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施今墨一生倡导中医革新，首次开辟了“中西医结合”的新思路，他主张中西医团结合作，共同为人民健康服务。
“西医的仪器设备有助于明确诊断病情，但西医在治疗方法上不如中医多样有效。治疗疑难大症，必须集中优势兵力，一鼓作气，才能见效，如果因为喜欢哪种医而选择哪种医，这不是一个医生应具备的医德。”施今墨说。
而在当时，听说利用“中西医结合”治病，很多固守传统的人被吓坏了，他们认为犯了祖宗的大忌，这种思路极不可取。
施今墨主动让儿子、女儿和女婿去日本学习西医。他对儿子施小墨说：“学习了西医之后，就可以用先进的医学设备为病人进行检查和诊断。就像对肺炎的治疗，西医可以通过验白血球、量体温很快得出诊断结论。有了中医知识，只是一条腿走路，再学好了西医，就变成两条腿走路，两条腿走路，才能走得更快、走得更远。”
施今墨从标准化规范化入手，进行中医改革。中医病名繁杂难懂，他率先打破框框，把西医的疾病名称引入中医诊疗之中，统一病名，还把自己研制的中药命名为气管炎丸、高血压速降丸、神经衰弱丸，开创了用西医病名来命名中成药的先河。他早年主办的《文医》半月刊上，就多次刊载“中西病名对照表”。
1931年，施今墨在北京创建中央国医馆，进行中医辨症的同时，将西医诊疗器械引入自己的医院，使用听诊器、体温表、血压计，并设立化验室。
1932年，他用自己行医的收入创办华北国医学院，除开设中医基础和临床课程外，还史无前例地首次在中医学校中特别开设了30%的西医课程，西医课程以西医基础理论为主，开设人体解剖、生理病理、细菌学、内科、外科等课程。一直到现在，我国各大中医学院开设的课堂中，西医仍是必修之课。
施今墨鼓励学生运用西医的检查和化验手段，并与西医专家共同切磋医疗方法，所以他的学生思路都很宽。在他的影响下，学生都能灵活运用中医和西医，所以临床上都有较好的疗效。
华北国医学院学生很多都成为当代中医学界之栋梁，对振兴中医药学起到了承前启后的重要作用。在施今墨办学的十几年中，共办16期，毕业学生600余人，现分布在全国，都是中医的骨干力量。