早在1644年清军入关、迁都北京之前,清朝已有太医院这一机构,顺治帝定“太医院使、院判岁额柴蔬银各十八两,御医、吏目各二十四两”,任命御医韦尽性为“左院判”,允祖为“右院判”。《太医院志·官名》载:“曰院使,曰院判,曰御医,曰吏目,此国初之制也。医士本系学位,顺治初年,有特简入直者给与八品笔帖式冠带,谓之冠带医士。六年特简医士给与八品冠带奉旨随同吏目入直,谓之冠带吏目,即后之顶戴吏目,旋奉旨增设预授吏目。”由以上记载可以看出,清朝的太医院及院使、院判、御医、吏目、医士等职官在顺治初年均已设立。
太医院印
“太医院印”印面
“太医院印”印钤本
清代太医院隶属礼部,为五品衙门,至宣统时,一度改为四品。其职官设置屡有变动,最高长官称为院使,设有左、右院判及御医、吏目、医士、医生等职。起初各官品级满汉间有所不同,康熙九年(1670)改归划一。太医院最主要的职责是负责皇室成员的诊疗,医官们按术业专攻分为九科,宫廷内的诊疗活动皆由太医院派遣御医负责。宫廷的另一个重要医药机构——御药房与太医院的关系几经变迁,时而为太医院所属,时而为礼部或内务部制约,但供职的御医皆从太医院中选拔。除诊疗外,太医院还以选派、考核医官的形式管理军队和监狱的医生,并下设教习厅、医学馆,负医学教育职责。太医院衙署内还设有生药库,收贮每年各直省解纳至京的地道药材。太医院医官的任用有两种途径,一是由医学馆培养人才,每年分四季(后改为两季)考试录用。二是由京外大臣保荐,由礼部和太医院考试授职。医官的升除,据《嘉庆会典事例》,为院使由左院判升补,左院判由右院判转补,右院判由御医升补,御医由吏目升补,吏目由医士升补。1905年,清政府推行新政,设卫生科,后升为卫生司,成为与太医院并立的医政机构。1908年,太医院因光绪与慈禧病逝而得咎,自院使以下全部革职,太医院作为国家最高医政机构的历史走到了尽头。