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阴阳学说是以阴阳的对立统一和相互作用阐释宇宙间万物的生成、发展和变化的根本规律，其主要内容包括阴阳交感、阴阳对立、阴阳互根、阴阳消长、阴阳转化、阴阳自和等方面。
阴阳交感，指阴阳二气在运动中相互感应而交合的相互作用。阴阳交通相合，彼此交感相错，是宇宙万物赖以生成和变化的根源。所谓“天地感而万物化生”（《周易·咸彖》），“阴阳相错，而变由生”（《素问·天元记大论》）。
阴阳交感是天地万物化生的基础。“清阳为天，浊阴为地”（《素问·阴阳应象大论》）。阳气升腾而为天，阴气凝聚而为地。天气下降，地气上升，天地阴阳二气相互作用，交感合和，产生万物。《易传·系辞下》说：“天地氤氲，万物化醇；男女构精，万物化生。”如自然界，天地阴阳二气交感，形成云、雾、雷电、雨露，万物得以化生。人类作为宇宙万物之一，同样由天地阴阳之气交感合和而生成，“天地合气，命之曰人”（《素问·宝命全形论》）。生命便是在天地阴阳交互作用下孕育生息。如果没有阴阳二气的交感运动，就没有自然界万物，也就没有生命。
阴阳交感是事物和现象发展变化的动力。阴和阳属性相反，两者不断相摩相荡，发生交互作用，宇宙万物才能生生不息，变化无穷。“天地合而万物生，阴阳接而变化起”（《荀子·礼论》）。自然界，正是由于天之阳气下降，地之阴气上升，阴阳不断的交互作用形成阳光雨露，沐浴滋润万物，得以成长繁茂。
阴阳对立，指阴阳“一分为二”，即对待、相反的关系，是事物或现象固有的属性。阴阳学说认为，对立相反是阴阳的基本属性，宇宙间很多事物和现象都存在对立相反的两个方面。如天与地、日与月、水与火、男与女、寒与热、动与静、上与下、左与右等。
中医学将阴阳对立应用于阐释人的生命活动，“人生有形，不离阴阳”（《素问·宝命全形论》）。人的形体划分阴阳：上部为阳，下部为阴；体表属阳，体内属阴；背为阳，腹为阴；四肢外侧为阳，四肢内侧为阴。以脏腑来分，五脏属里，藏精气而不泻为阴；六腑属表，传化物而不藏为阳。具有外向、弥散、推动、温煦、兴奋、升举等特性的物质及功能属阳，具有内守、凝聚、宁静、凉润、抑制、沉降等特性的物质和功能属阴；生命物质“阳化气，阴成形”，至精至微的气属阳，有形可察的精、血、津液属阴等。
阴阳对立的形式，通过阴阳之间的相互斗争、相互制约而发挥作用。阴可制约阳，阳能制约阴。所谓“阴则能制阳矣，静则能制动矣”（《管子·心术上》）。如春、夏、秋、冬四季有温、热、凉、寒的气候变化，春夏之所以温热，是因为春夏阳气上升抑制了秋冬的寒凉之气；秋冬之所以寒冷，是因为秋冬阴气上升抑制了春夏的温热之气的缘故。阴阳相互制约是自然界四时寒暑往复变化的根源。人体正常生理活动具有兴奋和抑制的两种状态，即兴奋为阳，抑制属阴，彼此相互制约。昼则阳制约阴，人处于兴奋清醒状态；夜则阴制约阳，进入安静睡眠状态。阴阳对立相反而有昼夜寤寐的不同变化，动静相制维持人体寤和寐的正常节律，充分体现了阴阳双方的相互对立、相互制约。
阴阳对立制约的意义，在于防止阴阳的任何一方不至于亢盛为害，以维持阴阳之间的协调平衡。阴阳双方始终处于矛盾运动之中，在一定的限度内，由于阴阳双方相互斗争和相互制约的作用，才能够使阴阳的任何一方既无太过，也无不及，从而实现事物或现象内部及其相互之间的动态平衡，才能生生不息。如果阴阳双方中的一方过亢，对另一方制约太过；或阴阳双方中的一方不及，不能制约对方，则阴阳之间的对立制约关系失调，彼此之间的动态平衡被破坏，则会导致疾病产生。如《素问·阴阳应象大论》所谓“阴胜则阳病，阳胜则阴病”，为“制约太过”；“阳虚则阴盛”“阴虚则阳亢”，是“制约不及”；从而形成阴阳失调的病机变化。
阴阳互根，指相互对立的阴阳两个方面，具有相辅相成、相互依存的关系。阴阳互根的形式，通过阴阳互藏、互为根本而发挥作用。
阴阳互藏，指相互对立的阴阳双方中的任何一方都包含着另一方，即阴中有阳，阳中有阴。宇宙中的任何事物都含有阴与阳两种属性不同的成分，属阳的事物含有阴性成分，属阴的事物也寓有属阳的成分。以天地而言，天为阳，地为阴。“地气上为云，天气下为雨”，天为地气升腾所形成，阳中蕴涵有阴；地乃天气下降所形成，则阴中蕴涵有阳。如《类经·运气类》说：“天本阳也，然阳中有阴；地本阴也，然阴中有阳，此阴阳互藏之道。”以人体而言，心在上，五行属火；肾在下，五行属水。心火（阳）下降于肾，以温肾阳，使肾水（阴）不寒；肾水（阴）上济于心，以滋心阴，使心火（阳）不亢，则心肾阴阳水火协调平衡。如《冯氏锦囊秘录·杂证大小合参》说：“水火互藏其根，故心能下交，肾能上摄。”
阴阳互根，指阴阳的互为根本、相互依存的关系，即“阳根于阴，阴根于阳”。阳的根本在阴，阴的根本在阳，双方互为存在的前提。互为根本的阴阳双方具有相互资生、促进和助长的作用。如《素问·阴阳应象大论》说：“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也。”概括阴阳相互依存，不可分离的关系。阴精主内，阳气主外；阴精为阳气固守提供物质基础，阳气为阴精生成给予功能保证。阴阳和谐，脏腑经络功能正常，气血运行有序，形肉血气相称，则人体保持健康状态。
阴阳互藏互根的意义，在于阴阳始终处于统一体之中，每一方都以对方的存在作为自身存在的前提和条件，任何一方都不能脱离对方而单独存在。例如，春夏为阳，秋冬为阴，没有春夏，就无所谓秋冬；没有秋冬，就无所谓春夏。寒为阴，热为阳，没有寒，就无所谓热；反之亦然。阴不可无阳，阳不可无阴，阴阳双方密不可分。
由于某些因素，阴阳互藏互根的关系遭到破坏，人体就会发生疾病。如阴或阳的某一方虚损，“无阴则阳无以生，无阳则阴无以化”（王冰注《素问·四气调神大论》），日久可以导致对方的不足，形成“阴损及阳”或“阳损及阴”的“阴阳互损”的病变。当阴阳之间不能相互依存而分离决裂时，导致有阴无阳或有阳无阴，“孤阴不生，独阳不长”，则“阴阳离决，精气乃竭”，生命即将告终。
阴阳消长，指阴阳双方不是静止不变的，而是处于不断的消减和增加的运动变化之中。消，减少、减退；长，增加、增长。古代哲学家认为，阴阳双方始终处于运动变化中，阴长阳消，阳长阴消。阴阳双方彼此的消减与增加的变化在一定的范围、限度、时空之内，保持着动态平衡。正是由于阴阳的消长变化，自然万物才能够维持相对、动态的平衡。
阴阳消长的形式，属于量变过程中进退、增减、盛衰的运动变化，包括此长彼消、此消彼长的阴阳互为消长与此长彼长、此消彼消的阴阳同消同长。
相互对立的阴阳双方，在彼此相互制约的过程中表现出互为消长的变化。表现形式有二：一是此长彼消，指阴或阳某一方增加而另一方随之出现消减的变化，即阳长阴消，阴长阳消。二是此消彼长，是阴或阳某一方消减而另一方随之出现增加的变化，即阳消阴长，阴消阳长。由于阴阳相互制约，阳长制约阴则阴消，阴长制约阳而阳消；若阳消而对阴的制约减弱则阴长，阴消对阳制约减弱则阳长。故阴阳互为消长是阴阳对立制约关系表现出的运动变化，而阴阳相互制约又在互为消长过程中实现。
自然界四时气候及昼夜的往复变化即是阴阳消长变化的体现。如一年四季的气候变化，从冬季寒冷，至春天温暖，再到夏天暑热，气候从寒冷逐渐转暖变热，即是“阳长阴消”的过程；由夏季暑热，到秋天凉爽，及至冬季寒冷，气候由炎热逐渐转凉变寒，这是“阴长阳消”的过程。四时气候变迁，寒暑往来，反映了阴阳消长的过程。一年当中，阴阳消减和增加处于一定范围和限度，形成相对的动态平衡，则有四时寒暑交替推移、周而复始的正常规律。
以阴阳消长之理阐释人体的生理活动。子时一阳生，平旦阳气升发，日中阳气隆盛，随着阳气增长而阴气消减，人体的生理功能由抑制逐渐转向兴奋，即“阳长阴消”的过程；午时一阴生，日中至黄昏，阴气渐生，至夜半阴气盛，阳气随之渐减，人体的生理功能也由兴奋逐渐转向抑制，即“阴长阳消”的过程。人体在昼夜晨昏表现出周期性变化规律，即是由于阴阳之间互为消长在一定范围和限度内不断进行而维持的动态平衡。
相互依存的阴阳双方，在彼此相互资助和促进的过程中表现出同消同长的变化。表现形式有二：一是此长彼长，是阴阳之间出现某一方增加而另一方亦增加，即阴随阳长或阳随阴长；二是此消彼消，是阴与阳之间出现某一方消减而另一方亦消减，即阴随阳消或阳随阴消。由于阴阳相互为用，阳生可促进阴的化生；阴长又资助阳的生成；若阳消则阴无以化，阴消则阳无以生。故阴阳同消同长是阴阳相互依存关系表现出的运动变化，而阴阳相互依存又在消长过程中实现。
四季气候变化，随着春夏气温的逐渐升高而降雨量逐渐增多，随着秋冬气候的转凉而降雨量逐渐减少，即是阴阳同长与同消的消长变化。人体生理活动中，饥饿时出现的气力不足，即是由于精（阴）不足不能化生气（阳），属阳随阴消；而补充精（阴），产生能量（阳），增加了气力，则属阳随阴长。
阴阳消长的根本原因，在于阴阳之间对立制约与互藏互根关系的变化。由阴阳对立制约关系变化主要表现为阴阳双方互为消长，即此长彼消，或此消彼长；由阴阳互藏互根关系变化主要表现为阴阳双方的同消同长，即此长彼长，或此消彼消。
阴阳消长的意义，在于维持阴阳双方相对的、动态的平衡状态。在一定的限度内，阴阳消长的运动变化，属于正常状态。例如，自然界的寒热温凉、人身的气血阴阳，始终处在阴阳消长不断地运动变化之中，消而不偏衰，长而不偏亢，维持在一定范围之内，保持相对的动态平衡。自然界体现在正常气候变化，人体则体现在正常的生命活动。因此，阴阳消长是绝对的，阴阳平衡是相对的，保持阴阳双方在消长运动过程中的动态平衡极其重要。
如果由于某种原因，导致阴阳消长平衡的运动变化失调，则属于异常状态。阴阳消长的运动变化出现太过或不及，相对的动态平衡被破坏，形成阴或阳的偏盛或偏衰，自然界就会出现气候异常变化，人体则引起病变。前述的“阳胜则阴病”“阴胜则阳病”及“阳虚阴盛”“阴虚阳亢”，皆属阴阳对立制约关系失常而出现的此长彼消或此消彼长，而“精气两虚”“气血两虚”，则属阴阳互藏互根关系失常而出现的此消彼消。
阴阳转化，指事物的阴阳属性，在一定条件下可以向其相反的方向转化，即属阳的事物可以转化为属阴的事物，属阴的事物可以转化为属阳的事物。
阴阳相互转化的形式，属于质变过程中事物的运动变化，既可以表现为渐变的形式，又可以表现为突变的形式。如一年四季之中的寒暑交替，一天之中的昼夜转化等，即属于“渐变”的形式；夏季酷热天气的骤冷和冰雹突袭等，即属于“突变”的形式。
阴阳相互转化，一般都产生于事物发展变化的“物极”阶段，即所谓“物极必反”。当阴阳消长运动发展到一定阶段，“极则生变”，事物内部阴与阳的比例出现了颠倒，则该事物的属性即发生转化。《素问·阴阳应象大论》谓之“重阴必阳，重阳必阴”“寒极生热，热极生寒”，《灵枢·论疾诊尺》谓之“寒甚则热，热甚则寒”，重、极、甚，即是阴阳消长变化发展到“极”的程度，是事物的阴阳属性发生转化的必备条件。
阴阳互藏互根是阴阳转化的内在根据。阴中寓阳，阴才有向阳转化的可能性；阳中藏阴，阳才有向阴转化的可能性。阴中寓阳，其阴性成分仍然占较大比例时，此事物或现象的阴阳属性仍属阴。但若在其内部的阴阳消长变化中，其阳性成分多于阴性成分而成为该事物或现象的主导成分，该事物或现象则转属阳性，此即所谓“阴转化为阳”；反之则“阳转化为阴”。
阴阳消长是发生转化的前提。如冬季寒气盛属阴，但冬至一阳生，随着阳长而阴消，逐渐转化为阳气盛的夏季；夏季炎热属阳，但夏至一阴生，随着阴长而阳消，逐渐转化为阴寒盛的冬季。所谓“四时之变，寒暑之胜”，阴阳消长中交替变化。阴阳消长和转化都是阴阳运动变化的表现形式，但本质不同：阴阳消长是一个量变的过程，事物本身属性并未发生改变；阴阳转化是在量变基础上的质变，事物本身的属性转化为相反一面。阴阳转化是阴阳消长的结果。阴阳消长变化发展到“极”期是转化的条件，阴阳双方的消长运动发展超过一定的限度，则该事物的属性会发生转化。
在疾病发展过程中，阴阳转化常表现为在一定条件下寒证与热证的相互转化。如急性热病中，患者出现高热、面红、咳喘、气粗、烦渴、脉数有力等实热性表现，属阳证；邪热极盛，正气大伤，突然出现面色苍白、四肢厥冷、精神萎靡、脉微欲绝等虚寒性表现，属阴证。热势极盛，即是促成阳转化为阴的必备条件。
阴阳自和，指阴阳双方自动维持和自动恢复其协调稳定状态的能力和趋势。阴阳自和是阴阳的本性。阴阳自和是以“自”为核心，依靠内在自我的相互作用而实现“和”。阴阳自和的机理，在于阴阳双方彼此的交互作用。阴阳虽然属性相反，但两者存在互生、互化、互制、互用等关系，在交互作用的变化中相反相成，是维持事物或现象协调发展的内在机制。
阴阳自和的概念，脱胎于中国古代哲学中“以和为贵”的基本观点。重视阴阳之间的和合、协调是阴阳学说的重要思想。如《淮南子·氾论训》说：“天地之气，莫大于和。和者，阴阳调……阴阳相接，乃能成和。”阴阳二气的协调就是“和”，阴阳二气相互维系才能达到“和”的状态。“和”是宇宙的最基本的原则。
阴阳自和，是相对的、动态的平衡，阴阳双方在交互作用中处于大体均势的状态，即阴阳协调和相对稳定状态。阴阳双方以对立制约与互根互用为基础，在一定限度内消长和在一定条件下转化的运动变化，维持阴阳平衡状态。
阴阳自和所维持的动态平衡，在自然界标志着气候的正常变化，四时寒暑的正常更替，在人体标志着生命活动的稳定、有序、协调。故《素问·调经论》说：“阴阳匀平，以充其形。九候若一，命曰平人。”由于人体内的阴阳二气具有自身调节的能力，在疾病过程中，人体阴阳自动恢复协调是促使病势向愈的内在机制。如《伤寒论·辨太阳病脉证并治》说：“阴阳自和者，必自愈。”如果阴阳动态平衡遭到破坏，又失去了自和的能力，在自然界就会出现反常现象，在人体则由生理状态进入疾病状态，甚至死亡。
综上所述，阴阳交感、对立、互根、消长、转化、自和，从不同角度说明阴阳之间的相互关系及其运动变化规律。阴阳交感是阴阳之间不断发生交互作用的前提，是天地万物化生的基础；阴阳的对立、互根是事物两个方面的固有属性，说明阴阳之间对立统一、相反相成的关系；在阴阳对立、互根的基础上，阴阳的消长、转化体现事物的量变与质变过程，说明阴阳的运动变化是使事物发生、发展、变化的内在动力；阴阳自和是阴阳自身通过彼此之间制约和互用，自我调节以维持相对、动态的平衡。
中医学运用阴阳学说，以辩证思维指导对具体事物的认识，阐明生命的形体结构、功能活动、病理变化、临床诊断、疾病防治以及养生康复等，奠定了中医学理论体系的基础。