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财务报表分析是以财务报表提供的信息为基础的，财务报表客观上存在局限性，必然导致财务报表分析的局限性，同时容易让财务报表使用者产生判断偏差。
会计计量的历史成本属性具备可靠性，但相关性不足，公允价值计量属性相关性高，可靠性却难以保障，而且公允价值信息具有顺周期性，金融危机中体现得尤为明显。
财务报表分析方法旨在克服单项财务指标分析所存在的局限。然而财务报表分析方法本身也存在一定的局限。第一，未从企业经营的角度进行分析。目前的财务报表分析仅以报表数据为基础，并通过简单的数据或比率分析来判断企业经营成果的优劣，而没有将财务报表分析上升到企业经营的高度。因此，这种分析不能找出企业活动与其财务状况和经营成果之间的内在联系，且容易割裂财务报表与企业经营活动之间的关系，导致财务分析与企业管理分析脱节。第二，未关注企业会计质量的高低。会计政策的可选择性影响了财务报表数据，为盈余管理提供了空间。目前的财务报表分析只是对经过会计系统处理后的财务数据的单纯分析，并未对影响会计质量高低的会计政策、会计估计及披露进行分析和评价，因而难以保证作为分析基础的财务报表数据的准确性和客观性。
不论是传统的以历史成本为计量基础，还是历史成本和公允价值并行的双重计量属性，财务衡量模式偏重有形资产的评估和管理，对无形资产和智力资产的评估与管理显得无力。无形资产和智力资产的评估实质是对智力劳动成果的衡量，对无形资产和智力资产的评估需要根据实际投入成本、市场现实的与潜在的交易价格、未来预期现金流量等大量主观、客观的信息，需要采用重置成本、市价调整、现金流量贴现等财务模型，需要评估人员具有深厚的专业知识及丰富的实践经验。虽然公允价值评估第三级现金流量贴现评估技术可以借鉴，但主要针对金融工具、衍生金融工具和套期保值业务的公允价值评估对于第三级评估技术的应用也是严格限制、谨慎使用的。由此可见，传统财务衡量模式仅满足以投资促成长的工业时代，而不能有效满足信息时代的需求。
现有的财务分析主要是结合财务报表进行指标分析，而这些指标并没有关注到企业战略性软指标范畴，主要包括企业品牌价值、技术、知识、人才、行业特征、产品开发能力等指标。这些战略性软指标是衡量企业价值的重要组成部分，在关注企业财务指标的同时也应该考虑这些因素。
财务报表分析的核心不是指标的计算，而是对指标所进行的价值判断。这种价值判断与企业的历史状况和企业所处外部环境状况密不可分。
历史分析就是要把企业的财务指标与本企业的历史数据进行比较。以盈利能力分析为例，企业通过改变相关会计政策而进行盈利管理一般只造成利润的时间性差异，而不是永久性差异，如通过延长折旧年限、降低年折旧率虽然可以提高当年的利润水平，但如果进行适当的历史分析，就会发现会计政策的不一致性及企业利润的异常变化。
环境分析包括微观行业环境和宏观经济环境。从微观行业环境分析角度看，综合评分法的行业指标作为评价基准是非常好的实践，但微观行业环境分析还远不止于此。从宏观经济环境分析角度看，需要财务分析师有战略眼光和敏锐的洞察力。2008年爆发的金融危机暴露出了公允价值较之于历史成本加剧了市场波动的顺周期效应。但从公允价值的定义来看，有序交易是其运用的一个前提，但在“价格下跌—资产减计—恐慌性抛售—价格进一步下跌”的恶性循环中并不存在有序交易，当时的公允价值信息已经不具有公允反映资产价值的特征。另一方面，在经济繁荣时期，宏观经济环境分析有助于解读财政政策、货币政策、利率政策对企业的影响，有助于洞悉市场泡沫，有助于提高价值判断的准确性。
企业的经济业务日益复杂，国内外经济形势日益复杂，如果只应用财务指标进行分析，很有可能无法完全反映企业真实的经营状况。当企业大量地投资于顾客、供应商、员工、流程、科技创新等方面后，企业创造出无形资产、智力资产价值时，财务指标是无法评估的，相应绩效衡量也不准确。近年来越来越重视非财务指标的应用，可以从《企业绩效评价操作细则》中“定性评议指标”的结合窥见一斑。非财务指标反映的往往是那些关系到企业长远发展的关键因素。通过把财务和非财务指标结合起来加以应用，可使企业得到更加准确的评价，弥补了仅分析财务指标的不足，可使整个财务报表分析更加全面。
在分析企业财务报表时，企业除了用一些非财务指标进行补充评价外，还需要对企业的经营状况进行“非量化”指标的补充。由于企业的经营成果往往很难完整地表现出来，有一些是可以“量化”进行衡量的。如，营业收入、货币资金、应收账款等均可以通过“量化”形式反映出来。但是，企业很多方面是无法用“量化”衡量的。如，品牌价值、员工积极性、品牌竞争力及客户质量、银行信用等。所以，如果不把“量化”和“非量化”的指标相结合起来，就无法完全反映企业真实的经营状况。在评估企业经营成果时，只有对企业的经营状况进行“量化”和“非量化”指标相结合评价分析，才能更进一步对企业财务报表分析更加完整。
财务报表分析的核心在于“真实评价”企业的经营状况和财务成果。它要求在进行财务报表分析的时候不能仅侧重于技术分析，应全面、系统、动态地分析企业的财务状况及其经营成果，还要从经营战略角度进行全方位综合考虑。因此，财务报表分析不仅要关注财务报表本身，还要结合会计报表附注，对于上市公司各种管理层的管理报告也是值得详细解读的重要信息来源。“董事、监事、高级管理人员和员工情况”反映了企业基层员工到高层管理人员的综合素质，“公司治理结构”是企业取得经营业绩的基石，“董事会报告”反映了企业战略发展方向。财政部2007年推出《企业内部控制规范》，从2010年1月开始在上市公司及大型国有企业中执行，2010年底，执行企业要出具内控自我评价报告，这将为财务分析提供大量有价值的表外信息。