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以“入世”（加入世界贸易组织）为标志的中国农业的全球化导致中国的农产品贸易量大增，促进了中国农业由传统农业向以市场化、商品化、区域化和专业化为特点的现代农业的过渡，纵向一体化（农业产业化经营）的步伐明显加快。
全球化背景下中国农业发展的理论依据是比较优势和竞争优势；根据比较利益原则，中国土地和水资源稀缺，而农村劳动力充裕，适当进口一部分土地密集型和消耗水资源的农产品，等于进口了土地和水，如能大量出口蔬菜、水果、畜产品等劳动密集型农产品，等于大量出口了劳动力，从而改变中国农业地少人多的劣势。在中国加入WTO后这种理论的实际应用情况如何？
全球化意味着中国农产品的生产和贸易已经被纳入全球的框架，与世界农产品的生产和贸易发生密切的联系。农产品国际贸易对中国农产品的生产和务农劳动者收入的影响也会越来越大，尤其是“入世”对中国农产品进出口的影响已逐步显现。
随着中国不断融入世界经济，中国贸易额在世界贸易额中的比重从1980年的0.9%上升到2004年的6.2%；中国农产品贸易额在世界农产品贸易额中所占比重从1980年的1.8%上升到2003年的3.8%。根据商务部统计口径的测算，1995～2004年，中国农产品贸易经历了先缩小后扩大的变化过程，特别是加入WTO以后，中国农产品贸易规模逐步扩大。根据海关统计资料，2004年中国农产品进出口总额达514.2亿美元，比上年增长27.4%，比1995年的265亿美元增长了94%。其中，农产品出口额233.9亿美元，比上年增长9.15%；农产品进口额280.3亿美元，比上年增长48.07%。农产品出口额和进口额均是连续第5年增长，均创造历史新纪录。2004年中国农产品进出口总额突破500亿美元大关，已跨入世界农产品贸易大国的行列。若将欧盟国家作为一个统一体，当时中国列世界第4位；若按国别排列，中国列世界第8位。此后几年，中国农产品贸易额持续增长，2010年已达1208亿美元（见表1、表2）。
在中国农产品贸易发展历程中，有两点必须指出。
表1 中国农产品贸易与货物贸易关系
表2 农产品进出口贸易额
第一，中国农产品贸易额在中国贸易额中所占比重急剧下降，从1980年的28.5%下降到2004年的4.5%，2008年更下降到3.9%。城镇化和工业化是中国经济社会发展的必然趋势。为加速工业化进程，长期以来，中国选择的发展模式是利用廉价的劳动力和廉价的土地吸引外国直接投资，大量出口工业产品，努力将中国打造成为世界工厂。在这样的发展模式下，中国贸易政策的重心必然转移到工业产品上来。中国农产品贸易政策必须服从于整个国家的发展模式和贸易政策，服务于大局，以保证中国工业品的出口。根据与世界贸易组织达成的协议，中国在加入WTO减让表中所包含的977种农产品的平均关税2004年已降低到15%，而世界农产品的关税平均水平为62%。如果按照中国农产品实际进口的情况加权平均，则中国的实际农产品进口关税水平仅为7.7%。中国的农产品贸易政策在一定程度上可以说是中国贸易产品与世界各国贸易进行博弈的必然结果，在这个博弈进程中，中国的农民和农业为中国贸易的大政方针的顺利实施做出牺牲。
第二，2004年中国农产品进出口贸易差额由上年的顺差25亿美元转变为逆差46.4亿美元，改变了长达20年中国农产品外贸顺差的格局。此后6年一直是贸易逆差，2008年逆差高达181.1亿美元，2010年逆差更升至230.4亿美元。中国农产品对外贸易已经进入逆差时代。
全球化对中国农业的影响，不仅要看理论上的比较优势，更重要的是要正视理论上的竞争力转化为现实竞争力的制约因素。
中国要发展劳动密集型、高附加值的农产品，但国内对这些农产品的居民最终消费需求取决于国民经济的健康快速发展、人民购买力水平的提高，而向国外出口蔬菜、花卉、水果、畜产品等则意味着要去抢占荷兰、以色列、中国台湾等国或地区早已占领的市场份额，这对“后来者”是一项艰巨的任务。中国生产出口型的农产品又一制约因素是国外的食品安全和动植物检验检疫的技术壁垒。一般来说，中国的食品企业要通过三项认证，才能取得国外消费者的信任，即管理上通过ISO9000认证，安全卫生上通过HACCP（危害分析与关键控制点）认证，环保上通过ISO14000认证。比如欧盟在2001年正式解除对中国禽肉制品长达五年的进口限制，但中国禽肉的卫生检疫条件未完全与国际接轨，检疫设备尚不齐全，高学历的检疫人员不足，完善的监测体系还没有建立起来，因此欧盟要对中国出口的禽肉进行特定的检验检疫，费用每吨最少130美元，占销售货值的7%左右，这就极大地削弱了中国出口禽肉的国际竞争力。
当年在争论“入世”对农业可能产生的影响时，一些学者提出，“入世”后有可能出现的最坏的后果是：中国一些在价格、成本上具有国际竞争力的农产品在出口的质量标准、农药残留、检疫等方面存在较多的问题，被人家卡住，出不去。而由于技术壁垒的弱化，进口的农产品出现较大增长，直接影响以农业为生的纯农户和第一种兼业户的就业与收入。而窝在农村的大量剩余劳动力又转移不出去，只好退回到自给、半自给的小农经济（生存农业），勉强维持生计，这种向传统农业的回归造成农民的收入大幅度降低，农业的现代化难以实现，从而阻碍国内消费市场的启动和国民经济的发展。这是一种最黯淡的前景，也是我们应采取措施的着力点。
“入世”后的实践显示，按照比较优势理论，中国的劳动密集型农产品，特别是蔬菜、水果以及水产品应当在这一进程中在国际上获得更多的市场份额。而实际情况并非如此，越来越隐性的贸易保护措施，如苛刻的技术标准、繁杂的行政过程，使得理论上的概念不得不面对日趋残酷的贸易现实。中国的劳动密集型农产品并未如想象中的那样获得国际市场中的更多机会，中国农产品贸易逆差的格局将长期存在。
中国是世界上大豆和食用植物油进口量最大的国家，其中大豆进口量约占世界大豆贸易量的50%，豆油、棕榈油、菜籽油进口量合计约占世界食用植物油贸易量的18%。2008年，中国大豆总产量为1550万吨，其中大约1000万吨为食用大豆、550万吨为油用大豆，而进口量为3740万吨，进口量是产量的两倍多，进口大豆全部用于榨油；从地理分布来看，中国的油用大豆种植全部分布在东北地区，关内种植的大豆全部用作食物，而进口大豆种植则主要集中在沿海地区，全部用于榨油。在很大程度上，国产大豆与进口大豆是异质的，而主要竞争存在于东北油用大豆与进口大豆之间，这个现实问题也是舆论和社会关注的热点。
2009年，中国进口大豆达到4255万吨，2010年增加到5480万吨；此外，2010年中国还进口了123万吨小麦、157万吨玉米（见表3）。
表3 2010年中国主要农产品进出口情况
根据中国粮网提供的平衡表数据，2009年国内食用植物油消费量达到2450万吨，较2008年增长100万吨，其中：豆油消费量为1000万吨、菜籽油为475万吨、花生油为240万吨、棕榈油为600万吨、其他食用植物油为135万吨。在国内食用消费的2450万吨植物油中，1700万吨为国内生产，750万吨为直接进口；进一步分析，在中国消费的1000万吨大豆油中，其中近900万吨原料来自进口大豆。实际上，直接或间接的进口占国内食用油消费比例的2/3以上。对于这种形势，一种观点认为，农产品的大量进口缓解了国内农业资源和环境压力，丰富了国内农产品供应，满足了加工业对原料的需求。
相反的观点则认为，这是一种失控的贸易自由化。国外农产品的大量进口挤占了中国传统的土地密集型大宗农产品的市场，抑制了中国传统种植业的发展，剥夺了中国农民分享经济增长的机会，侵蚀了中国政府支农惠农政策的效果，延缓了中国二元结构的消除。同时外商还控制了中国部分农产品加工企业（如大豆压榨企业），对中国民间中小资本投资产生了挤出效应。
中国能否少进口或不进口大豆和植物油呢？中国的农产品能否完全自给？
1996年10月，中国政府发表了《中国的粮食问题》白皮书，提出在正常情况下，中国粮食（含豆类、薯类）自给率不低于95%，净进口量不超过国内消费量的5%。时隔10年，即2006年中国净进口小麦、大麦和大豆3064万吨，净出口大米（换算成稻谷）和玉米为383万吨，算下来2006年中国净进口粮食（谷物与豆类，不算豆油）2681万吨，按照国内消费量5亿吨计算，净进口量占国内消费量的5.4%，基本符合粮食白皮书提出的标准。但2006年国外为中国提供的粮食净播种面积为1629.4万公顷，占中国当年粮食种植面积10538万公顷的15.5%。
根据主要耕地密集型农产品（包括谷物、大豆、棉花和蔬菜）2006年进出口数据粗略计算，2006年中国通过出口（主要是玉米、稻谷和蔬菜）为国外提供的农产品播种面积为85.5万公顷，国外通过进口（主要是大豆、小麦、大麦和棉花）为中国提供的部分主要农作物播种面积为1989万公顷。这样，中国通过净进口农产品使用的国外耕地的播种面积为1903.5万公顷。
此外，2006年中国还净进口了豆油142万吨。按照大豆出油率15%折算，折合为进口947万吨大豆，等于国外又为中国提供播种面积542.1万公顷。总计2006年国外为中国提供农作物净播种面积为2445.6万公顷。
2006年，中国农作物总播种面积为15702万公顷，国外提供的农作物播种面积占国内面积的15.6%。这部分播种面积按复种指数1.29计算，折合耕地0.19亿公顷，占中国全部耕地资源的15.3%。按每公顷用水20立方米计算，则相当于节约国内农业用水840亿立方米。还应说明，以上计算未涉及畜产品净进口和食糖等净进口可能带来的耕地使用。2006年中国畜产品出口37.3亿美元，进口45.5亿美元，畜产品净进口8.2亿美元，畜产品净进口所使用的国外农作物播种面积没有计算在内；2006年中国食糖出口15.4万吨，食糖进口137.4万吨，食糖净进口122万吨，食糖等净进口所使用的国外农作物播种面积也没有计算在内；2006年中国进口食用植物油671万吨，其他植物油55万吨，其中仅仅考虑了142万吨的豆油进口，没有考虑进口达514万吨的食用棕榈油（在中国主要靠进口）。
从土地资源的角度来计算国内农产品供求平衡点，笔者认为在现行食品消费模式下，满足当前国内对农产品的需求至少需要耕地1.4亿公顷，其中大约13%的耕地资源来自国外。应该指出，上述计算得出的国外提供0.25亿公顷播种面积或0.19亿公顷耕地的数据是比较保守的，而且近几年进口数量继续增长。最近有专家提出，中国用了国外0.33亿～0.47亿公顷的播种面积，而实际上中国需要2亿公顷农作物播种面积才能保障需求。比如，2010年中国仅大豆就进口了5480万吨，如果改为本国种植，按照大豆亩产量140公斤计算，就需要0.27亿公顷的播种面积。有的学者认为，按照目前大豆的进口量，如果完全由国内生产，那么相当于国内要用0.23亿公顷左右的耕地，这个耕地面积就相当于全部小麦的种植面积。因此，如果为了防止国外大豆对国内市场的冲击，取消大豆进口，改为国内生产的话，中国将需要进口1亿吨小麦。
《全球化与中国农村发展》课题组采用GTAP模型模拟国内进口大豆数量在2008年基础上降低10%、20%、50%、完全不进口以及大豆进口增长10%、20%状况下的可能情景，结论是：整体来看，减少50%的大豆进口，将会对国内农业生产和居民消费产生重大影响。完全不进口大豆，不仅对农业生产与居民消费产生极端影响，同时也会带来社会的不稳定。限制大豆进口一方面带来食品和农产品价格的上涨，另一方面带来失业与劳动力工资的下降；而放宽大豆进口限制将会带来土地价格的下降与劳动力工资水平的上涨。
就上述模拟结果的对比来看，进口大豆即进口资源的观点是完全符合中国的国情的，特别是对中国加快的城镇化、工业化进程而言。但要警惕过量进口国外的转基因大豆从而危害国内的大豆产业，要运用好世贸组织的规则，出台相应的国内政策，保障国内大豆主产区大豆种植者和加工企业的生存与发展，确保国产非转基因大豆一定的市场份额。
2010年中国进口小麦、大米、玉米和大豆5798.8万吨，出口小麦、大米、玉米和大豆92.2万吨，算下来2010年中国净进口粮食（谷物与豆类，不算豆油）5706.6万吨，当年产量54641万吨，净进口量占国内消费量（按当年产量加上净进口量计）的9.5%，已经超出粮食白皮书提出的标准。通过对农产品进出口贸易的分析，可以看出，尽管中国的粮食产量自2004年起将实现八连增，2011年全年粮食产量有望超过5.5亿吨，但中国当前满足城乡消费者的农产品供给在相当程度上还是借助国外的耕地和水资源。这意味着中国已经由过去的农产品净出口国变为农产品需求存在缺口的国家。农产品供给首先立足于本国，提高本国农业资源的利用率，确保中国粮食安全的任务不能有丝毫放松。
除了农产品进出口贸易外，外国资本已经进入中国农业和农业上下游产业，并控制了一些产业，如油脂加工企业、种子产业。外资的进入是产生“鲶鱼效应”，激活了中国的本土企业？还是产生“鳄鱼效应”，抑制甚至扼杀了民族产业，进而危及中国的粮食安全？
2003～2008年，中国植物油生产的工业总产值年均增长26%。一方面，植物油生产行业的增长是在市场不断放开、国有企业不断退出与转制的过程中实现的；另一方面，在植物油加工行业的不断扩张过程中，外资企业不断进入，其平均生产规模在不断扩大。2004年3月的“大豆危机”之后，国内大量油脂企业由于经营困难纷纷破产，丰益国际、ADM、邦基、嘉吉、路易达孚等跨国公司则利用其资本优势来兼并收购。外资跨国集团直接、间接控制的油脂实际压榨量已经占中国总的实际有效压榨量的50%以上。从结构上看，外资企业的总产值已占到全行业的2/3。2003年外资企业平均工业总产值是国内私营企业的10倍，而2006年这一差距扩大到1600%，这也造成国内私营企业的相对更加“弱小”与外资企业的相对更加“强大”。
但由于中国食用植物油加工行业的充分竞争，全行业的利润率都保持在一个相对较低的水平。2007年全行业平均利润率达到近几年最高水平，为4.1%；其中，国有企业的利润率最低，为1.1%，国内私营企业利润率最高，为4.9%，外资企业的利润率为4.5%。2008年，全行业的平均利润率有所下降，为2.9%；其中，国有企业利润率有所增长，为3.6%，国内私营企业为4.4%，而外资企业则下降到2.3%。2009年以来，全行业的平均利润率有所回升，为3.7%；其中，国有企业为2.4%，私营企业为4.7%，外资企业为3.7%。国内民营企业的利润率要高于外资企业与国有企业，说明在这一行业当中，国内民营企业具有更高的效率，也意味着国内民营企业可以在激烈的行业竞争中继续生存下去。
我们反对的不应该是外资，而应该是垄断。应着力于提高国内油脂加工企业的市场竞争力和市场份额，促进外资、民企与国有企业在农产品流通和加工领域进行平等竞争。未来的发展思路应该是以外资油脂加工企业为国内油脂加工企业的竞争对手和发展的动力，鼓励竞争，而不是保护落后；但为了维护国家的粮食安全和食品的有效供给，要正视外资企业与国内民营企业的规模差距越来越大的现实，对外资在油脂加工业的进一步扩张和垄断应有所警惕，加以抑制。应着力于提高国内油脂加工企业的市场竞争力和市场份额。
2010年的中央1号文件提出，“继续实施转基因生物新品种培育科技重大专项，抓紧开发具有重要应用价值和自主知识产权的功能基因和生物新品种，在科学评估、依法管理基础上，推进转基因新品种产业化”。
据媒体报道，在批准转基因棉花、番茄、甜椒等作物种植后，2009年11月27日，农业部批准了两种转基因水稻、一种转基因玉米的安全证书，这也让中国成为世界上第一个批准主粮可进行转基因种植的国家（《中国经营报》2010年1月16日）。而据新华社报道，农业部农业转基因生物安全管理办公室负责人明确表示，截至目前，经农业部转基因生物委员会评审，先后批准了转基因棉花、大豆、玉米、油菜四种作物的进口安全证书，用途仅限于加工原料。农业部从未批准任何一种转基因粮食种子进口到中国境内种植，在国内也没有转基因粮食作物种植。农业部认为舆论报道“搞混了生物安全证书和商业化。生物安全证书并不意味着作物的直接商业化。在大规模商业化之前，还需要大规模实地实验，从获批的种类中开发出更多富有成效的转基因种子，并对这些种子再进行评价。这个过程至少还要再花5年。”
又据新华社北京2010年3月5日电，袁隆平等中国科学院和中国工程院的10位院士提出大力发展转基因技术，认为转基因不构成食品安全问题。
关于转基因的争论，现在已经不再是单纯的科学技术问题，而是上升到意识形态层面，成为政治问题。
有的学者认为：“转基因技术已是大势所趋，成为农业科学技术发展的必然……转基因产品不仅为广大农民所欢迎，也将为更多的消费者所接受，转基因育种未来发展前景将更加广阔。”
有的学者则强烈反对转基因技术。比如德国学者威廉·恩道尔在为一位中国学者所写的书做的《序言》中认为：“转基因是最强势的西方精英，特别是洛克菲勒家族制造出来的一种东西。他们的目的是控制地球上的食物供给，是大规模减少地球上的人口。……如果中国的农业被转基因的种子掌控，被农业化学品主导，最多再过20年，中国将不会作为一个国家而继续存在了。中国人民又会变成事实上的奴隶，这同当年英国对中国发动鸦片战争，把中国人变成奴隶，是完全相同的事件”，认为“转基因是一场中国的生死之战”。
面对这种观点截然相反的争论，有一点是清楚的，即在种子产业的生物技术和转基因技术研究领域，大型的跨国公司占据主导地位。
孟山多公司是世界上最大的种子公司。2009年11月4日，孟山多公司在北京举行仪式，宣布公司在中国的第一家研究机构——孟山多生物技术研究中心在京正式成立。宣称孟山多生物技术研究中心将进一步加强孟山多公司和中国科研机构与大学在植物生物技术和转基因技术领域的合作。印度物理学家与社区组织者凡达纳·施瓦（VandanaShiva）曾说过：“如果他们（指跨国公司孟山多）控制种子，他们就控制了食物；他们对此很清楚，这是战略。这比炸弹更强有力；这比枪炮更强有力。这是控制全世界人口的最好方法。”
2007年，孟山多的种子销售达到49.64亿美元，占全球市场份额的23%。全球90%的抗虫棉和抗虫玉米品种中所含的抗虫基因均来自孟山多公司的产品。
中国的7家种业上市公司，截至2009年底，主营业务收入仅82.33亿元。国内较大的丰乐种业、登海种业、隆平高科和万向德农等5家种业公司2009年的研发投入共计为4400万元，不到孟山多公司2008年研发投入共计9.8亿美元的5%。
2010年的中央1号文件提出，“推动国内种业加快企业并购和产业整合，引导种子企业与科研单位联合，抓紧培育有核心竞争力的大型种子企业”。在外资进入中国种业与转基因农作物品种的推广问题上，在关于转基因的争论尚无定论时，目前需要解决的问题是如何制定明确的具体的促进中国农业技术进步和种业发展的政策措施，着力培养中国有自主知识产权的作物品种（包括非转基因的作物品种和转基因的作物品种），构建中国具有自主知识产权的作物品种的技术体系，与孟山多这样的跨国公司抗衡，避免出现外资控制中国种子产业的局面。关于转基因的争论，要构建一个公开透明的公共平台，制定统一的规则，让不同的观点得以交锋和辩论；要保护和尊重消费者的权益，首先是知情权和选择权。