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两宋时期，儒教正处于形成和成熟期。这一时期的儒教思想在封建社会内部处于统治地位。其代表人物程颢、程颐和朱熹将儒教学说进一步发展，提出了“存天理，灭人欲”的思想。
那么，何为“天理”、“人欲”呢？所谓“天理”、“人欲”是二程（程颢、程颐）、朱熹从“道”、“气”、“理”与“器”中演绎出来的。在他们看来，“理”就是“天”，即“天者理也”，简而言之就是“天理”。二程认为是“天理”生化的“气”，创造了世间万物。朱熹在阐述这一问题时，基本同意二程的观点，但又吸收了“太极”的概念。他说，“太极乃天地万物之理，太极生阴阳，理生气也”，继而“气之轻者便为天，地处中而不动，非为下也”，然后，“天地生，五行独先，继生万物”。经过一番周折，天地万物终于生化出来。
程颢像
北宋哲学家、教育家。
这时还有另外一个重要问题有待解决，那就是人的生化。二程以为“人生于气”，人自始至终受“气”的规定和制约。朱熹则说，“人生于二气五行运行之际”。同时，朱熹还指出，“理一分殊”，万物由“太极”生化而来，是为“理一”；“太极”又生化出万物常理，即所谓“分殊”。在这个问题上，二程提出，天理“在天为命，在义为理，在人为性”。这就是“天地之性”和“气质之性”的思想。朱熹发展了这一思想，认为“天地之性”体现于“理”，是善的；而当“理”赋予每个人身上时，要与这个人初生时的“气”相交融，才生成“气质之性”。所以“气质之性”有善和不善之分。
朱熹把人性分为“天地之性”和“气质之性”。那么，这二性又体现在什么地方呢？他认为，“天地之性”和“气质之性”都体现在人心，“心，主宰之谓也”，“无心则无以见性”。在此基础上，他进一步指出，“人只一心，知觉从耳目之欲上去，便是人心；知觉从义理上去，便是道心”。朱熹还说，“道心者，天理也”，“人心者，人欲也”。有鉴于此，为了使人树“道心”，去“人心”，就不得不“存天理，灭人欲”，或者说“革尽人欲，复尽天理”。
二程、朱熹等人的“存天理，灭人欲”的思想使得“三纲五常”神秘化，并成为儒教的正统思想和儒家学者的修炼方法。这是封建统治者最希望看到的，因为他们用这种方法达到了蒙蔽民众的目的。这种思想对中国后世社会贻害无穷。