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明代太医院的前身，可以追溯到朱元璋称吴王时仿效元代医事机构建立的医学提举司，据《明会要》记载，医学提举司建立于甲辰年四月，即元至正二十四年（1364）。两年后（1366），医学提举司改为太医监，“设少监，正四品，监丞，正六品”，品秩有所提高。次年（1367）“改监为院，设院使，秩正三品，同知，正四品，院判，正五品，典簿，正七品”，太医院的品秩再次上升。洪武元年（1368），明朝正式建立，直至洪武十四年（1381），这段时间是明代太医院品秩最高的时期。洪武十四年（1381），太医院品秩和职官设置发生了一次重大的变化，“改太医院为正五品，设令一人，丞一人，吏目一人，属官御医四人，俱如文职授散官”，此后明代太医院的最高品秩固定为正五品。
从医学提举司到太医监，再到太医院，短短四年内，医事管理机构的名称改变了两次，这与朱元璋个人势力的逐步成长是同步的。1364年，朱元璋自称吴王，设医学提举司作为中央医事管理机构，之所以取这样一个名不副实的名称，是因为此时元朝尚未覆灭，地方的红巾军政权尚存，朱元璋在此政权下担任要职并被封为吴国公，此时尽管自称吴王，但羽翼未丰，故取医学提举司这样一个具有地方医事机构性质的名称，以掩人耳目。1366年，红巾军领袖韩林儿去世，朱元璋才将医学提举司改名为太医监，并于第二年改用吴纪年，同年又改监为院，与元代中央医政管理机构同名，显露出其称帝的野心。
明太医院“铜药炉”
1368年，明朝建立并定都南京，是南京太医院成立之始。1412年，明成祖迁都北京，是明代北京太医院成立之始。自此，南京和北京的两所太医院并立，直至明朝灭亡，这一局面也是历史上绝无仅有的。但由于太医院以为皇帝诊疗为首要职责，而皇帝居于北京，故南京太医院的地位和规模都远逊于北京太医院，受北京太医院的管制，有“太医院”之名而无其实，成为北京太医院失意医官的左迁之地。《明史》载名医盛寅曾在仁宗为太子时为其诊治，但素为其所恶，故仁宗即位时，他为避祸保身，主动要求去南京太医院任职，可见南京太医院形同虚设，其医官被视为闲职。
与元代太医院下属机构众多不同，明代太医院的下属机构只有两个——惠民药局和生药库。北京和南京的太医院均下设惠民药局和生药库，这两个机构都具有医政管理的性质，服务对象也不仅限于宫廷，而是面向全国，成为太医院与百姓联系的纽带。惠民药局掌管贮备药物、调制成药等事务，主要为军人和普通民众提供药物和医疗。生药库则是太医院下设的主管药材存贮的机构，掌收贮四方解纳药品。此外，明代宫廷中还设有御药房、东宫典药局、后宫医药机构（如安乐堂、月子房等），藩王府中设良医所，这些机构在某种程度上都与太医院存在一定的关系。