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从1966年5月到1976年10月的“文化大革命”（简称“文革”），是一场给党和国家带来沉重灾难的内乱。1966年5月16日，中共中央发布《五·一六通知》，指示“高举无产阶级文化大革命的大旗，彻底批判学术界、教育界、新闻界、文艺界、出版界的资产阶级反动思想，夺取在这些文化领域中的领导权”。5月25日，北京大学聂元梓等人贴出《宋硕、陆平、彭佩云在文化革命中究竟干些什么》的大字报，提出要“打破修正主义的种种控制和一切阴谋诡计，坚决、彻底、干净、全部地消灭一切牛鬼蛇神”。6月1日，《人民日报》发表题为《横扫一切牛鬼蛇神》的社论，次日发表评论员文章《欢呼北大的一张大字报》，污蔑北大是“反党反社会主义的顽固堡垒”，攻击北大的党是“假共产党，是修正主义的党”，是“反党集团”。文章煽动要“把他们的黑帮、黑组织、黑纪律彻底摧毁”。聂元梓等人的大字报在中央人民广播电台向全国播放。改组北大党委的决定发布后，立即在全国高等学校引起强烈反响，各高校相继仿效北大的做法，停课闹革命，在校内掀起了贴大字报、“斗黑帮”的浪潮。
1968年7月21日，毛泽东曾指出：“我们仍然有必要保留大学，这里我主要指的是理工院校。”他接着指出，大学学制应被缩短，大学生应该从具有实践经验的工人和农民中挑选。虽然这一时期关注的主要是技术教育问题，强调科技原则及其与广义的政治教育相结合，但同时，围绕着人文科学及社会科学，也展开了有意义的讨论。人们一致认为，应将社会看作一个工厂，以一种整体论的方式来研究不断前进的革命历程，并通过发表文章做宣传来促进这一进程。与“四人帮”有着密切联系的复旦大学，被当作这方面的一个典型，并创办了有影响的杂志——《学习与批判》。
1971年召开的全国教育工作会议通过的《全国教育工作会议纪要》（以下简称《纪要》），全盘否定了新中国成立以来17年教育战线取得的成绩，做出“两个估计”，即17年教育战线是资产阶级专了无产阶级的政，知识分子的大多数是资产阶级知识分子。《纪要》要求每个教师和学生“同17年对着干”，鼓吹“大批判开路”“开门办学”，提出“在课堂教育中开展大批判，在大批判中改造学校、改造教师”，由此彻底搞乱了教学秩序，搞乱了一些教师和青年学生的思想。在招生问题上，《纪要》废除了高考制度，用推荐的方法招收工农兵学员，要求工农兵学员“上大学、管大学、用毛泽东思想改造大学”，颠倒了教育者与被教育者的关系，助长了极端民主化和无政府主义思潮，严重影响了学生德、智、体的全面发展。在此期间，周恩来、邓小平批判极“左”思潮，整顿教育，高校思想政治教育曾出现过两次转机。尽管这两次转机好景都不长，但仍然起到了一定的积极作用，特别是对粉碎“四人帮”以后高校思想政治教育的研究和工作开展，有很重要的启迪作用。
“文革”期间，高校思想政治教育遭受严重破坏，无论是指导思想还是工作方法，都存在严重的“左”倾错误。可以说，“文革”10年，是高校思想政治教育遭受严重破坏的10年。林彪、江青反革命集团在高等学校推行极“左”路线，全面否定新中国成立以来大学思想政治教育的优良传统，取消系统的政治理论课和正常的思想政治教育，利用青年学生的单纯和热情，鼓吹“停课闹革命”“踢开党委闹革命”，用大批判开路，煽动红卫兵冲击党政军机关，打击革命干部和群众。在所谓“斗、批、改”的幌子下，全面破坏党的教育方针，篡改大学的培养目标，提出要把大学生培养成为所谓“头上长角、身上长刺”“敢于斗走资派”的战士。在这一时期，许多高校党政领导干部被以“推行修正主义教育路线”“镇压革命群众”“破坏文化大革命”等罪名，撤销党内外职务或停职反省。例如，南京大学党委书记匡亚明、西安交通大学党委书记彭康、武汉大学校长李达、兰州大学校长江隆基等一批高校领导干部，被在全国或省级范围公开点名批判，在政治上受到打击迫害，在精神上和肉体上受到残酷折磨，其中有些人含冤去世。
在此期间，高校的许多党团干部、学生辅导员和其他思想政治工作人员被抄家、被批斗、被打成“保皇派”“黑走卒”，他们的身心受到极大摧残。在这一时期，高校党团组织被冲垮，思想政治教育机构陷于瘫痪，思想政治教育队伍受到打击甚至被解散，思想政治教育目标遭到篡改，思想政治教育方针遭到践踏，正常的思想政治工作荡然无存。在这一时期，高校思想政治教育执行极“左”路线，错误地提出“提高无产阶级专政下继续革命的觉悟”、“防止资本主义复辟”和“破除资产阶级法权”等教育目标，严重地毒害和摧残了青年学生的思想。
由于对阶级斗争形势的估计过于严重，高校思想政治教育在“以阶级斗争为纲”的指导思想影响下，把阶级斗争作为大学生的一门主干课，培养有高度阶级斗争觉悟和路线斗争觉悟的“反修防修战士”。“四人帮”还大肆鼓吹“突出整治”“政治可以冲击一切”，要把各类大学办成政治大学，成为无产阶级专政的工具。由于把学校视为阶级斗争的重要阵地，思想政治教育便成了政治运动和阶级斗争的工具，在“以阶级斗争为纲”和“突出无产阶级政治”的口号下，“假、大、空”和形式主义成为一种政治风气，“斗、批、改”运动取代了教学科研工作，“无产阶级专政”代替了思想政治教育，极大地挫伤了师生的政治热情和学生学习科学文化的积极性。10年动乱，使高校思想政治教育工作的优良传统和声誉遭到严重践踏和极大破坏。这一时期高校思想政治教育的特点是，思想政治教育中存在的“左倾”被推向了极端，学校的思想政治教育由思想政治教育活动变成政治运动，这一切都影响了学校思想政治教育工作，影响了学生的全面发展。思想政治教育在教育革命的宏大背景中，异化为阶级斗争的工具。
“文革”赋予人民大众自己对中国教育和中国社会进行设计的权力，然而，中国没有找到可行的教育发展道路，只有无政府状态、暴力行为和混乱。无数的东西被破坏了，却没有可以代替的新建设。所有的农业大学都被迫迁往农村，校园也被军队占据使用。所有的教员都到“五七干校”改造锻炼，而且常常一待就是好几年。人们曾希望非正规的高等教育成为中国高等教育的主导，并且做了很大努力来发展壮大毛泽东同志1968年7月21日所做的重要指示之后建立的“七·二一工人大学”，这些学校实际上是与工厂和人民公社相联系的小型培训学校，其教学内容大多是意识形态方面的，也包括基本的技术培训。它们与本来意义上的大学几乎没有什么关联，与已在中国发展有上百年历史的大学体系也很少有联系。
到20世纪70年代早期，正规高校得到恢复，基本走上正轨，但全部是三年制，且由于一方面入学要求很低，另一方面学校图书资料和实验设备受到了严重破坏，大多数高校教学不得不从中学程度开始。
“文革”的意图在于，用非正规的教育替代正规的教育，废除精英教育，为广大工农阶级的子女打开高等学校的大门，通过发挥基层的积极性，由下而上地实现经济和政治的发展，而不是由上而下地实现经济和政治的发展。
但是，“文革”对高等教育产生的影响是消极的。大学入学人数与“大跃进”时期的96.1万人相比，有了剧烈的下降。“大跃进”时期毛泽东首次提出的教育目的，现在成了新的高等教育的中心，这一教育目的与苏联对专门知识及知识专门化的强调针锋相对。毛泽东认为：我们的教育方针，应该是使受教育者在德育、智育、体育几方面都得到发展，成为有社会主义觉悟的、有文化的劳动者。1966～1969年，中国正规大学没有招生。尽管当时有许多短期培训班，但其培训内容大多集中在政治方面。从1967年起，高等教育的入学考试曾一度中断，并且入学是通过推荐进行的。这意味着入学的政治标准极其重要，所有的高中毕业生在被推荐之前，必须具有一定的实际工作经验。
当正规高等院校的招生工作在1970年恢复时，招生人数为47815人，到1976年才逐渐增加到564715人。
“文革”使高校思想政治教育的本真价值被彻底异化。当时高校思想政治教育的目标，主要是围绕“以阶级斗争为中心”的社会主导价值观，对大学生实施思想政治教育，具体落实到学生个人时，是要“向党中央、毛主席表忠心”。高校思想政治教育目标在社会的整体异化中，丧失了价值引导的功能，给高校思想政治教育造成了难以弥补的损失。当然，这一责任根源并不在于教育。新中国成立以后一段时期内，由于政治一直处在社会发展的中心，“教育为阶级斗争服务”的观点主导了中国高校思想政治教育的发展。高校思想政治教育是服膺于社会生活的主导价值文化。当社会普遍强调以集体主义为基本原则，以为人民服务为最高的道德价值体现时，高校思想政治教育自然也是以这些话语来建构其内容，进而对大学生实施相关道德价值的教化，使高校思想政治教育目标服从和服务于新中国社会主义社会的建设需要，服务于阶级斗争的需要，但唯独缺乏个人自身发展价值的指向。这一时期对政治宣传过分强调，把政治性看成思想政治教育的唯一属性，因此，没有形成富有学理色彩的思想政治教育体系，无法解答大学生思想深处的困惑，使高校思想政治教育沦为政治和政治运动的工具，沦为阶级斗争“斗、批、改”的工具。