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1824年，英荷签订《伦敦协定》，规定英国不得在苏门答腊岛建立殖民地，不能与岛上的统治者签署条约，而荷兰不得在马来半岛进行殖民活动。8月2日，新加坡辅政司约翰·克劳福德与柔佛苏丹和天猛公再次签订条约。条约规定新加坡岛连同附近的海域、海峡和岛屿的全部管辖权和产权永远割让给英国东印度公司；柔佛苏丹不得与除英国以外的其他国家结盟，除非得到东印度公司的首肯；柔佛苏丹和天猛公不再拥有对新加坡的统治权，居住在新加坡只能被当作平民对待。作为补偿，东印度公司给苏丹及天猛公西班牙银圆的现款，分别为33200银圆和26800银圆，以后每月给苏丹1300银圆，给天猛公700银圆。至此，新加坡完全沦为英国的殖民地。
1786年，英国登上槟榔屿，在那里升起了英国国旗。1819年斯坦福·莱佛士在新加坡建立了贸易站，到1824年新加坡完全沦为英国的殖民地。根据1824年的《伦敦协定》，英国获得了马六甲的统治权。1826年，英国将这三个殖民地合并为一个单独的省区，称为海峡殖民地，首府设在槟榔屿，受英属印度的统治。新加坡发展迅速，很快超过了另两个殖民地，1832年，新加坡取代槟榔屿成为海峡殖民地的首府。
为了开发新加坡，英国殖民当局从各国招募了大量劳动力，马来亚人、华人、印度人大量涌入新加坡。据第一次人口调查，1824年新加坡的人口总数是10679人。到了1830年，新加坡的人口总数达到126710人，1860年增至272831人，其中华人占多数。欧洲人、印度人、马来人、武吉斯人、爪哇人、阿拉伯人和亚美尼亚人等也是新加坡人口的重要组成部分。
19世纪上半叶，英国完成了工业革命，生产力得以极大地提升，国内工业生产发展迅速，英国成为世界最大的工业国。工业发展需要更多的原料产地和更大的消费市场，这促使英国在全球大肆地建立和开发殖民地，对新加坡的殖民开发也大大加快。1824年，新加坡的贸易额是256万英镑。1864年，贸易额达到1295万英镑，是1824年贸易额的5倍多，而新加坡一地的贸易额就占到整个海峡殖民地贸易额的70%以上。1824年，新加坡港出入船只仅有3500吨，1865年增至153万吨，1930年为3353万吨。新加坡作为重要的国际贸易中转港口，它的进口及转口货物主要是英国的纺织品和金属制品、中国的茶叶和丝绸、印度的鸦片和纺织品、马来半岛的锡，以及苏门答腊半岛的胡椒和黄金。优越的地理位置及适当的政策促使新加坡迅速发展壮大，很快便取代马六甲的地位，成为东南亚乃至全球最重要的转口港之一。
海峡殖民地尤其是新加坡的快速发展，使当地的商界领袖要求在当地事务中拥有更大的发言权。这些商人对东印度公司的一系列法令多有不满，如商人必须交税，以印度卢比作为东印度公司辖区内的标准货币，进港船只都要纳税，等等。这些法令都严重损害了商人的利益。1857～1859年爆发了印度人民起义。起义虽然以失败告终，但沉重地打击了英国的殖民统治。英国国会于1858年通过法案，决定撤销东印度公司，改由英国女王直接统治印度，海峡殖民地则受加尔各答印度总督管辖。到1867年4月1日，海峡殖民地脱离印度的统治，由英国殖民部直接管辖。海峡殖民地从此成为皇家殖民地，自设总督，总督之下设有咨询性质的会议。后来海峡殖民地又设立了立法会议，成员大都由官方指定，立法会议的成员和总督一起为海峡殖民地制定法律。之后，英国殖民主义者不断向马来亚内陆渗透，进而控制了整个马来亚半岛。1910年英国确立了在整个马来半岛的殖民统治，将新加坡改为英属马来亚的一个邦。
新加坡面积狭小，资源匮乏，它的发展主要得益于优越的地理位置。正是利用这一优势，大力发展转口贸易，英国才在这里获得了巨大利益。19世纪中叶，有十几家英国大商行在新加坡兴起。这些商行以新加坡为中心，在东南亚地区建立广泛的商业网。1887年，天然橡胶在新加坡试种成功，随后马来亚和印度尼西亚开始大规模种植。英国大商行见有利可图，便在新加坡开设炼锡厂和橡胶加工厂。他们将邻近地区的锡矿石和橡胶加工成半成品运到欧美，获得了巨大的收益。至19世纪末，新加坡已成为东南亚转口贸易的中心。欧美的工业品经新加坡转运到马来亚内陆、印度尼西亚以及中国的一些港口，马来亚和印度尼西亚的橡胶、锡，以及中国的茶、瓷器等土特产品经此转运到欧美。到1909年，马来半岛的纵贯铁路建成通车，这极大地提升了原料运送的速度，使新加坡的出口加工业得以更快地发展。到第二次世界大战前，新加坡已经成为世界第五大港口，其转口贸易已相当发达。
1869年苏伊士运河开通，新加坡的地理位置变得更为重要。第一次世界大战后，国际局势急剧变化，英法等老牌殖民帝国逐渐衰落，而美日等新兴帝国日益兴起。为了保障印度洋的安全，英国于20世纪20年代在新加坡建立了海空军基地，同时修建了柔佛长堤把新加坡和马来亚内陆连接起来，使铁路货运可以从新加坡直通曼谷。1931年新加坡建设了第一个民用机场。1933年英国在新加坡建立了皇家航空俱乐部，并设立了空军基地驻扎重兵。自此，新加坡成为英国在远东地区最大的海空军基地及英国驻远东三军的总指挥部和军需供应中心。