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南京总司令徐绍桢，受各省代表的委托，朗读了孙中山的就职书：
维汉曾孙失政，东胡内侵，淫虐猾夏，帝制自为者垂三百年，我皇汉慈孙，呻吟深热，慕法兰西、美利坚人平等之制，用是群视众策，仰视俯画，思所以倾覆虐政，恢复人权，乃断头揕胸，群起号召，流血建义，续法、美人共和之战史。今三分天下，克复有二，用是建立民国，期成政府，拣选民主，推置总统。佥意能尊重共和，宣达民意，惟公贤；廓清专制，巩卫自由，惟公贤；光复禹域，袁克定河朔，举汉、满、蒙、回、藏群伦，共覆于平等之政，亦惟公贤。用是投匦度情，征压纽之信，众意所属，群谋佥同。既协众符，欢欣拥戴。
要知我国民久困钤制，疾首蹙頞，望民主若岁，今当公轩车莅任，苍白扶杖，子女加额，焚香拥彗，感激涕零者何也？忭舞自由，敦重民权也，用是不吝付四百兆国民之太阿，寄二亿里山河之大命，国民之委托于公者，亦已重哉。继自今惟公翼翼，毋违宪法，毋拂舆意，毋任威福，毋崇专断，毋昵非德，毋任非才，凡我共和国民，有不矢忠矢信，至诚爱戴，轩辕、金天，列祖列宗，七十二代之君，实闻斯言。代表等受国民委托之重，敢不尽意，谨致大总统玺绶，俾公发号施令，崇为符信，钦念哉！
徐绍桢读毕，孙总统大声答应道：“一定竭尽全力，不辜负百姓！”顿时又是一片欢呼，大家都大声呼喊着：“中华民国万岁！中华民国共和万岁！中华民国四万万同胞万岁！”军乐奏了一遍又一遍后，大家才各自回家。三天后，黎元洪当选为副总统。
政府暂时模仿美国组建内阁，不设总理，把各省代表分作九个部，每部一个部长，一个次长，由孙总统提名人选，然后代表团进行投票表决，票数过半就通过，再由总统任命。这是中华民国第一次组织内阁，黄兴担任陆军总长，蒋作宾为次长，黄钟瑛担任海军总长，汤芗铭为次长……其他各部也都依次确定了人选。政府的行政机关已经组成，接着各代表开始组织立法机关——参议院，每省选出三人共同组成中华民国立法机关。
这些都安排好之后，国家首先处理外交方面的事务。孙总统承诺清政府之前欠的所有外债都由中华民国归还，以前与外国签订的条约依然有效，并承诺保护各国侨民和宗教信仰自由。接着就是对内的整顿，政府下令剪掉辫子，废除跪拜礼，撤销阶级制度，以后再也没有“大人”“老爷”等称呼了。说到刑法，虽然司法部已经设立，但军务还没完全解决，所以暂时沿用军律，陆军总长颁布了临时军律十二条：
凡任意掳掠、（被禁止）妇女、焚杀平民，及未奉长官命令，擅封民房财产、硬夺良民财物等五条，最为大罪，犯即枪毙。勒索强买，与私斗伤人，这二条论情抵罪。还有五条，是私入良民家宅、行窃赌博、纵酒行凶，及各种滋扰情形，均酌量罚办。
其他部长也各司其职颁布了相关政策，并逐渐施行。教育这一项最应该改良，所有的学堂都改名为学校，教科书和教员按情况安排，允许男女同校。这便是民国的一些重要政治措施。
满清政府依然在北京。直隶、河南两个地方还没有独立，以前的山东巡抚孙宝琦一会儿依附民军，一会儿服从清廷，两面三刀。东北三省也是墙头草摇摆不定，新疆、内蒙古、青海、西藏消息十分闭塞，早就改革的山西和陕西被清军袭击，他们多次向民国请求支援，孙中山不得不和九部的成员商议统一的办法。
当时，清军代表唐绍仪和民军代表伍廷芳已经商议了好几次，伍代表提出了四个条件：一是废除满清政府；二是建立共和政府；三是优给清帝岁俸；四是满人除在新政府效力外，凡年老穷苦的人，均优给赡养。这几个条件跟唐代表的意见不符。唐代表受清廷所托，就算想施行共和体制，也不能说推翻满清政府之类的话。唐代表与伍廷芳辩驳了数次后，依然主张君主立宪制。伍代表也不让步，最后两人定了个两全的办法：召集国会，每省派出三个代表参加会议，把选择哪种体制的问题交给大众决定，再由双方签字。唐代表纠结了一番之后还是答应了，只是开会的地点还没定下来。
后来袁世凯传来电报说，他反对在上海开会，并且说每个省才三个代表，不能代表所有百姓，唐绍仪之前没有收到通知就做决定未免越权了，本总理难以承认等等。您想想，这唐绍仪明明是袁总理的全权代表，却遭到了袁总理反对，还有什么全权可言？唐代表当天就辞职了，袁世凯只好直接给伍廷芳打电话商议议和的事情。正说着，消息传来，南京已经组织了新政府，孙中山和黎元洪也已经上任，正副总统都已经有了人选，这可把袁世凯吓得不轻，他立马发电报给南方，诘问伍代表：
国体问题，由国会解决，现正商议正当办法，自应以全国人民公决之政体为断。乃闻南京忽已组织新政府，并孙文受任总统之日，宣示驱逐满清政府，是显与前议国会解决问题相背，特诘问此次选举总统，是何用意？设国会议决为君主立宪，该政府暨总统，是否立即取消？务希电复！
伍代表接到电报后，立即回复袁世凯说：
现在民军，光复十七省，不能无统一之机关，在国民会议未议决以前，民国组织临时政府，选举临时大总统，此是民国内部组织之事，为政治上之通例。若以此相诘，请还问清政府，国民会议未决以前，何以不即行消灭，何以尚派委大小官员？又前与唐使订定，谓国民会议，取决多数，议决之后，两方均须依从。来电所诘问者，请还以相诘，设国会议决为共和立宪，清帝是否立即退位？亦希答复为盼！
袁世凯看了这电报，气不打一处来，于是到处发电报，命令山西、陕西、安徽等地的清军四方牵制民军，大有强攻的气势。但他暗中却让唐绍仪守在上海拖住民军代表，暂时别撕破脸皮。软硬兼施，这袁世凯还真是有一套。
这时南京政府也为难起来，各省代表团纷纷进书要求发兵打仗。山西陷入了危险，急忙求救。紧接着娘子关、太原也相继失守，求救的警报不断传来。陕西潼关的民军拼死抵抗，虽说最后打赢了，但还是处于危险之中，也多次求救。安徽徐州一带也有抵抗不住的消息。南京政府于是赶紧下令派湖南、湖北作为第一军向京汉铁路进军，宁波、安徽作为第二军向河南进军，两军在开封、郑州会合，第三、第四军也向山东前进，在济南会合。秦皇岛、陕西民军分别作为第五、第六军，等前四个军队一胜利，就一齐攻打北京清政府。孙总统还给北方将士发去电报说：
民国光复，十有七省，义旗虽举，政体未立，凡对内对外诸问题，举非有统一之机关，无以达革新之目的，此临时政府，所以不得不亟为组织者也。文以薄德，谬承公选，效忠服务，义不容辞，用是不揣绵薄，暂就临时之任，藉维秩序而图进行，一俟国民会议举行之后，政体解决，大局略定，敬当逊位，以待贤明。区区此心，天日共鉴。凡我同胞，备闻此言。
惟是和平虽有可望，战局尚未终结，凡我籍隶北军诸同胞，同是汉族，同为军人，举足重轻，动关大局，窃以为有不可不注意者数事，敢就鄙意，为我诸同胞正告之：
此次战事迁延，亦既数月，涂炭之惨，延亘各地，以满人窃位之私心，开汉族仇杀之惨祸，操戈同室，贻笑外人，我诸同胞不可不注意者此其一；古语云：“民之所欲，天必从之”，是知民心之所趋即国体之所由定也，今禹域三分光复逾二，虽有孙、吴之智，贲、育之勇，亦讵能为满廷挽既倒之狂澜乎？我诸同胞不可不注意者此其二；民国新成，时方多事，执干戈以卫社稷，正有志者建功树业之时，我同胞如不明烛几先，即时反正，他日者，大功既定，效用无门，岂不可惜？我诸同胞不可不注意者此其三。要之义师之起，应天顺人，扫专制之余威，登国民于衽席，此功此责，乃文与诸同胞共之者也。如其洞观大势，消释嫌疑，同举义旗，言归于好，行见南北无冲突之忧，国民蒙共和之福；国基一定，选贤任能，一秉至公，南北军人，同为民国干城，决无歧视。我诸同胞当审斯义，早定方针，无再观望，以贻后日之悔，敢布腹心，惟图利之！
这一篇宣告书让北方将士也开始蠢蠢欲动，南方各省纷纷发电报要求开战，一时间，北伐的声音四处响起，袁世凯被骂得一文不值，都说他是满清的奴隶、汉族的走狗。学生、女子纷纷组成北伐队，就连戏子们也都卸下戏服，投身到了北伐军的队伍中。不久，学生卫兵、女子津武军、男女红十字会等纷纷出现，多得数不胜数。
各国的侨商见时局危险，生怕影响到自己的生意，于是联名向清廷发电，要求赶紧确立政体，安定大局。那些皇亲国戚跟良弼、铁良等人就组成了一个宗社党，极力反对民军，还说宁愿让外国占领中国，也不让汉人统治等等。秘密会议上，他们也说，不管是谁在商量议和，清政府绝不会改变国体，宁可背水一战与国家共存亡。真是大言不惭啊！特别是良弼，他情绪最为激烈，极力劝隆裕太后主战，还痛斥袁世凯对清廷不忠，早应该让他下台。就在隆裕太后犹豫不决之际，袁世凯已经得到消息，干脆自己辞职了。
这边还没得到回复，甘肃、新疆就传来警报，说两地的将军都被革命军杀了。接着蒙古活佛、西藏喇嘛也宣布独立，并把清廷派来的驻守大臣一律驱逐出境了。唉，隆裕太后虽然也经历了几次灾难，但一天之内受到这么多次惊吓，怎么能不忧心呀？她没有办法，只好去跟庆亲王商量。庆亲王还是极力推荐袁世凯，隆裕太后就想，这满清宗室里，就只有庆亲王还算靠谱了，既不像那些年轻人做事冲动鲁莽，也不像那帮老人顽固不化。
于是，隆裕太后立即让庆亲王下令留住袁世凯，还封袁世凯为一等侯爵。袁世凯满口的不愿意，还收拾行李，做出一副马上就要走的样子，庆亲王苦苦挽留他，他才勉强答应留下来，只是不肯接受封爵。这倒不是袁世凯多么淡泊名利，而是对于一个想要做皇帝总统的人，小小的侯爵又怎么能满足他呢？庆亲王走后，袁世凯就给唐绍仪秘密发了一份电报，让他去找伍代表商量。伍代表将得到的消息汇报给孙总统，孙中山微微一笑，给袁世凯也回了一份电报：
北京袁总理鉴：文前日抵沪，诸同志属组临时政府，文义不容辞，只得暂时担任。公方以旋乾转坤自任，即知亿兆属望，惟目前地位，尚不能不引嫌自避，故文暂时承乏，而虚位以待之心，终可大白于将来。望早定大计，以慰四万万人之渴望。
原来袁世凯在密电中提出让孙中山必须让位给他，他才肯同意施行共和体制，推翻清朝。孙中山为了顾全大局，竟然甘心让位。袁世凯这才放心大胆地做出了以后的很多事情。