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14世纪的最后30多年，阿富汗和中亚其他地区又迎来了另一位强大的征服者，信奉伊斯兰教的突厥人帖木儿。“帖木儿”这个姓氏是蒙古语的变体，意为“铁”。帖木儿出身突厥人的家族，他的父亲是突厥世系的乌孜别克族巴尔拉斯部落贵族，母亲是布哈拉人。帖木儿的祖先曾做过蒙古四大汗国之一察合台汗国的大臣，到帖木儿这一代时，身为察合台汗国的地方诸侯，势力已然不小。帖木儿后来娶了西察合台汗国大汗的女儿，所以自称成吉思汗的后代，中国的《明史》中称他为“驸马帖木儿”。所以，帖木儿的梦想是恢复蒙古帝国的光荣，再度统一分裂的四大汗国，重现成吉思汗的霸业。
彼时察合台汗国正陷入分裂，汗国分为东西两部分，围绕汗位展开你死我活的争夺。西部的蒙古巴鲁剌思部占据河中地区，东部的蒙古杜格拉特部以今天中国新疆的阿克苏为中心，相互攻伐。帖木儿正是巴鲁剌思部贵族的代表之一，这个乱世为他的登场提供了舞台，他早年即因参与河中地区的混战而崭露头角。1347年，杜格拉特部首领在阿克苏拥立察合台后裔秃黑鲁帖木儿为东部的可汗，实际上开创了东察合台汗国的王朝统治。1354年，秃黑鲁帖木儿率部众16万人皈依伊斯兰教，这一举动对今天中国新疆地区伊斯兰化的最后完成产生了决定性的影响。秃黑鲁帖木儿年轻有为，决心重新一统察合台汗国。1360年和1361年，他的军队两度开进河中，击败各路诸侯；羽翼未丰的帖木儿只得归降，被任命为家乡的统治者，后又以顾问的身份协助秃黑鲁帖木儿的儿子管理河中。
秃黑鲁帖木儿实现了察合台汗国的统一，但为时甚短。帖木儿不愿屈居人下，很快弃职逃跑，开始了一段流浪和冒险生涯。他和自己的妻兄侯赛因合兵一处，四处漂泊。1362年，帖木儿在阿富汗南部漂泊时，接到锡斯坦当地统治者的求助，遂帮助镇压锡斯坦当地叛乱。帖木儿一口气将叛乱者盘踞的七座城堡攻下了三座，强悍的战斗力令统治者和叛乱者双方都感到恐惧——如果坐视帖木儿镇压叛乱成功，锡斯坦将成为他的天下。于是，双方联合起来，进攻帖木儿。帖木儿赢得了这场混战的胜利，却也在战斗中右手失去两根手指，右腿更中箭致残，从此终生跛行，因此他又得了一个“跛子帖木儿”（或“瘸子帖木儿”）的绰号。
帖木儿聚集力量，从阿富汗向河中地区发动反击。他连战连胜，赶走东察合台汗国的大军，又扫除其他竞争者，成为河中独一无二的主人。1370年4月，帖木儿按照蒙古人的习俗，在中亚名城撒马尔罕举行忽里台大会，确立了自己的统治。他统治的国家名为西察合台汗国，实为帖木儿帝国。帖木儿不是成吉思汗的后裔，他必须遵守只有黄金家族成员才能称汗的蒙古理念。帖木儿派人寻访到两位窝阔台汗国大汗海都的后人作为傀儡，本人只是自称“埃米尔”和“苏丹”。帖木儿先后娶了两位察合台汗国皇族的公主为妻，他十分满足于“古尔干”（来源于蒙古语的波斯语，意即“女婿”）的名号。如后世史家所言，帖木儿“因此联系上高门大族，他十分引以为豪地把这场联姻铭刻在他位于撒马尔罕城内的坟墓上”。
史家们特意指出，帖木儿“不是蒙古人，而只是突厥人”。他的帝国“文化是突厥-波斯的，法制是突厥-成吉思汗的，政教纪律是蒙古-阿拉伯的。”为了恢复蒙古帝国的统一与版图，重现成吉思汗的荣光，帖木儿一生东征西讨，四十余年从无败绩。如史家所言，“他的征服是一次连一次的，但没有在地理上的顺序，其进军是根据敌人压迫的偶然性”。“帖木儿的战争‘总是在重新开始’。事实上，他不停止地把它重新开始。这些战争表现出不连贯的特点，给人以散乱的，甚至无头绪的印象。”四十年间，帖木儿7次攻打东察合台汗国，4次用兵花剌子模故地，四度兵锋西指，征服伊利汗国，而后北上进攻金帐汗国，南侵印度，西征小亚细亚，终于建立起一个仅次于蒙古帝国的庞大帖木儿帝国。鼎盛时期，帖木儿帝国的疆域以中亚的乌兹别克斯坦为核心，从今天的格鲁吉亚一直延伸到印度，囊括中亚、西亚和南亚的各一部分，领土扩张到波斯、小亚细亚、外高加索、伏尔加河流域、西伯利亚、中国的天山地区、花剌子模和印度北部。阿富汗也在帖木儿帝国的统治之下，帖木儿特意将都城从撒马尔罕迁到赫拉特。
1370年，帖木儿进攻巴尔赫，这是他侵入阿富汗的开始，当时的直接目的，是追击与自己反目的患难妻兄侯赛因。侯赛因出兵抵挡帖木儿惨败，被迫在巴尔赫投降，被帖木儿处死。这一年，帖木儿自号“沙希布·吉兰”，意即“吉星相会之主”。帖木儿的军队相继攻取阿富汗各地，于1381年将赫拉特团团包围。由于久攻不下，帖木儿转而诱降，允诺不害民，不毁经；赫拉特居民相信了帖木儿，开城投降。但帖木儿一进城即索取巨额赔款，迁走数百名贵族和毛拉，连赫拉特的铁城门也被拆走。帖木儿下令拆毁赫拉特的城墙，禁止重新修建。1383年，赫拉特居民发动起义，被帖木儿之子米兰沙镇压。帖木儿军队继续残酷征剿古尔山区的库尔特王朝，同时对坎大哈、喀布尔等地大肆烧杀，城市的保卫者尸骨成山。1389年，库尔特王朝最终灭亡。帖木儿军队所到之处，即为帝国直接占有；军队未到之处，也宣布为帝国的属地。蒙古人入侵后部分恢复起来的阿富汗，又遭到帖木儿这个新征服者的破坏。
帖木儿无久居之地，他保持着游牧军事贵族的习俗，在马背上度过了一生。凡敢于抵抗他的军队，不论城镇乡村，均被化为废墟。帖木儿的武士们会用战败者的颅骨堆起高高耸立的尖塔，做成盛放美酒的酒杯。征服波斯时，由于横征暴敛，伊斯法罕爆发起义，杀死了帖木儿的税吏；帖木儿随即下令大屠杀，将成千上万死者的颅骨筑起尖塔。攻克萨布扎法尔时，他更用活的俘虏、石块和泥土垒成尖塔。在设拉子城外，帖木儿遭到穆扎法尔王朝猛将满速儿王子的猛攻。满速儿率数千重装骑兵发起冲锋，两度击中帖木儿的头盔。满速儿最后被帖木儿的儿子沙鲁哈杀死，沙鲁哈将满速儿的头颅扔在自己父亲脚下，高声道：“愿您所有敌人的头颅，都像这个骄傲的满速儿的头颅一样，放在您的脚跟前！”穆扎法尔王朝的诸王子，除了两个在从前的宫廷倾轧中被自己的亲人弄瞎眼睛之外，余者都被帖木儿处死。正如史学家吉本所说：“帖木儿就这样灭绝了这刚毅勇猛的民族中所有的男子，声称这是他对一个敌人的英勇深表敬意。”
远征印度，则是帖木儿内心积蓄已久的复仇之战。当年察合台汗国的东、北、西三面都是其他蒙古汗国，要扩张领土只能南下印度。从13世纪下半叶开始，察合台汗国军队连年进攻旁遮普，屡遭惨败。数千名被俘的蒙古士兵，连同他们的指挥官——察合台的王子们被缚送到大象的巨足下被踏死。史家有言：“蒙古人对印度，对它的气候和对这里的大象，留下了痛苦的记忆。”百年之后，帖木儿与他的将军们商讨有关入侵印度的问题，后者鉴于事关重大，且与印度相距遥远，一致反对这个计划。谁知帖木儿居然从《古兰经》中找到了真主的启示：“先知啊！同那些异教徒和不信教者作战吧！”帖木儿吟诵了这句诗后，各种反对意见都鸦雀无声。
1398年，帖木儿继承察合台诸汗的传统南侵印度，而当年的对手德里苏丹国已不复先前的强盛。帖木儿渡过印度河，一路势如破竹，在朱木拿河畔击溃印度军队。帖木儿下令四周挖掘深沟，将大批水牛拴在一起，系在钉有铁钩的三叉桩子上，组成障碍物。然后，曾令察合台王子们丧胆的印度战象在火攻下逃散了，人们形容“那些庞然大物的战象就如黄牛一般被赶走”。帖木儿的军队开进了德里，跟着便是大屠杀和洗劫。史家记载：“有些士兵得到了一百五十名奴隶、男人、妇女和儿童，便把这些人带出城去；而一些娃娃兵每人也分到二十个奴隶。其他掳获品，诸如宝石、珍珠、红宝石、钻石、纺织品、带子、金银器皿、钱币、盘子以及种种古玩珍奇，真是不计其数。”帖木儿胜利进军一直推进到恒河，最后重新渡过印度河，经阿富汗北返，身后留下一片饥荒和混乱。
1399年，帖木儿再次出征格鲁吉亚，一路攻入小亚细亚。西瓦思（即今土耳其锡瓦斯）进行了顽强的抵抗，最后投降时，帖木儿下令将四千名阿尔明尼亚（即今亚美尼亚）士兵活埋，据说他还“让他的骑兵在妇女和儿童身上踩踏”。帖木儿此次出兵的直接目的是驱赶自己的宿敌、札剌亦儿王朝君主艾哈迈德，埃及的马木路克王朝却为艾哈迈德提供避难。1400年，帖木儿率大军横扫叙利亚，年底在大马士革城外击溃埃及军队；1401年初，帖木儿饱掠之后退出了大马士革。
这时，堪与帖木儿匹敌的对手终于出现，奥斯曼土耳其帝国苏丹巴耶塞特一世从小亚细亚迷漫的硝烟中现身。他是塞尔维亚和保加利亚的征服者，1396年9月25日，他在尼科波利斯（今保加利亚北部洛维奇大区的尼科波尔）附近一举击欧洲各国十字军骑士组成的联军，获得了“耶利迪里姆”（Yildirim），意即“闪电”的称号。他统治的奥斯曼帝国向东推进，吞并了安纳托利亚的一系列小邦，丢失了领地的酋长们纷纷去投靠帖木儿，招请这位同是突厥人的帖木儿大帝来干涉小亚细亚局势。自负的巴耶塞特一世有勇力挑战帖木儿的尊严，他收留了帖木儿的敌人——土库曼黑羊王朝的国王卡拉·优素福。帖木儿写信要求巴耶塞特一世交出艾哈迈德，这种违反穆斯林传统的行为遭到断然拒绝。巴耶塞特一世回信开头即骂道“让那头名叫帖木儿的贪狗知道”，这彻底激怒了帖木儿，两强之间的一场恶战不可避免。
1402年7月20日，帖木儿与巴耶塞特一世在安卡拉东北的奇布卡巴德爆发会战。双方参战兵力达100万人，帖木儿大军约60万人，人数占优势，还配有32头印度战象。早晨6时，双方列阵完毕。帖木儿大军有14万名轻重骑兵；重骑兵是主力，人马皆披铠甲，配备弓、战斧、长矛、弯刀；轻骑兵人马都没有甲胄，携带2——3张弓、3个巨大的箭袋和1把短弯刀。帖木儿把主力摆在两翼，布置了预备队。按照奥斯曼土耳其军队的习惯，巴耶塞特一世把军队分成三个部分，即左、中、右三个军团。
会战开始，奥斯曼军队左翼的塞尔维亚骑兵身披重铠，猛攻甲胄薄弱的帖木儿军队右翼。巴耶塞特一世怕中了帖木儿惯用的诱敌之计，命令塞尔维亚骑兵撤回。帖木儿军队随后反扑，攻入奥斯曼军队阵地。奥斯曼军队右翼是来自小亚细亚诸国的军队，看到自己的主人都在帖木儿麾下，纷纷倒戈投敌，帖木儿军队掌握了战场主动权。战至下午，情况愈发紧张，巴耶塞特一世的儿子苏莱曼·查拉比放弃阵地逃之夭夭。左翼人数越战越少的塞尔维亚骑兵率先被兵力源源不断的帖木儿军队击溃，塞尔维亚的斯提芬公爵率余部撤出战斗。其时天气酷热，奥斯曼军队的饮水补给线被断，饥渴难耐，大势已去。巴耶塞特一世身边只剩下1万名杰尼萨里禁卫军，他们仍顽强抵抗直至黄昏。66岁的跛子帖木儿亲自投入战斗，率领骑兵发动了最后的冲锋。夕阳西下时，战事结束，杰尼萨里禁卫军死伤殆尽，巴耶塞特一世突围时坐骑中箭，落马被俘，只有斯提芬公爵率塞尔维亚骑兵余部突出重围。巴耶塞特一世被押至帖木儿的大帐，忍受战败的耻辱；他被囚禁起来，因自尊心受到致命打击而引发精神错乱，于第二年死去。
帖木儿继续向西掠取奥斯曼帝国的土地。1402年底，帖木儿攻占由圣约翰医院骑士团固守的士麦拿。守城的欧洲骑士全部被剑砍死，他们的首级被装上停泊在港口中的两艘欧洲船舶，抛入爱琴海。在当时的欧洲人看来，帖木儿的胜利“不但延缓了拜占庭帝国的灭亡，而且也暂时解除了奥斯曼帝国对欧洲的威胁。因此，欧洲人甚为欢迎帖木儿的胜利”。帖木儿的武功赫赫令欧洲人震惊，一如英国诗人克里斯托弗·马尔洛在《帖木儿大帝》中所写的那样：“从察合台汗国到帖木儿帝国，我们将你引进那威严的军帐营，你就会听到这位斯基泰人帖木儿，以惊人的言词恫吓全世界，用他的征服之剑去惩罚那些王国……”
1404年夏天，帖木儿回到撒马尔罕，在那里为他的孙子们举办婚礼，大开庆功酒宴，庆祝自己那至高无上的胜利。他还抽空视察了自己原先下令修建的许多建筑物和花园。两年前，失去耐心的帖木儿派人刺死了多年来忠实充当傀儡的海都曾孙，从此“放弃使用傀儡大汗，以掩饰他们实现权力的惯例”。帖木儿一生的梦想是建立一个中央集权的军事大国，完全控制丝绸之路，打通从中国到阿富汗、波斯直至欧洲的商道，并封锁里海和波罗的海沿岸的商道。心怀恢复成吉思汗荣光的野心，帖木儿将下一个目标瞄准了东方富庶的中国。
帖木儿对彼时中国明朝的情况颇有了解。早在1387年他便第一次遣使向明朝纳贡，此后常常派使者来华，通商贸易，刺探情报。1404年11月，帖木儿率20万装备精良的大军从撒马尔罕出发，向锡尔河进发。那年的冬天异常寒冷，大军在锡尔河遭遇大雪，河面开始结冰。帖木儿在河岸上驻扎了足足50天，等河冰冻结实。帖木儿的前锋部队于1405年新年翻越天山，1月6日推进至伊犁河。当日地球、土星、水星连珠，巫师占曰不利兵主，帖木儿心情大坏；但他还是渡过锡尔河，并命令前锋加紧进军，务必在3月初拿下蒙古斯坦，自己则暂时留在讹打刺。帖木儿的前锋部队于2月下旬推进至别失八里（今新疆吉木萨尔县北破城子），此处离大明帝国西部边界重镇哈密卫只剩400公里。
冰天雪地和占卜凶兆没有阻止帖木儿的行动，不可预知的疾病却侵袭了他。中世纪的穆斯林生活并不像后来那样充满禁忌，含酒精的饮料是允许喝的，葡萄酒更是常见。据说，自从到达讹打刺，帖木儿一直痛饮，不仅喝葡萄酒，他还喝阿拉克烧酒——中东和远东地区的一种烈性酒，通常从发酵的棕榈汁、大米或糖蜜中提取。2月11日当晚，阿拉克烧酒突然将帖木儿的体温烧了起来，而且越烧越高。亚欧非三大洲最优秀的医生围绕在他的身边，但全都束手无策。2月18日，帖木儿在病榻上长眠不起。据说，帖木儿生前最后一句话是：“不要向敌人示弱！拿紧你们的……剑！”东征中国计划，随着帖木儿的死一道烟消云散。
帖木儿留下的是一份庞大却难以坐享的遗产，如后世史家所言：“他是游牧民中的野蛮派，他从北印度到叙利亚建立了一个荒凉的帝国。他在建筑上的奇癖是用头盖骨堆成金字塔。他去世时，没有留下任何足以表征他权势的东西，只留下一个恐怖的名声和一片荒废而凄凉的国土以及波斯的一小块贫瘠的领土。”令人惊奇的是，帖木儿并非一个只知征服与杀戮的武夫；他虽目不识丁，却能与第一流的伊斯兰学者讨论宗教教义、历史和应用科学，而且嗜好下棋；他不仅擅长统兵作战，而且熟悉外交，非常老练地同远邦近邻谈判。他统治的时期，正是阿富汗发生深刻变革的时期；一些以军事为职业的阿富汗部族开始出现，阿富汗人开始从游牧逐渐走向农耕定居，还有一些部族从战乱的阿富汗南迁到北印度甚至恒河流域建立政权。
帖木儿死后，他的后人为权力混战不休。他的第四个儿子沙鲁哈获得胜利，登上王位，定都赫拉特。沙鲁哈和他的长子乌鲁格以及后来的几代继承人，被誉为中亚阿富汗和波斯历史上最有文化修养的统治者。沙鲁哈是艺术家、诗人和学者的保护者，他倾注全力建设赫拉特，让赫拉特又一次成为中亚历史上的文化中心。而且，赫拉特作为丝绸之路的重要贸易城市，在阿富汗境内占有头等地位。帖木儿王朝从赫拉特向中国、印度甚至莫斯科公国派出使臣，其他国家的使臣和商人也来到这里。东方的奢侈品、丝绸、瓷器和细呢料，阿富汗的红宝石、黄玉、绿松石和天青石，都集中在这里。赫拉特周围有星罗棋布的小镇和居民点，一个小镇的集市上就设有1200个摊位。后世的巴布尔曾说：“全世界都没有像赫拉特这样的城市。”
到沙鲁哈的儿子这一代，如史家所言：“（乌鲁格）不仅和学者交谈——而且自己也从事科学研究，特别是天文学，在伊斯兰历史上很少有这样的例子：汗本人就是学者。”1420年，乌鲁格在撒马尔罕建造了一座当时世界上最先进的天文台，亲自率领一批学者观测了1019颗星辰，根据所得的丰富资料在1447年编制了《新古尔干天文表》。这是16世纪以前水平最高的天文表，为世界天文学界所使用；人们称他为“天文学家国王”。同时，在文学、诗歌、美术、音乐、史学、医学、建筑等方面，帖木儿王朝群星璀璨、成就斐然，以至于西方史学界毫不吝啬地把“帖木儿帝国的文艺复兴”这样崇高的赞美赠给他们。
15世纪中期以后，帖木儿帝国每况愈下，内有鱼死网破的王朝斗争，外有土库曼黑羊王朝、白羊王朝和乌兹别克汗国的步步进逼。帖木儿的曾孙阿布-赛义德在撒马尔罕继承王位，曾一度满怀信心要中兴帖木儿帝国，但只成功合并了阿富汗境内一些帖木儿王子割据的领地。1469年，阿布-赛义德在阿拉斯河附近被土库曼白羊王朝军队击败，阿布-赛义德被俘后遭处死，帖木儿帝国从此失去对波斯的统治。史家叹息，阿布-赛义德“是帖木儿后裔中企图恢复从喀什到外高加索的帖木儿帝国的最后一人。他的失败多是因为族人的不断叛乱而非外来敌人的入侵，他的失败也是帖木儿事业的失败。”趁帖木儿帝国诸王不断内讧之际，乌兹别克汗国首领昔班尼率军南下，于1500年夏攻占布哈拉。
争夺撒马尔罕时，帖木儿的六世孙——封地在中亚费尔干纳的王子扎希尔丁·巴布尔起兵相抗。1501年，昔班尼在萨里普尔和阿克西两次战役中打败了年青的巴布尔，将他逐出中亚。昔班尼占领撒马尔罕，将那里定为乌兹别克汗国新的首都。乌兹别克军队紧接着击败了呼罗珊等地的帖木儿诸王，于1507年5月下旬攻陷赫拉特，辉煌的帖木儿帝国至此宣告灭亡。
巴布尔才是阿富汗历史新的开创者。他无处立足，只好率军南下阿富汗，于1504年10月占据喀布尔，取得了一块根据地。印度的古老谚语说：“唯有成为喀布尔的君主的人，才能成为印度斯坦的皇帝。”征服喀布尔后，巴布尔写道：“喀布尔这个地方，位于世界上人口稠密的区域，四面为高山环绕。入冬，所有的道路被封闭，长达五个月之久，仅有一条道路例外。异教徒的强盗出自山中隘道，充斥了这条道路。这个地方遍地都是石头，外人难于进来。”喀布尔地区有限的资源无法供养一支大军，他于1507年又占领坎大哈。至于阿富汗人，巴布尔观察后这样说道：“当在战争中陷入穷境时，他们用牙齿咬着草来到他们的敌人面前，好像在说，‘我就是你的牛。’”
不久，昔班尼进攻喀布尔，巴布尔被迫向南亚撤退；幸好昔班尼因本土发生叛乱而撤回撒马尔罕，巴布尔才得以返回喀布尔称王。1510年12月，昔班尼南下波斯的呼罗珊一带，准备配合兴起于亚洲西部地区奥斯曼帝国苏丹塞利姆一世，东西夹击新兴的波斯萨法维王朝，却兵败阵亡。昔班尼的头骨被波斯人制成镶金酒杯，他的头皮被塞满麦秸送往土耳其以示炫耀。
巴布尔趁机向波斯人赠送礼物，要求与萨法维王朝结盟，借以恢复在中亚的势力。波斯人同意了他的要求，巴布尔十分感激。借助波斯军队的援助，巴布尔于1511年10月收复了撒马尔罕和布哈拉。史家形容，开始时双方胜负不分，后来乌兹别克人抵挡不住，开始撤退。在巴布尔的命令下，“步兵冲下山来，一面大声喊叫：哈！哈！发出一片震耳的轰响。”最后巴布尔的军队发动冲锋，夜以继日地追击乌兹别克人。乌兹别克人被逐出布哈拉，撒马尔罕的驻军闻风而逃。巴布尔进入撒马尔罕城时，“那种壮观和华丽，真是空前绝后。天使们高声喊道：‘和平进来了！’而人民则感慨地说道：‘感谢真主，宇宙之主。’”
可惜，巴布尔不久就被反攻的乌兹别克人打败。巴布尔的敌人高兴地形容：“乌兹别克人的步兵开始从各个角落发出他们的箭支，因而不久伊斯兰之爪扭断了那些异教徒和不信教者的手，而宣布胜利属于真正的信仰。”巴别尔时年三十岁，承认这是自己最后一次失败。他“已把失望的脚，踏进沮丧的马镫上”，再度退往喀布尔。巴布尔成了一个流浪者，此后三年的生活正如他在自传里所说：“像在棋盘上一样，在格子之间移来移去。”收复故土的梦想破灭了，巴别尔把注意力转向南方，开始计划在印度进行新的冒险。
动荡不定的战争生涯，锻炼了巴布尔的军事才能，使他特别富于冒险精神。巴布尔在同波斯军队并肩作战时学会了使用火器，又在同乌兹别克人的作战中学会了运用侧翼进攻的战术。他组建了一支受过高度训练的骑兵，他本人就是一个出色的射手。这些条件让他在后来征服北印度的战争中处于有利地位。在中亚地区的不断失败，使巴布尔放弃收复故土的梦想，转而准备征服南亚。1516——1519年，巴布尔整编军队、生产火器，伺机进攻印度。
当时的印度，德里苏丹国的政权已经崩溃，北印度处在南迁的阿富汗人建立的洛迪王朝统治下。年轻的洛迪王朝第三代君主伊卜拉欣性情暴虐，杀戮廷臣殆尽，引起国内强烈愤恨，统治摇摇欲坠。1519年，巴布尔发动第一次征服印度的战争，翌年又远征旁遮普。这位雄心壮志的国王决定南下征服从阿富汗南部直到旁遮普和印度全境的广大土地。关于这次出征，巴布尔写道：“我以为我看到了一个新世界。花草不同、树木不同，野兽是另外一种类型，鸟类则有不同的羽毛，游牧部落的风俗习惯也属于另一种类型。我感到非常惊奇，的确有不少值得令人惊讶之处。”
原旁遮普总督莱特·汗因不满伊卜拉欣残暴和不断剥夺自己的权力而归顺巴布尔，巴布尔遂以帖木儿继承人的名义占领旁遮普。1524年，巴布尔通过开伯尔山口，横渡杰卢姆河和杰纳布河，进入拉合尔。在莱特·汗等人的合作下，巴布尔继续向德里方向推进；后因莱特·汗倒戈，巴布尔战败，不得不退回喀布尔。巴布尔的征服并不顺利，但他写道：“在远征近伐和开拓疆土的雄心的鼓舞下，我绝不因一两次挫败就无所作为，懒闲地瞻前顾后。”
1525年11月，巴布尔率领一支1.2万人的军队，再次攻入印度西北部的旁遮普地区，大败莱特·汗。1526年初，巴布尔继续向德里进军。他说：“我把我的脚踏进决心的马镫里，手中拿着新任真主的缰绳，出兵进攻易卜拉欣……他在战场上的兵力据说是10万人，并有将近1000头战象。”事实上，年轻的洛迪王朝君主伊卜拉欣亲率大军4万人，从德里出发迎战。1526年4月21日，两军在德里北帕尼帕特遭遇，发生了著名的第一次帕尼帕特战役。
巴布尔的兵力比洛迪君主少，眼见部下面露惧色，他对部下们说，对面那个孩子的进攻挤成一团，退却不讲章法，凭这点就不可以同乌兹别克人和波斯人的军队相提并论。帕尼帕特一带地势平坦，适于使用骑兵和运用侧翼进攻战术。战斗开始时，密集的洛迪王朝大军向巴布尔进攻，结果为巴布尔的火器提供了极好的射击目标。巴布尔事先早已建立了坚固的中央阵地，用牛皮束带将炮车拴在一起，借炮车加强了防线，又在每两门炮之间修筑了胸墙，以掩护使用火枪的步兵。巴布尔的火器将洛迪王朝的军队牵制在了一道漫长的防线上。然后，他命骑兵迂回到敌军侧翼，出其不意地发动攻击。
受过训练的骑兵与火器的有效配合，使巴布尔获得了辉煌的胜利。洛迪王朝大军遗尸1.5万多具，伊卜拉欣战死。巴布尔写道：“鉴于我虔信必然得到安拉的佑护，全能的安拉没有让我过去所经受的那些艰难困苦白白被浪费掉，而是让我击败了我最可怕的敌人，使我成为印度斯坦这个高贵国家的征服者。”帕尼帕特之战是一个转折点，为巴布尔征服整个北印度奠定了基础。德里和阿格拉随即被占领。1526年4月27日，大清真寺的礼拜仪式上，巴布尔自行宣布为“印度斯坦皇帝”，以德里作为他的新首都。德里苏丹国在印度320年的统治结束了，莫卧儿帝国
从此建立。
攻陷德里后，巴布尔仍要对付两个方面的敌人，即占据恒河平原的阿富汗人和南方的拉吉普特人。巴布尔一面派儿子胡马雍进攻东方，将势力扩张到比哈尔境内；一面亲率大军同美华尔（今印度拉贾斯坦境内）的拉吉普特人作战。拉吉普特人是天生的武士，信奉印度教，骁勇善战，富于牺牲精神，远比没落的洛迪王朝军队强大。其首领拉那·桑伽自称是太阳的后裔，一生身经百战，负伤70余处，是公认的英雄。他得知巴布尔留在印度建立帝国，立即同阿富汗人结成联盟，组织了一支8万人的军队开赴阿格拉。1527年3月，巴布尔同拉吉普特同盟在阿格拉以西的坎努进行决战。战前，巴布尔发表了著名演说。他砸碎金杯，对自己的部下道：
谁来到生命的宴席上，他就必须在席终以前，从死亡之杯里饮一口。凡是到达千古不朽的旅店的人，必然有一天不可避免地要离开忧伤之家——这个世界。宁为荣誉而死，不愿含辱而生！全能的安拉一直对我们是慈祥的，现在我们置身于这样的危机中，假使我们在战场上阵亡，我们也是无愧为英烈殉道而死；假若我们能幸存，我们将作为安拉的事业的复仇者，胜利地站起来！
巴布尔最后道：“拥有荣誉，即使我死了，我也感到满足。我的身体既然属于死神，那么请让荣誉属于我。”这次演说使巴布尔的军队又一次团结起来，士兵们纷纷按着《古兰经》发誓：“从此绝不会想临阵脱逃。”经过10小时的激烈战斗，拉吉普特人抵挡不住莫卧儿帝国大军的猛烈炮火，饮恨败北。1528年，巴布尔以重大的代价夺取拉吉普特人堡垒钱德里，尽杀守军。
同年，胡马雍在奥德为阿富汗人击败，巴布尔由钱德里前往奥德支援他。1529年，巴布尔取道阿拉哈巴德、贝拿勒斯（今瓦拉纳西）、加齐帕尔，向东方进军，占领了整个比哈尔。1529年5月6日，巴布尔的军队在炮火掩护下，强渡阿格拉河，再次运用侧击战术消灭了盘踞在孟加拉的阿富汗人，赢得了第三次也是他最后一次重大的胜利。巴布尔接着又回军西进，歼灭了据有拉合尔的阿富汗部族叛乱。到此时为止，巴布尔已经征服整个印度斯坦，完全建立起庞大的帝国。
巴布尔晚年还试图越过温德亚山，进一步征服南印度和西印度，但未能如愿。1530年12月26日，巴布尔患疟疾卒于德里，其子胡马雍继承莫卧儿帝国皇帝之位。遵照巴布尔生前愿望，他葬于阿富汗喀布尔郊外一个自己亲手培植的花园里。纪念他的颂词写道：“这位王子具有各种德行以及无数良好品质，尤其是勇敢与人道超乎其他一切之上……他精通音乐以及其他艺术。事实上，他家族中没有一个人能像他那样多才多艺。他的种族中也没有任何人完成过那样惊人的伟业，或者经历过他那些奇特的冒险事迹。”
莫卧儿帝国雄踞北印度，阿富汗是巴布尔起家的根本之地。之后波斯的萨法维王朝从西方攻来，在阿富汗同莫卧儿帝国展开了最激烈的角逐。16——18世纪，阿富汗处于莫卧儿帝国和萨法维王朝的占领与争夺之中，停滞、衰落和黑暗是经常用来形容这个时期阿富汗的词汇。这期间阿富汗爆发了提出新宗教教义的“罗尼沙特运动”，以及哈塔克部族首领胡什哈尔汗·哈塔克领导的起义，莫卧儿帝国在阿富汗的统治不断动摇。
多少个世纪兵火不息的历史，让阿富汗成为一个混血的国家，波斯人、蒙古人、阿拉伯人都在这片土地上留下了自己的血脉。不同民族的语言单词至今仍在阿富汗的文化中留下了强烈的印记。经过多年的战争与民族融合，阿富汗形成了几大民族——普什图人、塔吉克人、乌兹别克人以及哈扎拉人。当然，与所有原始聚落依靠血脉联系的族群一样，不同的民族那时候还只是一个历史称谓，每一个民族内部都有极为复杂的部族；这在一定程度上也影响了后来阿富汗的历史进程，那时候阿富汗还没有国家的概念。