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魏晋时期，玄学盛行，儒家经典《周易》也列为“三玄”（《老子》《庄子》《周易》）之一。玄学领袖何晏（？—249）、王弼（226—249），虽然推崇老子，但仍以孔子为最大圣人，说明玄学仍属儒道之融合。
汉末至隋朝的360年间，战乱频仍，国家政权由分而合、由合而分，加上南北民族的大迁移使黎民百姓处于水深火热之中。儒家学子们也不复能亲承师说，只得求助于残简断编。于是有南北朝和隋唐的义疏之学兴起。义疏原指解经之书。其名源于六朝佛家解释佛典，后指会通古书义理加以阐释发挥，或广搜群书、补充旧注、究明源委之书。
南北朝时期，南北经学的学风不同，南学以老庄玄学解经，北学沿袭汉儒经说。到唐代，孔颖达奉唐太宗命编撰《五经正义》，折衷南北经学，唐代用其书作为科举取士的标准。五经，即儒家经典《周易》《尚书》《毛诗》《礼记》和《左传》。范文澜认为，孔颖达编《五经正义》与颜师古（581—645）校定的《五经正本》对儒学的影响，是“与汉武帝罢黜百家、独尊儒学有同样重大的意义”（《中国通史简编·第三编》）。当时佛教兴盛，道教亦受到推崇，儒、释、道并称“三教”，形成鼎足之势。在政治伦理上，儒学仍占主导地位；但在学术思想方面，儒学却是门庭冷落。韩愈（768—824）著《原道》之篇，力排佛老，为儒学复兴奠定了初步的基础。
医学的专门授受之学，自汉魏以后也逐渐亡失。故两晋、南北朝时期的医学家如皇甫谧（215—282）、陶弘景（456—536）等人，都不见明显的师承脉络。他们研究医学多从文献入手，皇甫谧于公元259年写《针灸甲乙经》是根据《灵枢》《素问》中有关经脉、腧穴、针法几部分内容和当时他所见到的《明堂孔穴针灸治要》一书，并参考《难经》等文献加以综合、条理而成。皇甫谧一生以著述为务，并非临床医生，因此该书的理论性、系统性很强，而临床经验略缺。《针灸甲乙经》刊行之后，很快得到了政府的高度重视，在唐代即与《神农本草经》和《脉经》并列被列为太医院医生学习和考试的内容之一，即“医博士一人……掌教授诸生，以《本草》《甲乙》《脉经》分而立业”（《新唐书·百官志》）。
这个时期的医学家中，搜集掇拾古代文献加以荟萃成册，并对后世医学有重大影响者，在隋代有巢元方等人的《诸病源候论》，在唐代当推孙思邈（581—682）的《备急千金要方》《千金翼方》和王焘（670—755）的《外台秘要》。《诸病源候论》全书50卷，分67门、1720论（篇），堪称古代医论之渊薮。该书是隋大业中诸太医奉敕所撰，由巢元方总其成。如果以儒家之书相譬喻，《诸病源候论》则相当于孔颖达义疏之《五经正义》。两者都是奉诏所作，皆以荟萃群说、深研精理为特点，均为科举考试的命题依据。宋代旧制，凡考试医生者以《诸病源候论》与《黄帝内经》《难经》《伤寒论》等一起为命题依据，“医学初隶太常寺，神宗时始置提举判局官及教授一人，学生三百人，设三科以教之，曰方脉科、针科、疡科。凡方脉以《素问》《难经》《脉经》为大经，以巢氏《病源》《龙树论》《千金翼方》为小经。针、疡科则去《脉经》而增三部针灸经”（《宋史·选举志·三》）。《千金》《外台》都以方论为主，前者载方论5300余首，后者计6800多首，两书多有重复。据王焘《外台秘要·自序》中说，该书主要是选集上古至唐代的多本方书而成，包括古方五六十家和新撰者（即当朝方书）近数千百卷，“上自炎昊，迄于盛唐，囊括遗缺，稽考隐秘”，颇费心力。隋唐诸儒是缀集汉儒之说而成义疏之学，孙思邈、王焘等人也是搜葺汉后医家所传而成书，《巢氏病源》《千金》《外台》乃相当于医家义疏之学。特别需要指出的是，《千金》《外台》载方都有所本，与后世根据君、臣、佐、使自制方剂者迥然不同，它们是中国医药文献宝库里基于临床实践形成的诊疗成果的珍贵材料。
中医方剂里“君、臣、佐、使”的说法用的是典官制度名称，但实际上是先秦青铜冶炼工艺传统金属配方比例概念对中医的影响，这也是一种中医文化特色。《周礼·冬官考工记》中记载了“攻金之工”的操作规范要求，通过锡与铜的不同配比可烧制出钟鼎、斧头、兵器和鉴燧等多种性能各异的器具，如“金有六齐（剂），六分其金而锡居一，谓之钟鼎之齐；五分其金而锡居一，谓之斧斤之齐；四分其金而锡居一，谓之戈戟之齐；三分其金而锡居一，谓之大刃之齐；五分其金而锡居二，谓之削杀矢之齐；金、锡半，谓之鉴燧之齐”。这种工艺配比与烧制器物关系的认知直接影响到中医方剂学的发展。