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二元体制的非公正性主要体现在效率、社会平等、社会稳定三方面。
在二元体制下，劳动资源配置调整的根本特点，是城市比农村更缺乏廉价劳动力，其表现是城市的年平均工资水平高于农业领域的年均劳动报酬。学术界对于两者的差距有不同估计，但对这种差距的存在均无异议。即使将城乡劳动力换算为“标准劳动力”，其在城乡之间的报酬也是不同的。据统计，此项差距在220%倍左右（按国家统计局的资料，差距还要大一些）。如果这种差距是偶然发生，可认为与经济体制无关，但这种差距多年持续存在，则一定与体制有关。从理论上说，“标准劳动力”在城乡之间的输入差距乘以一个总数，便是因二元体制产生的劳动资源配置的效率损失总量，其中要扣除城市工资水平因竞争而产生的下降因素。据估计，这个数值可占到10%左右。
在目前已经有1.5亿的农村劳动力转移到非农部门的基础上，农村的隐形失业率仍然接近50%，考虑到我国农业技术提升的潜力，这个数据还要更大一些。
隐形失业意味着农民的劳动时间短。粗略估计，我国种粮农民的总的工作日和城市部门职工的加班时间一样。调查发现，农民群体内部的收入高低与农民的劳动时间成正比。在华北平原，如果一户农民种植1公顷大田作物，一年两季，每年的劳动时间在现有技术条件下不到3个月。他们的收入总量不多，但每个劳动日的报酬和城市体力劳动的报酬差不多，甚至还要略高。劳动时间长的主要是养殖农户以及从事蔬菜、水果生产和其他经济作物的农户，他们的收入自然会高出种粮农民许多。种植经济作物的农户和养殖户的收入高，也是因为他们每年的有效工作日比一般农户要多许多。按这个分析，要让农民致富，就必须让农民增加劳动时间，接近充分就业，而城镇化是实现这个目标的根本途径。现行的户籍制度影响这种变化。
从调查来看，统计局发布的关于单位农产品生产中农民劳动时间投入数据要高于这里的农户调查数据40%以上。实际上，随着技术的进步单位农产品的活劳动投入减少的可能性还很大。即使按照国家统计局的数据，农民的有效工作日也有限。也就是说，在已经大量转移劳动力的基础上，农民的有效工作日仍然为充分就业工作日的一半。
在市场环境下，农村廉价劳动力源源不断地流向城市。这是我国资源配置效率得以提高的主要的、根本的原因。没有过去的城镇化，就没有今天的经济成就。就大国经济成长历史来看，我国的城镇化速度创造了新纪录。近十年，我国的城镇化率每年大约提高1个百分点。这个速度超过美国最快时期的城镇化速度。我国的城镇化速度在最快时期每年大概提高0.5个百分点。我国比一些西方国家的经济发展速度快，直接原因是我国的城镇化步伐快。
我国二元体制在土地要素市场方面有突出反映。一是城乡之间实行不同的土地制度，以致农村土地转为建设用地时，事实上要被征用为国有土地。二是城乡土地交易方式不同。农村土地经由征地环节后，由国家将土地送入二级市场，农民的土地即使符合建设规划，也不能直接与土地最终使用者进行交易。三是城乡土地规划体制有差异。尽管国家已经有统一的《城乡规划法》，但因所有制不同产生的复杂问题，发生了所谓土地规划及用途管理的“圈内”、“圈外”困扰。
从理论上说，地块的位置相近、用途相近，若因市场不完全造成价格差异，必然产生效率损失。在土地管理和土地交易的实践中，我国土地要素的效率损失表现为以下几个方面。
第一，城市建设用地浪费较严重。我国因城镇化带来耕地减少的程度超过多数发达国家城镇化快速增长时期的耕地减少程度。在土地资源比较紧张的发达国家中，其城镇化率提高较快的时期，英国（1771～1850年）的耕地面积基本没有减少，日本（1920～1960年）略有增加。法国（1851～1954年）耕地面积以0.324%的速率减少，但其草地和森林面积有显著提高。我国实行耕地“占补平衡”政策以后，按官方的数据，耕地没有减少，但占优补劣的问题突出。城市建成区面积的扩大可视为优质耕地的减少。我国城市建成区面积的增长速度在“九五”、“十五”时期非常快，达到5.34%，但在“十一五”时期的前两年速度开始下降，但仍然达到3.84%。这种情形导致我国城市建成区面积的扩张超过城市人口的增长速度，以致城市人口密度持续下降，东部城市甚于西部城市，而东部城市政府最喜欢讲建设用地短缺
。
第二，因所有权制度及其对土地规划体制的负面影响，我国住房建设用地限于城市，且多是平原地区的优质耕地，浅山区土地的房地产开发基本被堵死，形成住房建设用地的紧张。
第三，土地所有制缺陷和城乡土地市场价格差异较大，也引导农民多占宅基地，造成农村土地的巨大浪费。与日本比较，1954年日本乡村的住宅占地面积是耕地面积的6.8%，而我国村落占地是耕地的13.3%，超过日本的1倍。保守估计，通过村庄整治，我国占地约17万平方公里（包括乡镇企业占地）的村落占地可以节约0.067亿公顷，这个面积足够未来几十年搞经济建设。据笔者参与的农村调查课题，我国农村空宅数占有效总样本宅数的10.8%。国家统计局没有关于农村住房空置情况的数据披露。笔者根据自己的调查数据和国家统计局第二次农业普查数据作综合分析
，其结果见表1。
表1 全国农村闲置住房和村庄闲置土地的价值估算
第四，二元体制影响我国农业竞争力提高。随着城镇化的推进，粮食生产的比较优势会发生结构性下降，一部分山区耕地会逐步退出耕作，因而存在很大的粮食减产因素。据一些调查，山区的农业劳动生产率目前是平原地区的一半，以后可能还会降低。我们将越来越依赖平原地区的粮食生产能力。但因为二元体制造成劳动力转移的不稳定性和所谓“半城镇化”缺陷，加上城市建设用地价格过高等因素，给农村耕地流转造成很大困难，农业规模经济难以扩大。我国农村耕地流转比例约为10%，且多为家族内部流转，难以产生农业规模经济。在这种情形下，我国农业已经难以进一步采用劳动节约型技术，农民不得不大量使用化肥、农药增产粮食。随着我国城市工资水平的提高，这种小规模农业的机会成本将持续上升，不利于我国农业在国际上保持比较优势。
二元体制产生的宏观经济损失主要表现在以下三个方面。
第一，劳动市场扭曲，劳资关系紧张，就业潜能降低。因为劳动市场客观上对农民工权益保护乏力，贬低了农民工的真实工资单价。外来人口大多居住在违章建筑之中，或群租居住，这种情形导致大城市廉价劳动力聚集，以致大城市的劳动力价格甚至低于小城市，使小城市的投资环境恶化，影响小城市经济发展。我国与劳动保护相关的法律执行力度不够，劳动者劳动强度高、劳动时间长，影响城市经济体吸纳农村富余劳动力的能力。比较分析发现，我国国民经济增长对就业的拉动作用，比发达国家要小得多（见表2），这种情形制约我国农村人口向城市转移。
表2 我国与主要发达国家就业弹性系数比较
第二，结构性问题弱化宏观调控杠杆的作用。宏观调控有效发挥作用的前提是市场比较统一，竞争比较充分，但这两个条件在二元体制下均不完整，以致就业和物价参数对调控杠杆反应不敏感。
第三，通过住房市场的价格扭曲，促成国民收入的不合理分配。城市住房市场价格畸高有多种原因，而二元体制是关键性原因之一。我国今后城市每年新增人口需要500万套住房，按每套房子40万元价格计算，需要资金2万亿元；考虑到住房改善性需求，大约共需4万亿元资金。而2009年我国住房市场的总规模是6万亿元。其中包括住宅区基础设施建设的费用。这6万亿元，按照一套住房40万元平均价格来计算，共计1500万套住房。超量、高价供应的房屋由市民买单，通过住房市场和税收渠道将城市居民的收入转入房地产商和城市政府手里。同时，住房市场还将国民储蓄和养老金转化为即时总需求，扩大了国民经济总量的不平衡，促发通货膨胀危机。
鉴于数据资料的不完整性，要比较确切地描述二元体制所产生的社会不平等，是一件困难的事情。大略来说，二元体制下主要是户籍农民的利益受到损害，其中包括真正的农民，也包括脱离农业但拥有农村户籍的中国居民。近些年，十多个省份宣布取消二元户籍制度，但那些人口的实际权利大多没有变化。
在政策研究界，对这方面问题的研究较为笼统。事实上，因为农产品市场的竞争程度比较高，农业生产者的工资单价并不低，其实际日工资水平超过城市服务业的平均水平。
问题发生在城市劳动市场。城市劳动市场存在较为严重的结构性缺陷，实际上是把全社会的二元体制搬到了城市，导致农民工与市民之间不平等。大量关于农民工的调查表明，农民工就业主要集中在非正规领域和临时工作岗位。据韩俊领衔的课题组的研究，我国农民工的工资水平是城镇职工的一半左右，且农民工超时间劳动比较普遍，平均每周工作6.3天，平均每天工作8.9小时。课题组的农户调查表明，80%的农民工在城市的工作时间每周在50小时以上，超出标准工作时间20%。所以，等量时间里农民工的工资单价更低。这种收入差异虽然不能全部用劳动市场的结构性缺陷来解释，但将主要原因归结为这一缺陷是合理的。
国民收入再分配渠道产生的不平等与公共财政的不合理有关。国家在推动社会主义新农村建设工作以前，对公共投入极少，特别是对农民的社会保障投入接近零。农村“五保户”资金主要来自农村集体。农村资金通过财政和金融两个渠道均为净流出。
新农村建设工作推进以后，情况发生了变化，国家对“三农”领域的投入有了较快增长。2010年，中央和地方在这一领域的投入已经超过1万亿元。但是，官方一直未统计和披露这方面的具体数据。表3的数据出自新闻媒体的采访报道。
表3 中央财政“三农”支出
从表3可以看出，在国家的“三农”投入中，涉及农民基本公共服务的支出仅占全部支出的30%左右，占国家财政预算内总支出的比重也不超过5%。这对于一个“农民”人口大国来说，实在是太少。
农民的主要财产是土地。多年来，土地“交易”一直是国家与农民关心的核心问题。这里有必要在数量上对这一关系作一个概略考察。
有资料显示，1949～1983年我国失去耕地近0.67亿公顷，同期新垦耕地0.54亿公顷，净减耕地0.13亿公顷。在失去的0.67亿公顷土地中，有多少是非农建设用地？从城市扩张的速度看，估计这个数值在0.27亿～0.40亿公顷。1983年以后的占地情况也不完全清楚。据国土资源部统计，1987～2001年，全国非农建设占用耕地220多万公顷。据国土资源部的另一项“不完全统计”，截至2004年，全国开发区多达6015个，规划面积3.54万平方公里，相当于353万公顷。开发区之外还存在大量非农建设用地。近几年的非农建设用地每年在15万公顷左右。保守估计，新中国成立以来，全国非农建设用地在0.2亿公顷之上。
可以用国民收入分配的一般规律，对农民的土地利益损失作大略的估计。推算的依据有两个：第一，按照一般经济理论，在比较充分的竞争态势下（如美国经济），国民收入一般分解为三大要素的收入
，而地租收入一般占到国民收入的10%。第二，改革开放以前，农民的土地被大量转为非农用途后，没有获得过地租收入；而改革开放以后，农民的土地被占用，也只是获得少量的“补偿费用”。
在考虑其他一些复杂因素以后，可以推算出以下两项结果：第一，1952～2002年，农民向社会无偿贡献的土地收益为51535亿元。2002年以后，因为相关数据不完整，不好推算，但这个时期的数据暴露出问题的性质。第二，以2002年无偿贡献的土地收益为7858亿元（假设没有征地制度的情形下农民应得的地租收益）计算，相当于农民无偿放弃了价值26万亿元的土地财产权（按照目前的银行长期利率3%计算）。从有关数据看，自从我国实行土地征用补偿政策以来，我国累计支付的土地征用费远不足以补偿农民的付出
。
一个稳定的社会，最关键的要素，一是中产阶层占国民多数，二是国民有统一的民族文化认同，三是民主政治发育成熟。世界历史经验证明，前两个条件大体具备以后，第三个条件才能形成。抛开第二个条件不说，其他两个条件在二元体制下均不易发育。
针对中产阶层的特点，经济学并没有规范性表述，笔者认为中产阶层主要有以下三个特点：一是拥有或有能力拥有房产，特别是独栋房产；二是收入高，生活比较安逸，恩格尔系数在10%以下；三是对社会制度有高度认同和建设性态度。在现阶段的中国，随着经济体制改革逐步深入，一部分人群可具备前两个特点；如果政治体制改革逐步推动，具备第三个特点的人群也可大量出现。
中产阶层的主要财产形态是房屋。我国城市的中高收入阶层所支付的高房价，主要是为土地支付的，但在我国的法律上，百姓不能拥有土地的所有权。土地的使用权规定为70年。这种情形让我国中高收入者不可能有中产阶层心态。
在世界上，除少数城市型国家和纽约这类城市外，一般发达国家的中产阶层拥有或住有独栋房屋。除纽约等少数城市外，发达国家的大城市居民也拥有或使用独栋房屋，楼房里的单元居所一般归低收入居民使用。
我国大部分家庭拥有独栋房屋的社会意义重大。中国人有“接地气”的说法，反映了民间对居所与心理之间关系的认识。居住不接地气，可能心浮气躁，心态激进。心理学对人们在过分拥挤情形下容易产生负面心理的现象早有研究。在拥有独栋房屋并对房基地拥有所有权的情形下，人们更容易产生财产主人的心态，同时产生平和感、富足感。可以想象，如果我国70%的家庭拥有带有一定面积院落的独栋房屋，社会心态和当下比较会有显著不同。
土地制度改革将决定未来国家粮食安全。如前文所述，我国粮食供应与土地的绝对供给量关系不大，而与优质耕地的数量关系密切。山区土地被大量撂荒，平原地区优质耕地被大量转变为建设用地，影响未来我国粮食安全。产生这种潜在危急与国土规划及土地制度有密切关系。
确立农民的土地财产权对于社会稳定也具有重要意义。强拆农民房屋的法律基础是农村宅基地的集体所有制，为了“集体利益”，农民家庭就不得不服从所谓与“公共利益”产生的“规划”。农民世代居住的房屋会突然变得与“公共利益”冲突起来。居民的世代居住权要高于公共规划权，其法理基础应是居民的房屋及宅基地的私人所有权。这个权利不确定，强拆或变相强拆的野蛮做法就不可能绝迹，社会就不稳固。同样地，农民对耕地的财产权不能确立，强制或变相强制流转耕地的做法也不可能绝迹。
民主政治发育主要不是决定于民众文化，而是决定于社会治理对民主政治的需求；民主政治是市场化社会和近现代城市社会的需求。
在传统乡村社会，生产方式基本没有变化，相应地，其公共生活也比较简单，通常按惯例习俗处理公共事务，所以很少有需要讨论的新的公共事务。大家都是习俗的接受者，所以“一致同意”事实上成为公共事务决策的通行原则，只是这种“一致同意”并不真正和谐美妙，因为居民通常以牺牲自由来服从习俗的繁文缛节。因此，在微观尺度上，传统乡村社会治理并不需要民主政治。
在市场化社会条件下，人们在公共领域的行动规则发生适应性变化。这种变化主要是两个方面，一是在民族国家形成的基础上对各级政府的首长和立法代表遴选实行“少数服从多数”的票决制，二是在社会范围里尽可能地将包括合理习惯在内的公共准则转变为法律，形成对法律的“一致遵守”准则。只要法律不禁止，任何人可自由行动。这便是所谓民主政治。
民主政治要顺利发展，需要传统乡村社会解体，向市场统一的现代经济体制过渡。尽管我国的乡村社会关系经过几十年的改革开放已经发生极大变化，但村落的传统性质在各地仍不同程度存在。城乡分割的二元体制不利于传统乡村社会的彻底解体。民主政治的发育必须与传统乡村社会的解体同步进行。