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“百花”运动的发展势不可挡，大大出乎党的预料之外。党曾经提出和确定了一个知识分子可以表达自己意见的框框，至少在最初时期是如此。但是，尽管党限制了范围和规定了批评的条件，它也不能充分控制所引起的反响。对官僚主义的批评超过了对个别官员的批评，而变成了对制度本身的批评。它释放了比党所预计的更多的被压抑的不满和牢骚。批评的不断扩展、独立小集团的组合以及特别是学生们反对中共当局的示威游行，使党决定停止运动，因而在6月8日发起了对它的参加者的反击，把这些人称做“右派”。政策的这种一百八十度的大转变也由于连续的经济困难所致，共产党政权把这些困难主要归因于知识分子批评的有害影响，他们的批评削弱了谋求经济发展所需要的全心全意的热情。党想把不满情绪从对政府移向对知识分子。
在1957年年中，所有共产主义国家都加紧了它们的控制，但是唯独中国的钟摆摆动得最厉害，这表明领导上把“百花”运动中的抗议看得很严重。这种反应之所以更大一些，也可能是因为毛泽东原来以为知识分子受够了充分的思想教育，看到对党那么多的批评之后，他大失所望。“反右运动”标志着毛泽东放弃了把知识分子作为经济发展关键因素的想法，他越来越关注作为下一代领袖的青年学生的革命觉悟还不够高的情况。
由于“百花”运动的批评突破了党所设置的限制，“反右运动”是仿照以前历次思想改造运动的形式进行的，但是，它搞得远为彻底，受到批判的人数也更多。横扫的矛头直指那些最敢说话的人。几个重要的靶子，即某些小集团的代表人物，被挑出来作为教唆者。他们的批评被说成是政治颠覆活动，在他们最后坦白交代以前，受到了毫不留情的谴责。首先，党指出民主党派的领袖章伯钧和罗隆基以及《光明日报》主编储安平为所谓的反党阴谋集团的领袖。和在从前的运动中一样，他们的民主党派同事们起来批判他们。尽管在反胡风的运动中有些知识分子能保持沉默，但在“反右运动”中，实际上所有知识分子都被迫参加了。有些人的参加是为了自救，或者是为了当官向上爬；有些人的参加则是因为别无选择。民主党派再一次回到了自己被动角色的本来面目。
除了像林希翎这样一些学生活动分子以外，作家刘绍棠被挑出来作为最危险的青年右派分子。王蒙的处理则比较宽大一些，至少在书面上是如此。事实上，王蒙很少被提到，可能是因为毛泽东在2月27日的讲话中曾嘲笑了对他的故事发动的攻击。为了重新加紧一度在“百花”运动中放松了的对报刊的控制，《人民文学》的编辑秦兆阳和要求刊物独立的《本报内部消息》的作者刘宾雁，成了主要的靶子。最初，这两人坚持说，他们只是为了执行党的政策。刘宾雁说他的批评者——文化界的领导人们——像“‘变色龙’，因为他们春天可以让青年反官僚主义，秋天又可以说青年反官僚是偏激情绪”。
虽然大多数参加“百花”运动的最直率的发言人都受到了攻击，但他们不是“反右运动”的主要焦点。老左翼作家，特别是丁玲和冯雪峰，再一次受到了最大的注意。他们被挑出来，极大可能是因为他们同周扬有宿怨。尽管在游行示威中和大字报上都批评了周扬，但他在反右斗争中的表现，却像一位名副其实的文化沙皇，并且终于清除了他的宿敌。除了宗派原因以外，也有证据表明丁玲仍然在年轻作家中拥有很大影响，他们之中有许多人把她视为导师。周扬在“反右运动”中的主要发言人邵荃麟描述过丁玲的作用：“被丁玲和她的一伙影响的许多青年都被引入了错误的道路。他们拒绝党的领导和监督，反对党小组的权力。”
所有在延安跟丁玲在一起的人——艾青、萧军、罗烽——都重新受到攻击。他们在延安时代的杂文被重新印发，再一次遭到批判，特别是遭到据认为受到丁玲及其同伙哄骗的那些青年的批判。
周扬的另一个敌手冯雪峰在“百花”运动中很少说话，但也被指责要跟青年记者合办一个杂志，以发表不同的意见。其实，他和几位同事计划在“百花”运动中办一个独立的杂志并不是奇怪的事，他和丁玲之所以成为攻击的焦点乃是因为他们是著名的老党员。他们被认为比非党员的和年轻的知识分子具有更大的威胁性。一篇《人民日报》的社论解释说：“党内有了右派分子，他们的党龄越长，地位越高，对我们党的危害就越大。”
他们可以利用他们的权威来曲解党的命令，制造公众舆论。丁玲及其伙伴之所以比“百花”运动中说过更多话的人更受注意，是因为他们的地位和威望可能转移对党的忠诚。
和在以往的运动中一样，那些一再大声地批判受害者的人能够升官，有时就由他们填补了受害者的职位。由于一大批知识分子曾经鸣放并被清洗，“反右运动”给一些人的晋升提供了很多机会。这种升迁的一个典型而又奇特的例子就是后来成为“四人帮”成员的年轻的文艺批评家姚文元。20世纪50年代中期，他同周扬周围的官僚阶层结成联盟，在1955年反胡风和在1957年春季赞成自由化的运动中，跟随他们的路线鹦鹉学舌了一阵。他在反右斗争中批判老左翼作家时崭露头角，其中有几个人是他的父亲姚蓬子（作家）30年代在上海的朋友。在50年代末期，他已在上海的官僚宣传机器中当上了一名重要的官员。
到了1958年，在加紧控制知识分子方面，“反右运动”已经远远超出了反胡风运动波及的全部范围。由于它与当时正在进行的“大跃进”结合在一起，于是表现出一种大张旗鼓的反知识分子的姿态。和以前历次运动相比，这一次运动是在大得多的程度上把政治信任优先地放在专业能力的考虑之上。与“百花”运动的优先次序正好相反，群众和集体的智慧与创造力受到赞扬；知识分子和个人的知识与威信则被贬抑。一方面，农民和工人有能力完成伟大的事业，因为他们是用无产阶级的态度对待一切问题的；而另一方面，知识分子注定要失败，因为他们浸染了资产阶级的个人主义、自由主义和无政府主义的价值观。甚至自然科学家也被贬斥，因为他们“重业务，轻政治，追求个人名利和个人兴趣”。
作家被认为是最危险的，因为他们的批判的观点削弱了对党的信任。周扬宣称，从此以后，文学只能赞扬，不能批评。“我们不要阴暗的负担，而是要文学给人以鼓舞。”
“反右运动”比从前的历次运动清洗了更多的人。估计有40万到70万知识分子失去职位，并下放到农村或工厂中劳动改造。一个单位应有5%的人定为右派分子。甚至在只有很少几个知识分子的单位和没有人鸣放的单位，这个指标也得完成。那些被划定了的人都要被同事们和家属们谴责，并被迫作出自我批评。运动的主要斗争靶子，例如丁玲，境遇最惨。他们被开除出党；失去了他们专业协会会员的资格；被赶出了图书馆和大学的工作岗位。由于知识分子要进行劳动改造，党的干部接替了他们的文化教育工作岗位，使党比从前更加稳固地控制了知识界。虽然“百花”运动曾经想弥缝党和知识分子之间的裂隙，但“反右运动”却更加扩大了这道鸿沟。
一般地说，人民看来是全身心地赞同对知识分子的迫害。关于知识分子的自治和持不同政见的思想，在知识界以外是很少得到理解和支持的。指责知识分子不忠于党和伤害了党，这种说法打动了大多数人民，因为他们仍然投身于党和毛泽东改造中国的事业。知识分子从整个人民中被孤立了起来，而国家因为有权力用就业问题、开展运动和劳动改造来进行恫吓，所以能很轻易地压制这些知识分子可能取得的任何支持。