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朴学之称初见于班固（32—92）。《汉书·儒林传·欧阳生》曰：“宽有俊材，初见武帝，语经学。上曰：吾始以《尚书》为朴学，弗好，及闻宽说，可观。”意思是说，御史大夫倪宽才华出众，汉武帝刘彻开始认为《尚书》是朴学，不喜欢，听了倪宽的话后觉得值得一看。朴学意谓质朴之学，因汉学中古文经学派的治经注重考据训诂，讲求信而有征，切忌臆造，故称为“朴学”。明末之儒厌倦宋儒末流之空疏，便复求于古，以汉儒朴实学风反对宋儒空谈义理。朴学导源于明清之际的顾炎武（1613—1682），标榜经学即理学之新帜；继起于黄宗羲（1610—1695）开创的沉实而注重考辨的新汉学；于清代乾隆、嘉庆年间（1736—1820）进入极盛期。
清代朴学的复兴，除用以与讲求义理的宋学相对外，还因为清代文网甚密，学者动辄因一字半语而获罪，不得已便躲进故纸堆讨生活，把研究经学作为他们政治上的避风港。到乾隆、嘉庆年间，惠栋（1697—1758）、戴震（1724—1777）等学者继承汉儒古文经学的训诂方法而加以条理发明，用于古籍整理和语言文字研究。从校订儒家经书扩大到其他史籍，从解释经义扩大到考究历史、地理、天文、历法、音律和典章制度，学者们系统而精密地整理古代文献，发明出许多新的研究方法，为保存、清理传统文化遗产做出了不可泯灭的贡献。朴学的流弊在于脱离政治斗争和社会实际，有时不免失之烦琐。
有清200余年，朴学可谓极盛，一些经学家也把研究视野投放到古医籍的考证、校订、注释上。如俞樾（1821—1907）的《内经辨言》、俞正燮（1775—1840）的《持素脉篇》和胡澍（1825—1872）的《黄帝内经素问校义》，都是运用考据方法，从文字、音韵训诂入手，对《黄帝内经》经文进行分析研究。清儒对《黄帝内经》的研治，考证严谨，证据翔实，推理缜密，在很大程度上弥补了历代《黄帝内经》注家在校勘、释义上的不足，取得较大的成就。但由于非医背景的局限和研究风气上的缺陷，他们对《黄帝内经》的研究也存在着考证烦琐、究寻枝节、重复雷同、摒弃新异等不足。
中医界受朴学风气熏染，清代不少医家也纷纷起而效法，运用考据的方法对中医经典进行注释整理。如周学海（1856—1906）的《内经评文》、陆懋修（约1818—1886）的《内经难字音义》《内经音义稿》及民国初期恽铁樵（1878—1935）《群经见智录》中的有关章节，都是研治《黄帝内经》较有成就者。
清儒的治学方法和成就还超越国界，对日本江户后期医学考证学派产生较大的影响。作为当时日本医学考证学派中坚人物之一的丹波元简（1755—1810），率先将清代朴学的治学方法运用于中医古代著作的考证、训释，取得重要成果。其子丹波元胤（1789—1827）又继承这项工作，广泛搜集历代中医书籍3000余种，记载其书名、作者、卷数、存佚、序跋及考证等，编成《中国医籍考》（刊于1831年），对整理研究中医文献做出巨大贡献。