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清代儒学比起宋明儒学确有进步之处，然而，从世界范围来讲，西方的近代学术开始突飞猛进，相比之下，中国学术比起西方来远远落后。
鸦片战争以后，中国面临空前的民族危机，而守旧派冥顽不化，反对革新，使危机日趋严重。有志之士奋发图强，康有为（1858—1927）倡言变法，章炳麟（1869—1936）鼓吹革命。康有为复兴今文经学，章炳麟重振古文经学，形成今古文之争的最后波澜。孙中山（1866—1925）领导的辛亥革命终于推倒了两千年的王权统治，“五四运动”更开辟了中国思想学术的新局面，儒学的正统地位一去不复返。
1840年以降，西方医学在我国得到广泛传播并有相当的发展，形成中西医并存的新局面。中医界一些追求进步的医学家努力寻求发展中医学的道路，提出中西汇通的学术主张，试图把中西医学从理论到临床、从药物到处方加以汇通。及至“五四”前后，又有中医改良和“医学革命”的思潮与学派。他们的探索在中国医学史上都有深远的影响和相当进步的意义，而从不同思潮的学术倾向、论争内容及不同学派的思想方法上，又都留下了传统儒学的深深烙印。