本案涉及单位犯罪和职务侵占罪的认定两个问题。
关于单位犯罪的认定,首先要界定单位犯罪的主体范围,本案涉及的主要问题是,“二级单位”能否成为单位犯罪的主体?其次,案中的走私行为在性质上应为单位行为还是实施者的个人行为也有待探讨,亦即单位行为的认定标准问题。最后考虑单位犯罪的主观罪过形式,在可以证实单位法人代表、董事及总经理等负责人事先并不明知的情况下,是否仍可将违法行为归责于单位自身?
本案还存在另一个争议点,即职务侵占罪的客体的认定。犯罪嫌疑人A1、A2是在犯罪过程中实施的职务侵占行为,其所侵占的所谓“本单位财物”属于违法财物,那么,违法所得的“本单位财物”能否受刑法保护呢?