙的所有事物始终处于不断运动、变化之中。在运动变化中维持和谐的状态。
自然界的各种现象，包括生命活动、健康、疾病等都是物质运动的表现形式。物质世界的万事万物处在相互作用的普遍联系之中，处在不断产生、不断消亡的运动、变化和发展的永恒的过程之中。相互关联、又相互对立是事物固有的属性，对立面之间的相互制约和相互作用是普遍联系的最本质内容，同时又是事物自我发展的根本原因。
生命在于运动，如朱丹溪《格致余论·相火论》说：“天之生物，故恒于动，人之有生，亦恒于动。”恒动，即运动是永恒的、绝对的，静止是暂时的、相对的。运动是物质的存在形式。人的生、长、壮、老、已，充分体现生命的动态过程。人的脏腑经络、精气血津液等处于不断的运动变化之中，肺的呼吸，心的搏动，脾的运化，肝的疏泄，肾的藏精，以及六腑的传导化物，气血循行，津液代谢，皆处于不断运动的状态。
《素问·六微旨大论》说：“物之生，从乎化；物之极，由乎变。变化之相薄，成败之所由也。”万物之生成从化而来，万物发展到极点由变而来。变化，分而言之，事物由小到大的量变发展阶段，谓之变；事物发展到极点而发生质变，谓之化。事物新生的过程，即“化”的质变过程；事物由小到大发展到盛极的过程，即“变”的量变过程。中医学论述生态世界乃至生命活动，其发生、发展乃至达到极点，产生质变，旧事物消亡，新事物产生，皆由于运动变化所致。
所谓“机”，即事物变化之所由，见于《庄子·至乐》：“万物皆出于机，皆入于机。”气的升降出入运动，称为“气机”；精神情志的变化，称为“神机”；气机、神机是生命活动的基本形式。病变之所由出，疾病变化之纲要，称为“病机”。如《本草经集注·序录》说：“凡欲治病，先察其源，先候病机。”准确辨析病机是诊断和治疗疾病的关键。
在疾病过程中，中医学注重从动态的观点，辨证求因，致病因素作用于机体，由于个体的体质差异，可能表现不同的证；疾病的发生、发展、转归，疾病的不同阶段，病机都处于运动变化之中。所有疾病变化，都是邪正盛衰、阴阳失调的结果。脏腑经络、精气血津液等失常，气机失调，神去机息，则生命活动出现异常，甚则危及生命。如外感表寒证，未及时治疗，则可入里化热，转成里热证；实证可转为虚证；阴虚日久可累及阳虚等。中医学“治未病”的防治思想，主张未病先防、既病防变、愈后防复就是应用运动变化的观点去处理健康和疾病的矛盾，以调节人体的阴阳偏盛偏衰，而使之处于生理活动的动态平衡。因此，不断地把握疾病出现的新情况、新变化，细心分析，治贵权变，随时调整治法及方药，才不致贻误治疗。
天地万物变化之根本源于自身的内在动力，如《易传·系辞上》：“刚柔相推而生变化。”刚柔，是指性质相反的两个方面、两种力量，总括为阴阳，阴阳的相互对立、相互作用推动着事物的变化和发展。中医学关于人类生命活动过程及其运动变化规律的认识，受到《周易》的深刻影响。《素问·阴阳应象大论》说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本。”阴阳的相反相成、对立统一的运动是物质世界发生、发展和变化的法则、纲领、根本和内在动力。因此，中医学“察色按脉，先别阴阳”，综合分析辨别疾病证候之变化；“谨察阴阳所在而调之，以平为期”，治病求本的治疗思想，以调整阴阳为基本治疗原则。“法于阴阳”为养生之道，顺应四时之变为维护健康的首要。
变易思维强调事物运动变化的绝对性，同时注重在一定的条件下、一定限度内、暂时的、相对的静止。相对静止，是事物存在和发展的必要条件，也是运动的另一表现形式。故《素问·天元纪大论》说：“动静相召，上下相临，阴阳相错，而变由生也。”
运动的相对静止，才可能成为具有确定性质和形态的事物，才能衡量和计算事物的运动，才可能在事物的内部生长出新的因素，为事物向高级形态发展准备条件。故周敦颐《太极图说》提出：“太极动而生阳，动极而静，静而生阴，静极复动。一动一静，互为其根。”
动静相召的运动，使事物达到“中和”状态，故“圣人定之以中正仁义而主静”（《太极图说》）。中正，即中正平和。“中和”出自《礼记·中庸》：“中也者，天下之大本；和也者，天下之达道也。”中，即中正，不偏不倚；和，即和谐，调和。达道，即共行的普遍规律。“贵和尚中”是中国传统文化的基本精神。中正平和是万物化育的根本、道德修养的境界，也是社会稳定的保证。如《荀子·王制》：“公平者职之衡也，中和者听之绳也。”中国传统文化的思想对中医学理论体系的构建具有深刻影响。
健康，即人体脏腑经络生理功能、气血津液生成输布的动静相召，以臻“平”“和”的生理状态。中医学以中和、平衡为准绳，研究自然界五运六气、生理功能活动、养生保健预防、诊断治疗疾病等。《内经》有二百余处论及“平”“和”。例如，将自然界正常气候称为“平气”，指五运六气在动态中维持平衡的状态。如《素问·五常政大论》：“生而勿杀，长而勿罚，化而勿制，收而勿害，藏而勿抑，是谓平气。”健康无病之人称为“平人”。平人的特征，即“内外调和，邪不能害，耳目聪明，气立如故。”“筋脉和同，骨髓坚固，气血皆从”（《素问·生气通天论》）。“五脏安定，血脉和利，精神乃居”（《灵枢·平人绝谷》）。人的生命活动具有生、长、壮、老的自然规律，而肾中精气盛衰在整个生命过程中具有决定性作用，在生长发育期“肾气平均”，处于身体和精神壮盛阶段。正常脉象称为“平脉”，如《素问·经脉别论》：“权衡以平，气口成寸，以决死生。”气血运行平和、脏腑功能平衡，而反应于寸口（气口），以诊察人的生理功能状态是否正常。
脏腑经络生理功能、气血津液生成输布的动静相召失去“平”“和”，则是疾病状态。阴阳消长运动变化失于平衡，称为“阴阳失调”，如《素问·生气通天论》：“凡阴阳之要，阳密乃固，两者不和，若春无秋，若冬无夏，因而和之，是谓圣度。”气血运行失常，会产生多种病证，如《素问·调经论》：“血气不和，百病乃变化而生。”脏腑生理功能失常，可导致形体、官窍的病变，如《灵枢·脉度》：“五藏不和则七窍不通，六府不和则留为痈。”因此，预防和治疗的原则是“谨察阴阳所在而调之，以平为期”“平治于权衡”等，皆体现出中医学动静相召的思维特点，重视机体内部生理功能的平衡以及与内外环境的平衡，注重调节脏腑阴阳的整体平衡，是中医学的鲜明特色之一。故《灵枢·终始》说：“谨奉天道，请言终始，终始者，经脉为纪，持其脉口人迎，以知阴阳有余不足，平与不平，天道毕矣。”