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财务报表分析是一个复杂的过程。管理者的内部信息对理解会计信息至关重要，管理者对会计的操纵权也可能使会计信息反映的问题与真实经济状况存在差异。一般的外部信息使用者很难掌握内部信息，更无法判断管理者所做的估计和判断的合理性，即使有审计报告予以鉴证，仍然无法排除其主观成分。这样，一般的外部信息使用者往往无法准确地认识企业的业绩状况，而有效地进行财务报表分析来提高分析者对企业业绩和未来的前景的认识。为了有效地分析会计信息，使分析工作能够顺利进行并对分析过程中的判断作出恰当的评价，因此保证分析质量，建立规范与合理的财务报表分析程序有着十分重要的意义。
建立规范而合理的分析程序，目的是使分析工作能够有序地顺利进行，并对分析过程中的正确判断和最终结果做出恰当的评价。虽然财务报表分析是一个研究和探索的过程，具体分析程序和内容是根据分析目的个别设计的，不存在唯一的分析程序，但是分析过程的一般程序让财务报表分析具有一定程度的类似性。财务报表分析工作，一般应当按照图2-2所示的程序进行。
图2-2 财务报表分析的程序
明确分析目的是财务报表分析的灵魂，财务报表分析过程始终是围绕着分析目标而进行的。分析目标确定之后，就应当根据分析目标确定分析的内容和范围，并明确分析的重要内容，分清主次和难易，并据此制订分析工作方案。分析工作方案一般包括：分析的目的和内容、分析人员的分工和职责、分析工作的步骤、完成各步骤的标准和时间等。只有制订周密的工作方案才能保证分析工作的顺利进行。
收集、整理和核实资料是保障分析质量和分析工作顺利进行的基础性程序。一般来说，在分析的技术性工作开始之前就应占有主要资料，切忌资料不完全就着手技术性的分析。
整理资料是根据分析的目的和分析人员的分工，将资料进行分类、分组，并做好登记和保管工作，以便使用和提高效率。
核实资料是这道程序的一个重要环节，目的是保证资料真实、可靠和正确无误。对企业财务报表及其他相关资料要全面审阅，如发现有不正确或不具有可比性之处，应要求改正或剔除、调整。经过注册会计师审计过的财务报表，必须认真审阅注册会计师的审计报告，特别关注非标准意见的审计报告。另外，对其他资料也应该核实，摸清其真实可靠程度，并分清有用和无用，对无用的资料、真实可靠程度低的资料应当舍弃不用。
分析方法恰当与否，对分析的结果和分析的质量有重要影响。一般应根据分析的目标、内容选用适宜的分析方法。在分析过程中，对各项数据和原因作出判断，整个分析过程就是判断过程。分析结束后，要对分析的对象作出中肯评价，评价要态度鲜明，切忌模棱两可，莫衷一是。一般认为，可以依次从财务报表质量分析、财务分析入手（详细内容参考后面章节内容）。
此外，在对企业进行全面了解后，还可以根据分析目的，进行有针对性的专题分析。例如，作为收购与兼并的各方，企业的竞争优势从潜在利益、合并后的成本和收益均是分析的重点，这是谈判的重要依据及确定价格的重要参考。此类专题分析还包括财务预警分析、财务盈利预测分析、资产重组、债务重组、信用评估等。
财务分析报告是分析组织和人员反映企业财务状况和财务成果意见的报告性书面文件。财务分析报告要对分析目的作出明确回答，评价要客观、全面、准确，要作出必要的分析，说明评价的依据。对分析的主要内容、选用的分析方法、采用的分析步骤也要简明扼要地叙述，以备审阅分析报告的人了解整个分析过程。此外，分析报告中还应当包括分析人员针对分析过程中发现的矛盾和问题提出的改进措施或建议。如果能对今后的发展提出预测性意见，则具有更大的作用。