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这是一个十分复杂的问题。大规模的变异（这个名词一般都包括了个体差异）很明显是有益的。在一定的时期内，个体的数量大，那么出现有利变异的机会也就多一些，就算是每一个个体的变异量比较少，也能够得到一定的补偿。因此我一直认为，个体数量的多少可以说是决定成功与否的非常重要的一个因素。诚然，大自然是能够给予很长的时间让自然选择去进行工作，不过，我们要知道大自然不可能给予我们无限的时间去等待。这是因为所有的生物都尽力地在自然环境中争夺着自己的一方位置，不管是哪种物种，要是没能够跟着它的竞争者出现应该有的程度上的变异还有改进的话，那么就会遭遇被绝灭的命运。有益的变异最少有一部分是通过后代遗传而来的，如此，自然选择才可以发挥出它的作用。返祖倾向也许会经常来抑制或阻止自然选择的作用，不过，这样的倾向是无法阻止人类用选择的方式去形成许多家养族的，那么它也就不可能胜过自然选择，然后独自发挥自己的作用。
水边的放牛人
在有计划的人工选择中，饲养者们为了各种各样的目的进行了不同的选择，如果仍凭个体进行自由杂交，那么他们的工作就会面临全部的失败。不过，在很多饲养者那里，就算是暂时还没有改变品种的想法，他们却是有一个与品种有关的，基本达到完善的共同标准，试图获得最为优良的品种来繁殖后代。人类此种无意识的选择看起来是没有将选择下来的个体分离开，但是一定能够让这些个体缓慢地得到一定的改进。自然状态中的选择也是这个样子的。因为在有限的区域中，有的地方的自然体系中姑且还存在着一些空缺的位置，按照这个思路去想，所有朝着正确方向变异的个体，就算是变异的程度有些不一样，也都会被保存下来。不过，如果是在一个相当大的地区里，其中的一些小区域基本上一定会呈现出不一样的生活条件，假如同样的一个物种，在不同的区域里出现了变异状况，那么这些新形成的变种，就会在各个区域的边界地带进行杂交。我们在后面的章节中将会进行详细的阐述。生存于中间区域的那些中间变种，时间一长，一般都会逐渐地被邻近的一些变种所代替。只是那些每次生育都不得不进行交配的、游动性很大的，并且繁殖率不是很高的动物，尤其会深受杂交的影响。因此说，具有这些本性的动物，比如鸟，它们的变种通常只局限于隔离的地区中，至少我见到过的情况就是这个样子的。那些只是偶然会进行杂交的，雌雄同体的动物，以及那些每次生育都不得不进行交配但极少会迁移，并且繁殖非常快的动物，就可以在随便一个地方用最快的速度形成新的以及改良后的变种。而且这些类型的生物一般都可以在生存的环境中很快地聚集成群，接着大范围地散布开去。因此这些新变种的个体一般都要互相交配。依据这个道理，园艺者通常都喜欢从大群的植物中留存种子，因为它们在大群中杂交的机会减少了。
甚至对于那些每次生育都必须进行交配，并且繁殖速度还不快的动物来说，自由杂交也不可能消除和影响到自然选择的效果。因为我能够找出大量的事实进行说明。在相同的一个地区，同一物种的两个变种就算经过了很长的时间以后，仍然可以清楚地区别开来，这是这些物种栖息的地点不一样，繁殖的季节稍微有一点点的不同，或者是每个变种的个体喜欢与自己变种的个体进行交配的原因。
想要使得同一物种或者是同一变种的个体在性状上一直保持着纯粹的状态还有一致性，那么，杂交在自然界中就发挥着非常重要的作用。对于那些每次生育都不得不进行交配的动物来说，这样的作用明显很大。不过我们在前面就已提到过，我们可以毫无疑问地相信，不管是哪种动物还有植物，都有可能偶然地进行杂交。就算是在等过很漫长的时间之后才进行一次杂交，通过这种方式生出来的幼体绝对在强壮以及能育性方面都远远超过那些经常靠自己连续自营受精的生物所产生的后代。于是这些个体就会获得更为不错的生存机会和繁殖后代，发扬自身种类的机会。这样下去，就算是间隔的时间会很长，总的来说，杂交的影响依然是很大的。而对于那些最低等的生物，它们不进行有性生殖，不存在个体的结合，更不可能进行杂交。但是，如果在相同的生存条件中，它们想要保持性状的一致性的话，就只好通过遗传的原理还有借助自然选择，将那些与固有模式偏离太多的个体都摒弃，这样才能够让性状保持一致。如果生活的环境发生了改变，生物的类型也出现了变异，那么就只有依靠自然选择去保存相似的有利变异能够让变异了的后代得到性状方面的一致性。
加拉帕戈斯陆龟是加拉帕戈斯群岛独有的生物，加拉帕戈斯群岛与外界隔离，拥有自己独特的生态环境。
隔离，是通过自然选择产生物种变异的另一个非常重要的因素。在一个范围不怎么大，具有局限或者是被隔离起来的地区中，有机的还有无机的生活条件通常情况下基本上是一致的。因此说自然选择就会偏向于使同种的所有个体依据同样的方式进行变异，同时，与周围地区中生物的杂交也会因为这样而受到阻碍，华格纳之前就曾发表过一篇关于此问题的论文，十分有趣。他在论文中提到，隔离在妨碍新变种进行杂交方面所发挥的作用，比之前自己所设想的还要大很多。不过依据前面提到的理由，我不论怎么样都不会同意这位博物学者提出的那些观点。迁徙还有隔离，是出现新物种所必须具备的因素。如果气候、陆地高度等外界条件出现了物理变化以后，隔离在阻止那些适应性比较强的生物的出现方面一样具有非常重要的作用。所以说，这个区域中自然组成中的新场所就空出来了，同时会因为原有生物的变异而被填充起来。最终，隔离为那些新出现的变种提供了缓慢改进的时间。这一点在很多情况之下是相当重要的。不过，如果隔离的地区太小的话，或者是在它们的四周存在着障碍物，还有一种情况就是物理条件非常难得，那么生物的数目就会很自然地变少，如此一来，对变异发生有利的机会就会减少一些，那么通过自然选择来诞生新的品种就会受到一定的阻挠。
如果仅仅是时间的推移，这本身是没有什么作用的，既不会对自然选择有什么益处，也不会影响或者阻碍自然选择的进行。我专门说明这一点的原因在于，有的人误以为我曾假定时间这个因素在改变物种上有着最为重要的作用，就像是所有的生物类型因为一些内在法则，一定会出现变化一样。时间为什么重要，只在于它能够让有利变异的发生、选择、累积还有固定拥有比较好的机会，在这方面它的重要性确实是不可以忽略的。而且，它还可以增强物理的生活条件对各种生物体制所造成的直接影响。
假使我们转到自然界中去验证这样的说法是不是正确的，而且我们所进行研究的，只是随便一处被隔离的小区域，比如海洋岛，尽管生活在那里的物种的数目非常少，就像我们将要在《生物的地理分布》一章中所要讲到的。不过，很多物种的绝大部分都是当地所特有的，这也就意味着，它们只会出生在那个地区而已，世界上的其他地方是没有的。所以乍一看上去，海洋岛对于产生新的物种是十分有利的。只是，如果真的是这么想的话，我们可能已经欺骗了自己。为什么呢？原因在于，如果我们要确定到底是一个隔离的小地区，还是一个开放的大地区比如一片大陆，最有利于生物新类型的产生，我们就应该在相同的时间里去进行比较。很显然，这些是我们所无法做到的。虽然说隔离对于新种的产生是十分重要的，但是从整体来看的话，我更倾向于相信区域的宽阔对于物种的新生才最为重要，尤其是在产生可以经历长久时间的，并且可以广为分布的物种时更是如此。在那些宽阔并且开放的区域中，不只是因为那里能够维持同种的大量个体生存，从而让有利变异的发生具有比较好的机会，同时还因为那里已经有许多的物种存在，所以外界条件非常复杂。这种情形下，如果很多的物种中有的已经发生了变异或得到了改进，那么其他物种一定也会在相应的程度上进行改进，不然就会被消灭掉。每一种新类型，当它们获得了极大的改进之后，就会将目标转向开放的、相连的其他地区了。所以随着发展就会与很多其他的生物类型展开各种各样的生存斗争。此外，在广大的地区，尽管现在是连续的，但是因为之前地面的变动，所以常常表现出并没有连接的状态。所以隔离的最好效果，在一些范围中，通常是存在过的。自此，我能够做一些总结，尽管小的隔离地区在一些方面对于新种的产生是非常有益的，到那时，变异的过程通常是在大的地区中更快一些，同时最为重要的是，在大地区里产生出来的并且还是经过战胜过许多竞争者斗争的新类型，一定是那些分布得最遥远，并且发展出最多新变种还有物种的类型。所以说它们在生物界的变迁史中会处在一个相当重要的位置之上。
鸭嘴兽突出的喙柔韧圆滑而且触觉敏锐
按照这样的观点，我们对于在《生物的地理分布》一章里还要讲到的一些事实，基本上就能够理解了。比如，较小的大陆上，就像澳大利亚，那里的生物现在与较大的欧亚地区的生物比起来，就会发现它们逊色很多。还有，生活在大陆上的生物可以在各处岛屿上被顺利地驯化。在小岛范围内，生存的竞争一般都不怎么剧烈，那些地方发生变异的情况就比较少，同时物种被绝灭的情况也就较少一些。所以，我们就能够理解，为什么希尔会说马得拉的植物区系，在一定程度上非常像欧洲已被灭亡的第三纪植物区系。所有的淡水盆地湖泊池塘等合并起来，同海洋或陆地相比较，也不过是一个小小的地区。所以，淡水生物之间的斗争也不会像其他地方那么竞争激烈。正因为如此，新类型的产生也就比较缓慢。同步进行着的是，旧类型的灭亡也会比较缓慢。硬鳞鱼类在很久以前是一个很占有优势的目，现在我们只能在淡水盆地中勉强找到它遗留下来的七个属。同时，在淡水区域中，我们还可以找到现在世界上几种形状最为奇怪的动物，比如鸭嘴兽还有肺鱼，它们如同化石一样，与如今在自然等级上相距非常远的一些目或多或少地存在一些联系。这些奇形怪状的动物我们能够称之为活化石，因为它们生存于局限的范围之中，而且因为变异非常少，所以彼此之间的生存斗争也基本上不怎么剧烈，所以它们才得以一直存留到现在。
如今，让我们在这个非常复杂的问题所允许的范围中，对经过自然选择产生新种的有利条件以及不利条件进行一个小小的总结。我所得出的结论是，对陆栖生物来说，地面经历过很多次变动的广大地区，最适合产生许多新生物类型，不仅适于这些新生物长期生存，而且还有利于新生物的广泛分布。如果这片地区是一块大陆，那么生物的种类还有个体均会不计其数，于是就会陷入非常严酷的斗争中。如果地面下陷，大陆被分为几个大岛，那么每个岛上依然会生存着很多同种的个体；在每个新种分布的边界上所进行的杂交就会遭到一定的抑制。不论是经历了什么样的物理变化之后，迁入也会遭到一定的妨碍，因此每个岛上的自然组成中的新场所，一定会因为原有生物的变异而得到填充。时间也可以准许每个岛上的变种充分地进行变异以及改进。假如地面又升高了，又一次成为大陆，那么就会再次出现十分剧烈的斗争。最为有利的或得到改进的变种，就可以在这个时候充分地分布开去，而那些改进较少的类型大部分都会遭到残忍的灭绝。同时，新连接的大陆上的各种生物的相对比例数也会出现新的变化。此外，这个地方又会成为自然选择的优良的活动场所，更进一步地去改进生物，进而再次产生出更为优秀的新种来。
我完全承认，自然选择的作用通常情况下是非常缓慢的。只有在一个区域的自然组成中还留有一些地位，能够由现存生物在变异后依然较好地占有，这种情况下自然选择才会发挥其作用。此种地位的出现，一般都决定于物理变化，这种变化经常是非常缓慢的。还有，除了之前所提到的以外，还受较好适应的类型的迁入有多少受到阻止的影响。有一小部分原本就有的生物一旦出现了变异，那么别的生物之间的互相关系就会被彻底打乱。于是就能够创造出新的生物，等待适应能力较强的类型填充进去。不过这一切发生得非常缓慢，虽然同种的所有个体在一些比较细小的程度上存在着各种差异，但是想要让生物体制的各部分出现最适合的变化，那么就需要相当长的一段时间了。这样的结果又常常会受到自由杂交带来的明显的延滞。很多人会说这多种多样的原因已足可以抵消自然选择的力量了。我认为不会这样的。不过我一直相信自然选择的作用通常都是十分缓慢的，必须要经过相当长的一段时间而且只可以作用于同一地区的一小部分生物身上。我也更加相信这种缓慢的、断续的结果，与地质学告诉我们的，这个世界生物变化的速度和方式是十分吻合的。
选择的过程固然非常缓慢，假如力量薄弱的人类还可以在人工选择方面有很多作为的话，那么，在相当长的一段时间中，经过自然力量的选择，也就是通过最适者生存，我认为生物的变异量是没有终点的，所有的生物彼此之间，还有和它们的物理的生活环境之间，相互适应的神奇并且复杂的关系也是没有终点的。