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中医学理论体系的主要特点，包括整体观念和辨证论治两个方面。
整体观念，是中医学认识人体自身以及人与环境之间联系性和统一性的学术思想。
整体观念是中医学理论体系的指导思想，发源于中国古代哲学万物同源异构和普遍联系的观念，体现在人们在观察、分析和认识生命、健康和疾病等问题时，注重人体自身的完整性及人与自然、社会环境之间的统一性与联系性，并贯穿于中医学的生理、病机、诊断、辨证、养生、防治等各个方面。
（1）生理功能的整体性 主要体现在三个方面，即五脏一体观、形神一体观和精气神一体观。
五脏一体观：人体由五脏（心、肝、脾、肺、肾）、六腑（胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦）、形体（筋、脉、肉、皮、骨）、官窍（目、舌、口、鼻、耳、前阴、后阴）等构成。人体以五脏为中心，配合六腑、形体、官窍，通过经络系统的联络作用，构成了心、肝、脾、肺、肾五个生理系统。心、肝、脾、肺、肾五个生理系统之间，具有结构的联系性和功能的统一性，相互促进，相互制约，共同维持生命活动的正常进行。这种以五脏为中心的结构与功能相统一的观点，称为“五脏一体观”（表0-1）。
表0-1 人体五脏生理系统简表
形神一体观：形体与精神是生命的两大要素，二者既相互依存，又相互制约，是一个统一的整体。形，指人的形体结构和物质基础；神，指生命活动的主宰和总体现，包括意识、思维等精神活动。形神一体观，是指形体与精神的结合与统一。正常的生命活动，形与神相互依附，不可分离。形是神的藏舍之处，神是形的生命体现。如《素问·阴阳应象大论》：“人有五脏化五气，以生喜怒悲忧恐。”
精气神一体观：精、气、血、津液是构成和维持人体生命活动的基本物质，神是人体生命活动的整体表现。精、气、神为人之“三宝”。精可概括精、血、津液。如《读医随笔·气血精神论》：“精有四：曰精也，血也，津也，液也。”精气神一体观，是指精可化气，气可化精，精气生神，精气养神，而神则统驭精与气，形成有机整体。
（2）病机变化的整体性 中医学在分析疾病发生、发展、变化规律时，善于从整体出发，去分析局部病机变化的整体性根源。
人是一个内外紧密联系的整体，因而内脏有病，必然表现于外，具体可反映于相应的形体官窍，即所谓“有诸内，必形诸外”（《孟子·告子下》）。在分析形体官窍的病变时，认为局部病变大都是整体生理功能失调在局部的反映。如目的病变，既可能是肝血肝气生理功能失调的表现，也可能是五脏精气功能失常的反应。因此，探讨目病的病机，不能单纯从目之局部去分析，而应从五脏的整体联系去认识。
脏腑之间在生理上协调统一、密切配合，在病机上相互影响。如肝的疏泄功能失常时，不仅肝脏本身出现病变，而且常影响到脾的运化功能而出现脘腹胀满、不思饮食等；也可影响肺气宣发肃降而见喘咳；还可影响心神而见烦躁不安或抑郁不乐；影响心血运行而见胸闷等。因此，在分析某一脏病的病机时，既要考虑到本脏病变对他脏的影响，也要注意到他脏病变对本脏的影响。
人是形神统一的整体，因而形与神在病变上也是相互影响的。形体的病变，如躯体、脏腑、经络、官窍以及生命物质精、气、血、津液的病变，皆可引起神的失常；而精神情志活动异常，也能导致躯体、脏腑、经络、官窍功能失常以及生命物质精、气、血、津液的病变。
（3）诊断防治的整体性 人的局部与整体是辩证统一的，各脏腑、经络、形体、官窍等的生理与病变必然相互联系、相互影响。中医学在诊察疾病时，可通过观察分析形体、官窍、色脉等外在异常表现，推测内在脏腑的病机变化，从而做出正确诊断。故有“视其外应，以知其内脏，则知所病矣”（《灵枢·本藏》）。如验舌、望面、察神、切脉等由外察内的诊病方法，是中医学整体诊病思想的具体体现。
中医学在防治疾病时，强调在整体层次上对全身各局部的调节，使之恢复常态。局部病变常是整体病变在局部的反应，故治疗应从整体出发，在探求局部病变与整体病变内在联系的基础上，确立适当治疗原则和方法。如口舌生疮多由心火上炎所致，其治疗可清心泻火；又由于心与小肠相表里，心火可循经脉下移小肠，故亦可用清泻小肠之法。再如久泻不愈，或脱肛，其病虽发于下，但可以艾灸巅顶督脉之百会穴以调之，督脉通行上下，阳气得温，疾病自愈。
（4）养生康复的整体性 人是形神统一的整体，中医养生主张形神共养以维护健康、形神共调以治疗康复疾病。在养生方面，既要顺应自然、锻炼身体、合理膳食、劳逸适度、外避病邪以养其形，使形健而神旺；又要恬惔虚无、怡畅情志以养神，使神清而形健。在治疗康复方面，若因躯体病变引起精神病变时，当以治疗躯体疾病（治形）为先；若由精神情志伤害引致躯体疾病，则当先调理精神情志的失调（治神）。
人类生活在自然界中，自然环境的各种变化可直接或间接地影响人体的生命活动。对人与自然环境息息相关的认识，即是“天人一体观”的整体思想。
人类是宇宙万物之一，与天地万物有着共同的生成本原。中国古代哲学家认为，宇宙万物是由“道”“太极”或“气”产生的。气分阴阳，以成天地。天地阴阳二气交感，万物化生。如《素问·宝命全形论》说：“天地合气，命之曰人。”“人以天地之气生，四时之法成。”自然环境的各种变化，如寒暑更替、昼夜晨昏、地域差异，必然对人体的生理病理产生直接或间接的影响。
（1）自然环境对人体生理的影响 自然环境主要包括自然气候和地理环境，古人以“天地”名之。人在自然环境之中，而天地阴阳二气不断的运动变化，人的生理活动必然受到天地之气的影响而有相应的变化。
季节气候与人体生理：气候是由自然界阴阳二气的消长变化而产生的阶段性天气征象，如春温、夏热、秋凉、冬寒。而自然界的生物顺应这种规律，也出现春生、夏长、秋收、冬藏等变化过程，人体生理也随季节气候的规律性变化而出现相应的适应性调节。如人体脉象可随四季气候的变化，而有相应的春弦、夏洪、秋毛、冬石的规律性变化；又如天暑衣厚，则汗多而尿少；天寒衣薄，则尿多而汗少。另外，人体经络气血的运行还受风雨晦明的影响：天温日明，阳盛阴衰，人体阳气随之充盛，气血运行通畅；天寒日阴，阴盛阳衰，人体阳气亦弱，气血凝涩而行缓。
昼夜时辰与人体生理：一日之内的昼夜晨昏变化，对人体生理也有不同影响，而人体也要与之相适应。如《素问·生气通天论》说：“故阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。”说明白天人体阳气多趋于体表，脏腑的功能活动比较活跃；而夜间人体阳气多趋于里，人就需要休息和睡眠，这些反映了人体随昼夜阴阳二气盛衰变化而出现相应的调节。
地域环境与人体生理：地域环境主要指地势高低、地域气候、水土、物产及人文地理、风俗习惯等。地域气候的差异，地理环境和物产不同，人们的生活方式、饮食习惯等有所差异，在一定程度上影响着人体的生理功能与体质的形成。如北方多燥寒，人体腠理多致密，体型壮实；而南方多湿热，人体腠理多疏松，体型清瘦；长期居住某地的人迁居异地，常出现“水土不服”现象，但会逐渐适应。说明地域环境对人体生理有一定影响，而人体也具有适应自然环境的能力。
（2）自然环境对人体疾病的影响 人类适应自然环境的能力是有限的。当气候变化过于急剧，超过人体的适应能力，或机体的调节功能失常，不能适应自然环境的变化时，就会导致疾病的发生。当人体正气充沛，适应、调节及抗病能力强，能抵御外邪侵袭，一般不会发病；若气候特别恶劣，人体正气相对不足，抵御病邪的能力减退就会发病。
季节气候与人体疾病：四时气候的变化，每一季节都有其不同特点。因此，除一般性疾病外，常可发生一些季节性多发病或时令性流行病。在疾病发展过程中，或某些慢性病恢复期中，也往往由于气候剧变或季节交替而使病情加重、恶化或旧病复作。如关节疼痛的病证，常遇寒冷或阴雨天气时加重。
昼夜时辰与人体疾病：昼夜晨昏的变化，对疾病也有一定影响。清晨至中午，人身之气随自然界之气的阳生阴长而渐旺，故病情转轻；午后至夜晚，人身之气又随自然界之气的阳杀阴藏而渐衰，故病情加重。如《灵枢·顺气一日分为四时》说：“夫百病者，多以旦慧、昼安、夕加、夜甚……朝则人气始生，病气衰，故旦慧；日中人气长，长则胜邪，故安；夕则人气始衰，邪气始生，故加；夜半人气入藏，邪气独居于身，故甚也。”
地域环境与人体疾病：地域环境的不同，对疾病也有一定的影响。某些地方性疾病的发生常与地域环境密切相关。如隋·巢元方《诸病源候论·瘿候》指出瘿病的发生与“饮沙水”有关，已认识到此病与地域水质的密切关系。
（3）自然环境与疾病防治的关系 自然环境的变化时刻影响着人的生命活动和疾病变化，因而在疾病的防治过程中，必须重视外在自然环境与人体的关系，在养生防病中顺应自然规律，在治疗过程中遵循因时因地制宜的原则。《素问·阴阳应象大论》说：“故治不法天之纪，不用地之理，则灾害至矣。”
季节气候与疾病防治：气候变化剧烈或急骤时，要“虚邪贼风，避之有时”，防止病邪侵犯人体而发病。在治疗疾病时应充分了解气候变化的规律，根据不同季节的气候特点来考虑治疗用药，春夏慎用温热，秋冬慎用寒凉，即所谓“因时制宜”。对于某些季节多发病，亦可“冬病夏治”“夏病冬治”，如冬天由于素体阳虚阴盛而发病的咳喘、骨关节痛（寒痹）等，可在夏季培补阳气；夏天由于素体阴虚阳盛而发病的心悸、瘿病等，可在冬季滋养阴气，常可收到事半功倍之效。
昼夜时辰与疾病防治：根据人体气血随自然界阴阳二气的盛衰而有相应的变化，并应时有规律地循行于经脉之中的学术思路，古代医家创立了“子午流注针法”，按日按时取穴针灸，可更有效地调理气血、协调阴阳以防治疾病。
地域环境与疾病防治：人体的生理及疾病变化受地域环境的影响，故在养生防病中，要根据地理环境的不同，采用适宜的防病治病原则和方法，即所谓“因地制宜”。中国的地理特点，是西北地势高而东南地势低，西北偏于寒凉干燥而东南偏于温热湿润，故西北少用寒凉之药而东南慎用辛热之品。
人生活在特定的社会环境中，必然受到社会因素的影响。故人与社会环境既相互统一、又相互联系。人不单纯是生物个体，而且是社会的一员，具备社会属性。政治、经济、文化、宗教、法律、人际关系、婚姻等社会因素，必然通过与人的信息交换影响着人体的各种生理、心理和病变，而人也在与社会环境的交流中，维持着生命活动的稳定有序与协调平衡。
（1）社会环境对人体生理的影响 人所处的社会环境和社会背景不同，造就个人的心身功能与体质的差异。一般而言，良好的社会环境、和谐的人际关系，可使人精神振奋，勇于进取，有利于心身健康；而动荡的社会环境、纠结的人际关系，可使人精神压抑，或紧张、焦虑，从而影响心身功能，危害心身健康。
政治经济地位的高低，对人的心身功能也有重要影响。政治、经济地位过高，养尊处优，易使人骄恣任性；政治、经济地位低下，易使人自卑颓丧。久之，可影响人体脏腑功能和气血运行。
（2）社会环境对人体病变的影响 当社会环境变化时，人的社会地位、经济条件也随之而变。剧烈、骤然变化的社会环境，对人体生理功能造成较大的影响，从而损害人的心身健康。如《素问·疏五过论》指出：“尝贵后贱”可致“脱营”病变，“尝富后贫”可致“失精”病变，说明社会地位、经济状况的剧烈变化，常导致人的精神活动不稳定，从而导致某些心身疾病的发生。再如，亲人亡故、家庭纠纷、邻里不和、人际关系紧张等，易引发某些心身疾病，或诱发病情加重或恶化，甚至死亡。
社会动荡、政治腐败、饥荒战乱、经济萧条，以及不良的习俗风气，皆为疾病之源，尤其是心身疾病之因。另一方面，随着现代社会的发展、生活水平的提高，出现了人口增长、资源减少、竞争激烈等困扰，人生观、价值观、生活方式的改变，导致精神紧张、情绪压抑、安全感低下或缺失，精神情志因素在疾病的发生和发展变化中所起的作用越来越明显。在中医学整体观念的指导下，以中医学的理论和方法研究社会因素对生命、健康和疾病的影响，是社会发展给中医学带来的新课题，具有现实意义和应用价值。
（3）社会环境与疾病防治的关系 社会环境的改变主要通过影响人体的精神情志活动而对人体的生理功能和疾病变化产生影响，因而预防和治疗疾病时，必须充分考虑社会因素对人体心身功能的影响，尽可能地创造有利的社会环境、获得有力的社会支持，并通过精神调摄提高对社会环境的适应能力，以维持心身健康，预防疾病的发生，并促进疾病好转。
综上所述，中医学理论体系以人为本，以自然环境与社会环境为背景，揭示生命、健康、疾病等重大医学问题，阐述人与自然、人与社会、精神与形体以及形体内部的整体性联系。在维护健康和防治疾病的过程中，要求医者“上知天文，下知地理，中知人事”（《素问·著至教论》），从中充分体现出整体观念的指导意义。
辨证论治，是中医学认识疾病和治疗疾病的基本原则，并贯穿于预防与康复等医疗保健实践的过程。中医学在认识疾病和处理疾病的过程中，既强调辨证论治，又讲究辨证与辨病相结合。
（1）症的基本概念 症，即症状和体征，是机体发病而表现出来的异常表现，包括患者所诉的异常感觉与医生所诊查的各种体征。如恶寒发热、恶心呕吐、烦躁易怒、舌苔、脉象等，都属症的概念。症是判断疾病、辨识证的主要依据，但其表现的是疾病的表面现象甚至假象，所以未必能完全反映疾病和证的本质。同一个症状，可由不同的致病因素引起，其病机不尽相同，也可见于不同的疾病和证中。孤立的症状或体征不能反映疾病或证的本质，因而不能作为治疗的依据。
（2）证的基本概念 证，是对疾病过程中一定阶段的病因、病位、病性、病势等病机本质的概括。如脾胃虚弱证，病位在脾胃，病性为虚。证是病机的概括，病机是证的内在本质，证所反映的是疾病的本质。
证候，即证的外候，是指疾病过程中一定阶段的病位、病因、病性、病势等本质有机联系的反应状态，表现为临床可被观察到的症状等，一般由一组相对固定的、有内在联系的、能揭示疾病某一阶段或某一类型病变本质的症状和体征构成。如食少纳呆，腹胀便溏，倦怠乏力，面黄，舌淡红苔白，脉沉缓，属于脾胃虚弱证的证候表现。
证具有个体差异性、时相性、空间性和动态性特征。其一，证的个体差异性。由于人的体质差异，故感受同一病邪，可能表现为不同的证。即便同一病证，由于个体反应性差异，也可以表现出不同的症状。其二，证的时相性。同一疾病，由于所处于阶段不同，临床表现各异，因而证也不同，如积聚，在初期、中期和晚期的不同阶段，证会发生变化。其三，证的空间性。如感冒，与不同地域的气候有关，形成风寒感冒证、风热感冒证、暑湿感冒证等。其四，证的动态性。由于疾病受内外环境多种因素影响，可不断发生变化，故证在疾病过程中并非固定不变，而是始终处于动态变化之中。
因此，在临床辨证过程中，应充分考虑到证的个体差异性、时相性、空间性和动态性特征，才能进行正确判断。
（3）病的基本概念 病，即疾病的简称，指有特定的致病因素、发病规律和病机演变的一个完整的异常生命过程，常常有较固定的临床症状和体征、诊断要点、与相似疾病的鉴别点等。致病邪气作用于人体，人体正气与邪气相抗争，引起的机体阴阳失调、脏腑形体损伤、生理功能失常或心理活动障碍，从而体现一个完整的生命过程。在这一过程中，始终存在着损伤、障碍与修复、调节的矛盾斗争过程，即邪正斗争。
疾病反映的是贯穿一种疾病全过程的总体属性、特征和规律。如感冒、胸痹、消渴、积聚等，皆属疾病的概念。
症、证、病三者既有区别又有联系。病与证，虽然都是对疾病本质的认识，但病所反映的重点是贯穿疾病全过程的基本矛盾，而证反映的重点是当前阶段的主要矛盾。症状和体征是认识病和证的着眼点，是病和证的基本构成要素。具有内在联系的症状和体征组合在一起即构成证候，反映疾病某一阶段或某一类型的病变本质；各阶段或类型的证贯穿并叠合起来，便是疾病的全过程。因此，一种疾病可由不同的证组成，而同一证又可见于不同的疾病过程中。
辨证论治，是中医学诊治疾病的基本理论与思维方法，即根据中医理论分析四诊获得的临床资料，明确病变的本质，拟定治则治法。
（1）辨证 辨证是以中医学理论对四诊（望、闻、问、切）所得的资料进行综合分析，明确病变本质并确立为何种证的思维和实践过程。由于疾病发生的原因、病变的部位、疾病的性质、疾病的发展变化趋势是辨证的要素，故中医学在辨识证时，要求辨明病因、病位、病性及其发展变化趋势，即辨明疾病从发生到转归的总体病机。
辨病因：即探求疾病发生的原因。根据中医病因理论分析疾病的症状和体征，探求疾病发生的原因和机理。某些病因，如外伤、虫兽咬伤等可直接观察或通过询问病史了解。然而，临床很多疾病，不能直接找到病因，只能“辨证求因”，根据疾病的临床表现，推断病因病机特点以确定证。
辨病位：即分析、判别以确定疾病之所在部位。不同的致病因素侵袭人体不同的部位，引起不同的病证。如外感病邪侵袭人体皮肤肌腠，称为“表证”；情志内伤、饮食不节、劳逸失度，直接损伤脏腑精气，称为“里证”；咳嗽咯痰病位多在肺，腹胀便溏病位多在脾。辨明病变部位，便可推知致病邪气的属性，又可了解病情轻重及疾病传变趋向，对确定证非常重要。如水肿病，若全身水肿而以头面、眼睑明显者，属外感风邪所致，称为“风水”，病在表，治当解表发汗；若腰部以下水肿，以下肢为重者，多为脾肾功能失调所致，病在里，治当温肾健脾利尿。
辨病性：即确定疾病的虚实寒热之性。疾病是邪气作用于人体，人体正气奋起抗邪而引起邪正斗争的结果，邪正盛衰决定病证的虚实，故《素问·通评虚实论》说：“邪气盛则实，精气夺则虚。”病因性质和机体阴阳失调决定病证的寒热，外感寒邪，或阴盛阳虚，则见“寒证”；外感热邪，或阳盛阴虚，则见“热证”。
辨病势：即辨明疾病的发展变化趋势及转归。疾病一般都有一定的发展变化规律。如《伤寒论》把外感热病分为六个阶段，以六经表示其不同的阶段和发展趋势，其传变规律可概括为：太阳→阳明→少阳→太阴→少阴→厥阴；温病学则用卫气营血和上中下三焦表示温热病和湿热病的传变规律；对内伤杂病的传变，《内经》是用五行的生克乘侮规律来表述，现在趋向于以脏腑之间的相互关系和精气血津液之间的相互影响来表达。掌握疾病的传变规律，可洞察疾病变化及转归的全局，预测在疾病进程中证候的演变，从而提高辨证的准确性。
（2）论治 又称施治，是根据辨证的结果确立相应的治疗原则和方法及方药，选择适当的治疗手段和措施来处理疾病的思维和实践过程。论治过程一般分以下几个步骤：
因证立法：即依据证候而确立治则治法。证是辨证的结果，也是论治的依据。只有确立疾病某阶段或某类型的证，才能针对该证性质确定具体的治疗方法。如风寒表证，当用辛温解表法；风热表证，当用辛凉解表法。
随法选方：即依据治则治法选择相应的处方。处方，是在确定治疗手段的基础上，依据治法的要求，确定具体的治疗方案。如选用药物疗法，应开出符合治法要求的方剂及其药物组成，并注明剂量、煎煮或制作、服用方法等。若选用针灸疗法，应开出符合治法要求的穴位配方以及针灸手法、刺激量、刺激时间等。
据方施治：即按照处方，对治疗方法予以实施。针灸、按摩、正骨等手法的治疗实施一般应由医务人员执行，某些情况下可由医生指导患者自己执行。
（3）辨证与论治的关系 辨证与论治是诊治疾病过程中相互联系不可分割的两个方面。辨证是认识疾病，确定证；论治是依据辨证结果，确立治法和处方遣药。辨证是论治的前提和依据，论治是治疗疾病的手段与方法，也是对辨证正确与否的检验。因此，辨证与论治是理论与实践相结合的体现，是理、法、方、药理论体系在临床上的具体应用，也是中医临床诊治的基本原则。
在诊治疾病中，要掌握同病异治和异病同治的原则。同病异治，指同一种病，由于发病的时间、地域不同，或所处疾病的阶段或类型不同，或患者的体质有异，故反映出的证不同，因而治疗也有异。如麻疹在不同的疾病阶段表现为不同的证，故初期当解表透疹；中期清肺热；后期滋养肺阴胃阴等不同的治法。
异病同治，指几种不同的疾病，在其发展变化过程中出现了大致相同的病机，表现为大致相同的证，因而采用大致相同的治法和方药来治疗。如胃下垂、肾下垂、子宫脱垂、脱肛等不同的病变，其病机的关键是“中气下陷”，可表现为大致相同的证，故皆可用补益中气的方法来治疗。
因此，中医学对疾病治疗的着眼点是证，即所谓“证同治亦同，证异治亦异”，这是辨证论治的精神实质。
辨证与辨病，都是认识疾病的思维过程。辨病侧重对贯穿疾病全过程的基本矛盾的认识；辨证侧重对疾病当前阶段主要矛盾的把握。
中医学以“辨证论治”为诊疗特点，临床实践在强调“辨证论治”的同时，注重辨证与辨病相结合。运用辨病思维来确诊疾病，对某一病的病因、病变规律和转归预后有一个总体的认识；再运用辨证思维，根据该病当时的临床表现和检查结果来辨析其目前处于病变的哪一阶段或是哪一类型，从而确立其当时的“证”，然后根据“证”来确定治则治法和处方遣药。对某些难以确诊的病症，可发挥辨证思维的优势，依据患者的临床表现，辨析出证，随证施治。根据具体情况，有时也使用“辨病施治”的方法，如以常山、青蒿治疟，黄连治痢等。
发扬中医学辨证论治的诊治优势，注重辨病与辨证相结合，对提高中医的临床诊治水平具有重要意义。