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中国的耕地保有量已经非常接近18亿亩红线。经济发展和城镇化进程加快对非农建设用地的需求依然强劲，补充耕地面积的后备资源越来越有限；同时，很多地方政府依然过度依赖“土地财政”，而且地方政府为应对“占补平衡”而修改土地布局数据，并尽可能压缩耕地指标以增加其他农业用地指标，进而减轻补充耕地的压力。由于缺乏有效的监督机制，新增耕地难以在短期内达到肥力培育目标，未能实现新增耕地与被占用耕地之间质量和生产能力的平衡，“占补平衡”政策难以得到真正落实。
虽然“十一五”时期农业用水比例下降，但在农田基本建设、发展节水农业方面还存在很多问题，不利于水资源可持续利用。这些问题是：节水农业示范基地所采取的技术措施不具有普适性；渠道衬砌解决了输水渗漏问题，但也产生一些负面的生态环境结果；农业用水技术的推广缺乏有效的人才支撑。
在面对农产品需求日益增长而供给能力提高的约束趋紧的矛盾时，政府所采取的应对措施就是通过不断加大投入等来增加供给，而没有考虑如何通过有效措施抑制部分不合理消费来降低需求。目前，中国人均营养指标远高于联合国粮农组织（FAO）提出的最低营养指标，从总体上看，中国已经基本解决人口营养不良问题。但是，一方面，中国有众多人口存在营养过剩，根据卫生部公布的调查数据，中国超重人数已经达到2亿，其中90%的人是因为营养过剩；另一方面，中国仍有1.3亿人营养不良，占人口总数的10%。较之以营养不良，营养过剩一方面带来食物营养的浪费，另一方面也带来社会医疗资源的浪费，其社会危害更甚。当前中国所面临的主要问题在于营养不良与营养过剩并存：在面对营养不良问题时，需要考虑如何进一步增加食物供给；而在面对营养过剩问题时，则需要考虑如何控制食物的过量消费。
①化肥、农药、兽药等过量使用，造成农产品和农地污染，并对生态环境造成负面影响。成本高、见效慢的低毒农药难以替代成本低、见效快的剧毒农药。农户生产规模过小导致食品安全监管的难度加大。②各监管部门缺乏沟通，存在职能错位、缺位、越位现象。监管程序繁多，监管成本较高，监管效率较低。有关监管部门经常以“专项整治”等非常规性方式开展监管工作，缺乏日常化、规范化和制度化的监管方式。认证机构受制于行业主管部门，缺乏独立性和公正性，存在认证多头化、认证名目和标准不统一、检测内容和方法不统一、国际认同度低等一系列问题。行业协会和中介组织的监管作用没有得到充分的发挥。③相关的法律、法规条文过于笼统，甚至存在前后矛盾，不能真正有效解决食品安全问题。④标准体系不够完善，表现为标准配套程度低、针对性不强、适应性较差，且未能随着技术的变化及时修订或重新制定。
“十一五”时期，尽管农民收入快速增长，但城乡居民的名义收入差距和实际收入差距都呈现扩大趋势，名义收入差距由2005年的3.22∶1扩大到2009年的3.33∶1，实际收入差距由2005年的2.50∶1扩大到2009年的2.67∶1。政府部门对城乡居民收入差距有必要进行客观深入的分析和把握。第一，如果分别按照城乡居民消费价格指数水平减城乡居民收入，实际收入差距会缩小。第二，城镇居民的一部分收入是福利工资化改革的结果，比如住房补贴，如果剔除这部分不可比因素，城乡居民的实际收入差距会进一步缩小。第三，收入分配制度不合理，即垄断部门和行政事业单位职工工资增长过快，也是城乡居民收入差距扩大的重要原因。
2005～2009年，将农户按照人均纯收入水平由低到高排列后进行五等分，底层20%低收入农户与顶层20%高收入农户之间的收入差距从7.26∶1扩大到7.95∶1。农村居民收入分配的基尼系数呈上升趋势，由2005年0.3751上升到2009年的0.3850。这说明，农村居民收入分配差距呈现扩大趋势。但是，值得关注的是，与此同时，区域之间农村居民收入差距缩小。2005年，东部地区农民人均纯收入比中部和西部地区农民人均纯收入分别高47.3%和92%；到2009年，这两个比例分别下降到38.6%和82.9%。
中国有关土地承包经营权流转的法律、制度和政策已经较为完善，但由于缺乏具有可操作性的实施细则以及风险防范和利益分配机制，土地承包经营权流转中还存在很多问题：①流转程序多数不规范，存在纠纷隐患。②政府的不当参与以及出于政府自身利益考虑鼓励土地流转的政策措施可能导致农地的非自愿流转和农民利益受损。③农业用地用途的改变难以避免，并且在很大程度上具有不可恢复性。
这些问题包括：①国家征收土地的范围远远超出公共利益的界限。②征地程序中农民的参与权受到剥夺，因而农民的主体性不能得到体现。③征地补偿标准不合理，集体土地与国有土地“同地不同权”，导致农民不能通过城乡一体的土地市场以及征地补偿的平等待遇等分享土地增值和财富增长，加剧了城乡居民财富差距。④在执行“城乡建设用地指标增减挂钩”政策的过程中，很多地方政府在“建新”指标的诱惑下，以行政手段强制实施“拆旧”。并且，在大力推动以农民集中居住和村庄合并为特征的新型农村社区建设中，没有充分考虑新型社区建成后农民是否适应、是否有还款能力、是否有新的生计、生活成本是否增加等问题。⑤职业农民（专业农户）集中居住显现出很多弊端。
①农村公共服务事业发展呈现各部门单独推进的特征，从而影响了农村公共服务的效果。以农村卫生服务为例，“十一五”时期，尽管新型农村合作医疗取得重大突破，但与之相关的其他领域的改革和发展滞后，削弱了新型农村合作医疗的功能。一是农村公共卫生没有得到充分重视；二是乡村两级医疗机构服务能力弱，影响了新型农村合作医疗制度功能的发挥；三是缺乏对医院的有效监管。②缺乏基本公共服务均等化的标准和实现时间的全国性总体规划。各地区、各部门单独实施的基本公共服务均等化方案会受到户籍制度、财政体制等因素的制约，有可能会拉大不同地区之间基本公共服务均等化程度的差距。③农村三级公共服务体系还很不完善。近年来，财政增加的对农村公共服务的投入和支持更多地集中在县乡两级，而对村级公共服务设施建设的投入严重不足，不能满足农民就近得到一定数量和较高质量公共服务的要求。
农村居民所享受的社会保障水平远远低于城镇居民。同时，省际、三大区域之间农民享受的公共服务水平的差距仍在继续扩大。
农村公共服务机构存在逐渐向营利性组织异化的现象。虽然政府向农村公共服务组织投入大量资金，但除了几项国家强令减少收费的服务项目（例如义务教育）外，政府增加的投入似乎并未相应降低各种公共服务的收费标准，政府投入的增量越来越多地用于公共服务组织增加人员和提高工资。据调查，“十一五”时期，这种状况并没有大的改观。
这种制度会导致一系列问题：一是资金跑冒滴漏。二是掌握专项资金的部门之间职能交叉、安排的项目之间内容重复，资金分配随意性强。三是项目分配中对配套资金的规定加剧了资金分配在地区之间、部门之间的不公平性。四是项目的安排与农民实际需求的优先排序不一致。
农民在既不了解地方财政的支出数量和结构，又缺乏相应的监督渠道的情况下，难以对偏离基本公共服务均等化目标的行为进行主动监督，而“搭便车”的倾向更影响其参与监督的主动性。
①部分偏远乡镇仍未覆盖金融服务网点。②农村资金通过农村金融机构从农村地区外流严重。③农业保险仍不能满足农民风险防范的需求。其主要表现是：农业保险险种较少，而且保障水平很低；缺乏多样化的商业保险和互助保险；缺乏专业的农业保险代理和保险经纪公司；缺乏农业保险的再保险机制和再保险市场。
虽然在农村金融机构与组织制度方面出现了农村合作银行和农村商业银行两类银行，并且在新农村建设政策框架下也推出了一些自上而下的可控型试点改革，以及设立了全国性的农信银资金清算中心，但是，中国新型农村正式金融组织的类型非常有限，农村信用社在满足农户贷款需求方面仍处于垄断地位。在金融监管方面，为了更好地监督管理农村合作金融机构，各地成立了省和地（市）级信用社联合社、省金融办公室、市金融办公室，但是，没有发展出自下而上建立的农村合作金融机构行业管理与服务组织。在金融产品和服务方式方面，在金融抑制政策下，正式金融机构的金融产品和服务方式创新往往会受到法规和政策的掣肘，创新往往相当于违规。
对小额信贷公司设立较高的资本金“门槛”及其经营业务上“只贷不存”的规定等政策限制不利于新型农村金融机构的发展。政府对不同农村金融机构在税收政策等方面仍存在歧视现象。
首先，中国农业发展银行的预算软约束问题并没有减少，粮食和棉花收购贷款负盈不负亏的问题仍然存在；其次，中国农业发展银行大量发放农业产业化龙头企业、农产品加工企业、农业科技和基础设施建设等方面的贷款，虽然有助于其改善经营业绩，但这是它作为政策性银行与其他商业银行争利，在目标定位上仍然有问题。