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1917年元月，吴阶平出生于江苏省常州城的一个殷实之家。父亲为他取名“泰然”，号“阶平”，希望儿子的一生，哪怕遇上高山也能走得平平坦坦。
尽管出生在军阀混战的年代，但在温暖的大家庭的庇护下，吴阶平的童年幸福而安宁。他的父亲吴敬仪是前清秀才，思想开明，为人正直，有精明的经商头脑。辛亥革命不久，清末商人盛宣怀要将10万两银子从湖南转到上海，当时正值兵荒马乱，日本人也盯上了这笔巨款，盛宣怀找到吴敬仪帮忙想办法。在吴敬仪的授意下，盛宣怀将这10万银两在湖南全买了美孚煤油，由水路运到上海后，油价暴涨10倍。盛宣怀感激不尽，将赚到的钱分一半给吴敬仪，吴敬仪将这些钱入股盛宣怀的纱厂。
用纱厂赚来的钱，吴敬仪在家中办私塾，高薪聘请博学多才的老师教自己的四个儿子读书。他还经常请在纱厂工作的美国人的孩子到家里做客，与自己的孩子一起玩耍，这使得吴阶平四兄弟从小就说得一口标准的美式英语。
吴敬仪认为，孩子们不要从政，因为官场太腐败，从政容易身败名裂；也不能从商，因为社会动荡，经商容易倾家荡产。孩子们要吃一生的饭，必须学一门技术，旧中国不盖房子，所以不能学建筑；旧中国不制造机器，所以不能学制造；唯一的办法是学医，医生终归是有人需要的，学医不仅能治病救人，还能保证一生衣食无忧，永不失业。
那时候，位于北京东单的清朝遗老的“豫王府”被美国石油大王洛克菲勒买下来拆掉，在原址上盖起了协和医学院。吴敬仪听说了刚创办不久的协和医学院，便极力鼓励大儿子吴瑞萍去报考，吴瑞萍果真考上了。
有一天，吴阶平在院子里玩耍，他淘气地骑着自行车，边骑车边拍皮球玩，正得意着呢，突然摔倒在地，右臂骨折，当地的医生帮他接好了手臂，但过了很久，仍不能活动自如。吴瑞萍放假回家，将弟弟带到北京，去自己就读的协和医学院治病。
吴阶平进了协和医学院，感觉像进了一座迷宫，无限向往。他也要考进协和医学院！协和医学院当时非常难考，考上了也很难毕业。每年只从全国的优秀考生中择优录取20多人，学生学制3年预科，5年本科，前后8年，教授多为美国人，教学全用英文，学生考试75分才算及格，进校时的20多名学生，一路淘汰，到毕业时，往往只有10多人能拿到纽约大学授予的博士学位。
16岁，吴阶平中学毕业，顺利考入燕京大学，完成了协和医学院预科班三年的学业，1936年正式进入协和医学院就读。1939年，病魔缠住了他，他患了肾结核，被切去右肾，不得不休学一年。而毕业时，他依然是那一届毕业学生中成绩最优秀的一位。
从16岁进入燕京大学医学预科起，吴阶平把自己的一生都奉献给了他所热爱的医学事业。他说：“我从来没有想过不做医生而去从事其他职业，我很早就决定做医生。当然，这应该说是我父亲的决定。”
由于吴敬仪的决定，他的四个儿子都进了协和医学院。周总理曾说：“吴家兄弟就可以开一个医院。”吴阶平这一辈，四兄弟都成了有名的医学专家：大哥吴瑞萍是儿科专家，吴阶平是泌尿外科专家，老三、老四吴蔚然、吴安然分别是国内知名的外科专家和免疫学专家。