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经过多年的临床研究，艾灸疗法可以治寒证、热证、虚证，并取得良好的效果。既然同样的灸法可治疗不同病症，那么，灸法必然具有适用于治疗这些不同病症的一般的作用机理。
艾灸的一般性治疗效应由两方面构成。
一是艾灸产生的特殊的“药气”所引起的效应。《名医别录》曰：“艾味苦，微温，无毒，主灸百病。”《本草从新》又指出：“艾叶苦辛……纯阳之性，能回垂绝之阳……”灸法所采用的艾叶药性偏温，为纯阳之品，加之艾火产生的热力，所以使得灸法具有独特的温煦阳气，温通气血，温经散寒之功效。艾灸时产生的“药气”由皮表和呼吸被身体吸收后，能起到抗菌、抗病毒及杀灭微生物的作用，也就是古人常说的，艾灸有直接“驱邪的效应”。此外，这种药气还具安神、醒神、通窍的效用。
二是艾灸生火热，其热刺激所引起的效应。艾灸是通过经络体表直接给予人体优良的温阳功效，这又是其他中药所不及的。艾灸生热，适量的热刺激施于适当的灸位便产生治病效应。在绝大多数情况下，实证、热证、虚证、寒证，在病体体表可以出现一些“嗜热性”。因此，在施灸过程中，患者会无一例外地感觉舒适。
为什么会产生这种舒适感呢？因为，艾灸的温热刺激，使局部皮肤充血，毛细血管扩张，增强局部血液循环与淋巴循环，缓解消除平滑肌痉挛，使局部皮肤代谢组织的代谢能力加强，促使炎症、粘连、渗出物、血肿等病理产物消散吸收；还可降低神经系统的兴奋性，发挥镇静、镇痛作用；同时温热作用还能促进药物吸收。
艾灸的治疗方式是综合的，其中包括了局部刺激、经络穴位、药物诸因素。因此，灸疗作用于人体主要表现的是一种综合作用，是各种因素相互影响、相互补充、共同发挥的整体治疗作用。
艾灸的治疗手段属于外因，外因要通过人体的反应（内因）起作用。研究人员发现，相同的灸疗对患同样疾病的不同患者，其传感不一样，疗效也不尽相同，究其原因是人体的反应性各有差异。因此在用艾灸治疗疾病时，应根据患者的具体情况进行合理选择，灵活应用。