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米利都学派仅仅是开端。实际上，早期希腊宇宙生成论哲学传统的真正集大成者和最伟大的哲学家另有其人，这就是被称作爱菲斯的晦涩哲人的赫拉克利特，他的哲学盛年约在公元前500年，亦即第69届奥林匹亚赛会时。赫拉克利特是这些早期希腊哲学家中明确记载有著作传世的思想家。据说苏格拉底在读了赫拉克利特的著作后说了这样一句话：“我所理解的部分是高贵的，我想我尚未理解的部分也当如此；但这需要一位德罗斯的潜水者。”
黑格尔在他的《哲学史讲演录》中讲到赫拉克利特时这样说：“这里我们看见了陆地；没有一个赫拉克利特的命题，我没有纳入我的逻辑学中。”
这就是赫拉克利特的思想对后世产生的巨大影响。这绝不是空穴来风或者后人的附会。因为，赫拉克利特是前苏格拉底哲学家中存世残篇最多的思想家之一，我们完全不必通过后人的转述来了解他的思想，我们在对他的残篇的直接阅读中就可以发现他思想的深邃和广阔，发现从米利都学派而来的早期希腊宇宙生成论的哲学传统在他那里被发展到了最高峰。
我们说过，宇宙生成论的核心就是肯定世界在变化，并且研究世界的变化，企图把握世界变化的一般原则。而赫拉克利特的独特之处就是，他深刻地领会了宇宙生成论的这一核心精神，从而，他不仅研究世界变化的一般原则，而且还进一步自觉地将有关世界变化的一般原则本身置入发展和变化之中，在对立与统一之中来把握这一原则，从而使它成为真正具有灵活性和生命力的原则。赫拉克利特以多种多样的方式来论述这一原则，并且给予了它多种多样的概念表达。但是，有一个概念表达是根本性的，并且对后世的思想产生了深远的影响，这就是“逻各斯”这个概念，赫拉克利特把他对宇宙变化的根本原则的领会集中而凝练地灌注到了这个概念之中。从而，对于我们来说，在某种意义上，我们只要理解了这个概念，也就把握住了赫拉克利特思想的精髓，同时也就更能深入地领会为什么说赫拉克利特是早期希腊宇宙生成论哲学传统的集大成者。
赫拉克利特是在（据说是他的）那部伟大的书的第一段话中提出“逻各斯”概念的，他这样说：
对那永恒存在着的逻各斯，人们总是不理解，无论是在听到之前还是最初听到之时。因为尽管万物根据这逻各斯生成，他们却像是对此全无经验的人一般，甚至在他们经验了我所讲过的那样一些话和事情时，而我已按照自然分别了每一个东西并且指明了这是如何。至于其余的人，他们醒来后所做的觉不到，正像他们不觉到睡时所做的一般。（残篇1）
这段话初读之下无疑十分神秘、晦涩，彰显了赫拉克利特特有的语言风格。但是，它并不是不可理解的，因为，不管怎样，我们至少可以从初步的阅读中获得这样一个印象，这就是，逻各斯是同万物的生成有关的，它是万物生成的法则，因为“万物根据这逻各斯生成”。在赫拉克利特的其他一些残篇中，我们还读到了这样一些直接与逻各斯有关的话，例如，残篇2：“因此，必须跟随那共同的东西，而逻各斯就是共同的，但大多数人却活着像是有着自己的考虑。”
残篇50：“不听从我而听从这逻各斯，同意一切是一，这就是智慧。”
残篇72：“对那个他们最经常打交道的、驾驭着万物的逻各斯，他们是格格不入的，而那些他们每天碰到的东西，在他们看来是生疏的。”
这样，从这些零零星星的对逻各斯的直接论述中，我们至少可以获得这样一些有关逻各斯的信息，即：逻各斯是万物生成的原则，逻各斯是共同的原则，逻各斯是统一的原则，它是智慧，它支配着万物，它和我们的日常生活息息相关，它不是人们不需要深入思考就可以把握的。这些就是赫拉克利特告诉我们的有关逻各斯的内容，但它们表明了什么呢？什么是赫拉克利特在这里所说的逻各斯呢？
有一种非常流行的说法是把赫拉克利特的逻各斯等同于不变的自然规律，这似乎解释了逻各斯作为万物生成的原则的内容，也解释了逻各斯是共同的原则、统一的原则的内容。但是，这样一种理解很自然地也就将赫拉克利特的思想、他的逻各斯的概念置于后来的关注永恒不变的本质世界的形而上学的视野之下，从强调变化和变化的法则的早期希腊宇宙生成论的传统中剥离了出来，但这恰恰是赫拉克利特的思想所不具有的特征。因为，只要我们阅读赫拉克利特的残篇，我们就可以注意到，赫拉克利特在强调“一切是一”的同时，更强调的是对立和差别，以及事物基于彼此之间的对立和差别而产生的各种具体入微的变化，而且这似乎从数量上来说被强调得更多一些。从他那些强调对立、差别的残篇中我们可以看到，赫拉克利特特别擅长在一个看似统一、简单、凝固、不变的事物中发现内在的差别、矛盾以及随之而来的发展和变化，他特别擅长把一个看上去单纯的事物置于对立和差别之中。当他以这样的方式来揭示事物时，我们发现，他并没有因此使事物陷入分裂和冲突；相反，他揭示了事物中最具现实性、最真实，也最生动、丰富的内涵。
例如，在著名的残篇60中他这样说：“向上的路和向下的路是一且同一。”
在这里，赫拉克利特似乎只讲了一个最简单的、人人都懂的道理，但是却由此将一个在一般人眼里看来单纯、统一的事物置于一种对立的关系中，置于一种由此而来的运动的状态中，这就是路。因为在人们的日常思维中，路就是路，人们习惯于把它作为简单、单一的事物来把握，很少想到任何一条路都具有两个方面，这就是向上的方面和向下的方面，或者向前的方面和向后的方面。任何一条路实际上都具有这样的两个相互对立的方面，它是在这两个方面的彼此对立、彼此冲突、彼此斗争的动态关系中才实际地延伸成为一条“向上的路”或者“向下的路”。但即便如此，在每一方中、在每一个时刻中都还含有对立的因素，具有随时向自己的对立面转化的可能。显然，只是在这样的对立关系中被把握住的路，才是一条真实的路，并且毫无疑问具有了人生的教益，因为，人生的路不是也像真实的路那样具有随时向自己相反的方面转化的可能吗？而唯有智慧的人才能注意到这一点，并且时刻保持小心与警惕。相反，在日常思维理解中的那样一条保持在凝固的单纯性中、保持在单一的向度中的路，我们又到哪里去寻找呢？它难道不是一个彻头彻尾的抽象吗？但因此它也就不再是一条现实的、活生生的路。
这样，我们看到，对于赫拉克利特的逻各斯，如果我们不从事物变化的方面、对立统一的方面来理解它，掌握它，而轻率地认为它指的是抽象普遍的自然规律本身，是事物根本不变的方面，那么我们就真正误解了赫拉克利特，误解了赫拉克利特的作为“驾驭万物”的生成与变化的根本原则的逻各斯。实际上，赫拉克利特的逻各斯不是一种取消一切对立和差别的、抽象单一的原则，相反，它恰恰活动在对立和差别之中，并且只是在对立和差别的不断地形成与发展之中才实现了它对万物生成的作为原则的支配作用。
例如，在残篇51中他这样说：“他们搞不懂如何区别而又统一于自身；拉紧的和谐，正像弓和琴一样。”
弓和琴，这样两个在古代生活中最为常见也最富象征意味的东西，它们现实功效的正常发挥正是有赖于对对立的力量的在持续的斗争的紧张之中的维持；一旦破坏了这种紧张对立的统一，也就不再有弓和琴了。毫无疑问，这个例子形象而生动地说明了，为什么说只有在对对立与差别的维系中，而且不是静态的维系而是动态的维系中，真实的事物才出现了。
而在残篇67中，赫拉克利特以更为精妙的言辞表达了如何在对对立与差别的保持、跟随、沉浸和体察之中达到对事物最生动、最鲜活的把握，而这也就等于是揭示了他逻各斯的真实所指，这就是，他的逻各斯不过是事物最内在、最精微的变化之理。他这样说：“神是昼也是夜，是冬也是夏，是战也是和，是饱也是饥（一切相反对，这就是精义）；它变化自己，如同火在和香料混合时根据每一种气味命名自己一样。”
这段话讲得无比精妙，它的精妙之处就在于，它通过一个巧妙的比喻准确地表达了事物是如何在对立面的斗争以及这种斗争关系的保持之中变化的，这个比喻就是关于混合的香料如何随着火的温度的变化以及自身混合比例的变化而不断变化出各种有着细微的差异，但又有着难以觉察的过渡和关联的香气的例子。因为，我们知道，以各种成分混合在一起的香料在燃烧的过程中，它自身的比例会不断发生变化，而这会造成它所散发出来的香气的变化。但事情还没有这么简单，让事情变得更为复杂的是，火的温度本身也在不断地发生变化，从而这就进一步加剧了香料燃烧散发出来的香气的变化，使得它更富于变化。显然，赫拉克利特正是用这极端富有变化性的例子来说明宇宙万事万物的变化，和渗透于这变化之中、可以说是实际地造就了这一变化的无比细微、无比生动、无比丰富的内涵的逻各斯。因为，火就是这逻各斯，就是神，它在香料的燃烧之中，在昼与夜、冬与夏、战与和、饱与饥的无穷无尽的转化之中彰显自己，这也就是所谓的“命名自己”。显然，我们只有深入这样的变化，体察变化的每一细微转折之处，并且就置身于这一无比丰富多样的变化之中，我们才真正掌握了作为事物变化之理的逻各斯，并且因此也就在最生动、最具体、最丰富、最真实的关系中掌握了事物本身。从而，逻各斯就是事物变化的精微之理，事物正是在对立面的相互之间的对立关系的不断变化与调整中才彼此区别开来，各自成为自身，但是又具有内在的统一性。
这样，很清楚，赫拉克利特的逻各斯作为变化的原则，不是表现为对对立与差别的取消，而是表现为对对立与差别的维持，它通过将对立与差别置于一个实际上是斗争的统一体中，使它们彼此限制而摆脱了自己的单纯性和片面性，从而有力地诠释了万物的生成和变化。因此，赫拉克利特的逻各斯与其说是一种抽象的原则，不如说是一种分别而又结合的力量，它在本质上不是静止和统一，而是运动和斗争，它将事物维持在一种对立面彼此斗争的生动的变化、发展的统一之中。
正是由于这一点，赫拉克利特在著名的残篇30中对整个宇宙才做了这样的表达：“这个世界（一切皆同）既不是某个神也不是某个人创造的，而一直总是并且现在是而且将来是：永恒的活火，一些分寸上点燃，一些分寸上熄灭。”
这句话不仅对世界以火为象征从变化的角度做了总体的表达，而且就把世界与火等同起来，将世界看成不过是一团永恒的活火和这团永恒的活火的各种变形；同时，也等于是给他的逻各斯赋予了明确的物质的形态，表明逻各斯并不是像人们所错误认为的那样，是一种抽象的原理、原则，相反，它就是变化本身，它就是这团永恒的活火，火的无穷无尽的燃烧、熄灭与变化就是这逻各斯。
但除此之外，在这句话中值得我们格外重视的还有“分寸”这个概念。赫拉克利特使用这个词，正是要表达变化的活动于对立面的对立与统一之中的那种特殊限制关系，表明变化不是任意的变化，而是有着它内在的具体限制关系的变化，正是这种内在的具体限制关系造就了变化，并且造就了具体、生动和真实的变化。一旦我们忽略了变化的这一具体限制关系，那么甚至就连变化本身也成了抽象之物，并且不再可能了。这也就解释了，为什么在著名的“河流残篇”中赫拉克利特说的是人不能两次踏入同一条河流，而不是像克拉底鲁（据说是赫拉克利特的学生）所说的人甚至不能一次踏入同一条河流。因为，前者正显露了变化的内在的分寸、节制性，而后者却完全是任意的、无原则的变化，从而实际上取消了变化，使变化本身成为不可能。这样，对于理解赫拉克利特的逻各斯来说，不仅变化是重要的，而且变化的内在分寸亦即基于对立面的对立与统一的那种特殊限制关系也是重要的，只是在变化的具体限制关系之中，逻各斯这个概念内核的精微之处才显露出来。
这样，现在我们便可以明确地说，赫拉克利特通过逻各斯这个概念深入到了宇宙万物生灭变化的内部。他不仅认识到世界是在变化的，认识到世界的变化是有其原则的，而且更为重要的是，他认识到变化是世界的本质，对立和斗争是世界的本质，它作为根本的原则自身也投入变化之中，投入不断的对立和斗争之中，从而真正成就了宇宙的永恒的发展和变化。
这就是赫拉克利特逻各斯的真正内涵。如果我们领会了这层内涵，那么我们当然也就能够懂得，为什么说赫拉克利特构成了早期希腊宇宙生成论哲学传统的顶峰，因为，正是凭借这个逻各斯概念，他深入到世界变化的中心，对其最内在的原则做了最精确的表达。