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朱棣对朝廷机构的变动，不仅仅是创设内阁。他还恢复了朱元璋后期取消的锦衣卫，并在制度上予以正式确立。
纵观两千多年的专制制度史，皇帝为了排除异己、监视百官，通常都会建立忠于自己的特务谍报机构。而这些组织中，往往都会有太监的身影。汉武帝设立“绣衣直指”，又称“绣衣御史”，负责搜集情报。三国时，曹魏设立“校事”，监察百官与吏民。北魏则设立有“候官”，来监视文武官员。武则天时期，为铲除异己，特别是打击李氏诸王及其支持者，特设了“内卫”。唐肃宗时的掌权太监李辅国，秘密组织了间谍机构“察事”。两宋时期，则有以太监为负责人的皇城司，直属皇帝领导。
但是，要说名气最大的特务机构，非明朝的锦衣卫莫属，一来，明朝距离今天更近，影视作品也起到了推波助澜的作用。二来，锦衣卫确实组织更为严密，行事更为“专业”，因而破坏作用，往往也会更大一些。
洪武十五年（1382），朱元璋为了更好地监督和管理朝中大臣，撤掉了亲军都尉府与仪鸾司，建立锦衣卫。锦衣卫的全称是“锦衣亲军都指挥使司”，是由拱卫司发展而来。起初不过是皇家的仪仗队和侍卫队，但后来的权力越来越大。
锦衣卫的主要特点有以下两个：
一是接受皇帝的直接领导，绝对听命于君主，刑部尚书也管不了他们。如此一来，朝中大臣只有被锦衣卫修理折磨的义务，没有管理或弹劾他们的可能。
二是有司法权。可以进行侦察、逮捕和审判，有点类似纳粹德国的盖世太保组织。锦衣卫从不对老百姓下手，只盯着朝廷官员。虽然三法司—刑部、大理寺和都察院都有自己的监狱，但锦衣卫的监狱无疑是最特殊也是最恐怖的，有个很拉风的专属名称—诏狱。里面关的，大都是皇帝亲自下诏捉拿的要犯。一个健康的人，一旦被抓进诏狱，注定是生不如死，只求速死。能活着出来的，肯定就有本钱吹牛了。
不过朱元璋时代，锦衣卫只存在了五年就被解散了。朱棣上台之后，下令恢复锦衣卫，并在南北两京分别都建立了镇抚司。
南京的南镇抚司，主要职责不过是仪仗与工匠；而设在北京的北镇抚司，管的可就是刑法与诏狱了，让朝廷官员谈之色变的锦衣卫，通常指的就是北镇抚司。
在政权还很不稳定、反对势力相当强大之时，朱棣恢复锦衣卫，显然是希望它能成为维持自己统治的好帮手。
锦衣卫的一把手称为指挥使，是正三品，其下还有指挥同知、指挥佥事和镇抚使等高级职员。而首任指挥使，就是非常受朱棣欣赏，同时和朱高煦又有特殊交情的纪纲。
永乐朝初建，朝廷内外反对的声音此起彼伏。而纪纲也是毫不含糊，屡次在大江南北掀起打击风潮，把很多对朱棣不满的人进行了严厉惩处。在南北二京，许多官员提起纪纲的名字，真有谈虎色变的味道。除了纪纲，锦衣卫还有两个指挥，分别是刘江和袁刚。因为名字的发音比较接近，他们三人就被老百姓敬畏地称为“三纲”。这三位爷，可比三头猛虎吓人多了。如果他们抓住了谁的把柄，不把你整个半死，那“纲”字就得倒着写。
当然，朱棣无意于恐怖统治，在掌权初期重用纪纲，有些“乱世用重典”的意味。随着政权的巩固，他对锦衣卫的行为也进行了一定程度的约束，甚至规定，除非谋反大逆，审覆无异，否则罪犯在刑讯以取口供之前，都有五次覆奏之权
。到了永乐十四年（1416），朱棣对纪纲一党进行了清洗，曾经威风一时的纪纲被处以凌迟之刑，全家男女老少发配戍边。
不过，此后终明一朝，锦衣卫都一直存在，甚至成了这个王朝的一张名片。
锦衣卫的高官，可以和朝廷大员一样着蟒服，而中下级军官则穿着醒目的飞鱼服，腰挎锋利的绣春刀，神出鬼没，遍地开花，堪称大明二百多年间一道靓丽的风景线。
锦衣卫的成员都是正常人，但为什么人们总是把他们和太监联系在一起呢？
因为太监往往是他们的领导，而且到了后来，东厂建立之后，锦衣卫往往要受东厂的指挥。
从上述内容可以看出，朱棣上台之后，各方面的布局与建设有条不紊，很快就稳定住了局势。那么，一向不按常理出牌的他，还会有什么大动作呢？