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所谓清算是指将买卖股票的数量和金额分别予以抵消，然后通过证券交易所交割净差额股票或价款的一种程序。清算的意义，在于同时减少通过证券交易所实际交割的股票于与价款，节省大量的人力、物力和财力。证券交易所如果没有清算，那么每位证券商都必须向对方逐笔交割股票与价款，手续相当烦琐，占用大量的人力、物力、财力和时间。
证券交易所的清算业务按“净额交收”的原则办理，即每一证券商在一个清算期（每一开市日为一清算期）中，证券交易所清算部首先要核对场内成交单有无错误，为每一证券商填写清算单。对买卖价款的清算，其应收、应付价款相抵后，只计轧差后的净余额。对买卖股票的清算，其同一股票应收、应付数额相抵后，只计轧差后的净余额。清算工作由证券交易所组织，各证券商统一将证券交易成视为中介人来进行清算，而不是各证券商和证券商相互间进行轧抵清算。交易所作为清算的中介人，在价款清算时，向股票卖出者付款，向股票买入者收款；在股票清算交割时，向股票卖出者收进股票，向股票买入者付出股票。