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20世纪末，国内外环境发生了剧烈而深刻的变化。从国际环境来看，经济全球化与世界多极化趋势明显。经济全球化是由西方资本主义国家主导的资源在全球范围内的配置和流动。江泽民同志指出：“经济全球化，是社会生产力和科学技术发展的客观要求和必然结果，有利于促进资本、技术、知识等生产要素在全球范围内的优化配置，给各国各地区提供了新的发展机遇，同时也提出了新的挑战。”与经济全球化趋势并行的，是世界多极化趋势。“世界正在走向多极化，这是当今国际形势的一个突出特点。无论是在全球还是在地区范围，无论是在政治还是在经济领域，多极化趋势都在加速发展。”多极化是当前世界力量对比的客观反映，是经济全球化的政治表现，是不可阻挡的历史发展潮流。多极化格局是时代进步的体现，有利于削弱西方资本主义国家的霸权主义和强权政治，有利于维护世界和平与稳定，有利于建立国际经济政治新秩序。世界多极化带来了各国思想文化的碰撞，导致了人们价值取向的多元化。
从国内环境来看，国民经济持续、快速、健康发展，综合国力不断增强，人民生活水平显著提高，国际威望明显提升，社会主义制度的优越性逐步显现，这为我国做好高校思想政治教育工作提供了较好的物质环境。党领导全国人民，坚持把马克思主义基本原理同中国具体实践相结合，在探索中逐渐形成了具有中国特色社会主义的政治发展道路。人民代表大会制度、中国共产党领导的多党合作和政治协商制度、民族区域自治制度和基层群众自治制度这四项政治制度，构成了中国特色社会主义政治发展道路的制度框架，为我国做好高校思想政治教育工作，提供了较好的政治环境。社会主义文化事业取得了长足发展，全国人民的精神面貌发生了翻天覆地的变化，全社会逐渐形成社会主义的共同理想和精神支柱，马克思主义理论逐渐深入人心，社会主义道德风尚得到弘扬，文化市场日趋繁荣，文化基础设施逐渐覆盖到城乡，对外文化交流不断扩大，群众文化生活逐渐丰富，为我国做好高校思想政治教育工作，提供了较好的文化环境。
在面临良好发展局面的同时，各种不利因素也在不断滋生。在经济全球化的背景下，大学生的思想文化观念必然受到一定程度的冲击，甚至有个别学生对社会主义的前途和命运产生了困惑和动摇，以至于在中国改革开放的大潮中迷失方向。反对和消灭共产主义，是西方敌对势力从未放弃过的政治图谋，他们的和平演变战略在东欧等一些国家取得了胜利。我国作为当前世界上最大的社会主义国家，西方资本主义敌对势力以种种手段加紧对中国实行“西化”和“分化”，企图颠覆中国共产党的领导和中国的社会主义制度。经济全球化给资本主义国家输出西方价值观念，提供了便捷的通道。资本主义国家极力推行它们的发展模式、政治制度和价值观念，企图通过经济全球化，实现资本主义一统天下的局面，这使广大发展中国家的经济主权、国家安全，面临严峻挑战和威胁。从世界范围来看，东欧剧变和苏联解体，导致社会主义运动处于低潮时期。正如江泽民同志指出的：“现在，世界社会主义事业处于低潮。不承认这一点，看不到这个严峻的事实，不是马克思主义者。”世界共产主义运动处于低潮的客观事实，在一定程度上会误导人们对社会主义的认识。同时，市场经济本身具有两重性，市场经济活动存在的弱点及其带来的消极影响，反映到人们的思想意识和人与人的关系上来，容易诱发自由主义、分散主义、拜金主义、享乐主义、利己主义，这些不利因素的存在，客观上会加大高校思想政治教育工作的难度。
面对新的历史发展阶段，以江泽民同志为核心的领导集体，顺应国际、国内的经济、政治环境的新变化，不断探索和创新高校思想政治工作的新思路。在继承前人的基础上，江泽民同志结合时代特征，对高校思想政治工作的指导思想、地位作用、方针原则、目标内容、环境载体等进行了全面的探索，提出了关于高校思想政治工作的一些新论断。1989年6月，江泽民在十三届四中全会上指出：“在抓紧社会主义物质文明建设的同时，必须抓紧社会主义精神文明建设，坚决纠正‘一手硬、一手软’的状况。”1989年8月21日，江泽民在全国组织部长会议上发表讲话，指出要用无产阶级思想教育青年，大学教材要给学生讲清楚，为什么中国必须由中国共产党来领导，为什么必须实行社会主义制度。8月25日，江泽民到清华大学与师生座谈，指出广大师生要树立坚定正确的政治方向。“希望广大青年学生通过这场风波，深刻反思，通过学习，吸取教训，不断提高，树立坚持党的领导、坚持社会主义制度的政治方向，正确认识我们的国情，了解中国革命的发展历程。”9月29日，在庆祝中华人民共和国成立四十周年大会上，江泽民指出：“各级各类学校不仅要建立完备的文化知识传授体系，而且要把德育放在首位，确立正确的政治方向。”1990年5月3日，江泽民在首都青年纪念“五四”报告会上强调，要对青年进行爱国主义、社会主义教育，把广大青年知识分子培养成为又红又专的社会主义事业接班人。1992年5月20日，江泽民与应届高校毕业生代表座谈时，要求广大青年学生要加强对马克思主义理论、邓小平同志建设有中国特色社会主义理论的学习，要理论与实践相结合。10月12日，江泽民在中国共产党第十四次全国代表大会的政治报告中，专门论述了对广大青少年要进一步加强以党的基本路线、爱国主义、集体主义和社会主义为主要内容的思想政治教育。至此，江泽民有关大学生思想政治教育的思想初步形成，对做好大学生思想政治工作有很强的指导意义。
1994年6月14日，江泽民在全国教育工作会议上发表重要讲话，强调要针对改革和建设过程中出现的新情况、新问题，不断加强和改进学校的思想政治工作和政治课教育。8月31日，中共中央颁发《关于进一步加强和改进学校德育工作的若干意见》，从25个方面阐述了加强和改进学校德育工作的意见。1995年11月23日，《中国普通高等学校德育大纲（试行）》发布，指出“高等学校德育大纲是国家对高等学校德育工作与大学生思想、政治、品德素质要求的具体体现，是指导和规范全体教职员工教育思想与行为的重要依据，也是各级教育行政部门对高等学校德育实行科学管理与检查评估的根据”。1996年10月召开的党的十四届六中全会，专门讨论了社会主义精神文明建设方面的问题，通过了《关于加强社会主义精神文明建设若干重要问题的决议》。该决议是精神文明建设的纲领性文件，也是做好新形势下思想政治工作的根本指针。1997年9月，党的第十五次全国代表大会召开，江泽民在报告中指出，要始终不渝地用邓小平理论教育干部和群众，培养德智体等全面发展的社会主义事业的建设者和接班人。
1999年6月13日，中共中央、国务院做出了《关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》，开始把素质教育纳入德育教育的范畴。6月15日，江泽民在第三次全国教育工作会议上再次指出：“思想政治教育，在各级各类学校都要摆在重要地位，任何时候都不能放松和削弱。要说素质，思想政治素质是最重要的素质。不断增强学生和群众的爱国主义、集体主义、社会主义思想，是素质教育的灵魂。”
9月29日，中共中央颁发了《关于加强和改进思想政治工作的若干意见》，强调学校思想政治工作要全面贯彻党的教育方针，推进素质教育。2000年6月28日，党中央召开思想政治工作会议，江泽民在会上发表了重要讲话，全面分析了思想政治工作面临的新形势，对思想政治工作的指导思想、基本要求、地位作用、方式方法、队伍建设、党的领导及需要把握的重大问题等做了十分明确的指示。这次讲话具有鲜明的时代特征，是指导全党及高校开展思想政治工作的根本指针。至此，江泽民已经形成了完整的有关大学生思想政治的思想体系，并具有了自己的特色。
2001年7月1日，江泽民在庆祝中国共产党成立80周年大会上发表重要讲话，深刻阐述了“三个代表”重要思想的科学内涵和基本内容，使“三个代表”重要思想实现了理论化和系统化。7月26日，《教育部关于普通高等学校“两课”教育教学中贯彻江泽民同志“七一”重要讲话精神的通知》指出，江泽民同志的讲话全面回顾了我党80年来的基本经验，全面阐述了“三个代表”重要思想的科学内涵，是一篇马克思主义的纲领性文件。该通知强调，贯彻“三个代表”重要思想，是当前高校一项重要的政治任务。以江泽民“七一”讲话为指导，中共中央于9月20日印发《公民道德建设实施纲要》，这是集中国思想道德建设、宣传思想工作和精神文明建设于一体的纲领性文件，也是高校进行大学生思想政治教育的指导性文件。该纲要把思想道德建设提升到治国理政的高度，与依法治国一起，成为治理国家的基本方略。
2002年11月，党的十六大召开，江泽民在报告中再次强调要把依法治国与以德治国相结合，强调开创中国特色社会主义事业的新局面，要坚持贯彻“三个代表”重要思想，切实加强思想道德建设，特别要加强关于青少年的思想道德建设。基于此，2003年2月12日，教育部发布《关于进一步深化“三个代表”重要思想“三进”工作的通知》，指出当前高校特别是“两课”教学的首要任务，是要下大力气把“三个代表”重要思想编成教材，进入课堂，武装大学生的头脑。至此，江泽民有关大学生思想政治教育的思想，在以江泽民同志为核心的中央领导集体的努力下，得到完善，为继续开展大学生思想政治工作，奠定了坚实的基础。
这一时期，是以江泽民同志为核心的党中央，不断发展和充实大学生思想政治教育思想的重要时期，尤其是马克思主义理论中国化的新成果——江泽民“三个代表”重要思想，实现了理论化和系统化，为高校做好大学生思想政治工作，提供了强大的思想武器和理论武器。在这一时期，由于社会的发展变化，高校思想政治教育的内涵不断延伸，其价值取向也随之不断调整与变化：高校思想政治教育的政治色彩逐渐淡化，道德教育的色彩被突出；思想政治教育目标不断细化，避免“大而空”，在对教育对象的要求上，做到了先进性与广泛性的统一，一方面强调要为社会主义市场经济服务，另一方面强调积极促进学生健康全面发展。当然，在这一时期，也出现了一些只讲智育、不讲德育的“智力至上”的错误偏向，严重影响了人才的全面发展和健康成长，也削弱了高校思想政治教育的地位和作用。高校思想政治教育应注重纠正“重智轻德”的错误偏向，坚持以大学生作为高校思想政治教育的中心和根本，始终把促进大学生全面发展和健康成长作为出发点和落脚点，这理应成为高校思想政治教育者的高度共识和自觉行为。