彭伯顿很快就康复了。1865年11月,彭伯顿在纽约城疯狂大采购后凯旋,备齐了“欧洲和美洲最大最完整的药材、内服药和化学品库存”,便开始发奋重操旧业了。彭伯顿和佐治亚其他许多忙碌的商人一样,决定把内战抛之脑后,而对“北方佬”的帮助来者不拒。但后来,当他的侄子缠着他问伤疤的由来时,他犹豫了。他告诉侄子,他想忘掉一切关于内战的记忆。
在接下来的5年里,彭伯顿与当地一个富裕的医生奥斯汀·沃克合作,逐步使他的事业兴旺了起来。但是,他再也不能储蓄了。他的收入并没有用于实验和研究,而是很草率地给了亲戚和朋友。19世纪60年代晚期,彭伯顿开始进行他的专利产品实验,其中包括他的金莲花止咳糖浆、被称作“血液净化器”的木油树提取物和“甜美的南方人”香水——这些都是用当地的药草提取的。其中,金莲花止咳糖浆在接下来20年里一直都很畅销,其主要用途是治疗肺病、支气管炎、哮喘、肺出血、胸膜炎和喉炎。在另外一个广告里,木油树提炼物还可以治疗溃疡、脓包、红疹、头癣以及其他88种皮肤病。1867年,一位到哥伦布市观光的游客因为被彭伯顿以及他的事业所陶醉,向当地的一家报纸写了一封很长的表扬信。信里说:“我承认,我被该实验室的规模震撼了,我之前根本不知道南方还有如此优秀的公司。”彭伯顿是一位“绝对的绅士”,这位游客还说。彭伯顿还送给那位游客一瓶用很雅致的柳条瓶装的香水,他自己形容那瓶香水是“我所闻过的最令人愉悦、最雅致的香水”。