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笔者在这里提出“良知系统”这个概念，来作为讨论“文化”问题的第一步。“文化”是人类独有的现象，它是人对自身的生物性的加工，并对这个生物性做出某一个程度的调整。因此，“良知系统”是相对“遗传系统”而言的。
生物界对自身的“遗传系统”加以补充，当然并不始于人类。在石炭纪出现的爬虫中，其进化已达这样的地步，使其脑内储藏的来自外界的讯息开始超过由遗传因子赋予的讯息，亦即是说：在这类生物中，体外讯息的数量首次超过了体内讯息的数量，因而使它们相对周遭的环境来说具有更大的“自由”。
当生物进化到了人的阶段后，这种经由大脑处理的体外讯息已经浓密到如此地步，以至于人工制造的环境开始取代自然的环境，成为人类活动的主要媒介，而人的生物本能也开始受到由体外讯息组成的意义、价值与象征符号的支配。这个来自体外的对人的“程序设计”，我们姑名其为“良知系统”。
“良知系统”既然是指文化对本能的加工，因此很容易与弗洛伊德精神分析学中的“超我”混为一谈。事实上，笔者的认知意向与精神分析学不尽相同，因此笔者的分析架构中的概念范畴遂具有不同的分析能力。“超我”的概念是指个人的人格组成中来自社会文化价值的压力，至于“良知系统”则是用来说明文化与文化之间的差异的，亦即是不同的文化对“人”的不同的设计。
在这里，可能又会引起混淆，那就是认为“良知系统”是宗教、哲学、意识形态这一类精神价值体系。事实上，“良知系统”与这类事物有两点不同。第一，这类精神价值体系所涵盖的范围，往往比“良知系统”来得广阔，因为它们是超文化的，例如，天主教与马克思主义都可以共同为东方人与西方人所接受。然而，同样一套精神价值体系在不同的文化中却往往呈现出不同的形态。因此，这些体系不能说明文化差异，它们在不同的文化中呈现出来的不同形态，反而需要用我们的“良知系统”概念去解释——对任何外来的精神体系来说，本土文化的“良知系统”就像一个变压器，使这些因素必须像电流一般透过其中，才能发挥效用。
第二，“良知系统”包含的范畴，又比这类体系广泛得多，任何精神价值体系，不论是土生的或从外吸收的，都只是一个广泛得多的文化的一部分。这类体系，在任何文化中，总是扮演申明文化“理想”的角色，而不是去代表生活层次的“现实”。各种宗教、哲学或意识形态体系，在理论层次上，都是说得冠冕堂皇的。如果光就教义去分析它们，那么我们就会面对一个金光灿烂的理想世界，其中没有一点儿瑕疵。然而，笔者欲处理的，却并非这种处于云端的现象，而是更为着眼于地上甚或是深入地底之物。换言之，“良知系统”是一个文化的最为基本的结构——它是一个文化的“深层结构”。
在这里，可能又会引起混淆。“良知系统”既然并不是宗教、哲学与意识形态体系的同义词，而是一个可以把这些精神或理性的价值体系做“非理性的”涂改的“深层结构”，因此，又很容易与“潜意识”这个概念混为一谈。
将我们的“深层结构”称作“文化潜意识”，亦无不可，不过，它却不是一个被压抑掉的心理层次。的确，我们的“深层结构”概念并不是指个人发展史或民族性形成史上的一个属于“史前史”的心理岩层，必须用释梦、临床治疗或比较神话学的诸种方法去做“考古发掘”，它是指即使在日常生活这个“当代史”中也可以看得到的文化行为。
我们设定：每一个文化都有它独特的一组文化行为，它们总是以一种只有该文化特有的脉络相互关联着——这个脉络关系就是这组文化行为的“结构”。这个“结构”可以在该文化中人们日常生活的表现里看到，也可以在同一群人的政治行为中找到，同时，它亦呈现在该文化的历史过程里浮现的规律性中。
这种特殊的脉络关系或“结构”，可以算是一种法则性，但是，这种法则性却不是一种“定律”关系。因为，从“定律”这样的思考范畴去解剖事物，就是从因果律与条件关系的角度去说明它，亦即是去探求：同样的“因”，在相类的一组“条件”底下，是否会产生同样的“果”？
我们则认为：在同一个文化下，每一个人所做的事情，有时是与别人相同的，有时是与别人不同的，甚至是相反的；有时，某一些行为可以在绝大多数人身上看到，而另一些行为又只出现在少数人当中；有些事情甚至是“史无前例”的。然而，只要它们都是在同一个文化下进行的，那么，在所有这些行为背后，以及它们彼此之间，是有一种“文法”上的脉络可寻的。
在这里我们提出了“文法”的概念，是因为我们将文化的“深层结构”比作语言中的文法结构。显然，在使用同一套语言的情形下，人是可以造出无数不同的句子来的。事实上，绝大部分句子都是独异的。但是，只要是在使用同一套语言，在它们万花筒式的变幻背后，文法结构却是相同的。