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4月27日夜间，徐恩曾带领调查科的张冲、顾建中等一批干员赶赴上海。28日早上，徐恩曾亲自指挥上海军警宪特机关，并会同英法巡捕房的力量开始了对上海中共中央机关及所有地下党组织的大搜查。
这次大搜捕，对于徐恩曾以及国民党特务机关来说，有两个最重要的搜捕目标。两个目标中哪怕只有一个目标搜捕成功，也就是不世殊功了。第一个目标，当然是搜查中共中央、江苏省委、共产国际驻远东办事处等重要机关的原址，结果是一无所获。第二个目标，就是搜捕周恩来了。不用说，特务们自然也是扑空。接着，他们又连续搜查了几处周恩来常去工作的地方，据说，周恩来离开其中一处地方，距特务们到达时仅相差一刻钟，这是特务们常常引以为憾的：“如果没有钱壮飞走漏消息，定可捉到周恩来。”
除了破坏共产党机关与搜捕周恩来以外，徐恩曾这次到上海还有一个重要目标，就是企图捕获钱壮飞，以绝后患。当时，钱壮飞的爱人张振华在上海医院妇产科做医生，钱壮飞的家住在上海法租界新兴路新兴顺里4号。自然，这些重要情况都被徐恩曾从顾顺章那里掌握到了。大搜捕一开始，徐恩曾就派了一卡车戴铜帽子的警宪，风驰电掣似的开到了新兴顺里4号。在这之前，张振华已经得到党组织的通知，机智地躲开了，家里只剩下钱壮飞的母亲，老人冷静沉着、毫无惧色地与一卡车的“铜帽子”周旋。“铜帽子”们先是屋里屋外、角角落落、天上地下地翻找了一遍，只差挖地三尺了，结果一无所获。
得到这样一个结果，大概也不出徐恩曾的“神机妙算”，徐恩曾再呆也会想得到：聪明盖世的钱壮飞难道会坐在家里等待“铜帽子”来立功。于是，“铜帽子”拿出了徐恩曾事先拟定的第二步方案，开始与老太太纠缠，追问钱壮飞的下落。他们自作聪明地欺骗老太太说：钱先生已经到了上海，找他没有别的事情，有一笔很大数目的钱财，只要他出来签个字就属于他的了。可惜钱老太太当时根本就不晓得钱壮飞已经到了上海，这个消息她还是从“铜帽子”的口中第一次听到。一卡车的“铜帽子”把手中的几招使尽，只得悻悻然地空手走人。大概他们事先得到徐恩曾的特别“关照”，不敢过分为难老太太，以免惹恼了钱壮飞，把这位正在走红的“徐科长”的秘密全部抖搂出来，岂不是因小失大，吃不了兜着走了。
徐恩曾亲自指挥的这次上海大搜捕，因为有钱壮飞的报警，从而使中共中央机关避免了一次重大损失。对于钱壮飞的这一功绩周恩来多次提到：要不是钱壮飞等同志，我们这些人都会死在国民党特务的手中。他们在对敌斗争中为保护党中央立下了丰功伟绩，使我们党少走了不少弯路，全党将永远纪念他们。不但共产党对钱壮飞的历史功绩给予高度评价，而且国民党也对钱壮飞的历史作用有刻骨铭心之痛。徐恩曾后来在用英文写的《一个特工的自述》一书中，依然懊悔不迭地埋怨自己：“一生中所犯最大的错误，就是不该重用钱壮飞。”对这一不可原谅的“历史性错误”，陈立夫也是追悔和怨恨不已：“其时双方作渗透工作，无孔不入，可均兄录用钱壮飞，实为一大疏忽。”
虽然没有能达到预期的效果，但是，这次上海大搜捕对中共地下党组织带来的严重破坏，依然是显而易见的。
首先是造成包括中共中央机关在内的党的活动的停顿，甚至可以说是一个近于瘫痪的状态。出现这样的局面，是不难想象的。由于顾顺章的叛变，地下党原先建立的一整套安全、保卫、交通等秘密运作方式，已经不能再用，而新的运作方式还难以在短期内建立。在当时的情况下，地下党组织及各级领导人不要说重新开展革命活动，就是连争取一个生存下去的空间，也受到国民党特务的极大威胁。聂荣臻说，徐恩曾“搜查了我们几乎所有的机关，只剩下一个汽车行没有被搜查，那是我们军委的一个联络点，顾顺章不知道”，“恩来、富春同志和我，在情况紧急时，都到过这个联络点得到掩护”。聂荣臻为了躲避顾顺章，搬家搬到了虹口区的提篮桥，据他自己说：“工作虽然在继续进行，但危险很大，我们这些过去与顾顺章交往很多的人，就经常待在家里，不敢上街。从那以后，组织上就已经在考虑我们这些人撤离上海的问题。”事实上，顾顺章不但指点国民党特务搜查了中共地下党的所有机关，而且还针对中共地下党的活动特点，“亲自训练特务搞了一套对付我们的办法（聂荣臻语）”。因此中共中央机关后来也不得不搬离上海。除此以外，也还有一些来不及搬迁的机关如红旗报社、保卫组办公处、北四川路接头处等等遭到了特务的破坏，党的工作受到相当程度的损失。
其次是多年来苦心建立起来的一整套卓越的情报网络遭到了严重破坏，中央特科的力量受到严重削弱。钱壮飞到达上海后，李克农也很快撤出上海无线电管理局。此间，周恩来指示中央特科又一次用暗语给远在天津的胡底发了一个电报，暗示局势严重，必须迅速离开，胡底不久也安全到达上海。这样，中共早期的情报三杰，均因顾顺章叛变而“出逃”国民党特务机关。其潜在的情报价值的损失，无可测度。此外，中共先后打入南京、上海、汉口、天津等大城市宪特机关的许多地下工作人员，均因身份暴露而不得不提前撤出，未能及时撤出的也被国民党特务逮捕，先后遭到杀害的亦不在少数，损失之惨重，不言而喻。即便是已经撤出特务机关的中共“情报三杰”，由于徐恩曾、顾顺章追索甚急，在上海也已经无法立足，不得不迅速撤往苏区。在这期间，经周恩来的精心安排，钱壮飞、李克农、胡底“三杰”分别前往江西中央革命根据地和鄂豫皖苏区。中央特科的“三骑士”聂荣臻、陈赓、李强也陆续撤离上海，李强于5月间出国赴莫斯科，陈赓于6月间赴天津（9月间又被派往鄂豫皖苏区），聂荣臻于12月间被派往湘鄂赣根据地工作，在途经中央苏区时被留下。12月初，中共情报工作的开创者与决策人周恩来也离开了上海，前往江西中央苏区。至此，中共原先以上海为中心而建立起来的情报网络，开始陆续转移到以中央苏区为中心，重新进行架构。后来，钱壮飞不幸牺牲在长征路上，胡底则被张国焘残酷杀害。在剩下的中央特科领导人中，后来产生了一个元帅（聂荣臻）、一个大将（陈赓）、一个上将（李克农），李强成为中共无线电事业的重要创始人。
另外，以恽代英为代表的一批中国共产党的优秀党员被顾顺章指认，很快遭到国民党当局的残酷杀害。据蔡孟坚回忆，恽代英是顾顺章在27日和蔡一起去蒋介石官邸的途中，向蔡孟坚供认的。顾当时对蔡说：“共产党制度，高级中委每年须参加基层活动，恽代英是共产党高干，他在参加浦东基层组织，化名王作霖，化装工人发传单，为警察捕获，供称为不识字赤色群众，故发交你们的苏州反省院感化。我化了几千元运通费，已准这几日内移送南京总部军法处宣判释放，你可查明已否开释，恽是共产党重要人才。”结果，恽代英当日就被徐恩曾派顾建中、李熙元、王思诚等特务头目，拿着刊有恽代英照片的黄埔四期同学录（恽曾任黄埔军校政治部主任教官，教过四期学生），到狱中将恽代英指认出来。两日后（4月29日），恽代英惨遭枪杀。死时，恽代英谈笑自若，长歌就义。徐恩曾闻状，为之惊愕，以后每每提到这件事，他总是深怀恐惧地说：“共产党的可怕就在于此。”当时，因顾顺章叛变而被捕的中共党员不在少数，英国著名记者迪克·威尔逊在他撰写的《周恩来传》（中共中央党校出版社1989年版）一书中，称顾顺章“供出了有关共产党领导人和组织的情报，其结果是800多共产党人遭逮捕”。事实上，仅中央特科行动科的地下工作人员就有不少被杀害，亦有几个跟着顾顺章当了叛徒。
徐恩曾对这次上海大搜捕行动，可以说是倾注了全力。为了能不断扩大突击搜捕的效果，徐恩曾几乎三日三夜没有睡觉，完全到了废寝忘食的境地。其时，徐恩曾的母亲及发妻、女儿均住在上海高昌庙江边路109号。从28日开始，徐恩曾连续数天在上海与南京间奔来奔去，忙得脚底生风，熬红了眼，始终没有顾得上回家一次。他利用“顾案”奋力一搏，果然取得了意想不到的好处，蒋介石听了陈立夫与徐恩曾关于破坏上海中共中央机关及指认恽代英等中共高干情况的汇报，甚为嘉许。不日蒋又亲自召见徐恩曾，对他这次利用“顾案”而取得的反共成就当面称许，并对他说：有共无我，有我无共，必须放手大干。只求确有实效，一切不成问题。从此，徐恩曾不但正式确立了在国民党特务机关中的领导地位及在CC集团中的权要地位，而且也正式确立了在蒋介石的心目中作为一个“优秀”特务头子的形象。与此同时，党务调查科作为反共特务组织的权威地位，也第一次在蒋介石的脑子里及国民党内得到了确认。徐恩曾与党务调查科都开始进入了新的发展阶段。