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规模化、集约化生产，一方面，畜禽的饲养规模扩大，高度密集，频繁引种，畜禽及其产品的广泛流通以及粪尿、污水、病死畜禽的不适当处理等，导致病原传播的机会增加，疫病种类增多；另一方面高密度舍内饲养，畜禽缺乏活动空间，养殖环境恶化以及饲养不完善等，导致畜禽经常处于应激状态，抵抗力大幅度下降，使疾病成为畜禽高效安全生产的“瓶颈”，成为影响养殖业持续发展和养殖场效益提高的主要因素。避免疾病，特别是疫病的发生，必须树立“防重于治”、“养防并重”的观念，采取综合控制措施。
采用“全进全出”制饲养方式；提供适宜的环境条件，如适宜的温度、湿度、光照、密度和气流。保证舍内空气清新洁净，可在进气口安装过滤装置或空气净化器，减少进入舍内空气中微粒的数量，降低微生物含量，也可在封闭舍内安装空气电净化系统来除尘、防臭和减少病原微生物。根据不同阶段畜禽营养需求提供营养全面、平衡的优质日粮，保证充足的活动空间等。通过科学饲养管理，可以减少应激反应，提高机体的抵抗力。
生物安全是指用于预防畜禽疾病和人畜共患病的病原体进入畜禽群的全部管理实践。生物安全是指包括阻断致病性的病毒、细菌、真菌、后生动物和原生动物等侵入畜禽群机体并进行增殖而采取的各项措施。由于生物安全不仅重视整个生产体系所有部分的联系及其对动物安全的影响，而且强调从实践上贯穿于生产管理始终，所以生物安全是阻断引起畜禽疾病及人畜共患病的病原体进入畜禽群体、排除疾病威胁的多种预防措施而集成的一个综合措施（生物安全措施），是减少疾病威胁的最佳手段。最重要的措施是隔离卫生、消毒和免疫接种。
隔离即是断绝来往，养殖场的隔离就是指减少动物与病畜禽或病原接触机会的措施。良好的隔离可以阻断病原进入养殖场和畜禽机体，减少畜禽感染和发病的机会。养殖场的隔离措施包括场址的选择、规划布局、卫生防疫设施的完善（如防疫墙、消毒池及消毒室）、引种的隔离观察（种畜禽的净化）、全进全出的饲养制度及饲养单一动物、进出人员和设备用具消毒、饲料和饮水卫生、杀虫灭鼠、废弃物的无害化处理以及驱虫等。
消毒是指用物理的、化学的和生物学的方法清除或杀灭外环境（各种物体、场所、饲料饮水及畜禽体表皮肤、黏膜及浅表体）中病原微生物及其他有害微生物。消毒的含义包含两点：①消毒是针对病原微生物和其他有害微生物的，并不要求清除或杀灭所有微生物；②消毒是相对的而不是绝对的，它只要求将有害微生物的数量减少到无害程度，而并不要求把所有病原微生物全部杀灭。
消毒是生物安全体系中重要的环节，也是养殖场控制疾病的一个重要措施。一方面，消毒可以减少病原进入养殖场或畜禽舍。另一方面，消毒可以杀灭已进入养殖场或畜禽舍内的病原。总的结果是减少了畜禽周边病原的数量，减少了畜禽被病原感染的机会。养殖场的消毒包括进入人员、设备、车辆消毒，养殖场环境消毒，畜禽舍消毒，水和饲料消毒以及带畜（或禽）消毒等。
免疫是预防、控制疫病的重要辅助手段，也是基本的生物安全措施。免疫接种可以提高畜禽的特异性抵抗力。应根据本地疫病流行状况、动物来源和遗传特征、养殖场防疫状况和隔离水平等在动物防疫监督机构或兽医人员的监督指导下，选择疫苗的种类和免疫程序。注意疫苗必须为正规生产厂家经有关部门批准生产的合格产品。出于防治特定的疫病需要，自行研制的本场（地）毒株疫苗，必须经过动物防疫监督机构严格检验和试验，确认安全后方可应用，并且除在本场应用外，不得出售或用于其他动物养殖场；进行确切免疫接种，并定期进行疫病检测。