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“中医哲学”是以中医学为研究对象的哲学学科，是中医学的思想基础和理论指导。从其学科属性上说，中医哲学既是中国哲学的分支，是中国哲学的重要组成部分，又是科学哲学的分支，是科学技术哲学 （医学哲学）的重要组成部分。从其学术内涵来说，中医哲学是中医学的世界观和方法论，是关于中医的哲学反思和超越。
中医哲学运用哲学的观点和方法，研究中医学领域中具有世界观和方法论意义的一般理论问题。它不同于中医学内部各门具体学科的具体内容，它所重点研究的是思维规律和哲学范畴在中医学中的特殊体现。它必须从中医学的实际情况出发，而不是从外部将哲学观点强加给中医学。中医哲学要求在综合考察中医学发展的历史和现状，深入探讨生命活动和疾病过程普遍规律的基础上，对中医学的医学观、天人观、生命观、疾病观、治疗观、方法论等一般理论问题进行探讨。
中医学是在中华传统文化的大背景下产生的，中华传统文化的核心是中国传统哲学，因此从本质上说，中医学是建立在中国传统哲学的基础之上的，这一点可以从中医学采用的理论范畴上得以说明。中医哲学的范畴主要有气、阴阳、五行，这些范畴经过从哲学到医学的演变过程。 “气”是中国古代哲学的重要范畴，被中国古代一些哲学家用来说明宇宙的本原、本体。中医学采用 “气”的范畴借以说明人体生命的本质、动力。“阴阳”和 “五行”由一个实体概念转变为一个哲学范畴后，分别指事物对待统一的属性和五种基本功能属性，“阴阳五行”从 《黄帝内经》开始就成为中医学的最基本概念，在中医学理论和临床上得到广泛的运用。不仅如此，随着中医学的发展，“气-阴阳-五行”还成为了中医学的最基本的思维模式。这一思维模式具有功能性、超形态性、互换性、普适性的特点，并被中医学用来说明人体生命的生成与活动、人体生命的功能与结构、病机的产生与变化、医药的诊断与治疗。
在中国传统哲学思想的深刻影响下，在长期的医疗实践中，中医学形成了不同于西医学的思维方式。这一独特的思维方式主要表现为整体思维、意象思维、变易思维、中和思维、自觉思维、虚静思维、顺势思维、功用思维。中医学的整体思维既表现在将人体本身看成一个有机联系的整体，也表现为从人与自然、社会环境的整体联系和相统一中考察人体生理病理过程，并提出相应的治疗养生方法。中医学所要把握的不是机体的器官实体，而是人体作为活的、整体的功能结构关系。中医学的意象思维主要体现在比类取象的思维方法之中，运用比类取象，分析人的生理病理功能结构变化，建立 “藏象学说”；对疾病的认识上，将各种病症表现归结为 “证象”，建立 “辨证论治”理论体系。所谓 “藏象”“脉象”“证象”等，其本质就是 “意象”。中医学的变易思维将生命、健康和疾病看作普遍联系和永恒运动变化着的过程，不仅重视疾病的传变转化，而且重视治疗的应变而动。中医学的中和思维强调在观察分析和研究处理生命问题时，注重各种矛盾关系的和谐、协调或平衡，如在疾病的认识上，中医学侧重于 “阴阳失调”的关系性因素，提出了以关系失调为核心的病因病机理论；在治疗上，中医学注重的是宏观地调和人的阴阳状态，而不是微观地消除病原体，提出了调和致中的治病、养生学说。中医学的直觉思维又称为 “心悟”“心法”，在直觉思维过程中，人们的思维能动性被充分发挥，思维潜力得到充分发掘，从而具有逻辑思维无法代替的功能。中医学虚静思维目的是通过 “虚”心、“静”神的方法，达到生命的最佳状态，养生的 “恬淡虚无”、情志的 “清静安和”、诊脉的 “虚静为保”、针刺的 “无营众物”，都体现了这一思维特征。实践表明，这一方法不仅使人得以延年益寿，而且使人无欲无求、健康快乐。中医学顺势思维表现在顺应自然之趋势及事物的时序变化因素。无论是治则治法，还是养生预防，中医学都强调顺应人体气机之势，顺应正气抗邪之势，顺应脏腑、体质、情欲之势，顺应天时日月盈昃之势，顺应地理差异之势。这种思维方法既考虑了疾病过程中机体的各种反应性，又考虑到了各种内外因素对机体反应性的影响。中医功用思维注重从事物的功能、属性、效用出发考辨分析，从功用上把握人体藏象、从功用上认知病因病机、从功用上调节气血偏颇。这种从整体功能层面探讨生命现象、探讨疾病规律，是有积极意义的。
上述八种思维方法，并不是孤立的、割裂的，而是有密切关系的。如意象思维、功用思维等又具有整体思维的特征，意象思维和直觉思维、虚静思维又有很多相同之处。整体思维、变易思维、中和思维等思维方法体现了辩证思维的特征。可见以上思维方法的区分只是从不同角度、不同层面对中医思维进行分类。虽各有侧重但彼此渗透容纳，共同体现于中医学理论与临床体系之中。
中、西医学的本质区别是思维方式的区别，中医思维方式具有重合轻分、重用轻体、重象轻形、重时轻空、重悟轻测、重道轻技的特征；中医思维模型具有符号性、功能性、超形体性、时序性、过程性、模糊性的特性。事实证明，中医思维方式无论是在揭示人体生理、病理现象及其变化发展的规律，还是指导中医预防、诊断和治疗的临床实践，都是有效的、实用的，它使中医学具有整体、动态、灵活、简便等优点。当然，中医学思维方式也不可避免地具有历史局限性，还存在一些缺点和不足。
从哲学角度考察，中西医学在生命观、疾病观和医学观上各有优势。在生命观上，中医的优势主要体现在生命的精神层面、功能层面、整体层面、动态层面，体现在对生命复杂现象的直觉观测、灵性感悟、整体把握上。与之相比，西医则在生命的物质层面、结构层面、个体层面、静态层面，以及对生命现象的知性观测、数理分析、微观把握上占有优势。在疾病观上，中医认为疾病主要原因就是人体气血脏腑功能的失衡，中医的优势体现在未病养生的预防观念、辨 “证”求 “本”的诊断方法、发掘正气潜能、自稳自组自调节的治疗原则上。西医的优势在于对病因、病理、病位的物质性指标的精确把握，对疾病病灶的定位、定量的准确消除上。在医学观上，西医主要采用生物医学模式，并向生物-心理-社会医学模式转变，而中医从一开始就是一种综合性的、大生态、大生命的医学模式。虽然中西医学都将人的健康当作自己的目的，但如何才能获得健康，却有不同的思维，中医是和合性思维，认为人体功能的动态平衡态、稳态、和合态就是健康，因而治病的根本原则就在于 “法于阴阳，和于术数”，亦即采用调节、调和为主的治疗方法，将失衡的状态调节到动态平衡态、阴阳和谐态；西医则主要是对抗性思维，即通过对抗性治疗，杀灭致病因素，从而达到健康状态。同时，应该看到中、西医学又各自有所不足。
中医哲学的目的就在于从哲学层面阐明中医学的思维特征、文化来源、学术内涵，阐明中医学理论与临床的根本思路和基本原则，理清中国哲学与中医学的体用关系，辨明中医学与西医学的思维异同，认清中医学在现代社会的优势和劣势，从而继承并发扬中医学的优势，提高临床疗效，探明中医学未来的发展方向，为中华民族乃至世界人民的健康服务。