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秦始皇虽然已经统一了天下，建立了王朝，但他还要对外打击敌人，扩张势力；对内发展生产，迁移人口，以使年轻的帝国更加广阔与强大。
在对外上，秦始皇对北是讨伐匈奴，筑连长城；对南是平定“百越”，设置诸郡。当时，统一六国战争是结束了，但在帝国南北边境地区的战斗仍在进行。北有匈奴，南有百越，这些少数民族经常骚扰边界，对秦王朝造成了一定的威胁和损失。
北方和东北是匈奴、东胡的居住地。战国时，赵国的赵武灵王（也就是历史上那个曾发布胡服骑射令的一代明君）曾攻破林胡、楼烦两部落，设置云中郡和九原郡（均在今内蒙古境内），并修筑了赵长城。战国末年，匈奴悄然崛起于蒙古高原的沙漠戈壁之间。匈奴族当时处于原始氏族社会末期家长奴役制阶段，是一个以掠夺为主的游牧民族，父兄过世，子弟可妻后母嫂。在中原华夏族看来，他们“逆天理，乱人伦，暴长虐老，以盗窃为务”（《史记·卫青列传》）。匈奴部落联盟中已产生了第一个首领单于——头曼，经常袭扰掠夺北方土地和人民财产。为了抵制匈奴袭扰，赵国曾派大将李牧率20万大军驻守北方边境，多次大破匈奴。秦始皇灭赵时，赵国调回李牧及所带的边防军与秦作战，匈奴又乘机南下，夺取了九原郡一带。
匈奴最南的边界，在被称为“河南地”的河套之南，距秦王朝的中华帝国的心脏——首都咸阳只有250公里，迅疾剽悍的匈奴骑兵一天便可以抵达城下，对秦始皇的统治是一大隐患。“卧榻之旁，岂容他人鼾息？”嬴政大帝统一六国后，就派蒙恬（？—公元前210，一代名将，祖先本齐国人，祖父骜、父武均为秦国将领。以打败匈奴、筑连长城著名。相传他还改良过毛笔）驻守北边，阻止匈奴的南下。公元前215年，始皇帝出巡北边，又派蒙恬率30万大军越过黄河寒水浊浪，进攻匈奴，“却匈奴七百余里，胡人不敢南下而牧马”（贾谊《过秦论》），夺回了河套地区及河套北阴山（时称高阙）一带，设置了44个县，重建了九原郡。为了进一步巩固北方边境，秦始皇又下令修筑“直道”，以加强对边境军队的支援；迁内地3万户移民到河北、榆中（今内蒙古伊金霍洛旗以北）地区屯垦实边；并继续修筑长城，加强防御。
当时人们把北方的匈奴称为“胡”。由于其曾给秦王朝造成过极大威胁，群众中流传“亡秦者胡也”之说，所以秦始皇北击匈奴，修筑长城。又由于秦王朝是在秦二世胡亥时亡的，后来人们即认为这个“胡”就是指胡亥。唐朝诗人胡曾咏《长城》写道：“祖舜宗尧自太平，秦皇何事苦苍生？不知祸起萧墙内，虚筑万里防胡城。”
北击匈奴，徙移民实边，修筑长城，当时确实给人民带了严重的徭役负担；然而，站在历史发展的角度来看，秦始皇的这一系列积极措施，有力地遏止了北方匈奴、东胡的骚扰，促进了边境的开发和民族的融合，推动了当地经济、文化的发展，对保障内地人民的安定生活和生产也起到了重要作用。
“百越”泛指我国古代分布于今浙江、福建、江西、广东、广西一带与中原华夏民族不同的少数民族。因为其部落众多，民族复杂，故统称百越。百越中最著名的一支是于越，分布于今浙江绍兴一带。在春秋时于越曾建立了历史上有名的越国，战国时为楚国所征服。秦始皇于公元前223年灭楚时，将于越地区已并入大秦的版图。此外还有瓯越，也叫东越，以浙江温州一带为中心，分布于今浙江南部瓯江流域；闽越，以今福建省福州地区为中心；在今广东、广西（包括中南半岛北端）一带则分布着南越和西瓯（又叫“陆梁”，意即陆地上的强梁，极言其之强悍善战）。所以，今天还有发源自绍兴一带的古老的“越剧”；而广东简称“粤”也是“越”的谐音；在中国以南还有个叫“越南”的国家。当时，百越大多数还处在原始氏族社会阶段，从事原始的渔猎活动和原始的农业生产，都有“断发文身”的生活习俗，经济和文化都十分落后。
公元前221年，秦始皇灭掉六国以后，就派尉屠雎率50万大军向这些地区发动进攻，展开大规模的征服战争。他们先是征服了东瓯和闽越，建置了闽中郡。秦军在征服百越的战争中，后者都退守到了深山树林中，莽莽苍苍，峰高谷幽，不知去向；而且燠热难当，毒蛇猛兽横行，他们便很难进攻。尤其是南越和西瓯（即今两广境内）两支越族部落，还进行了顽强的抵抗。《淮南子·人间篇》记载说，越人皆躲进树林草丛，不肯做秦军的俘虏，并推举杰骏为首领，率领越人夜间突袭秦营，敌人大败。秦军伏尸数十万，统帅尉屠雎也被杀死。
为增援进南越的秦军，秦始皇这才打通了五岭（又叫南岭）之一的大庾岭，秦兵用双手在崇山悬崖上开辟出了一条山道，使江南和岭南豁然相通；并命史禄开凿了灵渠，沟通了长江、珠江两大水系，为南北水路交通起到了重要作用。秦军通过南岭山道、灵渠运河输送粮草兵马，再经过了数年血战，方才征服了南越和西瓯（他们尽管勇猛善战，但毕竟敌众我寡，且对方配备有更精良的武器），并在这里设置了桂林、南海、象郡。公元前214年，秦始皇又谪发国内商贾、流亡人、赘婿（秦王朝法律认定这些人有罪）和一部分有罪的官吏来到这三郡之地，从事垦荒和防守，和越人杂居。从此，中国东南及华南便都统一到了大秦王朝的版图之中。
征服百越的大规模战争，损失了大量的人力和物力，也给人民带来了一定的灾难。但是，大秦朝廷把内地人大量迁徙到南方地区，和勇敢勤劳的百越少数民族杂居，并带去了进步的生产工具、生产技术和文化知识，使他们逐渐在经济和文化方面融合起来，这对华南的开发和改变华南地区的落后状态，以及对以后中国历史和社会的发展，都作出了巨大的贡献。
平定匈奴，征服百越，不但奠定了我国领土的基础，疆域扩展，国土广阔，而且标志着我国统一的、多民族的封建国家的诞生，帝国崛起于东方，尽显天下大国的泱泱气派。
对内，嬴政陛下也懂得大力发展生产。他还是在继承和发扬商鞅变法的那些可取之处，如于统一之初首先即下令“使黔首自实田”（《史记·秦始皇本纪》），即让占有土地的地主及自耕农向国家政府机关呈报实际占有田地的亩数。这等于在全国范围内承认土地私有制，还允许自由买卖，并予以法律保护。同时，采用“重农抑商”（即所谓“强本抑末”）政策，让“百姓当家则力农工”，鼓励从事农业、手工业生产。当然，采取郡县制，废除分封制，统一户籍管理；统一度量衡、货币、文字；修筑万里长城，开通灵渠、鸿沟、郑国渠，铺设驰道、直道、五尺道……这种种措施，都对发展生产起到了促进作用。
此外，秦始皇还大规模地把天下原各诸侯国的富豪、贵族和强宗（据说多达12万户）迁移集中到了首都咸阳一带。为防止春秋战国时期割据分裂的再现，嬴政大帝将他们都迁到了关中的咸阳、三川、南阳、巴蜀和赵地，使他们脱离乡土，行动被束缚，以便监视。当然，另一方面这也使得首都和朝廷的财富迅速集中和膨胀，使得关中等主要地区更加富饶和繁荣。秦始皇二十八年（公元前219）第二次出巡到山东时，又迁徙了3万黔首（庶民）到当地琅琊定居。公元前211年，他再次下令把3万户黔首迁徙到北方的北河、榆中郡居住。俗话说：“人挪活，树挪死。”人口的迁移，在客观上是有利于发展生产与国家进步的。
还有就是下文中还要提到的，秦始皇热中于长生不老术，为派人寻找世外神仙居住之地，方士徐福率众东渡。虽两次访仙均不成，却向日本国土迁移了人口，输送了物质、文化和技术，对日本的发展起到了一定的作用。
说的是公元前219年，秦始皇正巡行到东方齐国故地。当地方士徐福等为阿谀皇上，投其所好，竟上书说：东海中有蓬莱、方丈、瀛洲三座仙山，山上住有仙人。东海有蓬莱仙岛之说，在战国时便已颇为流行。齐国故地濒临沿海，人们常可看到海市蜃楼的幻景。当时在自然科学知识尚不能解释的情况下，大家都误认为那是三山仙境，不足为奇。秦始皇闻言大喜，于是派遣徐福带领童男童女数千人（一说各500人），乘特制大船入海寻觅仙岛，向仙人求取“不死药”。可是，徐福等人入海一去就是多年渺无音讯（直到秦始皇临死前，才又见到他，并令他再次入海寻仙）。这无疑是荒唐之举。清朝诗人朱瑄在《祖龙引》一诗中讽刺道：“徐福楼船竟不还，祖龙旋已葬骊山。琼田尚致长生草，眼见诸侯尽入关！”也就是说，徐老头的仙药还未求到，始皇帝就已命归骊山了。即使从“蓬莱”求到了“长生草”，他也只能看着刘邦、项羽等人打进关中和大秦灭亡的悲剧。
有人认为，徐福一开始就蓄意一去不返了，他是打算用这些童男童女去开辟海上的新疆土。反正，徐福第二次出发后就再无消息。或说他已在大海中沉没，全体溺死；或说他终于找到了蓬莱仙岛，即现在的日本国，并定居下来，在这里相互结合，生育繁衍，现代日本人身上仍流着他们的血统。也就是说，他们是现代日本人的重要祖先之一。这两种传说都有可能。但今天日本国沿海一带仍建立有徐福庙，以及许多日本人也承认自己就是徐福那些童男童女的后裔，似乎很支持后一种说法。