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除了从制度上分散政府权力以加强皇权外，明朝皇帝还用一些非正常手段监控臣民。朱元璋及其后继者在严刑峻法之外，使用廷杖等手段挫杀官员的锋芒，并以文字狱钳制知识分子的思想。明朝还发展了历史上最为强大的特务系统：锦衣卫、东厂、西厂和内行厂。这些非正常的统治手段为明王朝蒙上了阴鸷的面纱。
《大明律》书影
《大明律》在中国法制史上具有划时代的意义，它是中国明代以前各个朝代法典文献编纂的历史总结，而且还影响了清代乃至近代中国立法活动。
政治上的专制集权需要从法律、教育和思想控制等方面来巩固。洪武时期，朱元璋先后颁布《大诰》《大诰续编》《大诰三编》《大诰武臣》等文诰，这些都是完全以君主个人意志制定的。洪武三十年（1397），即朱元璋死去的前一年，颁行《大明律》，这是继《唐律》之后中国历史上的另一部重要法典。明律条文简单，但是严酷异常。终明一代，凌迟、枭首、族诛的案例达数千件，弃市达万余件。特别是明初，刑法极其严酷，加上皇帝屡兴大狱，被杀官员动辄以万计。京官每天早晨入朝，必定与妻子儿女诀别，到傍晚如果平安无事，则相庆多活一日。所以很多文人都不愿意做官。这样的严酷刑法，一方面是为了避免腐败的发生，另一方面是为了彻底压制颠覆朝廷的企图。
杀人立威是封建帝王惯用的手法之一。明朝建立后的一段时间，朱元璋借题发挥，大兴文字狱。凡被认为有损皇帝尊严、违背皇帝旨意的言论、文字，当事人都将被处以极刑。杭州府学教授徐一夔在一则贺表中用“光天之下，天生圣人，为世作则”赞扬朱元璋，但朱元璋认为其中的“生”字暗指自己曾经出家为僧，“光”指其剃光头发，“则”与“贼”字音相近，所以处死了徐一夔。这样捕风捉影的做法，无疑是为了在知识分子中造成恐怖气氛，让他们臣服在皇帝的权威之下。
午门
人们都很熟悉“推出午门斩首”这句话，实际上明、清时午门从未被当作砍头的刑场。明朝大臣在午门承受廷杖，则确有其事。
对官员压制还有一个残酷的手段，这就是有名的“廷杖”。廷杖并不是在太和殿上就痛打官员臀部，而是在午门执行的。廷杖时，有太监在侧监视，众官身穿红衣陪列朝堂，左为中使，右为锦衣卫，各30人，下列旗校百人，手执木棍。宣读廷杖命令之后，一人用麻布兜从肩部套住受刑者上身，使之不能左右移动，一人绑住受刑人双足，露出臀部受杖击。被廷杖者如果侥幸不死，也必须剜去坏肉，医治数月才能痊愈。如果监督的太监说一句“用心打”，那此人必死无疑。终明之世，廷杖不绝于书。武宗正德时期，谏阻皇帝南巡的164名官员被廷杖，死亡11人。世宗时期因为大礼仪之争，廷杖134人，死亡18人。堂堂尚书、翰林被当廷杖毙，这在中国历史上是空前绝后的。
严酷的刑法使明初的政治相当清明，但是这种恐怖统治是不能长期使用的。尤其在明后期，刑法利器掌握在宦官手中，经常被滥用，使得政治迅速腐败，满朝皆无正直之人，直接加速了明朝的灭亡。
锦衣卫木印·明
木质印信，印面边宽11.5厘米、印面厚1厘米、通高4厘米。此印缩肩平纽，有部分裂纹。印面篆刻“锦衣卫印”，背面刻“成化十四年三法司置”。
明代的特务机构，无论在规模上，在权力上，还是在组织结构上，都是史无前例的。它直接秉承皇帝的旨意，能对很多重大案件做出直接处置。
起初，朱元璋任用的亲信密探名曰“检校”，任务是专门负责侦察探听在京大小衙门的不公、不法官吏及风闻之事，事无大小，全部上奏。洪武十五年（1382），朱元璋在南京设立一个专门保卫皇帝，并从事秘密侦缉活动的军事特务机构，这就是赫赫有名的锦衣卫。锦衣卫的前身是拱卫司，洪武三年（1370）改为亲军都尉府，本是皇帝的警卫机构，有一支专门的军队。锦衣卫又添设了专门的法庭和监狱，这一改变有其特殊的原因。朱元璋大肆屠戮功臣，传统的司法机构刑部、大理寺、都察院使用起来不太顺手，于是将锦衣卫的保卫功能提升起来，使其成为皇帝的私人警察。锦衣卫负责侦缉刑事的机构是南、北镇抚司，其中北镇抚司处理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。南北镇抚司下设5个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”。“缇骑”的数量，最少时为1000人，最多时多达6万之众。
明朝前两代皇帝朱元璋、朱棣，由于其出身的特殊性，对皇权的维护有着特别强烈的欲望，这就使得锦衣卫“巡查缉捕”的职能无限度地扩大了。
锦衣卫指挥使象牙腰牌·明
锦衣卫头目利用职务之便，不遗余力地制造事端，既可以打击异己，也可以作为自己升迁的资本。如成祖时的纪纲、武宗时的钱宁，在他们掌权时，上至大臣，下至平民百姓，都处于他们的监视之下，对他们的意愿只要稍有忤逆，就会家破人亡，全国上下笼罩在一片恐怖气氛中。明初著名的内阁大学士解缙，就是被锦衣卫指挥使纪纲活埋进积雪而死的。臭名昭著的北镇抚司大牢中更是关满了各种各样无辜的人们。朱元璋晚年，鉴于锦衣卫非法滥杀太甚，命尽焚锦衣卫刑具，将狱中拘禁的囚犯交付刑部处理，明确地禁止了“诏狱”，将王朝司法权重新归还给三法司。然而，朱元璋这些举措并没有使“诏狱”就此真正消失，后世的皇帝根据自己的需要，使锦衣卫及诏狱的祸害愈演愈烈，成为明代最大的弊政之一。
东厂的发明者是成祖朱棣。他在发动“靖难之役”夺取侄子的皇位后，精神一直处在高度紧张中。一方面，建文帝未死的流言不时出现；另一方面，朝廷中的很多大臣对新政权并不十分支持。为了巩固政权，朱棣迫切需要一个强有力的专制机构，但他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来并不是很方便。朱棣在起兵过程中得到过一些宦官的有力帮助，他觉得宦官比较可靠。于是他在迁都北京之后，建立了一个由宦官掌领的侦缉机构，由于其地址位于东安门北侧（今北京王府井大街北部东厂胡同），因此被命名为东厂。东厂的首领称为东厂掌印太监，也称厂主和厂督，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。东厂和锦衣卫，逐渐由平级变成了上下级关系，在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
宪宗成化年间，京城出现妖人煽惑造反，虽然被锦衣卫和东厂一网打尽，但是宪宗仍感刺探力量太薄弱，于是增设西厂。令心腹太监汪直掌管，几个月内其规模就超过了东厂，但是5年后由于汪直的失势而被撤销。武宗时期，刘瑾专权，恢复了西厂，另设内行厂。于是东西厂、内行厂、锦衣卫4大特务机构并行，缇骑四出，天下骚动。刘瑾倒台后，武宗才撤销了西厂和内行厂。