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但是第二年，因为袁世凯的原因，蔡元培愤而出走，出国去了法国留学。在那里，他为周恩来和邓小平铺好了留学之路。
1917年，蔡元培正式出任北大校长，一改北大的官场风气和腐败习气，锐意改革，一时间北大风云人物云集，全明星梦幻阵容开启：陈独秀、李大钊、胡适、徐悲鸿、梁漱溟等人云集北大，开创了北大的新时代。
这时最年轻的是徐悲鸿，仅23岁，而胡适刘半农等人仅27岁，而且最最有意思的是：蔡元培只要看准了这个人，不惜帮其伪造学历，也要把这个人带进北大来。
比如胡适和陈独秀。
事实上在那个年头学历造假的大有人在，比如钱钟书笔下《围城》中的方鸿渐就是代表人物，声名赫赫的蒋介石就是学历造假的名人，这一点比起太祖陛下“北大水深王八多”的断言就逊色多了。
1919年，蔡元培承认自己之前学术分类，文理分科的错误，废科设系，重新布局北大的学术发展——所谓学术分类，就是蔡元培认为：学是理论，术为应用，大学应当先以文理分学，在学的基础上以商、法、化、医等方式分术为科。
但是后来他不得不承认，天下学问不分家，只能按照其脉络从一个根上成长起来开枝散叶，这就变成了分系的体制——然而这个很好的学术理念并没有被我国沿用下来。
而这时他也提出了有一个在我国名存实亡的教育理念，他认为大学的存在，不仅是一个教育独立且能自由学习的地方，还应该是一个能够培养公民价值观、审美观、道德观、世界观的地方，并让学生具有实用主义精神。
这些好想法，蔡元培并不是第一个提出来的，但是不论谁提出来，都从来没有实现过。
同年，蔡元培认为北大被军政裹挟，再无学术自由，于是请辞，经师生极力挽留后才留下，并于1920年创办了中法大学。
这几年中，如李四光等人被他慧眼识珠，纷纷挖掘到北大任教，北大全明星阵容逐渐扩大。
对蔡元培来说，他的后半生几乎是唯才是举，爱才如命，即使是骂他的鲁迅，也一样聘用。
但北大校长的日子他并未能当太久，因为他太容易感愤时事。
在对国内军政无能为力后，他再度出走赴欧留学。
1927年，三度留学归来的蔡元培任南京政府大学院院长及司法部长，而且是坚决的“反共”者，这一点认知我就不做评价了。
而有人则认为：蔡元培只说反共，并不支持杀人——可惜政治只讲立场，而不会区分行为，蔡元培也实在是不懂政治的。
在这期间，他的第二位妻子去世，于是他又娶了一位比自己小22岁的妻子周峻。
回忆一番，好多位民国才子几乎大多都是如此的，果然那个年头的人们都是年龄不是问题的，今人为了刘强东吴奇隆而大惊小怪实在不值一哂——就算是杨振宁，人家毕加索杜月笙也不遑多让。