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行政诉讼调解制度从1989年《行政诉讼法》制定以来，就成为学者们讨论的一个重要议题。主张建立行政诉讼调解制度的学者是接连不断。相对的，主张不应当建立行政诉讼调解制度的学者也是源源不绝。以下就行政诉讼调解制度立废的争论，在整理学者专家的质疑之后，进行有针对性的回应，并为行政诉讼建立调解制度提出一些观点及看法。同时，为了使我们能够直观地认识到建立调解制度的利弊，也对行政诉讼调解制度的优势和弊端进行了理性地分析。
范愉教授提出：“首先，在法制现代化的进程中，需要优先解决的是正式的法律体系的建立健全，而不是传统的、非正式机制的利用和发展；需要强调的是国家司法权的统一和至高无上的权威，而不是当事人根据多样化的社会规范进行的自治；需要重视和加强的是公民通过正式的法律途径实现自身权利的意识，而不是通过非诉讼程序进行交易、达成妥协。其次，调解等非诉讼纠纷解决方式是中国传统法文化的遗留，是特定时期法制不健全的产物，随着法制的不断健全、西方式的普适性法文化的全面引进，这些方式最终会逐步退出历史舞台，至少其功能和作用会随社会和全民法律意识的提高而逐渐衰退。再次，西方的ADR的发展是在社会高度法制化、社会主体的自律能力较强的条件下进行的，而中国普通公民目前的权利意识和自律能力则相对较低，在这种条件下提倡ADR会对权利的实现和法治的发展产生副作用。最后，当前各种现存的代替性纠纷解决方式普遍存在着种种弊端。例如，效力低、不具强制力，易被滥用，主持机构或人员素质低，规范和程序过于随意，当事人双方的实力和能力的差别导致的解决结果的某些不公平性等等。”
姜明安教授提到，在制定1989年《行政诉讼法》时，学者们对人民法院审理行政诉讼案件是否可以适用调解也有不同意见。其中主张行政诉讼案件不应当适用调解的学者的理由是：“1.行政诉讼是人民法院审查具体行政行为的合法性问题，行政行为是否合法没有调解的余地；2.调解以双方当事人能自行处分自己的实体权益为前提，但行政机关是代表国家、以国家名义实施其行为的，行政机关不能任意处分自己的实体权益，从而行政争议缺乏调解的基础；3.行政争议由于发生在不平等的双方当事人之间，如对双方调解，行政机关在调解中可能利用其权力力压对方当事人使其屈服，也可能通过牺牲国家、社会利益来与对方当事人达成协议，以避免对簿公堂中对方当事人指控自己的违法行为而可能出现的尴尬局面；4.不适用调解，不排除法院在公开审理前或公开审理中向当事人双方宣传法律政策，从而也不排除法院允许原告在认识其指控不当后撤诉和允许被告在认识其行为违法不当后改变原具体行政行为以及原告同意后撤诉。”
日本学者雄川一郎认为“行政事件诉讼上，实体法上当事人尤其是国家或公共团体之机关，并无处分权，不能认为当然得为诉讼上认诺，又裁判上之和解，由于与确定判决发生同样效果，因此，抗告诉讼之被告行政机关，与认诺相同，不得为之。在实体法上准许行政机关自由裁量的情形，在其自由裁量范围内虽有认为应准许裁判上和解，但自由裁量权与诉讼标的之处分权，并非同一；又承认依自由裁量使发生与确定判决同一效果之想法，并不妥当，因此关于此点为限，应依自由裁量之存否加以区别之理由，并不存在。又裁判外和解，如其和解契约之内容与手续，符合实体行政法时，则可准许之”
。
中国学者朱新力教授等提出行政诉讼建立调解制度将会使当事人的利益、公共利益不能更好地得到维护。因为当前的现实实践中，法院没有超然的地位，不能够限制行政机关，而行政机关与公民之间的力量又如此悬殊，调解会成为帮助行政机关作出错误行为的借口。
张峰振教授提出行政诉讼建立调解制度将会背离《行政诉讼法》的立法宗旨。因为监督行政机关依法行政是《行政诉讼法》的宗旨之一。而行政诉讼调解制度将会使行政诉讼对审查行政机关作出的行政行为的合法性变为无用武之地。所以，过度地调解将使人民法院对行政机关的依法行政无法进行司法规制。法院长期在行政案件中开展“协调和解”工作，也会使行政案件陷入只调不判，抑或更严重的是，撤诉率有可能达到百分之百，更会导致行政案件几乎没有判决。
最高人民法院原副院长马原主张，一是行政案件的诉讼标的是行政法律关系，这种法律关系不平等，而且行政相对人与行政机关实体法上的地位也不对等；二是行政机关在行政诉讼中只能处分诉讼上的权利，如申请回避、申请委托代理人等。因此，对实体法上权力没有处分的权限。
对于以上中外学者否认调解制度的观点可以概括为以下几点：1.仅以完善正式的诉讼制度为宗旨。非诉讼制度，比如调解没有必要建立。2.行政机关与行政相对人之间的地位不平等，没有调解的基础。3.行政机关对作出的行政行为没有处分权。4.行政机关与行政相对人调解达成的协议，不能保证不侵犯公民利益及社会公共利益。5.行政诉讼调解不能履行监督行政机关依法行政的目的。6.行政诉讼调解制度会代替法院判决。
对于以完善正式诉讼制度为唯一目的，而不主张建立非诉讼制度的观点，是具有偏见性的。因为正式诉讼制度具有天生的弊端就是为了追求公正，而牺牲了效率。效率包括时间和成本两个要素。我们说“迟到的正义就是非正义”（Justice delayed is justice denied）。
一方面，冗繁的程序、高额的诉讼成本等都是建立非正式纠纷解决方式的理由。另一方面，司法作为解决纠纷的一种基本手段，地位是无可质疑的。但是，我们认可司法在社会纠纷解决中的重要地位，不是推崇司法在纠纷解决中的优先地位。司法作为纠纷解决机构，应该掌握的是最后的裁判权，而不是最先的解决权，也不是最优的解决权。况且从历史起源来看，非正式纠纷解决方式不仅先于诉讼存在，而且从未消亡过。
关于行政争议双方地位不平等的观点。从中国古代的法律文化来看，“官”高“民”低，这是几千年来的现实。1989年全国人大制定的《行政诉讼法》第一次破天荒地确立了“民”告“官”的制度。从制度的架构来说，我们可以知道行政机关与行政相对人拥有同样的法律地位，规定双方有同样的举证责任，甚至法律上还稍微偏向行政相对人一方，要求行政机关承担对自己行政行为合法性的举证责任。此外，在行政法的管理理念下，行政机关与行政相对人之间就是命令与服从的法律关系，而在服务论的理念下，行政机关与行政相对人因此转变为服务与合作的法律关系。例如，杨海坤、章志远教授就提出“服务理念的渗入是现代行政发展的基本走向，同时也是行政公共性在功能上的具体体现”
。美国学者阿尔弗雷德·C. 阿曼也提出，在全球化的浪潮下，国家的管制方法也从命令与服从转入了市场的平等对话模式。
在此转变下，我们不能够再认为行政机关与行政相对人之间是不平等的法律关系，而应当认为是平等的法律关系。关保英教授从法律关系的角度也提出，法律关系中的权利义务是互相包含的。行政机关有作出影响行政相对人权益的行为的权力，它也有提供公共物品的责任。因此，主体之间只要存在法律关系，它们的地位就应当是平等的，所以说行政行为只要存在于行政主体和行政相对人之间，他们的关系就应是一种平等地位的法律关系。而这种法律关系并不因是行政管理引起的就发生本质上的变化。
综上所述，行政机关与行政相对人之间是平等的法律关系。
关于公权力不能处分的观点。如果公权力是单向的，不能处分的，现实行政活动中充斥着大量的自由裁量行为，又如何来解释。此外，美国连刑事领域都可以存在诉辩交易
，而行政领域在处分性上要高于刑事领域，是否更能够适用调解。况且我国行政处罚中的听证制度以及说明理由制度、立法中的座谈会等都是公权力与公民权的融合、相互作用的实例。因此，公权力在一定条件下是可以处分的。
关于行政诉讼调解中双方达成的协议会侵害公民利益或公共利益的观点。担心公民的合法权益因为调解制度受到损害，这种考虑显然是多虑的。因为行政机关如果要压服行政相对人，会利用撤诉制度向行政相对人施加压力，而不是选择由人民法院主持的调解。而且，这种假设将行政相对人想象为一个被行政机关欺凌的弱者形象。事实上，行政相对人作为理性的人，在多数情况下会经过深思熟虑，作出慎重选择，不会轻易让步，致使自身权益受损。
行政诉讼调解中如果要以“诉讼上的调解”来构建的话，是以调解书结案，而不是以原告撤诉来终结诉讼。因此，在调解书结案模式下，笔者坚信人民法院在根据双方达成的协议出具调解书时，必须要对是否侵犯公共利益进行审查。如果协议侵犯了公共利益，人民法院不会作出调解书的。同时，调解协议无效，争议双方只能要求继续审判。因此，对调解协议会侵害公共利益的观点也是考虑不周全的。
关于行政诉讼调解制度不能履行监督行政机关依法行政的观点。行政诉讼制度通过审查行政机关作出的行政行为的合法性与合理性来监督行政机关依法行政。审查合法性需要考虑的因素是行政诉讼法所规定的行政行为是否有法律与法规等依据、是否违反程序、是否在职权范围内等等。如果行政行为符合以上内容就被推定为合法，而对行政行为的合理性通过审查行政行为是否明显不当来进行判断。同样，行政诉讼调解制度主要是对具有自由裁量权的行为进行调解，其通过人民法院对调解协议是否符合法律法规与规章、实施的裁量行为是否在法律法规与规章规定的收缩范围内作出、是否侵犯第三人与公共利益进行审查，因此也可以起到对行政行为是否依法行政进行监督审查的作用。
关于行政诉讼调解制度会代替法院判决的观点。撤诉率虽然逐年上升，但是行政诉讼调解制度并不能代替法院判决，挤压法院作出判决的空间。这是因为行政诉讼调解制度是一种人民法院主动参与下的有限的调解。人民法院的介入能够使行政机关受到牵制，不能轻易地压制行政相对人，并且行政诉讼调解范围的限制也会使行政诉讼调解不可能全部替代法院判决。
（一）行政诉讼调解制度的优势
1.节约司法资源。钱弘道教授认为：“谁要在历史上或者公共问题的讨论中，撇开经济的压力，谁就陷入致命的危险。”
因此，节约司法资源是一个绕不过去的话题，也是行政诉讼调解制度的优势之一。在调解中当事人对于纠纷解决程序的高度控制能够使当事人发挥主观能动性，当事人都愿意相互妥协和折中，这样通常能使纠纷得到及时解决。而法官的审判要经历冗长、繁琐的程序。
如果判决的结果不能够使被告行政机关认可，还会产生拒绝履行的情况。这时采用耗费人力、物力的申请强制执行才能实现行政行为设定的义务。
2.能够得到满意的结果。争议双方通过互相让步达成的调解，能够更好地得到双方的履行。在出自双方真诚的协商下，调解的达成能够使双方获得较为满意的心情和结果。此外，目前很多行政机关的考核是以本机关行政诉讼被起诉率及败诉率作为行政机关的工作合格考核指标。通过行政诉讼调解制度可以使涉及行政机关作出的有略微程序瑕疵但实体处理正确的行为不至于被判决撤销。对于人民法院来说，调解结案也可以使人民法院对行政案件考核指标的设置跳出撤诉率的泥潭，而不再以撤诉率作为人民法院业务是否合格的指标。
3.相对人的诉求多元化。在行政诉讼中，行政相对人对行政机关作出的行政行为不服，而向人民法院提起诉讼请求撤销该行政行为。但是就该诉求来说，仅指撤销某一行政行为，而不能提出其他诉求。例如，行政相对人对存在合理性问题并未造成人身权、财产权损害的行政行为，要求行政机关正式道歉。这样的诉求通过行政诉讼的判决是无法得到满足的。而行政诉讼调解制度可以将诉求行政机关道歉作为调解书的一项内容记载并要求其履行。
4.高度参与性。争议双方在行政诉讼程序中，仅能有限参与到行政审判中。例如，提供庭审证据、当庭辩论等等。而在行政诉讼调解程序中，争议双方将会获得高度的参与性。不仅能够提供证明自己观点的证据，争议双方还可以全程互相辩论，更可以提出自己期待的解决方案。因此，行政诉讼调解体现了争议双方的高度参与性。
5.自愿合作的精神。在行政诉讼中，争议双方的角色属于对抗性的。双方通过提供证据、观点等依据期待法官支持自己的请求。而在行政诉讼调解程序中，争议双方的角色是协作性的。调解程序能否继续进行、能否取得成果，都取决于争议双方的自愿与合作的精神。所以，行政诉讼调解促进了争议双方自愿合作的精神。
（二）行政诉讼调解制度的局限及弊端
对正式的司法纠纷解决方式形成冲击。行政诉讼调解制度对正式的司法审判会造成一定的影响，即分流部分行政诉讼案件。这种影响是不能避免的。因为任何制度都存在优势和劣势、正面影响和负面影响，只有好处没有坏处的制度是很难做到的。通过对两者的研究，我们可以看出行政诉讼调解制度是利与弊兼有。事实上，世界上也没有一个能够解决所有问题的终极纠纷解决方式，包括作为纠纷解决主渠道的司法审判制度，也存在这样或那样的弊端及问题。