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早在1980年攻读硕士研究生时，我就将自己的研究方向选定为社会主义商品经济条件下的调节机制。这是我关于经济运行机制研究的正式开端。我的硕士论文《论社会主义商品生产的调节机制》的主要贡献是：在界定调节机制、市场机制、市场调节等范畴的基础上，系统阐述了“国家运用经济杠杆调节市场机制，市场机制调节企业活动”的运行模式。在我国当时还只是在理论上确认有计划商品经济的背景下，这无疑是大胆的探索。1985年我在《经济研究》发表《论社会主义商品生产的调节机制——兼论经济杠杆的类型及其功能》，论文将市场机制定义为：市场机体内的供求、竞争、价格等要素之间的有机联系及其功能。这个定义后来得到学界广泛认同。我认为，国家运用经济杠杆这一自觉行为不能取代或妨碍客观经济过程对市场杠杆的自动调节机制，否则不能保证价值规律的充分利用。
我和导师卫兴华、同学魏杰合著的《社会主义经济运行机制》是国内第一本论述社会主义经济运行机制的专著，该书以马克思主义政治经济学基本原理为指导，从我国的实际情况出发，探讨了社会主义计划商品经济运行的一系列基本问题，在国内第一次对“经济运行机制”概念作出界定，现在已被经济学界广泛采用。该书提出了一些新见解，比如，基于当时社会主义商品经济理论的框架，阐述了社会主义经济制度与商品经济的内在联系、国家宏观调控机制与市场机制的相互作用，在国内较早阐述“国家调节市场，市场调节企业”的社会主义经济运行机制等。社会主义经济运行机制理论的提出，为在更大范围推进市场化改革提供了一个理论基础。这也是我国学术界较早提出的国家宏观调控下市场机制对资源配置起基础性调节作用的理论观点。
我和导师卫兴华、同学魏杰获得孙冶方经济科学奖的论文《论企业活力与企业行为约束》认为，增强企业活力，就是增强企业自我改造和自我发展的能力，即增强企业作为商品生产者和经营者的活力，这种活力必须纳入社会主义经济的运行轨道。企业作为商品生产者和经营者所具有的活力，应该是与社会主义生产目的及社会主义国民经济的整体运行协调一致的，是和社会主义的社会利益及社会经济效益相统一的。针对企业放开后出现的短期行为的状况，我们提出以市场机制为中介，建立劳动者、企业和国家在经济利益上的制衡机制。实现职工多收入，企业多得利和社会多得益的统一。
1987年获中国企业改革和发展优秀论文奖——金三角奖的论文《企业行为和社会主义商品生产的动力机制》认为，在社会主义商品生产的动力机制中，存在着“职工收入最大化——企业利润最大化——社会得益最大化”之间的制约关系。企业的利润冲动是动力机制的轴心。为解决企业行为趋短化问题，文章提出应从经济机制上寻求三者利益的钳制关系。即：利用市场机制，将职工谋求收入最大化的动力引入实现利润最大化的轨道；利用宏观调节机制，将企业谋求利润最大化的动力引入实现社会得益最大化的轨道。提出了通过改革企业动力机制来克服国有企业效率不高问题的思路。
1988年，我的博士论文《经济运行的均衡与非均衡分析》作为上海三联书店经济学文库的第一批专著出版发行，受到学术界广泛关注。该书运用均衡与非均衡分析方法系统分析计划经济和商品经济的关系，揭示市场化条件下的社会主义经济运行机制。运用现代科学方法，借鉴了西方经济学的一些概念和原理，从微观经济、产业结构、宏观经济三个层次对社会主义商品经济运行进行了分析，提出了从非均衡走向均衡的途径，对社会主义经济如何从无序走向有序进行了有益探索。该书认为，在现代商品经济条件下，经济运行有序性的核心内容是实现国民经济的总体均衡，集中表现在总供给与总需求的基本平衡。这种总体均衡的不断形成又经常被经济发展中新的不均衡所打破，一个新的均衡再度产生，这也就是商品经济运行新秩序的形成过程。
1996年我在《经济研究》发表《经济体制转轨阶段的地方政府功能》，提出市场经济体制的形成存在着明显的地区差距。在市场不完全和不充分的背景下，地方政府是对不完全的计划和不完全的市场的衔接。地方政府实际上作为本地区企业的总代表参与市场竞争。强化地方政府的作用，可有效地克服由不完全的计划和不完全的市场配置资源所导致的效率损失问题。后来2005年在《经济研究参考》上发表的《苏南模式的新发展和地方政府的转型》一文根据苏南模式发展的实践，对地方政府行为以及政府与市场关系又提出了新的观点：一个地区的市场化水平不能以政府作用的强弱作为标准。强政府和强市场可以协同作用，两者协同的关键是，地方政府作用在不同发展阶段的创新都能在作用层次和着力点上保证市场作用得以充分发挥。政府改革的关键问题是政府如何确实把经济管理职能转到为市场主体服务和创造良好的发展环境上来。
1988年我为中央纪念十一届三中全会十周年撰写的《经济运行机制的转换：有序和无序》一文，可以说是国内较早研究经济转型秩序的论文，主要观点是：由计划经济体制转向市场经济体制，放开是必要的过程；另一方面，单是放开并不能放出社会主义市场经济，必须要有相应的制度建设来替代原有的计划经济体制。经济体制改革的目标是要建立以“国家调控市场，市场引导企业”机制为主轴的社会主义商品经济新秩序，在这种秩序中，企业、市场、国家都要遵守新的经济运行机制规定的行为规范。微观、产业结构和宏观总量三个层次的经济运行也要遵守新的经济运行机制的调节功能规定的行为规范。该文获本次研讨会优秀论文奖。
1990年我发表了《论改革和发展相协调》一文，基本观点是：发展战略的转变是个渐进的过程，体制的转变也是渐进的。改革的战略必须适应经济发展的战略，某项改革措施的效应对某种发展要求可能有利，但对另一些要求可能不利，这就要从发展方面衡量改革的成本和效益。如果经济发展水平造成了总供求的尖锐矛盾，那么给体制改革提供的回旋余地就很小。就时序来说，有些改革措施需要在发展提供了适当的环境后进行。经济体制的各个因素变动的速度可分“快变量”和“慢变量”。改革可以由“快变量”来带动，改革的进程和速度最终要受“慢变量”的制约。如果“快变量”方面的改革过分超前，“慢变量”方面的改革严重滞后，会使改革欲速而不达，导致宏观秩序的紊乱，其结果便是阻滞经济发展。我在这里用“快变量”与“慢变量”的辩证关系，说明了改革进程中市场秩序的重要性。
2007年我的国家社会科学基金重点项目课题最终成果《市场秩序和规范》汇总了我关于市场秩序和规范研究的一系列成果和主要观点：我国的市场经济不仅需要充分发展，还需要有效驾驭。驾驭市场经济，不是靠哪个人，也不是靠哪个机构，而是靠制度和秩序。我国现阶段出现的各种市场秩序混乱现象的根本原因是经济转型没有到位。目前的市场秩序混乱不是对已有的市场秩序的破坏，而是市场秩序还没有建立起来。市场秩序不能自发形成，需要自觉建设。我概括了市场秩序理论的两种范式，一种是竞争范式，相应的市场秩序是充分竞争，让竞争机制充分发挥作用。另一种是制度范式，即形成有秩序的竞争，降低市场交易的成本。根据这两种理论范式我所提出的市场秩序建设涉及以下内容：一是市场规则建设。通过人为规则的强化，改变习俗和道德规范，形成自律性的防止市场秩序混乱的自发规则。具体包括保护产权、降低交易成本、保证公平的市场交易、实现社会利益等方面的规则。二是规范市场竞争。市场秩序的混乱既可能来自过度竞争，也可能来自垄断。准确判定所要反对的垄断行为和所允许的正常性竞争行为是维持市场秩序的关键。针对我国现阶段行业垄断以行政性垄断为主的特点，反垄断首先要破除垄断所赖以依附的行政基础，放松管制本身就是一种良好的反垄断政策。即使是自然垄断行业在维持垄断的同时也需要引入竞争。三是要建设统一市场。建设统一开放的全国市场，就是要打破市场的行政性垄断和地区封锁，实现商品和各种生产要素在全国范围自由流动，各个市场主体平等地进入各类市场交易。打破市场的地区保护和分割，实际上是改革政府、打破各个地区市场的行政壁垒过程。统一市场建设的主体是企业，分布在不同地区的同一个供应链上不同环节的企业由竞争关系转向合作关系，是统一市场的强大动力。我国幅员广阔，统一市场不可能一下子全面形成。统一市场形成是渐进的、局部推进的。先在区域内形成共同市场，在此基础上各个区域市场层层扩张，相互渗透和辐射，最终形成覆盖全国的统一市场。四是形成维持市场秩序的制度合力。其中涉及三大制度环境约束：市场化环境约束、道德规范约束、法制约束。这三个方面制度环境的建设涉及正式的制度安排和非正式的制度安排。正式的制度安排和非正式的制度安排，不能偏废，必须相互配合。政府要主导市场秩序建设。政府的公共性职能突出在市场监管。市场监管就是维持市场秩序，保障公平交易，保护市场参与者的合法权益，完整的法律体系是维护完整的市场规则的基础。在中介组织充分发挥作用的条件下，中介组织既可能替代政府有效发挥作用，又可能克服市场失灵。道德规范是非正式制度建设。只有当交易者诚信时，各种正式的制度安排才能起作用。道德规范建设的意义是使守信用成为自觉的行为。从社会资本角度要求的道德规范，不只是个别人的洁身自好，而是要求整个社会的道德规范。在一个相互信任的社会中，社会资本是最雄厚的。实施合同、规范和维持市场秩序的成本是最低的。市场秩序所做出的各种制度安排是个整体。其中每一种制度安排都有其特定的功能。各种制度安排的功能是互补的，我们需要的是各种治理市场秩序的制度作为整体来发挥作用。
2013年党的十八届三中全会明确将市场对资源配置起基础性作用，改为起决定性作用。围绕这一重大理论问题，基于对市场秩序长期研究的积累，我很快发表了《论市场对资源配置起决定性作用后的政府作用》。在这些成果中，从理论上将市场的决定性作用和基础性作用作了比较。市场决定资源配置突出的是市场的自主性。这种自主性不仅表现为市场自主地决定资源配置的方向，同时也表现为市场调节信号即市场价格也是自主地在市场上形成，不受政府的不当干预。政府减少甚至取消审批，市场起决定性作用后，资源配置是否有效，关键在市场机制是否有序有效的作用。这需要一系列的制度安排。就我国现阶段来说，完善市场机制主要涉及三个方面：一是规范市场秩序，二是完善市场体系，三是培育市场主体。就规范市场秩序来说，我国现阶段市场秩序混乱主要来自两个方面：首先是来自政府行为，地方保护主义的市场壁垒，阻碍要素在自由流动中实现有效配置。其次是来自市场垄断，包括横向垄断和纵向垄断两种形式。因此规范市场秩序也要从两方面入手：一是规范政府行为，建设法治化的营商环境，打破城乡市场分割，实行统一的市场准入和市场退出制度。二是规范市场行为，反垄断行为，建立市场信息披露制度，从社会范围降低信息成本。就完善市场体系来说，现阶段比较突出的任务是两大市场建设。一是金融市场建设，最为重要的是完善金融服务实体经济的机制和功能。二是创新要素市场建设，涉及新技术、创新人才、创新投资。包括技术市场、人才市场和风险投资市场。就培育充满活力的市场主体来说，一是硬化国有企业的预算约束。必须从打破地方政府对企业的保护入手，使企业两只眼睛都盯着市场。二是规范和保护产权。保护市场参与者的合法权益，从根本上说就是保护其产权。三是建立现代企业制度。主要涉及建立健全归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅的现代产权制度。健全协调运转、有效制衡的公司法人治理结构。建立职业经理人制度，更好发挥企业家作用。在市场决定资源配置以后，政府如何更好的发挥作用呢？市场对资源配置的决定性作用不能放大到“不要政府作用”，更不能像新自由主义认为的那样不要政府。原因是在现代经济中，政府与市场不完全是相互替代的关系。政府更好发挥作用的重要方面是由资源配置的主体变为资源配置的监管者。与此相应，政府在通过自身的改革退出市场作用的领域后，政府要承担起完善市场机制、建设市场规范的职能。政府和市场是“强政府”与“强市场”协同。不能以为强市场就一定是弱政府、强政府一定是弱市场。政府作用和市场作用不一定都是此消彼长的对立。原因就在于，政府和市场不在同一层面发挥作用，政府没有过多干预市场作用的领域。政府强在为市场有效运行创造好环境，如法治、人和的软环境，重要基础设施的硬环境；政府强在自身财力，没有与民争利；政府强在对各级政府的全面小康和基本现代化的指标导引和考核。这种政府的强力推动实际上是支持市场充分发挥作用。特别是政府维持市场秩序需要“强”，对假冒伪劣产品的惩治必须强，对反垄断调查必须强。有了这种强政府，才会有强市场。
我最早研究苏南模式的一部著作是1995年主持编写的《苏南乡镇企业：历程·机制·效应·趋势》。此后，我一直关注着苏南地区的发展实践和苏南模式的创新演进。2001年和2002年分别在《改革》和《宏观经济研究》上发表阐述苏南模式新发展的文章，揭示苏南模式在我国转向市场经济体制后的新发展。
我对苏南模式的理论梳理是：苏南早期的成功，应该说是市场化改革的成功，苏南当时的发展道路之所以作为苏南模式来概括，主要是有两个方面的创新。首先是启动了农村工业化和城镇化的进程，开启了以非农化和城镇化的途径富裕农民的进程。其次是突破计划经济的束缚，乡镇企业面向市场求发展，建立了适应市场经济的经营机制。可以说，苏南模式的起步是源于体制创新。其制度创新有路径依赖。首先是集体经济的作用。实行集体经济的模式，乡镇企业上马快，也便于上规模和横向联合。集体经济实际上是村级经济，可以看作是企业（经济单元）的公共积累。这部分积累成为发展乡镇企业的原始积累，加快了当地的非农化进程。其次是乡镇政府的作用。乡镇政府的利益与乡镇企业密切联系在一起。因此，乡镇政府的行为在发展乡镇企业方面要更多地从市场行为方面去理解。作为早期苏南模式主角的苏南基层政府（乡镇政府），更多的是作为乡镇企业的总代表行事，与通常意义上的政府组织相去甚远。乡镇政府的企业家行为，在苏南地区表现得最为淋漓尽致。因此，我反对简单将苏南模式与市场经济对立起来。
从上世纪80年代末90年代初开始，苏南地区的经济发展就进入了新的历史阶段，呈现出许多与以往不同的新特征。我认为，其中最重要的是外向型经济、企业改制和城市化。这些重要变化进一步改变了苏南地区的经济环境，同时也大大发展了苏南模式的内涵。以乡镇集体经济为主要内容的传统苏南模式，逐渐为苏南地区自身的发展所扬弃。其核心是集体经济比重过高的模糊产权成为改革的对象。因此我作出了“新苏南模式”的判断。如果说苏南模式的产生是对计划经济体制的突破，那么新苏南模式不仅是对创新的体制进一步完善和发展，更为突出的是对传统增长方式和传统发展观的突破。我认为，一种模式有新发展，实际上包含两层含义，一是这种模式在新的发展阶段有创新，二是原有模式的合理内涵在新模式中得到了继承。由苏南模式转向新苏南模式，既体现对原有苏南模式的路径依赖，又体现了发展模式在新的发展阶段的创新。新苏南模式在很大程度上保留了原有苏南模式的传统，这些传统在新苏南模式中没有被完全抛弃，而是在新的模式中保留下来了。准确地说，新苏南模式实际上是指苏南模式的新发展。
针对当时对苏南模式来自“左”的和“右”的方面的批判，我的回应：一是价值评判标准，即：判断一种发展模式是否成功，不应该从某种先验的理论框架出发，而应该从发展的成果来检验。且发展的成果也有个历史性的评价问题。每个发展阶段都有在该阶段需要解决的问题和发展的内容，也有需要留给下一阶段去解决的问题。新苏南模式不是对苏南模式的否定，而是扬弃。二是与自身发展规律和机制相契合，即：不论苏南模式、温州模式还是其他模式，都是适合当地环境的发展经济模式，模式的差异乃是对发展条件差异的正常反映。三是发展模式具有可变性，即：环境和条件的可变性决定了发展模式的可变性。苏南地区的经济发展进入新的历史阶段，呈现出许多与以往不同的新特征，因应这种变化的具体经济实践，大大发展了苏南模式的内涵。
2009年，我先后在《人民日报》发表《苏南模式在创新中演进》，在《经济学动态》发表《苏南模式的演进和发展中国特色社会主义的成功实践》，提出苏南模式的产生和演进，体现了发展中国特色社会主义的成功实践。主要涉及四个方面：一是富民优先。主要特征有三个：第一，通过改制和发展民营经济等途径鼓励一部分人先富；第二，关注增加个人财产及其收入，鼓励创业，拓展包括财产致富和经营致富等其他收入渠道；第三，允许先富的同时关注合作富民，不仅关注平均收入达到小康水平，还重视大多数人达到收入的平均数，缩小收入差距。二是产业升级。苏南在全面小康社会建设中着力推动产业结构优化升级，着力点在于推动制造业由低端向高端攀升，由劳动密集型向技术密集型升级。外商投资的产业升级是新苏南模式的一大特色。在推进制造业升级的同时，苏南地区在制造业向服务业延伸方面形成了新的特色。三是提高自主创新能力。首先是利用外资由过去单纯引资转向突出引入核心高技术，突出研发中心的引进和建设。其次是苏南地区在与高校和科研机构建立产学研合作关系方面形成自主创新的新特色，主动接受高校、科研机构的辐射。近年来在苏南又出现了科技创业的强劲势头，民营经济与科技创业结合，自主创新找到了新的平台。苏南有条件成为全国自主创新能力最强的地区。四是着力于可持续发展。其主要途径包括：首先是推动工业向工业园区集中，人口向小城镇集中，服务业向中心城镇集中，由此在很大程度上实现土地等资源的集约使用；其次是加大转移和淘汰高消耗、高污染工业的力度；再次是推进信息化为代表的高科技化，依靠高科技跨越高消耗高污染的阶段；最后是推进环境和生态的建设，在工业化水平较高并且是工业为主的地区创造治理和建设生态环境的新模式。
苏南地区成功的奥秘为两个调节机制的协同：一是强力作用的地方政府，二是充分作用的市场。两者协同的关键是地方政府作用在不同发展阶段的创新都能在作用层次和着力点上保证市场作用得以充分发挥。我总结了新苏南模式在政府作用创新上的表现：第一，政府推动经济发展的着力点，在于提供有利于本地经济发展的公共环境，为各类企业发展提供公共平台。第二，政府作用的层次，由乡镇政府上升到县级（县级市）政府，企业所面对的政府机构明显减少，政府的作用更为宏观。第三，政府作用的重点逐步转向社会发展，苏南地区成为经济发展和社会发展较为协调的地区。第四，政府作用的形式，主要是抓规划，并从政策和政府投资等方面落实规划，政府的投资职能主要在根据城市化规划和环境规划所进行的公共性投资。第五，县乡政府成为工业反哺农业的重要主体，其途径主要包括两个方面，一是增加农村特别是城镇的公共产品和公共设施的供给；二是社会保障以公共财政为主导。
面对苏南地区面临的资源和环境问题、经济能量与区域限制的矛盾、高产值低收益问题等方面的挑战，应该以进一步创新苏南模式：一是富民突出农民，直接推进的新农村建设一方面可以提高农民收入，以缩小收入差距，另一方面可以提高农村的现代化水平，缩小城乡现代化水平的差别。在工业化和城市化水平较高的苏南地区，建设新农村需要加大工业反哺农业、城市支持农村的力度。二是财富创造突出生态财富。苏南地区在进入现代化建设阶段后就要加大治理污染源的力度，特别是太湖治理。苏南再工业化的基本内容是转移和淘汰高污染、高消耗和占用土地不集约不节约的工业，建设循环经济。三是提升制造业突出提高自主创新能力。苏南制造业的现代化需要在两个方面推进：首先，调整引进战略，加大再创新的力度，吸引拥有核心技术的国外著名公司进入，将引进重点转向引进智力，引进国外的技术。其次，提高原始创造能力。途径是企业强化同高校和科研结构的合作，从高校和科研机构得到高科技成果并推进产业化，尽快地缩短高科技产业的国际差距。四是城市化突出人口素质现代化。苏南城市化的提升应以人口素质现代化为目标，以高素质人力资本为支撑，突出发展现代服务业。
我对城市化和城乡发展一体化的研究寓于对新苏南模式的研究之中，但又独立于对新苏南模式的研究。苏南模式一开始就包含了城市化的内容。苏南农民创造了城市化的城镇化模式：农民建城镇，农民进城镇，自己转移自己。新苏南模式则涵盖了农村城市化、城乡一体化、城市现代化等。在此基础上，苏南最先推进的新一轮城市化，内容是推进城镇城市化和城市现代化。城镇城市化是在合并小城镇的基础上强化城镇的城市功能和设施建设，包括城镇商业、教育、医疗、购物等基本服务设施，使农民在城镇就能享受到城市的现代文明。
在《农村的非农化及其与农业发展的协调》一文中我阐述了这样的观点，农村推进工业化和城镇化走了一条有中国特色的工业化和城市化道路，产生了带动农业发展的正效应，但同时也产生了削弱农业的负效应。我的《城市化模式的新发展》一文，以江苏为例分析了小城镇化虽然加速了城镇的发展，却在很大程度上抑制了大中小城市的发展现实。在我看来，城市是市场中心，市场是其基本功能。城市化要由突出人口流动转向突出功能提升，不仅包含城镇化的内容，更为突出其成为市场中心、信息中心、服务中心、文化教育中心的内涵，特别关注其经济能量的聚集度和对整个区域的辐射力。小城镇无力担当区域发展极的重任。过去的城市化以城市规模的扩张为特征，其原因是这种城市化以处于工业化阶段为基础，因此城市规模越大，现代化水平越高。现代工业化正在进入信息化阶段。以信息化为基础的城市现代化水平没有必要用城市规模来说明。因此，城市现代化应是自上而下推动，通过中心城的现代化推动城镇及其外围地区的现代化。
我用城市功能理论分析了我国的区域经济差距。一个地区发达的原因是：城市密集，城市大，城市功能强，具有强烈的吸纳和集聚要素的能力。一个地区落后的原因是：城市太少，城市功能太弱，吸纳和集聚要素的能力太弱。异地城市化只是“化”到进入城市的个人，农民工流出地的农村与城市的差距更大。因此，在中西部地区的城市化重点是增加城市供给：建设新的城市，做大现有城市和中心城镇。东部地区的城市化重点是现代化。城市现代化是城市本身的建设，即城市成为现代化的中心，先进社会生产力和现代市场的载体。其内容包括：城市产业结构重组，将城市工业向周边小城市和城镇转移，由工业中心转向现代服务业中心。城市企业结构调整，发展总部经济。城市要素重组是以金融机构，公司总部、研发机构、现代服务业为载体集聚高素质人才。城市国际化是指，吸引外资银行、保险、贸易、信息等外国服务业进入中心城市。人口素质现代化需要提高中等收入者比重。
我主持完成的国家社科基金重大课题“经济转轨中城乡互动、工农互促的协调发展道路问题研究”，对随着我国工业化、城镇化和经济结构调整的加速，所出现的一些亟待解决的“三农”问题，从工业化阶段、发展战略转型、资源配置和收入分配机制这三个主要方面进行研究。针对中国发展的客观现实，以体制、市场、技术以及发展战略为出发点，构建了一个立足于中国本土的工农互促、城乡互动的农村发展、城乡一体化的理论体系。
早在上世纪90年代，我根据长江三角洲地区发展经验提出，以工业化解决农业问题，以城市化解决农村问题，以市民化解决农民问题的“三农”问题解决思路。后来的研究发现，“三农”以外的发展带不动三农的现代化。非农产业提供支农建农资金的“体外积累”不能成为农业积累的长期的稳定可靠来源，改造传统农业归根到底还得靠农业自身积累能力的提高。从根本上改变农业和农村落后面貌的基本途径是，引入生产要素特别是先进要素。因此，我2007年发表在《经济研究》上的《工业和城市反哺农业、农村的路径研究——长三角地区实践的理论思考》做了这样的探讨：现实的工业化和城市化中流出的主要是农业中严重缺乏的人力资本，留下来的是文化低的、能力弱的、身体差的劳动力。建立在这种人力资本结构基础上的农业只能是弱势的，农业部门过多的劳动力和过少的资金、技术要素结合在一个低效率结构之中。因此，不同要素的流动不应该是同方向的。在农业剩余劳动力流出时，必须引进资金、技术等要素，以改造传统农业。工业反哺农业、城市支持农村是现阶段实现三农现代化的根本出路。该文得到国务院领导的批示。
2009年，我在《经济学家》发表论文《三农现代化途径研究》，提出在新的历史起点上推进三农现代化，需要直接以农业、农民和农村为发展对象。发展现代农业需要在农业中引入现代生产要素。其中最为突出的有两个：一是科技要素，二是人力资本要素。我针对我国城乡二元结构现实表现，提出了克服二元结构的优先顺序，即农村居民生活条件城市化优先于克服城乡收入差距。改善农村居民的生活环境，实现生活环境的城市化，就能留住人力资本，吸引人力资本改造传统农业。
鼓励现代生产要素投入农业的关键是提高农业投入收益率。我发表于《管理世界》的《反哺农业的产业组织与市场组织》一文，基于农产品价值链的分析，认为提高农业生产率和对农民进行人力资本投资的微观机制存在于农产品价值链中农户、加工企业、流通环节和零售商之间的纵向联系。改造农业生产的价值链驱动模式，提高加工企业和大型零售企业对农产品价值链的驱动力，农村在农产品生产和销售标准化、合约化的渗透下建立农村工业化组织，提高广大小农户参与价值链程度，可以使农业生产率提高形成自我实施的机制。
我在国家社科基金重大课题的最终成果《三农现代化的现代途径》（经济科学出版社2009年版）中系统阐发了我的新型城镇化思想。基本观点是：城市化并不是人口和要素单向的流向城市。中国城市容纳人口和就业的能力有限。在城市具有发展的中心地位后，城市化就要转向，也就是推进城市现代要素向农村扩散，农村成为城市化所要“化”的重点，实现在经济社会发展水平上的城乡一体化。在城市化基础上推进城乡一体化就是要提升农村发展水平。其中包括：发展农村市场经济，使之尽快赶上城市的市场经济水平。要建立城乡一体的要素市场，创造包括农村市场主体在内的各类市场主体平等使用生产要素的环境。
十八大以后，国内学术界对新阶段的城镇化给予了极大的关注。我在2013年先后在人民日报和《经济学动态》发表论文，认为，新阶段城镇化绝不是重复以前的城镇化，而是在新的历史起点上赋予了城镇化新的内涵，主要涉及两个方面：一是直接以农业、农民和农村为发展对象，实现城乡发展一体化意义上的城镇化。二是现有的大中城市推进城市现代化所需要的人口和产业向城镇转移意义上的城镇化。我从三个方面论述了进入新的发展阶段的城镇化的内容：首先，城镇化的核心内容是城乡发展一体化，推进城市现代要素向农村扩散。这个过程体现城市对农村的支持和反哺。其次，从城镇城市化来定义城镇化。为城市现代化腾出空间推动城市产业和居民向城镇转移的城镇化要求城镇具有城市功能，这样城镇才可能成为城乡发展一体化的关键点。第三，从市民化意义上定义城镇化，农民通过城镇化实现市民化。依靠城镇化实现基本公共服务城乡均等化。把国家基础设施建设和社会事业发展重点放在农村地区的城镇，这体现政府投资方向的城镇化。
针对有人认为农民城镇化是要解决进入城镇的农民工的城镇化观点，我认为，要让农民不进入城市就能享受到各种市民的权利。要做到城乡居民政治、经济和社会地位的平等。取消城乡分割的户籍制度，城乡居民在城市和农村的流动和居住地可不受户籍的限制。要取消各种对农民的歧视性政策，农民进城就业与城市人享受平等的权利，高校毕业生到农村就业与在城市就业享受平等的权利。农民及其子弟入学要能够享受与城市人平等的权利。基本公共服务城乡均等化方面，将提供给市民的机会和设施安排到农村城镇去，把高质量的教育、文化医疗设施办到农村城镇，增加农村公共产品和公共设施的供给，使社会保障制度城乡平等。农民享受平等的城市人的市民权利，城乡居民政治、经济和社会地位平等，城乡生活方式趋同，公共物品享受权利平等。
在国际分工和贸易理论中长期占统治地位的是比较优势理论。我1997年在《经济研究》发表《从比较优势到竞争优势》一文，受到学术界的广泛关注并产生较大反响。2002年又发表《在经济全球化条件下的比较优势和竞争优势》一文，进一步阐发这个思想。
我认为，依据比较优势理论，以本国拥有的资源的相对优势来确定自己的国际贸易结构，虽然能获得贸易利益，但不能缩短自己与发达国家的经济差距。在现阶段，一个国家的产品在国际市场上的竞争力，最主要的是产业竞争力。单纯的由资源禀赋决定的比较优势在国际贸易中不一定具有竞争优势，如果单纯根据资源禀赋来确定自己的国际贸易结构，企图以劳动密集型产品作为出口导向，就会跌入“比较利益陷阱”。我发现，基于资源禀赋的产品的比较优势的主要缺陷是，冻结了与发达国家和发达地区的产业差距。而且，外商进入我国生产劳动密集型产品，结果也是这样的。因此，为了避免跌入“比较利益陷阱”，应当把比较优势转化为竞争优势。创造竞争优势涉及两个方面的问题：一方面是贸易结构以资源禀赋为导向转变为以国际市场需求为导向；另一方面是把比较优势转化成竞争优势，把发展外向型经济的目标定位在提升自己的产业结构和增强国际竞争力上。虽然考虑到就业效应和经济落后地区的竞争能力，劳动密集型产业还有发展空间，但在开放型经济中，在外向产业中则不能以就业为导向，而应以技术为导向，实施特定产品和特定产业环节上的比较优势。这种比较优势不是先天的资源禀赋，而是后天的，需要创造的，特别是在科技创新基础上的产业创新。
在《从比较优势到竞争优势》一文发表十余年后，我在研究创新型经济时再次发表论文，提出以创新来培育竞争优势的理论。基本思想是，不能为开放而开放，应该以开放来增强自身的国际竞争能力。以比较优势为基础的开放战略在发展的初期阶段是成功的。推动了我国产业结构的提升，缩短了我国的产业发展与国际先进水平差距。经济发展到今天，由于已有的以利用我国资源和劳动力的比较优势为基础的开放型经济模式的发展效应明显衰减，受此影响，不只是国际贸易，包括利用外资在内的整个开放型经济推动经济增长的引擎作用正在衰减。这主要表现在三个方面：第一，从利用国际资源来说，已有的开放型经济的基本出发点是，以引进的国际资源来利用我国低工资的劳动力和廉价的自然资源，核心和关键技术不在我国。随着我国人口结构变化、劳动力成本上升和资源环境约束收紧，建立在低工资、低资源环境成本比较优势基础上的开放型经济难以为继。第二，从利用国际市场来说，2008年金融危机不仅导致国际市场需求下降，更推动西方发达国家产业结构转型。美国“再工业化”战略的提出，实际反映了发达国家产业和贸易结构基础的改变。面对包括我国在内的发展中国家利用劳动力比较优势出口劳动密集型产品的冲击，发达国家开始采取各种贸易保护主义手段进行抵制。这使得我国长期实施的以劳动力作为比较优势的出口战略难以为继。第三，就制造业产品的国际竞争力来看，虽然我国已经成为世界制造业大国，但中国制造业产品的竞争力仍然很弱：一是制造业产品的科技含量和档次低；二是在中国制造的产品中，中国创造部分少。因此我国必须改变以劳动密集和自然资源密集为比较优势的外向结构，转换开放模式，这是转变经济发展方式的重要方面。另一方面，我认为，在我国现阶段特别是在发达地区，劳动力和自然资源的比较优势基本上已失去。劳动力和自然资源的比较优势是建立在低价格的基础上，随着这些要素的充裕度降低，相对劳动力价格，劳动生产率不具有优势；相对土地价格，土地生产力不具有优势。中国要由世界经济大国向世界经济强国转变，就不能仅仅依靠劳动力和自然资源的比较优势谋求贸易利益，而是要在更大范围、更高层次上发挥资本和技术的作用，尽快缩小与发达国家的技术差距。这就要求改变原来的跟随战略，将开放战略的转型目标由比较优势调整到竞争优势。
在以上研究的基础上，我进一步提出了我国在参与新一轮全球化竞争中，由比较优势向竞争优势转变的明确发展目标：即推进产业创新，发展具有竞争优势的产业。我国许多领域还没有能力与世界级竞争对手较劲时，依靠学习和研发来谋求竞争优势本身就包含在竞争优势的理论框架内。从国家层面谋求竞争优势的开放战略，不排斥企业仍然依靠其比较优势参与国际竞争。由比较优势向竞争优势转向，需要摒弃过去主要在沿海地区实施的出口导向战略，代之以通过推动产业结构升级，特别是发展与其他发达国家相同水平的新兴产业，占领科技和产业的世界制高点，缩短与发达国家的差距，形成能与世界级竞争对手较劲的、具有竞争优势的产业结构。
当然，调整国际贸易的比较优势战略并不是回到封闭经济，恰恰相反，还要发挥开放型经济的引擎作用。由比较优势转向竞争优势，体现了增长的内生性和创新驱动性，表面上看这是由外向拉动转向内生发展。增长引擎的由外向内转，实际上并没有限制开放，而是在更高层次上的开放，是依靠科技和产业创新提升我国产业竞争力。要真正形成国际竞争优势，就是要把开放和创新结合起来，既依托创新发展开放型经济，又依托开放发展创新型经济。从而解决两个问题：一是用高科技含量、高附加值的出口品，替代低科技含量、低附加值的出口品，特别要减少能源和环境出口，扩大战略性新兴产业和服务的国际市场份额。二是用服务出口替代产品出口。国际贸易的趋势是，服务贸易增长快于产品贸易增长，特别是知识性服务贸易出口不仅有较高的附加值，而且不存在对国内资源和环境的压力，有着广泛的发展空间。以上两个方面的替代可以说是我国经济发展新阶段的对外开放目标。实现了这些替代，开放型经济对我国的经济增长就会继续起着引擎作用。这个目标能否实现，关键在创新和自主创新能力的提升。
我论述了开放式创新的两个含义：一是创新的主攻方向具有国际的共同性，即不管创新的来源如何，单个国家的经济增长都有其国外的基础。因此，那些具有划时代意义的创造发明也应该成为我国科技创新的主攻方向。二是各个国家主攻相同方向的科技和产业，所产生的新知识、新科技可以在世界范围内传播。我国的自主创新不但不拒绝接受其传播，还要积极吸收和引进，这已经不是过去意义上的跟随创新，而是占领科技和产业创新世界制高点的重要途径。基于对开放式创新上述含义的理解，我提出，现阶段开放型经济的重点是引进创新要素，这涉及进口和引进战略的调整，以及国际直接投资战略的调整。进口战略逐步转向进口要素（尤其是创新要素）替代进口产品，目标是利用国际创新资源来提高我们的创新能力。当今的国际经济是要素流动为主导的经济，尤其是创新要素，不可能都从国内取得。而各种创新要素是跟着人才走的，因此在引进战略上要通过引进高端创新人才来利用其他国际创新要素。在创新型经济中，开发区应该体现开放和创新的结合，形成高科技制造业集聚、国际知名品牌的制造业集聚、高科技研发中心聚集和现代服务业聚集的集聚经济区。
我对自主创新的系统研究始于2006年底，当时我承担了南京市委书记罗志军的自主创新问题的研究课题，课题的成果反映在《基于科教资源优势建设创新型城市的南京模式》中。在2009年第26次江苏发展高层论坛上，我在发言中提出苏南地区过去的发展先后抓住了两个机遇：发展乡镇经济的机遇和发展开放型经济的机遇。现在，正在迎来第三个机遇，这个机遇就是发展创新型经济的机遇。我发言的主要观点反映在会后发表的《向创新型经济转型——后危机阶段的思考》一文中。2010年我又中标国家社科基金重大招标项目“基于自主创新能力增进的产学研合作创新研究”。尔后围绕此研究课题发表了一系列的论文和专著。我对发展创新型经济主要提出了如下理论观点：
首先是将创新型经济内涵的表述为：体现资源节约和环境友好的要求，以知识和人才为依托，以创新为主要驱动力，以发展拥有自主知识产权的新技术和新产品为着力点，以创新产业为标志的经济。发展创新型经济主要涉及以下几个方面的转型：增长方式的转型，由主要靠物质（资本、劳动、土地）投入推动增长转向创新要素（知识、技术、制度）驱动增长。产业结构的转型，不仅要求创新产业，还要求新兴产业成为主导产业。企业结构转型，科技企业成为主体。形成具有自主创新能力的产业体系，企业成为技术创新的主体，大学和科研机构介入技术创新体系。
其次是明确由技术创新向科技创新的提升反映科技进步新模式。在过去的技术进步模式中，技术创新以企业创新为源头，企业作为创新主体，自主的进行技术创新和产品创新。现在，科技创新是科学发现为源头，科技进步的新模式是由科学技术重大突破直接推动技术创新并推动产业创新。在此基础上，我提出了科技创新路线图：上游环节即知识创新环节；中游环节，即创新的知识孵化为新技术的环节；下游环节，即采用新技术的环节。技术创新主要是在中下游环节的创新；知识创新主要是在上游环节即知识创造领域的创新，这是技术创新的源头。
第三是明确我国在科技和产业创新上由跟随战略转向引领战略。现在我国已站在了新的历史起点上，国际金融危机爆发以来正孕育新的科技革命，而新科技革命的机会对我国与发达国家来说是均等的。过去，每一场新科技革命都首先出现于西方发达国家。我国由于科技水平落后，只能实施跟随战略，即学习和引进。实践证明，依靠跟随战略不可能在科技和产业发展方面赶上发达国家水平，不可能成为真正的世界经济强国。现在我国的科技进步和创新能力今非昔比，我国在科技和产业创新的某些领域与发达国家站在同一起跑线上。我们一定要抓住这次新的难得的历史机遇，与发达国家进入同一创新起跑线，占领世界科技和产业的制高点。
第四是明确创新驱动是新的发展方式的主要特征。推进自主创新特别是科技创新可以成为我国转变经济发展方式的抓手和切入口。我认为，创新驱动的经济增长是比集约型增长方式更高层次更高水平的增长方式。尽管集约型增长方式包含了技术进步的作用，但没有摆脱物质要素推动经济增长的架构。创新驱动的增长方式不只是解决效率问题，更为重要的是依靠知识资本、人力资本和激励创新制度等无形要素实现要素的新组合，是科学技术成果在生产和商业上的应用和扩散，是创造新的增长要素。创新驱动经济发展是针对全社会而言的。因此对自主创新的要求不只是新发明在某个企业那里转化为新技术，更为重要的是自主创新成果及时地在全社会推广和扩散。知识和技术等创新要素不同于物质要素，其使用具有规模报酬递增的特点，因而创新不排斥新知识新技术的广泛采用。只有当全社会都能采用自主创新成果时才能谈得上驱动经济发展。
第五是对企业创新主体和科技企业家研究。我认为，企业作为技术创新主体包含以下含义：企业是新技术的采用主体、企业是新技术的研发主体、企业是技术创新的投资主体、企业是孵化新技术的主体。在技术创新上升为科技创新后，企业不只是成为采用新技术的主体，还要主动参与到产学研合作创新的体系中，成为孵化高新技术的一个主体。其前提是企业经营者不仅成为企业家，更是成为科技企业家。所谓科技企业家，一方面具有企业家的素质，能够洞察市场需求，体现以市场为导向。另一方面具有科学家的素质，能够洞察科学新发现的科学价值，体现创新成果的先进性。科技企业家的基本功能是对产学研协同创新的组织。在产学研合作创新背景下，企业进入科学新发现孵化为新技术阶段，体现科学家和企业家的合作，在这个过程中，起主导作用的仍然是企业家。在科技创新的背景下，技术创新不仅以市场为导向，还需要以新的科学发现为导向。科技企业家对这两个方面都要进行导向。科技企业家的成长需要适合的体制机制，按照科技企业家成长的生态培育科技企业家队伍是国家创新体系建设的关键。
2012年党的十八大提出了创新驱动经济发展的战略。我围绕这个重大战略展开研究，在《论创新驱动经济发展战略》（《经济学家》2013年第1期）一文中，对创新驱动战略作了具体的阐述，特别强调创新驱动的核心是科技创新。以科学发现为源头的科技进步需要足够的投入，创新动力机制不仅靠市场机制的压力，更需要创新收益权的垄断形成的激励。
我在《产学研协同创新的经济学分析》（《经济科学》2014年第1期）一文中对产学研协同创新进行了系统研究。我认为，在现阶段的科技创新中，技术进步的源头转向了以科学新发现转化的新技术。这就需要大学、科研机构和企业共同参与到科技成果向新技术转化过程中去，由此就提出了产学研协同创新问题。产学研协同创新主要有以下几个方面的创造和理论假设：首先，产学研协同创新不只是大学和科研院所作为技术供给方，企业作为技术需求方之间的技术转移的关系。而是在科学新发现为导向的技术创新中大学和企业各方都要共同参与研发新技术，尤其是大学和企业各方共同建立研发新技术的平台和机制，在研发新技术过程中，企业家和科学家交互作用。这正是产学研协同创新的真谛。其次，产学研协同创新的环节主要在科学发现或创新的知识孵化为新技术的环节。一方面，技术创新的先导环节进一步延伸到科学向技术的转化过程；另一方面科研机构和大学不只是停留在知识创造和传播环节，其知识创新活动也延伸到了科学知识转化为新技术的领域。这样高科技的孵化领域成为知识创新和技术创新互动并协同的环节。第三，产学研协同不完全是企业、大学和科研院所三方机构问题，而是指产业发展，人才培养和科学研究三方功能的协同与集成化。具体地说，一方面作为“学”的大学中包含了科学研究机构，同时承担着科学研究的功能。另一方面“产”也不只是企业，是指产业发展，或者说产业创新。因此产学研协同从总体上说是大学与产业界的合作，涉及科学研究，人才培养的职能与产业界的合作创新。
产学研协同创新需要利益分享。知识资本和人力资本在产学研协同创新的共同体的资本结构中占主导地位，知识产权在共同体的产权结构中占主导地位，因此，协同创新的利益分享的基本要求是保障知识和技术创新者的私人收益，使其发现新技术的成本得到补偿并能得到更高的收益。只有这样，才能鼓励大学参与产学研协同创新，调动科技人员研究和开发高新技术的积极性。为了使知识资本的价值得到充分的评价，主要的制度安排集中在两个方面：一是技术资本化。在企业的股权结构中，在充分估价技术投入价值的基础上安排技术股，收入分配中充分实现投入的技术价值。二是技术商品化。在技术转让时科技成果得到科学的评估，以充分实现其价值。大学作为创新中心同企业作为创新主体的合作。这种协同创新不是简单的项目合作，而是共建创新平台的合作，是利益共同体。政府在其中起着引导和集成作用。
我是研究《资本论》出身的，也是受《资本论》理论魅力的吸引而进入经济学研究领域的，我先后作为中央马克思主义研究和建设工程的专家，参与或主持了马克思主义研究和建设工程教材《马克思主义政治经济学概论》和《〈资本论〉导读》的编写。我对马克思主义经济学的研究主要体现在两个方面，一是突出马克思主义经济学在社会主义现阶段的应用性，即马克思主义经济学创新研究。二是突出马克思主义经济学中国化研究。
早在1999年，我就在《南京大学学报》第4期发表《由批判转向建设——研究〈资本论〉的思路》一文，明确提出在社会主义阶段学习和研究《资本论》需要转变思路，更多的从建设新社会的角度学习和掌握其基本理论和方法。因此我对《资本论》研究的着力点放在寻求指导当今改革和发展的理论渊源。我认为学习和研究《资本论》的目的在于两个方面：一是学习和掌握《资本论》的世界观和方法论；二是学习和掌握《资本论》分析和解决问题的工具。经济学就是要用经济概念和经济范畴来分析问题和解决问题。马克思主义经济学的经济概念、范畴、理论模型很多，在今天仍然是我们分析经济问题的重要手段。根据经济发展的需要，明确在当前阶段所要保留和运用的《资本论》的经济范畴和原理，本身就是对马克思主义的坚持和发展。按此思路，我领衔编著的《〈资本论〉的现代解析》于2005年由经济科学出版社出版（目前已再版多次）。该书结合我国改革开放和社会主义现代化建设的新实践，联系当今世界经济的新发展，深入研究了马克思主义经济学在当代面临的重大理论和实践问题，在对马克思主义经济理论进行系统梳理的基础上，揭示了马克思主义经济理论的时代特征和现代价值。可以说，这是挖掘马克思主义经济思想宝库的又一次新的和成功的尝试。2011年我在《光明日报》发表《马克思主义中国化的指南》一文，进一步强调以《资本论》为代表的马克思主义经济学原著对现实经济改革和发展的指导作用。
我认为，马克思的《资本论》为现实的社会主义经济发展提供的指导思想，不仅包括其关于社会主义经济特征的论述，更为重要的是其一般经济理论。其中，最重要的又是市场经济理论。《资本论》论的是资本，它面对的是市场经济，从这一意义上说，《资本论》是市场经济论。当社会主义市场经济得到确认后，《资本论》中阐述的一系列市场经济原理自然可以得到应用。比如，商品货币理论、竞争理论、地租理论、信用经济理论、经济周期理论，等等，这些理论不只是对我国现阶段的经济改革的制度设计，而且对企业家参与市场经济活动的决策都有很强的指导作用。很多人认为《资本论》只是研究生产关系的。我认为其实不完全如此，生产力和生产关系的矛盾分析，是马克思主义政治经济学的基本方法。在社会主义条件下，政治经济学科研和教学的任务，是研究经济规律，研究先进社会生产力发展的方向，研究生产关系适应生产力发展方向的调整。因此，各种所有制经济都应该进入政治经济学研究的视野。着眼点不是不同所有制之间的斗争，或者说不是谁战胜谁的问题，而是寻求平等竞争共同发展的有效路径。
2009年，针对由美国次贷危机引发的全球金融危机，我在《经济学家》发表论文《虚拟经济及其引发金融危机的政治经济学分析》，根据马克思主义政治经济学原理和分析方法，分析那场发生于现代资本主义国家的金融危机。2007年美国爆发“次贷危机”并引发2008年世界金融危机，进一步引发我们对经济制度的政治经济学思考。现在，资本主义国家在金融领域爆发的一次次危机，其根本原因仍然没有超出马克思当时的判断。美国最近几次爆发金融危机的事实不仅一次次宣告市场自我调节的失败，而且对作为政府干预理论基础的宏观经济理论提出挑战，从而牵动宏观经济理论的突破：首先是宏观经济的范围扩大到资本市场上的资产价格总水平；其次是虚拟经济领域成为市场失败的主要方面。
早在2003年，我就在《政治经济学评论》发表《政治经济学的与时俱进》一文，后来几乎每年都会发表1篇关于马克思主义经济学中国化的论文。我认为，马克思主义政治经济学是中国特色社会主义理论的重要理论基础，中国特色社会主义经济理论是马克思主义经济学中国化的成果。在新的历史条件下，应该深入总结新中国成立60年以来特别是改革开放30年来社会主义经济建设以及改革开放的历史经验，进一步推进马克思主义政治经济学的创新与中国化。
马克思创立的政治经济学对未来社会基本特征的设想或基本规定性，对后来社会主义国家的实践起了方向性指导作用。但我觉得有两个方面原因仍然需要中国的创造。一方面，马克思当时预见的社会主义经济制度与现实的社会主义实践存在很大的差别。另一方面，马克思当时只是规定未来社会的基本特征，并没有对未来社会的经济体制作具体规定。因此现实的社会主义经济制度和经济体制的中国创造过程，就是马克思主义关于社会主义的基本原理与中国实践的结合过程，也是马克思主义政治经济学的现代化和中国化的过程。
我对马克思主义经济学中国化的研究强调了三个观点：首先，以发展社会生产力为目标建立社会主义的经济学理论。实践马克思关于社会主义规定性的基本途径，是创造实现这些规定性的经济条件，特别是依靠发展生产力创造实现社会主义规定性的物质基础。解放和发展生产力，增进国民财富，达到共同富裕，是政治经济学研究的使命。其次，从实际出发探寻社会主义初级阶段的经济制度。经典的社会主义经济制度是在发达的资本主义社会基础上建立起来的。实践中的社会主义不是产生于发达的资本主义社会，而是处于社会主义初级阶段，生产力水平不高，社会主义生产关系也不成熟。这样，政治经济学的历史任务就是对社会主义初级阶段的经济规律进行研究，探求社会主义初级阶段的基本经济制度及其实现形式。再次，总结我国社会主义经济建设的实践，构建中国特色社会主义经济理论体系。依据中国特色社会主义理论体系，全面总结我国社会主义建设的经验和教训，特别是改革开放以来中国特色社会主义建设的成功实践，包括中国特色的新型工业化道路、中国特色的农业现代化道路、中国特色的城镇化道路。在此基础上构建中国特色社会主义经济理论体系，就成为政治经济学的现实任务。