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日本人以为物是有生命的，正因为是生命体，所以就不能将其视为实体对象而用科学的方法分析之。为什么这么说呢？因为用这种方法是难以真正理解生命的。不过，科学研究本身并不一定全错。比如通过对人之全身的科学性分析，以达到对生命实体的把握，就是完全正确的。因为不可否认的是，这种研究的结果起到了保全生命的作用。
那么，这种科学精神是如何产生的呢？这个问题有深思的必要。难道不是人之肉体所具有的生命力的搏动吗？这样一来，就会把注意力放在科学研究中的矛盾上了。因为肉体是以浑沌形态出现的生命，若立足于所谓生命派生物的科学精神去分析生命，那反而会失去生命。不要忘记，这种生命是与宇宙万物之生命密不可分的。生命是混沌而尚未分化的存在。关于混沌，《庄子·应帝王篇》中有如下记载：
南海之帝为倏，北海之帝为忽，中央之帝为混沌。倏与忽时相与遇于混沌之地，混沌待之甚善。倏与忽谋报混沌之德，曰：“人皆有七窍以视听食息。此独无有，尝试凿之。”日凿一窍，七日而混沌死。
此处所说的倏与忽，正如“倏忽”这个词一样，是指刹那间迅速敏捷的意思，象征着机敏的快人快语，而混沌则象征着实在的世界、真实的世界。
这个寓言告诉我们，混沌是不能作为人的认知对象而被分别认识的，如果人决意要去认识，混沌就会死掉。
本来，《庄子》所谓的混沌是超绝对的自然，与日本人思考的自然之理念不可同日而语。但此话的要害就在于，凭借人的知识、人的自作聪明、人的合理性思维及其科学的分析方法，是不可能把握住生命的。
这段有关混沌的寓言，给我们理解日本神话以重要的启示。
日本的神话，一般都认为形成于六世纪前后，而此前大陆文化已经传入。
神话属于口头传诵的文化。日本的神话则被记录在八世纪前期的著作《古事记》和《日本书纪》中。
日本神话形成的时候，正好是《论语》《易》及历法、医术等从百济传入之际。不久还传来了佛教，建立了法兴寺和四天王寺，接着又兴建了法隆寺。到圣德太子（574～622）时，佛教一度达到极盛。太子本人就是一名佛学大家，据说撰有著名的《三经义疏》。
当时创作《古事记》和《日本书纪》的日本知识阶层，对儒教特别是佛教应当说有着相当深刻的理解。佛教是具有深远思想的宗教，而在此时则出现了传统日本的神话著作，这点很值得注意。这两部书可以说是日本人的世界观和历史观之新自觉的开端。
简言之，这两部书是日本人在自觉的基础上对外来文化的回应。而且正因为记录的是神话，所以不能不指出，这种做法虽使神话被严严实实地裹在了神秘的面纱之后，看上去显然是非科学的、不合理的，但却是对日本人的自觉意识和日本本土文化的勇敢回归。
儒教与佛教，特别是佛教学说，都是以神秘的直观为根本的，但另一方面它们又都具有思维缜密、善于思辨的特点。然而，在《古事记》和《日本书纪》中却几乎看不到这些特点。在那里，缺乏的是像儒教、佛教那样的思辨，而仅仅以神话的形式表现之，故从头至尾充满了非论理的记述。
神话的教旨后来演变为神道。当佛教兴盛时，神道便借用佛学理论来传道，而当儒教兴盛时，神道又借用儒学理论来布道。因此有学者认为：“神道隐含着儒教和佛教。”这不是没有道理的。
现藏于东洋文库的《日本书纪》的最早版本
我想，《古事记》和《日本书纪》所要叙述的，不就是用神话的话语形式解构天地之创设、国土之形成以及日本之历史，从而使神、人、自然在直观而虔敬的心情下达到浑然一体吗？
如果能很好地了解这一点，也就会理解日本历史为何不同于其他国家的历史而与神话直接相联，以及日本被称为神国的原因。
所以我不仅不反对科学地研究神话，而且还认为十分必要。但我痛感，随着这种研究的进一步深入，在对神话实体的把握上，直观是必不可少的。
要理解物之真实，就需要使自己置身于物之中；要理解神话，也需要使自己置身于神话世界之中。从某种意义上说，这种方法并不简单，甚至可以说，科学研究反而成了认同其必要性的手段。虽然我本人并不是神道家，但一见到虔诚的神官及神道仪式，这种感觉也会油然而生。
我年轻的时候，曾有过把神话与历史事实分开来思考的经历，即一方面从考古学和民俗学的立场出发，严格追寻历史的真实；另一方面又在此背景下去考察民族精神，以最后达到两者的综合。后来才注意到这种研究方法的弊端。这是因为，神话与历史事实之间有着千丝万缕的联系，应当将两者作为统一体来把握。
神、人、自然是三位一体的，神话、历史是密不可分的，这就是日本人的世界观和历史观的特色。如果将其对照于把神、人、自然及神话、历史分别对待的西洋人的世界观，则可以说，日本人所立足的是简素的世界观。何以见得？因为他们立足的根基是未分化的世界。