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我1950年出生于江苏常州。1968年12月，初中毕业后响应号召，到武进县新桥乡插队开始知识青年的生活。1970年加入中国共产党，并被推选为所在大队党支部副书记。插队的经历对我后来从事经济学研究产生了深远的影响。亲眼所见、亲身感受到的中国农村的贫困、农民的贫苦、农业的贫瘠，使我在后来的研究中始终怀有一种使命感，就是要高度关注“三农”问题，积极探索改变中国城乡“二元结构”问题。农村生产管理上的一些经历，加深了我对计划经济弊端的认识。比如，有一些农业生产的规律性东西，作为知识青年的我其实并不懂，但却简单地根据上级下达的任务布置生产，结果并不符合农村实际。所谓的“割资本主义尾巴”，不允许农民种植经济作物，实际上是严重背离了经济规律。这些亲身经历对我后来从事经济研究具有很强的启迪和警示性。
1973年，我进入南京师范大学俄语专业学习。生在那个时代的人，大多有着复杂的求学经历。但只要保有一颗渴求知识、追求上进的心，就总能找到向上攀登的阶梯。我非常珍惜这个来之不易的机会，如饥似渴地汲取知识的养料。在临近毕业时，因中苏关系紧张，俄语成为冷门专业，学校同意俄语班的同学选修其他课程。我趁此机会接触到了政治经济学、哲学、党史等政教系课程。当时，讲授政治经济学的李振坤教授刚被从牛棚里放出来，她倾注多年心血积累的教学经验，专门为我们讲授政治经济学。马克思主义政治经济学严谨周密的理论逻辑和博大精深的思想力量，深深地吸引了我。从此，我踏上了漫漫的求学经济学的征程。1976年，我毕业后留在南京师范学院（现南京师范大学）马列室、政教系从事教学科研工作。1978年我参加了江苏省委党校的理论研讨班，用一年时间攻读《资本论》，为报考经济学研究生打下了基础。
1980年，我考取南京大学经济系车济炎、王心恒两位老师的研究生，从此正式步入了经济学学术殿堂。1982年10月我从南京大学经济系毕业，获经济学硕士学位，并留在南京大学经济学系工作。
1984年我考取了中国人民大学经济系卫兴华教授的博士生。卫兴华老师对我的学术成长影响很大。无论我从事何种工作、取得多少成绩，都归功于当年恩师的指导和教诲。我是卫教授的第一届博士生，卫教授指导非常用心，他提出的培养目标让我非常感动：“我不仅要把你们培养成为经济学博士，更要把你们培养成经济学家。”在中国人民大学读博的经历对我的学术研究概括起来有三个方面的影响：一是卫教授治学坚持“三不”原则。即“不唯书，不唯上，不唯风”。这一治学理念对我后来的学术研究产生了很大影响。二是卫教授做学问的逻辑性非常强，无论是著作文章，还是课堂讲授，卫教授的表达都体现着很强的逻辑性。我的文章注重逻辑性的源头就是受卫兴华老师的影响。三是建立研究团队。读博期间，我参与了两个研究团队，一个团队就是导师卫兴华、同学魏杰和我，我们三人当时联名发表的著作有两本，论文有10多篇。如，合著完成的《社会主义经济运行机制》，是国内第一本关于经济运行机制的专著，在学术界获得了很高评价；《经济运行机制概论》获中国图书一等奖。我们联合发表的《论企业活力与企业行为约束》，获孙冶方经济学奖。另一个团队是韩志国、魏杰、我，我们三个年轻人当时经常聚集在一起讨论改革问题，然后由其中的一人执笔形成成果，在1985年到1988年的几年之间，这个团队联名发表的论文数居于国内经济学发文量的前列。我认为，在青年人出道的时候，如果能够联合起来，形成合力，会有更大的创新力和影响力。关于这段经历对自己成长的意义，我经常讲给自己的学生听，并要求他们也坚持这些原则，培养这种精神。我希望学生们之间只有竞赛，没有竞争。卫兴华教授曾经有过这样的评价：马凯、魏杰和洪银兴都有一个共同的特点，就是来学校之前就有了丰富的工作经历，他们知道学习机会来之不易，所以非常用功，且能理论联系实际。
1987年10月，我从中国人民大学经济系毕业，获得经济学博士学位。回到南京大学工作。长三角地区所面临的一系列发展问题，进而推演到中国经济发展中遇到的问题，进入我的研究视野。于是，我把自己的研究重点转向发展经济学。虽然没有留在中国经济学研究的重镇北京，身在南京的我所研究的课题同样追寻着中国经济发展最前沿领域。发生在东部沿海地区如火如荼的改革发展实践，其中存在的一些亟需解决的问题触发了我强烈的研究兴趣。我决心，在努力做到理论研究“顶天”的同时，更要做到应用研究的“立地”。一定要直面改革发展中提出的现实问题，独立思考，开出药方来。
20世纪80年代和90年代是中国改革开放最富有激情的时期，我紧紧追随着时代的脉搏，不断进行理论创新，伟大的时代加上自己不懈的努力，使我收获了一些荣誉。1988年3月31日《中国青年报》在“论苑新人”栏目中以《“江南才子”不神秘》为题，介绍了我的学术进步过程。同年，南京大学破格晋升我为教授，并任南京大学经济系主任，这是国内经济学界当时最年轻的教授，也是当时“一流大学”中最年轻的经济系主任。1989年第25、26期《瞭望》周刊以《弄潮儿向涛头立》为题介绍了我。我1989年获教育部颁发的霍英东高校优秀青年教师（研究类）奖，1991年获国务院学位委员会和国家教委颁发的“作出突出贡献的中国博士学位获得者”称号，1992年享受政府特殊津贴，1994年获“国家级有突出贡献的中青年专家”称号，1997年和2002年两次被评为江苏省“333”第一层次学科带头人。
1995年，我开始担任南京大学国际商学院院长。1997年担任南京大学副校长。2003年11月，经中共中央批准，担任南京大学党委书记（副部长级）。这一年，我53岁。
从插队知识青年、俄语专业的本科生“跳槽”到经济学领域，我在完成“人生转身”的同时取得了一些学术上的成就。这些成就首先归功于导师的教导、指引，除此之外，我觉得始终保持勤奋、谦虚、执着、勇于创新、奋力探索的精神，也是我得以不断前进的原因所在。
从1997年担任南京大学副校长，2003年担任学校党委书记，到2014年卸任，我在学校行政领导岗位上整整工作了17年。无论行政工作多么繁忙，我一直都没有放松学术研究，始终坚持学术上的追求。现在，从学校领导岗位退下来，回到自己钟爱的学术研究中去，对我而言是一种享受，我可以更加自由地在经济学研究领域耕耘，为中国经济学学科发展贡献自己的一份力量。