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影响食品安全的因素是多方面的。就农业方面而言，在农作物种植和畜禽养殖过程中不科学地大量使用农药、化肥、兽药、添加剂等，就会对农产品造成污染，影响产品质量。农产品质量安全是保障人类身体健康的基础，如果我们食用的农产品含有有毒有害的物质，就会对身体产生危害，甚至威胁到生命安全。
农作物在生长过程中会受到真菌、细菌、病毒、害虫等有害生物的为害。栽培管理不当或自然灾害可引起生理性的病害，也可加重病虫害的发生。如果有害生物得不到及时科学有效的防控，就会造成农作物大幅度减产甚至绝收，就会影响到市场供应和社会稳定等一系列重大连锁问题。植物保护不仅关系到农业生产安全、农产品质量安全、生态环境安全、而且关系到人畜健康的安全。植物保护具有为农业生产提供社会化管理和公共服务的职能，属于农业和农村公共服务事业。担负着农业行政执法、宣传教育培训、病虫草鼠害预测预报、植物疫情封锁处理、科学技术研究与推广应用、统防统治专业化队伍建设、现代植保器械的装备、农产品质量安全检测、科学及时指导农业生产者预防和综合治理有害生物，保障农作物丰产丰收，向市民提供食用安全、品质优良农产品的重任。
长期以来化学农药大量应用于农业生产中，不科学的使用方法，长期过量单一使用化学农药防治有害生物，造成自然界的天敌昆虫大量被杀伤，导致病虫害抗药性不断增强，致使农产品农药残留超标，人畜中毒事件时有发生，环境的污染、农田生态系统失去平衡的恶性循环，严重影响农产品质量安全和农业可持续发展。
2006年农业部提出了“公共植保、绿色植保”的新理念。其主要内涵是，建立在一定遗传学、生态学、生物学和哲学基础之上，坚持遵循栽培健康作物、充分保护和利用农田生态系统生物多样性、充分保护和应用有益生物来控制病虫害、科学使用农药等原则，把病虫害防控作为人与自然和谐发展的组成部分，目的是实现有效防控病虫害、降低农产品农药残留和保护农业生态环境的多重目标。“公共植保、绿色植保”的提出是人类社会发展和科学进步的产物。这就要求我们不能片面追求高产而过度依赖化学农药防治病虫害，而要从高产、优质、高效、生态、安全的整体目标出发，采用资源节约型、环境友好型综合措施，把病虫害种群密度和危害程度控制在经济、社会、生态可接受的阈值之内，把对生态环境的不利影响降低到最低限度。在确保农产品数量的同时，确保农产品质量安全，是发展现代农业目标的重要内容，也是适应生活水平提高、公众消费理念转变的客观需要。“公共植保、绿色植保”的新理念与传统的植物保护观念不同，它除了有效地控制病虫害外，更加注重农产品质量安全，更加注重保护生物多样性，更加注重保护生态环境和农业可持续发展。
农业并不像有些人想象的那样，只是简单地种养与收获。而是科技含量高，需要植物栽培、植物生理、遗传育种、土壤肥料、植物病理、农业昆虫、预测预报、农业气象、化工农药、植保器械、畜牧兽医、环境保护、法律法规等多学科作为技术支撑的“体面”工作，它关系到千家万户“菜篮子”和“米袋子”的安全。
农作物有害生物绿色防控，是指以确保农业生产、农产品质量和农业生态安全为目标，以减少化学农药使用为目的，优先采取生态控制、生物防治和物理防治等环境友好型技术措施控制农作物病虫害。
农作物有害生物绿色防控是针对不同区域、不同作物、不同有害生物，从源头预防、应用生态调控、农业防治、物理防治、生物防治、科学用药等相结合的防控技术措施。例如在蔬菜上，采用生产前清洁田园，减少病虫害基数。应用生物农药进行棚室消毒。保护地安装防虫网阻隔害虫传入。播种前进行种子消毒处理，培育健康无病虫蔬菜苗。生产过程中加强田间肥水和温湿度管理，减轻或延缓病虫害的发生；应用熊蜂或蜜蜂受粉提高坐果率，取代人工受粉或化学药剂蘸花；人工释放天敌昆虫；应用性诱剂、色板、杀虫灯诱杀害虫；推广应用现代新型植保器械防治病虫害，提高作业功效、提高农药利用率，减少农药对环境的污染；应用生物农药、植物源农药或新型安全化学农药防治病虫害。产后及时清除植株残体，并集中进行无害化处理。在玉米种植中选用抗病虫品种；秸秆粉碎还田降低虫源；应用生物农药白僵菌封玉米垛；应用性诱剂、太阳能灯诱杀害虫；人工释放天敌赤眼蜂；应用农药等防治玉米螟、黏虫、玉米大斑病、小斑病和黑粉病等病虫害。在果树上，人工释放捕食螨、赤眼蜂；应用性诱剂、糖醋盆、诱虫带、太阳能灯诱杀害虫；应用对环境友好型的生物农药或高效、低毒、低残留化学农药防治病虫害。林业上，应用人工释放天敌昆虫赤眼蜂，可有效地防治松毛虫、桃蛀螟等多种鳞翅目的害虫。
有些人认为打过农药的农产品对人体有毒有害，这种认识存在片面性。在农作物有害生物绿色防控和综合治理中，化学农药防治是其中的有效措施之一，关键在于对症下药，科学合理地使用农药，精准施药，确保施药后的安全间隔期，并做到早预防、早发现、早治疗，才能有效地控制病虫害，保障农产品质量安全。
农作物有害生物绿色防控是保护农业生态环境和农产品质量安全的重要措施。除推广应用绿色防控技术措施外，保障农产品质量安全还必须严格执行植物检疫条例和农药管理条例等国家有关的法律法规及相关政策，提高农业生产者的法制观念。加强农药市场监管力度，在农业生产中不得使用国家禁止使用的农药，对出售伪劣假冒农药的单位和个人实行经济制裁和法律法规制裁。加强农作物产地、农贸市场、超市等地的农产品农药残留检测。农药残留超标的农产品不得进入市场流通领域，对其实行农产品质量追溯责任制。
什么样的食品才能称为“安全食品”呢？以政府颁布的各项食品卫生标准《中华人民共和国食品安全法》等法规、标准，农药、重金属、硝酸盐、有害生物（包括有害微生物、寄生虫卵）等多种对人体有毒、有害物质的残留量均在限定的范围或阈值以内的农产品属于安全农产品。根据各自的生产标准不同，目前市场上见到的安全农产品分为无公害农产品、绿色食品和有机食品三大类。
无公害农产品是指产地环境、生产过程和产品质量符合国家有关标准和规范的要求，经认证合格，获得认证证书并允许使用无公害农产品标志的未经加工或者初加工的食用农产品。
具体内容包括：农药、重金属、硝酸盐、有害生物（包括有害微生物、寄生虫卵等）等多种对人体有毒有害的物质的残留量，以国家颁布的各项食品卫生标准为依据，限定在安全阈值范围以内的产品。
无公害农产品有全国统一的名称和标志，其标志图案主要由麦穗、对勾、无公害农产品字样组成。麦穗代表农产品；对钩代表合格；金色寓意成熟和丰收；绿色象征环保和安全。
绿色食品是指产自优良的生态环境、按照绿色食品标准生产、实行全程质量控制并获得绿色食品标志使用权的安全、优质食用农产品及相关产品。绿色食品分为A级和AA级（AA级绿色食品的质量标准等同于有机食品）。A级绿色食品是指生产地的环境质量符合NY391—2000《绿色食品产地环境技术条件》要求，生产过程中严格按照绿色食品生产资料使用准则和生产操作规程要求，限量使用限定的化学合成生产资料，产品质量符合绿色食品产品标准，经专门机构认定，许可使用A级绿色食品标志的产品。绿色食品包括初级农产品和加工产品。
绿色食品标志是指“绿色食品”、“GreenFood”、绿色食品标志图形及这三者不同的组合方式。其中，绿色食品标志图形由3部分组成，上方的太阳、下方的叶片和蓓蕾，标志图形整体为正圆形，意为保护、安全。
绿色食品标志的注册以食品为主。其商标专用权受法律保护，并在中国香港和日本等地注册使用，为全国统一的绿色食品名称及商标标志。
有机食品通常是指来自有机农业生产体系，按照GB/T19630—2011《有机产品》相关生产要求和标准生产、加工的，并通过独立的有机食品认证机构认证的供人类消费、动物使用的产品，包括食用（初级及加工）农产品、纺织品及动物饲料等。有机农业是一种完全不用或基本不用人工合成的化肥、农药、生长调节剂和饲料添加剂的生产体系。
有机产品标识为国家统一的名称及标志。有机产品标识图案由3部分组成，外围的圆形、中间的种子和周围的环行线条。外围的圆形形似地球，象征和谐、安全；圆形中的“中国有机产品”字样为中英文结合方式，既表示中国有机产品与世界同行，也有利于国内外消费者识别；种子的图形代表生命萌发之际的勃勃生机，象征了有机产品是从种子开始的全过程认证。