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我真正进入经济学的学术殿堂，应该从1980年进入南京大学经济系攻读政治经济学专业硕士研究生算起。伴随着中国经济改革开放和经济发展，我开始了激情澎湃的学术研究生涯。当时影响我国改革方向的关于计划和市场的讨论在学术界已经展开。在导师的指导下，我选择了经济调节机制作为研究课题，硕士论文的选题为《论社会主义商品生产的调节机制》。论文在界定调节机制、市场机制、市场调节等范畴的基础上系统阐述“国家运用经济杠杆调节市场机制，市场机制调节企业活动”的调节机制模式。
1985到1987年我在中国人民大学攻读博士学位期间，正是国家进入改革大潮时期，急需改革理论和对策支撑。我跟上了这个大潮，除了和导师合作研究社会主义经济运行机制外，就改革和宏观调控也发表了多篇有影响的学术论文。我在《经济研究》1985年第5期发表的《论社会主义商品生产调节机制》获全国中青年经济改革优秀论文奖。我和导师卫兴华、同学魏杰合作发表的《论企业活力与企业行为约束》，1987年获得了孙冶方经济科学奖。同年撰写的《企业行为和社会主义商品生产的动力机制》获得了中国企业改革和发展优秀论文奖——金三角奖。我的博士论文《经济运行的均衡与非均衡分析》1988年被上海三联书店作为经济学文库的第一本专著出版，受到学术界的广泛关注。
1987年10月我博士研究生毕业到南京大学工作，学术研究进入了脚踏实地阶段，主要是面对经济改革发展的实际进行理论研究。
一方面继续在博士研究生阶段进行的经济运行机制市场化研究。1988年论文《经济运行机制的转换：有序和无序》入选中宣部、教育部、中国社科院和中央党校联合召开的纪念十一届三中全会十周年理论研讨会，并获得了该研讨会的优秀论文奖。对“经济运行机制”的研究及由此形成的“国家调节市场，市场调节企业”的经济调节理论，是我登上经济学殿堂的第一级阶梯。在后来的研究中，从经济运行机制的角度研究政府和市场的关系一直是我攀登经济学研究高峰的道路。我是国内较早研究社会主义市场经济的学者之一。早在1992年4月我就在加拿大麦吉尔大学、蒙特利尔大学以《中国走向市场经济之路》为题作讲座。我1992年12月29日在《人民日报》发表的《建立社会主义市场经济体制是一场革命》一文中写道：公有制同市场经济的结合本身是一场革命，它不仅是对社会主义认识的革命，同时会牵动现行各种体制的革命。1993年我又和胡福明等同志合作编写了《社会主义市场经济论》一书，这是国内论述社会主义市场经济最早的论著之一。
另一方面是进入经济发展理论和政策研究的新领域。经济发展水平较高的长三角地区所面临的一系列发展问题，吸引我进入经济发展研究领域。我博士毕业到南京大学后主持的第一个课题是“江苏发展外向型经济研究”，我对江苏省发展外向型经济提出了自己的看法。鉴于研究的规范性和接地气的对策建议，课题成果马上就得到了江苏省委省政府的支持和认可，我的学术思考和研究报告的应用价值得到了体现。从此，我的大部分研究都跟江苏的经济发展现实问题有关。尤其关注苏南模式及其发展，并对“新苏南模式”进行了总结。我回到南京大学后面向长三角地区尤其是苏南模式的研究，使我的研究接上了“地气”。
基于对我国处于经济发展前沿的长三角地区的发展实践的研究，我将实践研究的成果上升为理论。1990年7月我与林金锭合著《发展经济学通论》一书出版。我国发展经济学权威谭崇台教授称该书是“将西方发展理论同中国实际结合的第一本著作”。1992年由我主持的国家社会科学基金重大项目“社会主义经济发展中的资金积累和集中”的最终成果形成的专著《发展资金论》在人民出版社出版。1994年8月我在高等教育出版社出版了《市场经济条件下的经济发展》，1998年该书被评为教育部优秀哲学社会科学成果二等奖。2000年我又在该出版社出版《发展经济学与中国经济发展》。2004年国务院学位委员会经过严格的评审，将该书列入研究生教学用书。
1994年1月我参加教育部组织的青年经济学家考察团考察美国，在福特基金会的安排下，到哈佛、麻省理工、斯坦福等世界一流大学的经济学院，拜会了一批世界一流的经济学家。1995年至1996年我以访问教授的身份到新加坡南洋理工学院从事了整整一年的教学和研究工作。1999年中美两国元首确定中美各派5名（五个学科各1名）杰出学者互访作讲座。我被中美双方专家组成的委员会评审通过，并经两国政府批准作为经济学科的专家以FULBRIGHT杰出学者的身份应美国国务院邀请于2000年9月访美。先后在哥伦比亚大学、杜克大学、耶鲁大学、霍布金斯大学等著名大学就中国的市场化和中国的经济开放作学术报告。自此，我的学术研究也就进入了面向世界的阶段，经济学知识也得到了更新，回过头来再研究中国的改革和发展也有了更为广阔的视野。最为突出的成果主要有四个：
一是对参与国际分工的战略研究。1997年发表在《经济研究》上的论文《从比较优势到竞争优势——兼论国际贸易的比较利益理论的缺陷》，曾经是CSSCI检索引用率最高的前50篇经济学论文之一。后来又连续就此问题发表了多篇论文。
二是对可持续发展的研究。1997年我的“乡镇企业发达地区农业的可持续发展系统研究”项目获得国家自然科学基金资助。其成果《可持续发展经济学》（商务印书馆2000年版）可以说是国内最早研究可持续发展的经济学著作之一，2002年获教育部优秀人文社会科学成果三等奖。
三是对经济增长方式的研究。1999年发表在《经济理论与经济管理》第3期的论文《增长方式和国民经济的可持续发展——东亚的经验和教训》及发表在《管理世界》同年第4期的论文《论经济增长方式转变的基本内涵》，这两篇可以说是国内较早研究经济增长方式转变的论文。
四是创办江苏发展高层论坛。1996年在时任南京大学校长曲钦岳的支持下创办南京大学江苏发展研究院，并与时任江苏省委书记陈焕友创办“江苏发展高层论坛”。从1997年1月举行第1期到2014年已有33期，从陈焕友到回良玉、李源潮、梁保华、罗志军，历届省委书记、省长等省领导都会出席。江苏省的一些重大发展战略的出台都先要在“江苏发展高层论坛”上进行讨论，然后形成省委的重大决策。该论坛被历届领导誉为省委省政府的“智库”。
进入21世纪，中国的改革和发展进入全面推进阶段，我的学术研究也进入了一个新阶段。虽然在2003年担任南京大学党委书记以后十多年行政工作繁重，但我的学术研究没有放松。这一阶段的学术研究主要体现在四个方面：
一是继续对经济运行的市场化研究，主要在两个方面进行：一方面是对市场秩序和规范的研究。2002年我的“建立和规范社会主义统一市场秩序研究”课题入选国家社会科学基金重点项目。我就市场对资源配置的调节作用，建设统一市场，建立市场规范和秩序等问题发表了一系列的成果。其最终成果《市场秩序和规范》2007年由上海世纪出版集团列入《经济学文库》出版，2009年获全国高校人文社会科学优秀成果二等奖。基于对市场秩序和转型经济学的长期研究，2013年党的十八届三中全会作出市场决定资源配置的决定后，我即在《红旗文稿》和《经济研究》发表关于市场决定资源配置和更好发挥政府作用关系的论文。另一方面是对转型经济学的研究。2005年我申报的《转型经济学》被列入教育部十一五国家级规划教材，该教材2008年在高等教育出版社出版，是国内最早的转型经济学教材之一。该书针对我国正处于经济转型阶段的实际，既研究经济转型的目标，又研究经济转型的路径。作为该方向研究的延续，我还关注经济改革的中国模式，经济发展的中国道路研究。2012年，我访问联合国总部，会见联合国秘书长潘基文，在联合国总部作了关于中国经济发展道路的专题演讲。
二是基于对苏南模式的跟踪研究，研究新阶段的城乡、工农关系。2004年，我的“经济转轨中城乡互动、工农互促的协调发展道路问题研究”获得国家社会科学基金重大招标项目（重点）资助。围绕这一课题重点调研苏南地区的城乡关系变迁，并就新苏南模式发表了一系列研究成果，其中包括：《苏南模式的演进及其对创新发展模式的启示》（《南京大学学报》2007年第2期），参与主编：《创新苏南模式研究》（经济科学出版社2007年版）、《改革开放30年：苏州经验》（古吴轩出版社2008年版）、《基于科教资源优势建设创新型城市的南京模式》（经济科学出版社2007年版），分别对无锡、苏州、南京等苏南城市的创新发展模式进行案例研究。论文《苏南模式的演进和发展中国特色社会主义的成功实践》2008年12月入选中宣部、教育部、中央党校、中国社科院纪念十一届三中全会30周年理论研讨会。2008年发表在《经济研究》上的《工业和城市反哺农业和农村的路径研究》在学界产生较大影响。著作《反哺农业、农民和农村的路径和机制》（经济科学出版社2008年版）入选2008年新闻出版署第二届“三个一百”原创图书奖。近年来又主持了罗志军为首席专家的国家社科基金重大招标课题《东部地区率先基本实现现代化研究》，并且就新型城镇化发表了一系列论文，其中包括：《新阶段的城镇化需要政府积极引导》（人民日报2013年7月17日），《新阶段的城镇化：目标和路径》（张卓元主编：《十八大后十年的中国经济走向》，广东经济出版社2013年版），《城郊农村城镇化的有益探索》（人民日报2014年1月13日）。
三是研究创新型经济。我于2006年承接了时任南京市委书记罗志军同志关于南京市自主创新问题的研究课题。在研究过程中，我意识到发展创新型经济将成为经济发展的新机遇。在2009年7月的江苏发展高层论坛上，我提出江苏转向发展创新型经济的建议。2010年5月18日又在《人民日报》发表《抓住良好机遇推进自主创新》一文。当年中标了国家社会科学基金重大招标项目“基于自主创新能力增进的产学研合作创新研究”课题，自此我的研究重点转向创新驱动型经济，并就此课题发表了一系列的成果，其中包括：《创新型经济：经济发展的新阶段》（经济科学出版社2010年版），《科技创新与创新型经济》（《管理世界》2011年第7期），《科技创新中的企业家及其创新行为》（《中国工业经济》2012年第6期），《论创新驱动经济发展战略》（《经济学家》2013年第1期），《产学研协同创新的经济学分析》（《经济科学》2014年第1期）。
四是研究马克思主义经济学及其中国化。我是从学习马克思主义经济学开始进入经济学殿堂的，因此对马克思主义经济学有着特别的感情。对马克思主义经济学中国化的研究是我一生的追求。我先后担任全国综合大学《资本论》研究会会长、中央马克思主义研究和建设工程政治经济学教材专家组成员，《资本论导读》教材首席专家。2006年我又接过老一辈经济学家宋涛教授的班，担任了全国高校社会主义经济理论与实践研讨会领导小组组长，该理论研讨会每年举行一次，在高校乃至中国经济学界具有很高的影响力。这些都给我进行马克思主义经济学中国化研究提供了机会。我对马克思主义经济学的研究主要集中在两个方面。一是对马克思主义经济学原著的研究。我认识到研究马克思主义要揭示其现代价值，要为当代经济社会建设服务。按此思路我从1996年起至今没有间断亲自给博士生讲述《资本论》课程。以此课程讲义为基础的《〈资本论〉的现代解析》（经济科学出版社2005年版）出版后在国内产生较大影响，被列入国家重点图书出版规划，多次再版。2012年又和张宇教授合作主编了《马克思主义经济学经典精读：当代价值》在高等教育出版社出版。二是对马克思主义经济学的创新研究。早在攻读政治经济学博士学位研究生期间就与同学一起发表了《实践对经济理论的严重挑战》一文，博士研究生一毕业就联合当时全国高校刚毕业的经济学博士编写了《社会主义政治经济学》（中国青年出版社1988年版），这本教材可以说是国内最早的反映中国市场化改革方向的教材。我和逄锦聚、林岗等教授从2002年起在高等教育出版社出版的《政治经济学》至今已出版了五版，获得了国家优秀教学成果一等奖。除此以外，我对马克思主义经济学中国化研究的主要论文有：《社会主义现阶段的政治经济学范式》（人民日报2005年1月14日），《马克思主义经济学的创新和马克思主义经济学中国化》（《经济学动态》2007年第7期），《在新的历史起点上发展中国的政治经济学》（《政治经济学评论》2010年第1期），《马克思主义经济学在社会主义初级阶段的时代化和中国化》（《经济学动态》2011年第10期），《马克思主义经济学的时代化》（人民日报2012年10月31日）。