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新加坡自治邦成立后，面临着众多问题，民族冲突不断，社会秩序混乱，经济萧条，失业率居高不下。1960年4月，新加坡有失业工人4.5万人，25%的人口生活在贫困线以下。为了解决这些问题，自治政府改变了很多英国殖民时期的政策，为争取新加坡的完全独立继续奋斗。同时，自治政府将发展经济、稳定社会秩序摆在了重要位置。
自治政府首先整顿政府机构，提倡和奖励廉政，惩治贪污腐败，并减少公务员津贴，对月薪达到新加坡币550元以上的高级公务员停止发放津贴，目的是减少开支。自治政府还开展反色情文化运动，大力清除色情文化的残留影响，净化社会风气。新加坡的色情行业与日本占领时期的慰安制度有很大的关系，日军占领时期在新加坡设立慰安所，导致新加坡色情文化的出现及日益泛滥。另外，为缓解民族冲突，使马来人和华人团结起来建设新加坡，自治政府宣布实行民族平等政策，把马来语作为国语。根据李光耀以人才发展新加坡的思想，自治政府大力发展教育事业，1960年教育经费增加到6300万新元，占政府预算的24%。再有，针对新加坡人民居无定所，居住环境脏、乱、差的问题，李光耀开始实行“居者有其屋”计划。
为了发展经济，提高人民的生活质量，自治政府制定了工业化目标及相关的经济发展原则：加强基础设施建设，奠定工业发展的基础；发展劳动密集型工业，以扩大就业；实行进口替代的工业化战略，大量吸收外资。1959年政府颁布了《工业扩展（豁免所得税）法案》和《新兴工业（豁免所得税）法案》，其中规定：新兴工业企业5年内可以免交所得税，同时享受关税保护；现有企业凡是其扩大投资申请已获得政府批准，可按投资大小累进计算所免税收，也就是说投资越多免税力度越大。1961年，政府邀请联合国工业调查团到新加坡考察，协助新政府订下第一个经济发展五年计划（1961～1965）。政府在这一时期成立了经济发展局来负责经济计划的实施。政府还提出筹措发展基金的方案，用贷款和参与股份制的形式筹集资本，1959年向社会发行1亿新元的发展公债。按照经济计划，新加坡政府大力开展交通运输、电信、电力、自来水、煤气、工业用地等基础设施建设，同时加强对低技能、低投资的中小型工业企业的扶持力度，如食品加工、服装加工、木材加工和半导体装配等，并建立了裕廊工业区，极大地增加了就业岗位，解决了日益严峻的失业问题。
新加坡作为一个岛国，矿产资源贫乏，市场狭小。为了发展经济，争取完全的独立，李光耀希望能与马来亚合并。马来亚地区资源相对丰富，新加坡加入马来亚联合邦，可以利用马来亚的资源和市场实现工业化。同时，马来亚联合邦已经取得了独立，加入马来亚联合邦新加坡就能实现完全的独立。1961年5月27日，马来亚联合邦总理东姑·拉赫曼提出建立马来西亚联邦的主张，联邦将包括马来亚联合邦、新加坡、沙捞越、沙巴和文莱这五个地方。这一合并计划与李光耀的想法一致，因而得到他的积极响应。李光耀和拉赫曼多次会晤，就双方合并问题进行商谈。该合并计划也得到英国的支持，因为英方认为，保守的马来亚统治阶层如果在联邦中占据主导地位，将有效遏制马来亚共产党和其他左派的活动，有助于英国维护其既得利益。1961年7月1日，在新加坡举行的英联邦议会协会的会议上，新加坡、马来亚等地的代表批准了合并原则。
然而，合并原则并没有得到所有人的支持。反对之声以人民行动党内部的激进派为代表，他们认为新马合并不可能实现平等的联合，新加坡人民应该寻求内部自治。1961年7月15日，在安顺区的补选中，前首席部长马绍尔以反对新马合并而获得左派支持，在选举中获胜。此次败选对人民行动党打击沉重，秘书长李光耀甚至提出辞去他在政府中的职务，但被人民行动党中央执行委员会拒绝。7月20日，李光耀在立法会议中提出一项信任动议，要求对政府投信任票，以决定是否继续执政。人民行动党内有13名议员拒绝了李光耀的信任提案，投了弃权票。这13名党员后来退出人民行动党，组成社会主义阵线。人民行动党内两派矛盾激化，在1961年有高达80.4%的党员退党，这使人民行动党在议会占少数。1962年1月初，李光耀在立法会议中提出动议，要求以全民投票的方式决定新马合并。这项动议得到了普遍赞同。9月1日，90%的选民到指定投票点投票，其中74%的选民赞成新马合并。之后，人民行动党开始了以“冷藏行动”为代号的逮捕计划，逮捕和拘禁了100多名左翼活动分子。在人民行动党的两次分裂和逮捕行动后，人民行动党内部剩下的党员都是李光耀忠实的支持者，这为日后人民行动党在新加坡的政治统治打下了基础。
1963年9月16日，马来西亚联邦正式成立。英国政府撤销了英国女王在沙巴、沙捞越和新加坡的宗主权和司法权。新加坡作为联邦的一个特殊的州，同其他组成单位相比，有更大的自治权，如教育和劳工方面的一些自治权。