在喜克索斯人占领下埃及之前,古埃及军队主要是由贵族属地的农民和工匠组成的轻装步兵。他们的装备非常简陋,不穿戴任何盔甲,武器主要有弓箭、标枪、匕首、棍棒、投掷棒和盾牌等。
喜克索斯人占领了下埃及之后,为了战胜入侵者,退守上埃及的埃及军队开始进行军事改革。这时的埃及军队开始正规化,军队将领由贵族担任,各个兵种也相继出现,如使用厚盾和攻城槌的攻城部队、成鱼鳞状分布排列的梯队、挖地道的先锋队等。另外还有雇佣军——努比亚弓箭手。兵器也变为标枪、战斧、半月刀(这是第一次出现)和匕首,装备了由皮套和金属甲组成的盔甲。这一时期,古埃及军队出现了战车部队。战车上有驭手一名,士兵两名,装备有弓、标枪和长矛。
埃及军队的指挥系统是:法老、将军、营长、传令官、参谋、尉官和军士。军队最大单位是军团,每个军团有4000个步兵和1000辆战车;一个军团有10个营,一个营分为两个连,一个连分为5个排,一个排分为5个小队。