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秦帝国可以很恰当地被认为是泛称为法家的思想和行政技术的最高体现。但这并不像人们通常假设的那样就可以说，法家是秦国容许的唯一的意识形态。也许像李斯这样的推行法家思想的人更愿意做到这点，而焚书无疑是朝这个方向走了一大步。可是，这个行动发生在秦王朝后期；它的范围并不全面；甚至如果是全面焚书，至少在秦始皇时期它也从来没有成功。这是因为秦始皇本人就对无疑是非法家的思想和道德价值感兴趣，或者至少在口头上加以赞扬过。
李斯取缔书籍的行动是对非法家思想的存在的一种反应，他认为这些思想会危及国家。它的直接原因是淳于越关于把帝国重新分成诸侯国的建议。这种思想与有儒家思想的文人的志趣是相投的。而且淳于越是前齐国（儒家的中心）人。从思想上说，他很可能就是一个儒生。
淳于越是国家设置的博士官之一。在秦帝国时期，共有博士70人，可能因为这数字在传统上是孔子弟子人数的整数。这项制度像其他许多制度那样并非肇始于秦，因为在秦征服之前，生活在齐、鲁、魏的几个国家的学者据记载也有这个头衔。在公元前3世纪，几个大国的君主普遍供养了一大批学者，既是为了使用，也是为了提高自己的威望；秦国丞相吕不韦也这样做过。但是最著名的这类学者集团是以齐国国都的稷下闻名的那个集团，它在齐宣王治下（公元前319—前301年）创立，此后由齐王室维持。它在许多年中吸引了大批著名的思想家来到齐国，“博士”的称号起源于这个稷下集团之内，这一假设似乎是可信的。
这个问题又被以下的事实所证实：在公元前219年，秦始皇显然就是在原来的齐国领土上第一次遇到了博士。据记载，他一到泰山，就把“齐鲁（儒家的传统据点）儒生博士”70人召集在神圣的泰山山麓议事。他的目的是要为举行“封”祭制定礼仪。但是，当这些学者难以取得一致意见时（如上所述，这无疑是因为封祭在当时是创举），于是始皇帝干脆把他们斥退，自行其是地举行仪式。
这个开端虽不顺利，但秦的博士官（其成员意味深长的也是70人）很可能是这次召见所产生的结果。博士的威望在秦帝国时期依然是很高的，这可以从公元前213年焚书时他们的藏书可以免予销毁之事中看出。虽然许多博士的观点很可能是儒家的，但从几件事中清楚地看出，他们都被指望在当时的一切重要学术领域中都有造诣。现举一事为例：公元前210年，秦始皇在梦中与一海神交战，他召了一个“占梦”的博士来解释此梦。
汉代仍保持博士官之职，这些学者继续表现出其智能上的多样性。只是从汉武帝（公元前141—前87年）时起，随着儒家日益占有支配地位，他们的知识范围才变窄了，并成了某一儒家经籍的专家。在这方面所采取的一系列措施中，最重要的一项也许是，公元前136年汉武帝任命了“五经博士”。
法家本身在秦代远不是铁板一块的学派。它的两大支派被认为可以追溯到商鞅和与他同时代的申不害：前者强调严刑峻罚、连坐和赏罚分明；后者死于公元前337年，重视操纵不具人格的官僚行政所必需的“术”。有人坚决主张，这两派之间的差别很大，不能用法家一词来称呼申不害的一派，但此说未被普遍接受。
商鞅曾任秦国丞相，申不害曾任一个小得多的邻国——韩国——的丞相。从表面看，人们可以指望商鞅对以后的秦的统治方法会起重大的影响，可是当我们考察推行的统治方法时，它几乎没有表现出两人之间被假设的那种明显的差别。例如，李斯在其前209年关于督责的有名的奏疏中，同样称颂商鞅的法和申不害的术，并没有发现两者之间的矛盾。
在陈述以上的意见时，他引了最伟大的法家理论家韩非（死于公元前233年）的话：商鞅之法，申不害之术，“皆帝王之具也”。
更重要的是，1975年出土的法律文书，和单凭阅读关于商鞅政策的传统记载所产生的印象相比，表现出一种更实用，更折中，更少片面性的行政方法。前面已经指出，虽然包括出土文书在内的法律是严厉的，但是似乎很难说它们就比同时代的普遍情况更加严厉。此外，这些法律绝不只是惩罚性的。在行政方面，它们显示出一种对计量技术的兴趣和政治观点方面的深思熟虑，时代那么早，是很了不起的。我认为，与传统判断所承认的相比，商鞅和申不害的思想和政策并不那么矛盾，而更可能的是互补不足；在秦帝国时期法家理论在日常生活中的应用，也不像人们根据史籍记载的个别事件（著名的有焚书和可能是不可信的坑儒）或后世儒家作者的责难所设想的那样教条，而是比较通情达理的。
说到儒家，它的政治思想（例如恢复周初的分封制）对法家来说当然应予强烈谴责。可是它的社会和道德价值观念在秦始皇统治期间似乎非常成功地与法家思想并存。这个事实已被出土的法律材料和秦始皇碑文中夸大的言辞所证实。前者的一个例子是公元前227年南郡郡守散发的家长式的告诫文告。它颂扬的法律是法家的，但其目的却是维护儒家主张的价值观：“古者，民各有乡俗，其所利及好恶不同……是以圣王作法度，以矫端民心……凡法律令者，以教道（导）民，去其邪避（僻）……而使之之于为善殹（也）……”
这些法律文书中的另一个例子是25个标准“案例”（《封诊式》）的第17个，它虽然是抽象地制定出来作为法律诉讼的指南，但无疑有实际情况的依据。它的标题为“告子”:“爰书：某里士五（伍）甲告曰：‘甲来子……不孝，谒杀，敢告。'”
爰书（报告）接着说，甲之子因此被拿获和受审讯，并且证明他“诚不孝”。很遗憾，它没有暗示什么行为应受不孝之名，也没有说明甲之子的最后下场。显然，其最后下场理应处死。这个例子表现出法家的严厉性，但它被用来维护根深蒂固的传统价值（在秦帝国时期是儒家的价值）。
秦始皇所立的碑文中同样充满奇妙的法家和儒家的混合思想。公元前214年的琅邪碑文在九行文字中记下了以下的感情：
端平法度。
（下略一行）
合同父子。
圣智仁义。
（下略四行）
上农除末。
在公元前218年的芝罘碑文中，秦始皇以儒家模式的圣贤统治者自居，像周王朝的创始人那样，为弱小惩治强暴邪恶：
皇帝哀众，
遂发讨师。
（下略一行）
义诛信行，
（下略两行）
烹灭强暴，
振救黔首。
公元前211年的会稽碑文中包括了大约13个世纪以后将在理学的道德中变得极为重要的一个教导：
有子而嫁，
倍死不贞。
李斯曾在公元前209年敦促秦二世“灭仁义之涂，掩驰说之口，困烈士之行，塞聪拚明”，
但不管像他那样的法家如何看待儒家，儒家思想在秦帝国时期无疑是有影响的。
在《史记》卷六中突出记述的另一种思想影响来自主张宇宙学说的五行（土、金、木、火、水）学派。这个学派主张，五行（又称德）根据一种或另一种不变的顺序固定地相承。自然的和人间的一切现象的变动是它们永恒的更替的结果。当应用到历史时，这种理论强调，每个朝代的统治者都受当时占支配地位的某个“行”的庇护。
但是，当轮到下一个“行”占支配地位时，一个新王朝的未来创建者可以通过适当的礼仪为自己取得这一“行”的支持，从而确保自己在政治上的成功。在战国时期，当周王朝（保护它的“行”据说是火）显然行将灭亡时，有些主张五行的宇宙论者公然自告奋勇，向那些希望取得下一个主宰一切的“行”——水——支持的统治者们提供秘传的技艺。
公元前221年在取得始皇帝的称号后，这个秦统治者据说立刻把注意力转向这个理论：“始皇推终始五德之传，以为周得火德，秦代周德……方今水德之始……衣服旄旌节旗。皆上黑﹝在五色中黑与水互有关系﹞。数以六﹝数中六与水互有关系﹞为纪，符、法冠皆六寸，而舆六尺。六尺为步，乘六马。更名﹝黄﹞河为德水，以为水德之始。刚毅戾深，事皆取决于法。刻削毋仁恩和义，然后合五德之数。”
最后两句的宇宙论的根据是五行学派在水和冬季之间建立的相互关系。与水有关的冬季是黑暗和死亡的季节，因此专门选作进行法律诉讼，特别是执行死刑的季节。但是，根据几个理由，整段文字的历史真实性已经受到怀疑（见附录2），尤其明显的是，最后编者的两句批判性的话（“刚毅戾深，事皆取决于法。刻削毋仁恩和义，然后合五德之数”）是把整段文字收入《史记》的真正原因。虽然这个判断很吸引人，因为它与其他可能的窜改的明显意图是一致的，但它与其他的窜改不同，面临一些特殊的困难，所以人们只能把它视作一种值得注意的可能的见解，而不能视作结论性的合理假设。
在秦始皇的思想中还特别可以找到第四个大思潮，虽然不很贴切，它可以方便地称为道家。前面据以引证法家和儒家的混合观点的那块公元前219年的琅邪碑文，还包括一行能立刻联想到早期神秘的道家思想的文字：“体道行德。”
这里出现了两个关键的字，它们已是老子的《道德经》的书名。
但是，真正吸引秦始皇的道教是巫术、萨满教、健身法和静坐术、道家哲学及全神贯注于寻求长生灵药的阴阳五行论者的思想的奇异的大杂烩。崇拜这种思想的术士相信这样一种灵药可以找到或者制造出来。服用它就能保证一个人像住在某个仙岛或仙山上的仙人那样万寿无疆。这种信仰似乎在东北沿海（原来的齐国和燕国）特别盛行，“燕齐海上之方士传其术不能通，然则怪迂阿谀荀合之徒自此兴，不可胜数也”。
公元前219年当秦始皇首幸山东海滨并在琅邪立碑时，他第一次遇到术士。其中的徐市请求准许他去海上探险，寻求三个他说是神仙居住的琼岛。秦始皇因此耗费巨资，派他带“数百名”童男童女进行一次海上探险，但徐一去不复返。传说他们在日本定居了下来。
公元前215年当秦皇第三次亲幸海滨更北上河北时，他再次派卢生带三名方士出航寻找长生的灵药。秦始皇回京后，卢生也只好从无结果的航行中返回，他奏录图书，上写：“亡秦者胡也。”
秦皇把“胡”解释为亚洲腹地化外之人的几种名称之一，于是立刻派蒙恬将军率大军30万沿北部边境攻打胡人。虽然《史记》没有讲明，但这个传说的真正要害是，“胡”也是他的少子胡亥的名字中的第一个字。下面将要谈到，正是这个青年，实际上把帝国引向灾难。出于种种原因（附录2将作解释），整个传说很可能是《史记》的另一起窜改。
公元前212年，这个卢生进一步卷入了一件很可能是伪造的最后导致坑儒的事件（又见附录2）。漏掉这个情节，意味着删去《史记》卷六中记载的对秦始皇最激烈的批评的一些内容（它发生在卢生与另一术士的一次“秘密”谈话中）。丢掉下面这件生动的逸事也会出现同样的情况：秦始皇晚上要读完规定的一石（将近30公斤）官方文件才上床睡觉；文件这么重，当然是由于它们是写在竹简或木简上的缘故。
公元前211年，据说一个大陨星坠落在原来秦国正东的一个地区。一个不知其名的人在陨星上刻了“始皇帝死而地分”几个字。
暴怒的秦始皇下令把住在坠星处附近的人全部逮捕和处死，并命令将坠星焚毁。他为此事深为不快，就命博士们为神仙及其仙境赋诗；这些诗又被乐师们谱曲歌唱。附录2将指出，这件不可能的事件很可能又是一起窜改。
最后，在公元前210年，当秦始皇再次驾临山东海滨的琅邪时，术士们担心他们会因以前的失败而受到责难，就诉说他们曾被巨鱼所阻，不能到达仙岛。他们提出带一名弓箭手与他们一起出发，以便在巨鱼出现时向它射箭。此后不久，秦始皇做梦，在海上与一人形的海神交战。一名博士圆梦时认为，始皇帝通过祈求、祭祀和专心致志，能够驱除恶神而请来善神。此后，他沿海北上，随身以一弓弩武装。在公元前218年立第四块碑的临海的芝罘山上，他见一巨鱼，就射箭把它杀死。此后不久，他突然死去。
在中华帝国的历史上，有六七位著名的君主，对同时代的和后世的作者来说，他们的事迹使其形象比实际生命更为高大，而秦始皇就是其中最早的一人。所以以他们为中心，必然会产生各种各样神奇的，或者诋毁性的传说。就秦始皇而言，这些传说首先是说他是私生子，然后就很自然地集中在他当最高统治者的最后10年。
前面已经提到，公元前215年他第一次遇见预言帝国灭亡的术士卢生；公元前212年第二次遇卢生，导致了坑儒；公元前211年他下令焚毁坠星，因为上面刻有预言他死亡的文字。《史记》卷六所载其他几件事似乎同样可疑，虽然难以确定它们是虚假的。一件这类事件与公元前219年的第二次御驾巡行有关，当时秦始皇抵达了他行程南端的某山（今长沙之北），被强烈的风暴所阻。
当归因于山神不悦时，秦始皇大怒，据说他命令3000名囚徒将此山林木砍伐一空，并将山涂以红色，即囚衣的颜色。这里可以怀疑的并不是他信仰山神，而是他将林木砍伐一空，特别是把山涂以红色的决心和能力（见附录2）。
去掉这些外表上虚构的因素，秦始皇这个历史人物看来远不是那样乖戾和残暴的，而作为一个普通的人似乎更加可信。他第一次遇见寻找灵药的术士之事几乎可以肯定有所渲染，不过渲染的程度还不可能确定。但是，在这种添枝加叶情况的背后，也许存在着事情的真情。秦始皇显然强烈地意识到他作为一个史无前例的统一的大帝国的创建者的非同寻常的作用，而这种意识一定使他强烈地感到人的生命的短暂，并且担心他自己在任何时候会突然死亡。结果很可能是他对公元前219年在海滨第一次遇到的术士所说的逸闻着迷似的发生了兴趣。
在其他方面，秦始皇也显然绝对不是一个全心全意的法家。从李斯等人那里，他无疑把法家政策作为一种政治需要而加以接受。但在法家政策中，他还掺进了奇妙的混杂在一起的其他思想，其中包括很基本的儒家观念。史料还清楚地表明，由于处于至高无上的地位，他准备奉行诸如崇拜特定的神或自然界的神灵的某些宗教仪式，他在泰山举行封祭便是一例。他的心态非常可能就是帝国时期广为流行的种种思想方法的交汇的缩影。在秦始皇统治下，秦绝不像传统所描绘的那样只是商鞅的思想和制度的严格体现。