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古尔王朝灭亡后，花剌子模不甘于仅雄踞中亚，而是想成为伊斯兰世界的领袖。阿德丁结束了与西辽的臣属关系，与阿拉伯帝国哈里发反目，出兵向西征讨巴格达。一路上天寒地冻，加之山民部落不时袭扰，阿德丁的大军饱受损失，苦不堪言，只得撤回。他浑然不知，阿富汗古代历史上最恐怖的噩梦即将来临。马太·巴黎在《大编年史》中这样形容道：“这一年，可憎的撒旦民族即鞑靼人不计其数的军队，从他们被群山包围的老家冲了出来，穿通坚硬岩洞，像魔鬼一般破门而出。他们渴望和吮饮着鲜血，撕碎、吞食狗肉和人肉，他们披着牛皮，穿着铁铠甲，他们坚强如钢，举世无敌。”在遥远的东方，蒙古人要来了。
阿德丁率军经内沙布尔回到布哈拉，在这里遇到了成吉思汗派来的三位使臣。统一蒙古各部的成吉思汗原本对这个西方大国知之甚少。通过与往来蒙古的花剌子模商人交谈，成吉思汗意识到，花剌子模可以成为蒙古在丝绸之路上重要的贸易伙伴。于是，他派去使臣，表达了蒙古欲与花剌子模和平相处的愿望。使臣向阿德丁献上了银锭、麝香、玉器和蒙古特产白毛毡袍，呈上了成吉思汗给阿德丁的书信。成吉思汗在信中说：“我知道您实力强大，国土辽阔。您统治着大地上一个无边无际的国度，我深深希望能与您建立良好的关系。我爱您，就像爱我的儿子一样。您想必知道，我已经征服了中国，让北方的突厥诸民族臣服于我。我们的战士多如地上的蚂蚁，财富如银矿一般用之不竭，实在无须觊觎别人的国土。我所希望的，就是两个国家的臣民能够相互通商，这对两国都有好处。”
阿德丁在自己的宫殿里接见蒙古使臣。读过成吉思汗的书信，他表示，接受成吉思汗的提议，同意两国建立友好的关系，保证臣民通商贸易的安全。双方为此缔写了书面和约。当晚，阿德丁单独召见蒙古使臣马赫迈德，赐他一副名贵的宝石手镯，问他：“成吉思汗自称征服了桃花石（古代中亚对中国北方的称呼），这是不是真的？”马赫迈德原为花剌子模人，所以才被成吉思汗任命为使臣。他耐心地对阿德丁说：“如此重大的事情，怎么会是虚构？”阿德丁总算暂时安下心来。
1218年，三位花剌子模商人到蒙古做生意。由于运来的丝绸标价太高，成吉思汗发怒了。成吉思汗道：“你们以为我们蒙古人没见过这类丝绸吗？”他下令将蒙古人拥有的华丽丝绸都展示给这三位花剌子模商人，让他们看到服气为止。花剌子模商人不敢再开价，便将货物无偿献给成吉思汗。成吉思汗心满意足，反而以比商人开出的更高的价买下了这些丝绸，还盛情款待他们，让他们住新白毛毡袍搭建的蒙古包。随后，成吉思汗要蒙古诸王和贵族都拿出一份自己的财产，各派一两个可信的仆人，组成商队跟随这三个商人回花剌子模，扬言要把花剌子模的宝贝全买回来。成吉思汗又给阿德丁送去一封信：“你们国家的商人已经到了我们国家，现在我把他们送了回来。具体情况他们会向你汇报的。同时，我们也派了一队商旅随他们到你们国家采购珍宝。从今以后，随着我们关系和友谊的发展，那仇怨的脓疮可以挤除，骚乱反侧的毒计可以清除。”
成吉思汗派出的商队多达450人，全部是穆斯林。他们有500头骆驼，携带大批金银珠宝与货物前往花剌子模通商。进入花剌子模境内后，讹答剌城（西方人称“奥特拉尔”）的总督海儿汗见财起意，诬指蒙古商队为间谍，上报国王阿德丁，将蒙古商人与使节杀死，侵吞了货物与骆驼。只有一个拉骆驼的蒙古商人，由于当天到城外山民中做贸易，没有回城，躲过一劫。这个商人逃回蒙古，报告了商队被害经过。成吉思汗非常愤怒，冲出宫帐，飞马奔向附近的山顶，不饮不食，祈祷三天三夜，立誓复仇。后世史家如此记载：
他（成吉思汗）再也不能忍耐和平静了。他愤怒地独自登上山头，将腰带搭在脖子上，光着头，将脸贴到地上。他祈祷、哭泣了三天三夜，对主说道：“伟大的主啊！大食人和突厥人的创造者啊！我不是挑起这次战乱的肇祸者！请佑助我，赐我以复仇的力量吧！”然后，他感到了吉祥的征兆，便精神抖擞、愉快地从那里走了下来，坚定地决定将作战所需的一切事情部署起来。
为集全力攻打金朝，避免经丝绸之路的贸易中断，成吉思汗决定先争取和平解决。他派出使臣，致书阿德丁，责其背信弃义，要求交出凶手。阿德丁拒绝了成吉思汗，他处死蒙古正使，剃光了两位副使的胡须，将他们押送出境。于是，成吉思汗将攻打金国的事全部托付给大将木华黎，亲自谋划征讨花剌子模。蒙古集结重兵，全力征伐花剌子模，成为让西方人闻风丧胆的“蒙古人西征”之始。1219年6月，成吉思汗率15万名蒙古大军来到了新疆阿勒泰地区额尔齐斯河上游，出征誓师。成吉思汗的契丹大臣耶律楚材记载下出征仪式的场面：“车帐如云，将士如雨，牛马被野，兵甲辉天，远望烟火，连营万里。”
波斯诗人曾如此赞美蒙古人的勇悍与力量：“他们都是神射手，发矢能击中太空之鹰，黑夜抛矛能抛出海底之鱼，他们视战斗之日为新婚之夜，把枪刺看成是美丽女子的亲吻。”剽悍的蒙古人兵分三路，向花剌子模展开攻伐。成吉思汗派二儿子察合台和三儿子窝阔台率一路，围困讹答剌；大儿子术赤率一路，进攻锡尔河下游诸城市；自己和小儿子拖雷取中路，渡锡尔河，直逼花剌子模的中心城市布哈拉。血战5个月，讹答剌等边界城市第一批被攻克，紧接着是布哈拉、撒马尔罕等名城。海儿汗被活捉，成吉思汗为了给被杀的商队和使臣报仇，下令将融化的银液灌进他的眼睛和耳朵里。
花剌子模王国拥兵40万人，但国家架构尚未成型，使得战斗力大打折扣。阿德丁出师迎敌，结果大军短时间内被蒙古人消灭殆尽。他无法再组织起大规模战役，只能调头逃跑，下令各城自行据守，全力抗敌。成吉思汗指示大将哲别、速不台率军追击阿德丁，命令他们要像猎犬一样咬住自己的猎物不放，即使猎物躲入山林海岛，也要像疾风闪电般追上去。1221年，蒙古大军攻占花剌子模国都玉龙杰赤（西方人称“乌尔根赤”）。蒙古人围城6个月之久，据说破城后7天屠杀了城内的120万人。蒙古人甚至将阿姆河引向玉龙杰赤城址，使其改道流入旧河道，让河水再一次泄入里海，彻底毁灭了这座城市。
阿德丁吓破了胆，总是不停问身边的大臣：“我们能有什么办法让这场灾难过去呢？”他不顾王子扎兰丁的劝阻，从撒马尔罕逃入阿富汗的巴尔赫，准备一旦闻警就越过兴都库什山逃往更远的加兹尼；不久，他又改变主意，前往内沙布尔。听说蒙古大军逼近该城，阿德丁惶恐万状，再度逃跑。他逃到加兹尼，在此集结了3万大军。蒙古军队一路血洗花剌子模的消息传来，阿德丁震惊地喊道：“难道安拉不爱护它的孩子了吗？为什么蒙古人在你的土地上会所向无敌？”新集结起来的军队士气马上跌到谷底，兵将纷纷逃跑。阿德丁最后躲到里海的一个小岛上，亲族全部落入蒙古人之手。阿德丁垂泪哭道：“待我复兴之日，定要遵照正义之礼，报仇雪恨。”但他得了肋膜炎，最终死于心脏病。弥留之际，他将几个儿子叫到身边，说：“非扎兰丁不足以光复故国。”他亲自给扎兰丁戴上佩刀，将花剌子模王位传给他；又命诸子发誓，保证对扎兰丁永远忠诚。阿德丁的葬礼寒酸至极，诸位王子只用衬衫裹了他的尸体便匆匆掩埋掉。
在蒙古兵的血腥屠戮下，花剌子模人残存无几。蒙古大军所到之处被劫掠一空，村庄和城市成为废墟，农田水利灌溉系统被破坏殆尽，肥沃的绿洲成了沙海，敢于反抗的居民被尽数屠戮，只有少数工匠被留为己用。毁灭玉龙杰赤后，蒙古大军继续西进，阿富汗遭到同样的命运。第一个遭受劫难的是巴尔赫。巴尔赫派出代表迎接蒙古大军，宣誓忠诚，还奉献了贵重的贡物，但成吉思汗认为在蒙古军队后方留下人口众多的城市对己不利，于是，他下令“调查户口”，将巴尔赫的居民统统赶到旷野，按百人和千人分为一群又一群，不分男女老幼，尽数屠杀。蒙古人纵火焚烧了巴尔赫的园林，摧毁了这座城市的壁垒、城墙、宅邸和宫殿。后来，成吉思汗从白沙瓦回师巴尔赫，发现这里还有许多难民。这些难民都是上次躲起来，藏在洞穴、墙角和地窖中，没有参加“调查户口”从而侥幸保住性命的。成吉思汗下令将这些人全部屠戮，推倒所有余下的城垣，再次扫清巴尔赫的文明痕迹。
紧接着是梅尔夫（蒙古人称之为“马鲁”）。梅尔夫是呼罗珊的一座绿洲城市，商业发达，贸易兴旺，盛产细棉，以蚕丝业闻名于世。这里文化同样兴盛，世人家喻户晓的故事集《一千零一夜》便是从这里诞生的。开战后，梅尔夫城内守军两次突围都以失败告终。不得已，梅尔夫守军投降。拖雷命令梅尔夫居民携带随身最珍贵的衣物出城。他命人在城外平野上设一金座，自己端坐于金座上。拖雷首先命令押上投降的守军，当着自己的面全部斩首。接着，他着手处理城中百姓。他命令将男人、妇女和儿童分开，史书中这样叙述道：
他们（指蒙古人）从丈夫怀中夺走多少美人儿！他们拆散多少姐妹和兄弟！多少父母因他们的清白女儿遭到蹂躏而发狂！”“蒙古人传令，除了从百姓中挑选的400名工匠及掠走为奴的部分童男童女，其余所有居民，包括妇女、儿童统统被杀掉，不管是男是女，一个不留。
史书估计，梅尔夫有七十万以上的人口被杀。史家记录下了梅尔夫的惨景：“这些既不虔敬、又不信神的人（指蒙古人）在城里飘来荡去；这个罪孽深重又执拗倔强的种族主宰着居民，以致当地那些宫殿忽然从地球上消失了，好像一行行字句从纸上被抹掉了一般。而居民的家则成了枭鹰乌鸦栖息之所；枭鹰们在那里尖声怪叫，那些厅堂风声呜咽，热风阵阵。”屠城后，拖雷效法大哥术赤对玉龙杰赤的办法，又命令掘开灌溉梅尔夫郊外农田的河堤，将梅尔夫城淹没。繁荣的梅尔夫从此一片荒凉，只剩下一些小土堆，一些釉砖堆以及残破的墙垣。
接下来轮到内沙布尔。1220年11月，成吉思汗的女婿脱忽察儿为拖雷大军先锋，渡过阿姆河后攻取纳撒（今土库曼斯坦尼萨）等地。在围攻内沙布尔的战斗中，脱忽察儿中箭身亡。蒙古军队准备了弩炮3000具、投石机300具、投射火油机700具、攻城云梯4000架和炮石2500担，密布堆集内沙布尔城外，还挖掘地道多条。内沙布尔人抵抗数日，眼见蒙古军队攻城器具繁多，兵强马壮，知道城池终究难守，遂提出纳贡请降。拖雷痛恨内沙布尔人，要为姐夫脱忽察儿报仇，拒不接受投降。他斩使毁书，彻底断绝内沙布尔人的生机。随后，蒙古大军发动总攻，很快攻破了城门。蒙古人如潮水一样涌进城去，见人就杀；城中居民退入宅院，拼死反抗。攻守双方展开血战，街巷屋舍皆成战场。脱忽察儿的遗孀，成吉思汗的女儿秃满伦，向拖雷要了1万人马，亲自冲进城里；这1万蒙古人全为复仇而来，人畜尽杀以报驸马阵亡之仇。所有一切生灵，包括牛羊猫狗在内，都遭屠灭，据说只有躲在洞中的老鼠躲过一劫。蒙古人拆毁了这座城市，在城址上播种大麦，后来内沙布尔只得异地重建。后世更留下可怕的传说——为防止有人装死逃脱，拖雷下令砍下所有尸体的头颅，按男、女、儿童垒成了三座高塔。
1221年，拖雷率军占领赫拉特，继续屠杀居民，掠走工匠。随后拖雷与成吉思汗的主力会师，攻克阿富汗东北部的塔利甘。花剌子模王子扎兰丁开始在阿富汗境内节节抵抗。扎兰丁身材矮小，躯干不及中人。他的母亲是印度人，所以面容黑黝。虽其貌不扬，扎兰丁却膂力过人，骁勇善战。从父王阿德丁手中接过王位后，他离开里海，返回花剌子模重整军队。当地的突厥将领怕扎兰丁夺取自己的兵权，竟阴谋加害；扎兰丁得报，率亲信逃出，辗转到达自己的封地——阿富汗的加兹尼。他的岳父，前梅尔夫总督阿明灭里率军前来接应，喀布尔与古尔的部族首领阿黑剌黑等人也率军加入，他很快集结起10万大军。成吉思汗正围攻巴米扬，听说扎兰丁举兵相抗，便派大将失吉忽秃忽率一支3万人的偏师前去进攻。
3万蒙古军队一路南下，在加兹尼以北的八鲁湾川（今阿富汗查里卡东北）与扎兰丁爆发大战。战斗惨烈，扎兰丁的右翼徒步作战，虽被打散，援军一到又重新集结起来。直至夜幕降临，双方仍未分胜负。第二天清晨，失吉忽秃忽使用诡计，给每匹空闲的战马扎上一个皮制假人，让阿富汗人以为蒙古援军夜间到来；阿富汗人一见之下顿时气馁，将领们纷纷建议撤退。扎兰丁表现出过人的英勇，命令所有骑兵下马，各人将马缰绳系于腰带上，沉着等待蒙古人进攻。蒙古骑兵猛冲过来，阿富汗军队张弓攒射，矢如雨集；蒙古人被迫后退，准备重新组织冲锋。失吉忽秃忽挥军第二次冲来，扎兰丁突然吹响总攻的号角。阿富汗将士一听迅疾飞身上马，向蒙古军队反扑。阿富汗人凭借数量上的优势，拉开战线，将蒙古人团团围住。失吉忽秃忽命令部下视其军旗所向，冲突敌阵。但蒙古军队见快要被围遂陷入溃散，各自策马奔逃。战场上，溪涧冲沟纷错，蒙古骑兵奔至沟边，来不及收缰，马匹纷纷颠落。扎兰丁的骑兵稳骑马上，挥刀大肆劈杀。此战，阿富汗大获全胜，蒙古损失惨重，据说3万大军只逃出百余人。这是蒙古人西征以来的第一个大败仗。
进攻扎兰丁失手，成吉思汗在巴米扬城下也遭受重创。攻守双方用弓矢弩炮对射，一支弩箭从城中射出来，正中察合台之子、成吉思汗的爱孙。成吉思汗见爱孙战死，命令蒙古军队不惜代价，全力攻城。蒙古人破城后，用屠城的方式进行报复。成吉思汗下令：“一物不取，一人不赦，让整座城市为我的爱孙陪葬。即使至于子孙之子孙，也不得使该地有生灵存在。”蒙古人将这里的一切生灵全部毁灭，从人类到牲口，甚至植物都斩尽杀绝。成吉思汗不许留下俘虏，哪怕孕妇腹中的胎儿也不得饶过，今后再不许活的生物居住在这个地方。巴米扬由此化为一片残垣断壁，被称为“废墟之城”。浩劫过后，成吉思汗给巴米扬取名“卵危八里”，波斯语即“歹城”。这里毫无生气，据说连动物也不敢接近，荒废了整整一个世纪。
成吉思汗亲率蒙古大军主力全速前进，杀向加兹尼。两天的急行军中，蒙古大军马不停蹄，军不及炊。来到八鲁湾战场时，成吉思汗命令失吉忽秃忽解说当初两军对阵的情形；失吉忽秃忽只好如实汇报当初厮杀的情况。成吉思汗听完，责备失吉忽秃忽指挥失当，不善于选择作战的有利地形。尽管他对失吉忽秃忽充满友爱，但仍严肃指出，失吉忽秃忽应对这次失败负责。另一边，扎兰丁麾下的部将们却因战利品分配不均而闹起不和。欢宴酒酣之际，阿明灭里和阿黑剌黑为争夺一匹蒙古骏马爆发争吵，阿明灭里用鞭子打了阿黑剌黑的头；扎兰丁偏袒自己的岳父，没有下令处罚阿明灭里。盛怒之下，阿黑剌黑带4万兵马连夜撤走。军队分裂，力量削弱，扎兰丁不敢迎战蒙古大军，只得主动放弃加兹尼，退向印度河流域。
十五天后，成吉思汗轻取加兹尼，将扎兰丁一路追到印度河畔。蒙古大军以印度河为依托，左右两翼包抄在河畔扎营的扎兰丁。蒙古人切断了扎兰丁的前后道路，将他围在核心。后人形容，蒙古人围成几重圈子，状若一把弓，把印度河作为弓弦。成吉思汗下令，手下兵将全力争先，务求活捉扎兰丁。扎兰丁兵马不足4万，派阿明灭里带领1万兵马为右翼，另派1万兵马担当左翼，自己率余下的1万多人为中军。扎兰丁如箭一样冲向迎面而来的蒙古骑兵，身后1万多人高声叫喊，杀向前去，双方立刻混战在一起。
扎兰丁在决战时奋不顾身，从右翼急攻到左翼，又从左翼进攻蒙古军队的中央；他一次又一次进攻，蒙古军队也步步紧逼。后来右翼崩溃，阿明灭里战死，扎兰丁活动的地盘越来越小，战场越来越窄，但他依然像雄狮一样战斗。彼时的诗人形容：“他催马所至之处，鲜血掺和着尘土。”由于成吉思汗下令生擒，蒙古兵将对扎兰丁投鼠忌器。他每经一番血战退下来，便换一匹新马，跨马再度与蒙古人大战，然后再从突击中飞驰而回。
最终，扎兰丁力竭，军队损失殆尽，身边只剩700多人。眼看一切努力都落空了，他将家人一个一个抛进了印度河。另有说法，扎兰丁将妻子儿女集中到一起，对他们宣布：“我已无力保护你们，与其让你们被蒙古人凌辱而死，不如死在我面前。”说罢，扎兰丁让亲人们喝下自己准备的毒酒。他最后一次看着亲人，说道：“愿你们来世不要再生在帝王之家。”说罢，他令士兵把亲人们的尸体投进印度河。然后，他扔掉身上的甲胄，从两丈高的崖上纵马跳进河中。
扎兰丁以盾牌掩护后背，手执军旗，竟然泅渡过了印度河。成吉思汗见状，惊讶到用手捂嘴，为之叹服。蒙古兵将要跟着追入印度河，成吉思汗阻止了他们。扎兰丁的一部分残兵也跟着跳下水，向印度河对岸游去；另一部分残兵则留在此岸，没有下河。成吉思汗命令向跳下河的残兵放箭，将这些士兵射杀于水中，顺便命令将留在此岸的这部分阿富汗残兵也全部杀死。成吉思汗一再对儿子们说：“为父者应该有这样的儿子！因逃脱水和火的双重漩涡，他将是无数伟绩和无穷风波的创造者。一个俊杰焉能不重视他？”他要求儿子们将扎兰丁作为英勇无畏的榜样学习，希望自己的儿子们有这样的才能。
此战，扎兰丁的军队全军覆没，妻儿家人无一幸免。战前扎兰丁下令将自己全部金银财宝投入印度河，战后蒙古人特意在河中寻觅打捞了很久。由于加兹尼是主动开城投降的，成吉思汗并未屠城。现在，他特意派窝阔台返回阿富汗，将全部加兹尼居民赶到城外，只留下工匠，其他人全部屠灭，顺带摧毁加兹尼城。成吉思汗本欲继续进兵，奈何气候不适，粮草不济，军中疾病蔓延，他只得率军返回了阿富汗。
为彻底消灭扎兰丁，成吉思汗又派出一路偏师渡过印度河继续追击，一度包围木尔坦。蒙古大军从印度河畔造木筏，木筏上满载弩石，沿河而下直至木尔坦。蒙古人的投石机开动起来，木尔坦城池大部被毁，城市即将投降。但炎热的气候不允许蒙古人多停留片刻，蒙古大军只能在烧杀抢掠之后匆匆班师。1224年，成吉思汗率蒙古大军离开阿富汗东归，继续南下进攻契丹和西夏。蒙古人退走，扎兰丁再度活跃起来；他在印度北部招兵买马，不断击败附近印度土邦的统治者，势力复振。扎兰丁的弟弟盖亚思·乌德丁在波斯西部的花剌子模故地，即呼罗珊和伊拉克——波斯边境一带称王，邀请他前去。扎兰丁遂率军西行，进入伊拉克境内。
扎兰丁派使者前往巴格达，向阿拉伯帝国哈里发借兵。他的使者替主人向哈里发转述道：“我们赶到这里来的目的，是希望在哈里发的庇荫下避难，因为强大的敌人已经取得了胜利；他们统治着伊斯兰教的国家和安拉的奴隶们，无论哪一支军队都抵挡不了他们。如果我的请求获得垂青，能得到哈里发的帮助，获得他的支援，我将担负起抵抗侵略者的责任。”但哈里发与扎兰丁的父亲阿德丁早有宿怨，曾被阿德丁率军讨伐，所以拒绝了扎兰丁的要求。哈里发还派出2万人准备将扎兰丁逐出伊拉克。结果，扎兰丁亲率500名骑兵为诱饵，将2万人的阿拉伯帝国大军引入陷阱，尽数击溃。
扎兰丁挟此胜之威，向自己的弟弟盖亚思·乌德丁发动突然袭击，抢过王位，重新成为花剌子模国王。有故国情节的花剌子模人纷纷支持扎兰丁，有位诗人写诗赞颂扎兰丁：“啊，生活莅临了；一切又变得那样欣欣向荣，那么迷人；这一切，全是伟大的君主，伟大的扎兰丁国王的恩赐。”呼罗珊许多城市随即响应，反抗蒙古人；一时间，阿姆河以西尽为扎兰丁所有。大批蒙古军队仍在花剌子模东部，扎兰丁深知实力无法与蒙古人抗衡，不敢进攻阿富汗，于是将进攻矛头转向北边的阿塞拜疆和格鲁吉亚。扎兰丁连战连胜，疆土向北方不断扩大，却渐渐引起伊斯兰教诸国的不满，陷入孤立。
成吉思汗逝世，窝阔台继承蒙古大汗之位。窝阔台不会让灭亡的花剌子模东山再起，遂于1228年派出3万大军渡过阿姆河，从波斯西部进军阿塞拜疆，进攻扎兰丁。扎兰丁清楚，以目前的兵力难以对抗蒙古人。他更清楚，投降绝无活路，只能拼死相抗。扎兰丁对大臣们说：“这是落到我们身上的一场巨祸，倘若我们甘愿忍让和退缩，生存是不可能的。不管怎么样，最好是抵抗和坚持，若安拉保佑我们，我和你们都能获救！”扎兰丁从阿塞拜疆向伊拉克境内移动，整顿兵马，与蒙古军队正面相抗。他将军队分为左中右三翼，左翼交给自己的弟弟盖亚思·乌德丁，亲自统率中军；谁知开战后，盖亚思·乌德丁竟率左翼兵马逃跑，扎兰丁全军被蒙古人包围。扎兰丁奋勇冲杀，但在蒙古大军的进攻面前，手下军队仓皇溃逃。扎兰丁全军覆没，自己单骑突围，逃进一处山谷，侥幸生还。
蒙古人退走后，扎兰丁的实力又膨胀起来。他严肃军纪，提拔上次战役中奋勇杀敌的士兵，命令表现懦弱的将军穿上女人衣服去游街。事实上，扎兰丁的军队以残酷著称，据说与蒙古军不相上下。他们常把铁钉钉进俘虏的耳朵，以此取乐。扎兰丁无力与蒙古人再度抗衡，决心继续向格鲁吉亚和亚美尼亚等地开疆拓土。各小邦联合起来，共同抵抗扎兰丁。由于刚刚遭受蒙古人的打击，实力尚未恢复，扎兰丁的宰相进言：“对方人数很多，不妨先观望一下。”扎兰丁愤怒地抄起笔盒砸到宰相头上：“他们是一群羊，难道狮子还埋怨羊群多吗？”结果扎拉丁一路西征，一直攻入叙利亚境内。除被蒙古军队占领的波斯东部、阿富汗和中亚之外，近东其他地区都在扎兰丁的兵锋之下。
蒙古人无论如何也要摧毁扎兰丁，窝阔台大汗派侄子拔都完全消除扎兰丁这个威胁。听说蒙古人又来了，扎兰丁向所有邻邦发出求援信。他在信中写道：“蒙古人人多势大，像蚂蚁和蛇一样，什么城池都抵抗不了他们。如果我被解决了，你们根本就无法对抗他们，我就像你们的亚历山大城墙一样。你们一定要来帮助我，让我们同心一意的消息传给蒙古人，这样我们的士气就会上升，蒙古人的士气就会下降。要是你们不出兵帮助我，你们将自作自受。”尽管如此，没有人出兵帮助扎兰丁。无奈之下，扎兰丁仓皇出逃。
逃跑途中的一天晚上，扎兰丁居住的宫殿屋顶突然陷落，差点砸中他。扎兰丁清楚这是不祥之兆，更加心灰意冷。由于对未来失去信心，扎兰丁从一个雄心勃勃的君主变成一个沉湎于酒色的人。也许他知道逃不过蒙古人的手掌心，剩下的日子里只能纵情声色。蒙古人穷追不舍，扎兰丁每逃到一个地方，蒙古人都会立刻追来。扎兰丁像他的父亲一样，一路狂奔，逃入土耳其边境的深山。1231年8月，一代雄主扎兰丁被一个库尔德山民不明不白地杀死在土耳其边境的迪亚别克尔山中。
其实没有人亲眼见到扎兰丁的死。这个库尔德山民穿着扎兰丁的衣服，带着扎兰丁的剑，在大街上招摇过市；扎兰丁的一个手下认出了这些东西，报告了官府。官府进行审讯，知道了事情的经过。他们命令这个库尔德山民带路去找杀死扎兰丁的地方，果然发现了一具认不清面目的尸体，随即草草挖坑埋葬。
作为蒙古人入侵时代，阿富汗最具传奇色彩的英雄，后世对扎兰丁的下落猜测纷纷。有人说，他是被自己的将领所杀；也有人说，他是被追击的蒙古军队所杀；更有人说，这身衣服是扎兰丁的，穿这身衣服的其实是扎兰丁的随从，至于扎兰丁本人，还在各处流浪。因为没有扎兰丁的确切消息，花剌子模故地后来又冒出很多自称扎兰丁的人。比如扎兰丁死后数年，有人传说扎兰丁未死，曾在数地见过扎兰丁本人；伊斯皮达尔有个人自称扎兰丁，蒙古驻军将领证实这是个冒充者，将之处死。扎兰丁死后22年，有一个旅行者，一身印度僧侣的装扮，孤身一人要乘船渡过阿姆河。这个印度僧侣告诉摆渡的船夫：“我就是世人以为在山中被库尔德人所杀的花剌子模国王扎兰丁，当年被杀者实际上是我的马夫，我流落四方多年，此事尚不为世人所知。”摆渡的船夫将他诱至附近蒙古驻军将领处，把他出卖给了蒙古人。经过严刑拷问，这个印度僧侣至死不改变自己即是扎兰丁的说法。
蒙古人的入侵给阿富汗带来了深重的灾难。从赫拉特和巴尔赫，一直到坎大哈、加兹尼、锡斯坦和喀布尔，到处荒无人烟，文明开始萎缩，文化遭到毁灭。阿富汗人的反抗一直未曾平息，其中规模最大的是1226年赫拉特暴动。当时该城听说蒙古军队被东山再起的扎兰丁打败，立即全城暴动，杀死了蒙古人派驻的官员，消灭了蒙古驻军。赫拉特加固城墙，守城达半年之久。1227年，蒙古军队破城，将赫拉特城内外150万人屠杀殆尽，幸存者仅40人；蒙古军队一连数周四处搜寻，杀死每一个外逃的居民，将全部余粮付之一炬。蒙古军队退走后，幸存者们在清真寺中相会，史家哀叹：“居民中能逃生者还不到千分之一。”从此，这座城市的居民人数始终未能达到蒙古人入侵前的十分之一。幸存者们在废墟上生活了近十年，直到1236年根据窝阔台大汗的命令开始重新移民定居，蒙古人的屠杀，给阿富汗、波斯乃至整个中亚留下了恐怖而麻木的回忆。蒙古人第一次西征不仅毁灭了一个中亚大国，更让西方人见识到何谓彻底而全面的恐怖。史书有这样的描述：“一个遍地富庶的世界变得荒芜，土地成为一片不毛之地，活人多已死亡，他们的皮骨化为黄土；俊杰被贱视，身罹毁灭之灾。”“历史上从来也没有发生那么可怕的事，哪怕是接近这样的灾难也没有。”“哪怕到了世界末日人类也不可能看到其他类似的灾难，不会的。”“即使是对抗救世主的恶人，也不过是消灭那些反对他的人，还会饶恕跟随他的人。然而，这些（蒙古）人对任何人都没有一点怜恤，他们残酷地杀害了妇女、男人和儿童，甚至切开孕妇的肚子，把里面没有出生的婴儿杀死。”
破城之后，蒙古人往往将城中居民全数驱赶到野外，按数量分配给每一名士兵，全部屠杀。有一名老妇人哀求道：“不要杀我，只要你们饶了我的命，我给你们一颗又圆又大的珍珠。”蒙古士兵们住了手，向她要，她说：“已经被我吞下了。”蒙古士兵立即剖开她的肚子，取出了珍珠。接着，蒙古人剖开了所有尸体的肚子，看看能不能再找到珠宝。
有一个幸免于难的人说：他躲藏在一间屋子中，透过窗户向外窥探时，看见蒙古人每杀一个人，嘴里都要喊“安拉，伊拉赫”（讽刺穆斯林的祈祷辞）。屠杀之后，蒙古人先把值钱的东西抢掠一空，然后将女人带走，扔在马背上，污辱戏弄她，嘴里仍然喊着“安拉，伊拉赫”，又笑又唱。当地人被蒙古人的凶悍所震慑，根本不敢反抗。有一个蒙古兵要杀戮一个俘虏，发现手中没有武器。他命令俘虏伏在地上，再去寻找一把剑。那个可怜人就老老实实趴在那里等死，根本不知道逃跑。
有人记载，18个当地居民在路上行走，一个蒙古兵朝他们走来。蒙古兵命令这18个人，每人把自己的手缚在背后，17个人居然都乖乖地服从了。有一个胆大的人说：蒙古人只是一个人，我们可以把他杀死后逃跑。其他17个人回答说，他们怕得厉害。他告诉同伴们，如果他们不杀了蒙古人，蒙古人就会杀了他们。其他人仍然没有一个人敢杀蒙古人。最后，还是那个胆大的人一刀把那个蒙古人杀了，其他人才得救。
此后，阿富汗一直在蒙古人的统治之下。阿富汗各地的部族首领纷纷归顺，蒙古人给归顺者封号，保留他们的统治权，同时派去蒙古达鲁花赤（意即“镇守官”）监督他们，向他们定期征税，确保他们执行蒙古大汗的命令。在被破坏的城市中，蒙古人实行了移民政策。比如仅剩下一个小村庄的喀布尔城郊，从前只有阿富汗人的部族居住，现在迁来了蒙古人和突厥人。这些移民对今天阿富汗民族的形成起到了重要作用。比如现在阿富汗国内第三大民族哈扎拉族，一般便被认为是蒙古人的后裔。
“哈扎拉”是波斯语，意为“一千”。其真实含义，便是我们熟知的蒙古“千户”，他们是蒙古人西征后留在阿富汗的驻屯军后裔。成吉思汗第一次西征时，即在阿富汗留下少量军队驻屯，后来蒙哥又以千户为单位派遣驻屯军到阿富汗。这些蒙古人的后代与阿富汗当地的波斯人、塔吉克人、突厥人通婚，融合繁衍，“哈扎拉”就成了他们的称呼，意指“千户”的后裔。根据欧洲旅行家的观察，直到十六世纪初，哈扎拉人还在使用蒙古语；之后的几百年间，他们不再使用蒙古姓名，蒙古语也被渐渐遗忘。现在哈拉扎人通用波斯语，但他们所讲的波斯语里仍夹杂不少蒙古语和突厥语词汇，与纯正的波斯语存在区别。而且，哈扎拉人保留着蒙古和中国传统的十二生肖纪年，他们居住的传统房舍与蒙古包一样，还是圆形的。从生理特征上看，哈扎拉人属于欧罗巴人种和蒙古人种的混合类型，具有蒙古人的体质特征：大脸盘，高颧骨，少胡须，斜眼角，看上去仍是鲜明的东方面孔。当然，由于长期与阿富汗当地民族通婚，这些特征已不算十分典型。
13世纪中叶，庞大的蒙古帝国分裂，四大汗国并立，名义上臣属于入主中国、建立元朝的蒙古大汗。成吉思汗之孙旭烈兀统治的伊利汗国，领土包括阿富汗、波斯、外高加索、伊拉克和小亚细亚东部等地。伊利汗国的统治下，阿富汗归属于依附蒙古的小政权库尔特王朝直接管辖。库尔特王朝以赫拉特为首都，统治古尔地方。它最早在花剌子模时期就是独立王国，后来又被成吉思汗分封了土地。由于参加过蒙古人对印度的远征，库尔特王朝被蒙古人授予了阿富汗许多城市的管理权。阿富汗的不少地方部族并不服从库尔特王朝，经过长年的征讨，库尔特王朝才得以统治加兹尼等地。其实库尔特王朝直接统治的地区只有赫拉特和古尔，其他地方都归臣服于库尔特王朝的当地部族首领统治。
13世纪末到14世纪初，伊利汗国向库尔特王朝大肆征税，蒙古征税官往往将税额提高10倍，甚至20倍。蒙古征税官来到时，阿富汗农民闻讯后常举家逃走，全村皆空。库尔特王朝具有强烈的独立倾向，拒绝朝见大汗，不肯向伊利汗国提供军队，更拒绝向伊利汗国缴纳贡品和赋税，直至杀死伊利汗国派来的征税官。伊利汗国屡次出兵进攻库尔特王朝，半个世纪中四次兵围都城赫拉特，两度破城。库尔特王朝则几度将赫拉特重建，不断恢复旧观。库尔特王朝的君主大兴土木重建清真寺，向穷人发放施舍，向托钵僧捐赠钱财，还推行伊斯兰教法，禁止酗酒和放荡行为，违者剃去胡子，戴上镣铐，勒令同奴隶一起劳动。1335年，库尔特王朝君主穆埃兹金按照古老的传统，下令在周五穆斯林主麻日的祈祷词中念诵自己的名字，不再为伊利汗国大汗祈祷，并在钱币上铸自己的名字，以示库尔特王朝的独立性。从14世纪中叶开始，伊利汗国陷入衰落，已经无力再统治阿富汗地区，只得听之任之。