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1943年11月，国民党直属台湾党部主任委员翁俊明去世。之后，书记长林忠被任命兼任代主委。1944年春，国民党中央任命萧宜增为代书记长兼主任委员，后任命王泉笙为主任委员。随着日本扩大对福建的侵略、福州沦陷，福建省政府内迁至三明永安，1944年3月，国民党直属台湾党部迁址于永安文龙村。国民党直属台湾党部十分关注抗日战争和台湾形势，对如何收复和重建台湾提出了许多主张和建议，其中心议题就是“台人治台”。
1944年7月，直属台湾党部委员谢东闵发表题为《认识台湾 研究台湾 收复台湾》的文章，呼吁台籍人士要重视台湾问题，此后不仅要特别关心台湾，切实注意台湾，并且要唤起其他同胞的注意，以免重蹈清廷过去的覆辙。
1945年5月，在国民党第六次全国代表大会上，谢东闵受到蒋介石的接见。谢东闵向大会提出了《拟请中央统一和加强对台湾工作之领导案》，提出广泛延揽台籍人才，增加直属台湾党部经费，加强对国内台湾团体的领导。他指出：“目前台湾党部工作，人力财力尚属有限，力量尚不充实，……闻国内有志之台胞亦尚未尽罗致在党部之内，其有组织之各单位隶属不同，不免工作参差，故统一与互相配合不甚紧凑，因而损及工作效率。”“（一）欲扩大党之组织，宜先放宽尺度，洞开门户，以便延揽台之人才，充实党之干部，庶人地熟悉，有利于工作之进行。（二）光复在即，台湾人心必大振奋，故台湾党部之工作可能突飞猛进，随时开展，故其活动费用颇难预算，其工作方式仍应采秘密组织，故亦无法依照一般手续报销，只须领导人选得当，经费应大加宽筹，并设特别秘密开支项目，使能因利乘势便宜行事，以免捉襟见肘，窒碍难行。（三）国内台湾各革命团体力量，尚未能完全集中，拟请中央加以援助，并随时指导，使之形成抗敌巨大力量，使能协助国军光复故土，不独可以减少牺牲，并对国际观瞻收刮目相看之效，显示台胞确抱重归祖国之决心，而免其他觊觎讥讪之流弊。”
1944年8月，丘念台向国民党中央秘书长吴铁城提交了《复台大计管见》和《台湾党务改进管见》，建言“以建立三民主义新台湾省为最高原则”，从党务、军务、政务、经济、教育等方面提出复台主张。在政务工作上，主张政务工作的目的，一是要握紧民心，使台胞内向，勿离去，一面解除日本压迫剥削差别待遇，一面防阻国内贪污暴戾流入，务使勿感政较昔劣；二是要采善存良，一面施行民权平等诸新政，一面保存安定公平诸旧，现使感政较昔佳；三是要相励相成，务使对祖国互增效绩不相妨阻。在方法上，一、力用台人，机关用台人务达60%，使秩序不变，人心相安；二、实施民权；三、才德主政，省主席应选任德誉崇高者，各机关主管，应选任有政绩良吏，均不限岛内人员，唯贪污应较国内严惩；四、选任国内干才，国内人任官务勿达30%，专选有经验者以任高级，故稍讲习台事即足，不必再耗材费使训练；五、台人自任警察，驻军固全以国内人为主，警察则应仍用台人，唯以国内警官负主管监督；六、赋税不增；七、安定生计；八、保存法治；九、政令重民，台岛实务人员务少调动，国内人员担任辅导监督，为之表率，台岛政治最好能完全避免国内派系斗争影响。“以台治台，国人主之；主者尚德，辅者惟才，不弃其才，不扰其民，以民权民意为治，台可服矣。苟视为接收宝库，群趋享用；用人惟亲，弃法尚情，贪污苟且，残虐其民，则民必叛而独立，而共管，势甚累卵。”
丘念台明确提出以台治台，台湾各机关人员中以台人为主，不能用人唯亲，贪污苟且。
对于国民党直属台湾党部的建议、主张和诉求，国民党中央基本都给予了答复和回应，
但并未加以采纳，特别是对于“台人治台”的核心诉求，国民政府后来的行政长官公署制更是与之大异其趣。不仅如此，对于直属台湾党部反复提出的设立台湾省政府和省党部的要求，国民党中央和国民政府也未接受，而且还成立台湾调查委员会，主持收复台湾的设计工作。谢东闵、丘念台都主张台湾收复后实行省制，并上书设立台湾省政府，将直属台湾党部改为台湾省党部。1943年8月23日，丘念台致函中央执行委员会秘书长吴铁城：“惟复省之议，对倭宣战废约已将两载竟未实现，不独未依东四省例设立台湾省政府，即党部亦未敢用台湾省党部之名，不能不令国内志士台岛遗民嗒然失望。事虽若极形式，然一复省制则台岛革命热情可提高，陷区台侨可离敌内向，美英可息共管分治等妄议。……敬恳公力促台湾复省早日实现。”
1944年4月28日，直属台湾党部上书国民党中央党部秘书处及组织部，请求恢复台湾省制，提出：“在成立省政府之前，似应先将本部改为台湾省党部，以加强组织，提高号召，始足振奋民心，运用民力，筹备民政；且本部现虽直属中央，但各方因名义不崇，地位不著，诸种进行，常多纷错阻滞，台胞亦不甚重视。”
4月29日，直属台湾党部书记长兼代主委萧宜增致函吴铁城，提出拟将直属台湾党部改为“台湾省党部”。
对于直属台湾党部的要求，国民党中央认为是“斤斤于名分之争”，应等台湾光复后关于省制问题决定后再议。1944年9月4日，国民党中央执行委员会组织部致函中央秘书处：“查台湾党部所请恢复省制，似应在国土光复之后为宜，至先改该部为省党部一节，应俟省制问题决定后再议，又该部成立不久，亟应深入台岛组训台胞，以厚植党基，应毋庸斤斤于名分之争。”
直属台湾党部请求改为台湾省党部，意在成为名正言顺的国民党中央在台湾地区的省级组织机构，规划设计收复和重建台湾的工作。但是这一愿望没有实现。不仅如此，1944年4月，国民政府中央设计局成立了台湾调查委员会，作为研究收复台湾工作的职能机构，长期主政福建的福建省政府主席陈仪被任命为台湾调查委员会主任委员。
台湾调查委员会的成立，实际上表明它将成为国民政府收复台湾的筹划者，这使直属台湾党部感到失落。1944年7月8日，直属台湾党部萧宜增致电吴铁城：“胜利在望，台湾收复期近，中央设计局已成立台湾调查委员会，规划善后工作，惟台湾沦陷四十九年，一切政治社会，既不同于海外，与内地各省亦自有异，故对各项人选标准，除专家有能者外，似应尽量遴选与台湾有关系，或对台湾有特别研究者充任，使工作顺利，台湾党部为台湾最高党务机构，三年以来，深感现在与将来工作之艰巨，故敢渎呈鉴核，并恳转中常会核议为祷。”
表达了直属台湾党部参加台湾调查委员会的愿望。
陈果夫将此函转给陈仪，并提出：“可否由该部主管负责人员参与调查委员会工作，就近分负调查任务，借以加强工作效率。”
9月23日，蒋介石也致电陈仪：“台湾党部现任主任委员及书记长有无加入为调查委员，希再酌核为盼。”
陈仪回复，等直属党部“主任委员正式派定后再请增加本会委员名额派充委员”，并指出台湾调查委员会委员丘念台即系由台湾党部委员兼充。
到1945年5月，直属台湾党部的丘念台、王泉笙被任命为台湾调查委员会委员。这种安排，显然与直属台湾党部的期望相差甚远。