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为了在时间上达成对日军的持久消耗，以粉碎日军速战速决的企图，劣势的中国军队就需要竭力避免单纯的正规战，或者说很需要以游击战配合正规战。以游击战辅助正规战，不但可以牵制消耗敌人，还可以掌握沦陷区以防止敌伪夺取治权。
国民政府在1937年时已经颁布《游击战教令》，训练游击干部，并派遣了一部分正规军及地方团队担任游击作战。深谙用兵奇正之道的薛岳也抽出了一部分时间和精力，从事了一个时期的游击战。
由于薛岳在淞沪大撤退时的杰出表现，他被蒋介石提升为第三战区前敌总司令，此后薛岳便指挥着第十、第十九、第二十一、第二十三等四个集团军，坚守皖南，与敌激战于广德、芜湖之间。薛岳驻节屯溪，一面收容整顿队伍，一面于苏浙皖边区开展广泛的游击战，切断日军的水陆交通，以策应李宗仁的第五战区对敌作战。
薛岳到屯溪以后，东战场方面的黄绍竑、张发奎等都走了，中央军朱绍良、顾祝同、陈诚、南京唐生智等也都前赴武汉，整个东战场当时仅有薛岳在指挥作战。薛岳率部队分三路向西撤退到皖南宣城，并在宣城游击至敌后将京沪公路切断；又收容散落军队加以改编，由两个师整合为一个师，并派出干部到江西、湖南一带补充兵源、训练部队。
此时杭州已经失陷，薛岳根据当时“于战略守势中取战术之攻势”及“以正规军防御，以游击队攻之”的战法，首先从第十九集团军中抽调出部分官兵组织游击队，以孔荷宠为游击队总指挥，建立机构，制定方针，并且向其口授作战机宜，即所谓的“两大任务”与“三大战法”。
两大任务指：打倒活的敌人，摧毁死的地物；三大战法指：绕袭、埋伏、扰乱。
第三战区利用皖南、浙西、黄山山脉、天目山山脉为游击根据地，对沪杭、京沪杭及长江主要交通线点展开游击战。统以截断敌后交通、通信、摧毁库站补给、工事要点，牵制转用兵力，破坏伪组织，以粉碎日军统治沦陷区“以华制华”的企图，使敌疲于奔命，无法获得喘息的机会。
从1938年1月开始，薛岳指挥下的各游击队经常出没于敌前敌后、敌左敌右，取得了不少战果，一时军威复振。尤其是1938年3月底，第五十九师、第六十师在广德东北流洞桥之战，毙伤敌人甚多。
此时，第三战区司令顾祝同已经回来，他看到薛岳对部队的整编补充、训练有素之情形，感到非常欣慰。
以叶挺为军长的新四军于1938年1月正式成立，军部就设在屯溪以北约二十公里处的岩寺镇。新四军处在第三战区的管辖范围内，编制上属第三战区领导，而在开展游击战方面，也要接受薛岳的领导。叶挺与薛岳是老关系，过去虽因阵营不同而闹得极不愉快，但此次并肩抗日，还是重温了一番当年共同杀敌的同袍情谊。
不过，游击战打得再好，也不符合薛岳的风格和抱负，他要向日军报一箭之仇，还应该是狠狠地咬掉日军身上一块肉，触到其痛处。所幸还有的是仗打，蒋介石也没忘了他。