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嬴政老兄统一天下，建立秦朝后，马上加强中央集权，在朝廷实行三公九卿，在地方实行郡县制度，作为皇帝的自己独揽全国政治、经济、军事大权。按照柏杨老头的看法（见其《中国人史纲》）：“这是一个划时代的突破和最骇人听闻的政治结构，没有封国封爵，没有公侯伯子男。”当时无人敢这般推想：连皇帝的子嗣们也会同平民一样，既没有奴隶群也没有土地。尤其那些崇古、顽固的儒家学者，面对着这么大的巨变，大惑不解，而且不久就大起恐慌，这简直是在砸他们的饭碗——不，还在要他们的脑袋了。因为紧接着，大规模的“焚书坑儒”运动就来了。
首先是对皇帝的定位。嬴政把自己置于至高无上的神圣地位，将远古时代圣君的典范和代表——三皇五帝的名头都集中到他一个人身上，因为他觉得他的功绩比以往圣贤大多了，连三皇五帝也不在话下，（看他当时的口气，何等得意和自负：“寡人以眇眇之身，兴兵讨伐暴乱，依赖宗庙神灵的庇佑，六王咸伏其辜，天下安定。今若不更改名号，无以称成功和传之后世。”）故宣称今后的君主都称“皇帝”，而他就是“始皇帝”也就是第一个皇帝，从此秦始皇的名字就正式确定。他秦始皇是一世，而他的儿子就是二世，他的孙子就是三世……子子孙孙这样一直世袭下去，千秋万代，永永远远是他秦朝的统治，秦朝的天下。同时，他还追封其父秦庄襄王为太上皇，并下令废止谥法。
秦始皇还将皇帝的权力神圣化，称自己是“天子”，即皇帝是上天、天帝的儿子，是玉皇大帝安排他们（他们当然也是神仙了）来人间统治大家，治理天下。这恐怕比西方的“君权神授”说不知早了多少个千百年！他还首倡避讳礼法，确定了一个字“朕”作为自己称呼，只能他一个人用，另外谁也不能说（而在战国时则谁都可以称“朕”，与“我”无异）；而臣下、百姓、后宫妃嫔们则都要叫他“陛下”，不能叫“秦始皇”——当然更不能直呼“嬴政”了。又因为他名“正”，就改正月为“端月”。他还规定皇帝的命称“制”，令称“诏”；规定只有皇帝的大印才能称“玺”，用珍贵的玉石雕刻（秦始皇自己的玉玺上刻的是“受命于天，既寿永昌”8个大篆字）。对天子及文武百官的车马服饰，秦始皇也按照严格的封建等级作了繁文缛节的规定。他还确定了一套与皇帝地位相适应的复杂的祭典及封禅大典。秦制以铜虎符发兵，虎符剖半，右半由皇帝掌握，左半在领兵者之手，左右合符才能调动军队，这是保证兵权在皇帝手中的重要制度。秦始皇为替自己新建的王朝寻找理论根据，还采用战国邹衍的阴阳五行家学说（也叫“始终五德”），认为秦德水，应讲求严厉苛法统治，所以秦的礼服旌旗等都用黑色……这些都为后世的皇帝们所沿用或借鉴。
秦始皇把天下的几乎所有大权都牢牢控制在自己一个人手里，实行专制独裁，事无大小都要亲自决断（当然，他因此政务也非常繁忙，绝对是日理万机）。中央的三公九卿、地方的郡县长官等，一切重要官职都由他任免，一概不得世袭，大家都唯他是从；沿袭商鞅变法，废除世卿世禄制，实行“以功授官”。三公九卿、郡县制，在中国千百年来都几乎少有变化，历代王朝都基本上沿袭了这种行政组织体系。中央朝廷的三公九卿包括近现代社会首相级官员3位——宰相或丞相（皇帝助手，一人之下，千万人之上，行使全局行政权，文官之首，相当于今天的总理）、太尉（形使军事统领权，武官之首，相当于今天的军委主席、部队总司令）、御史大夫（行使官僚监察权，皇帝秘书，类似于副丞相，相当于今天的中央纪检委书记、全国人大委员长之类）；部长级官员9位——奉常（相当于今天的祭祀及教育部长，以后王朝改称太常、太常卿）、廷尉（相当于今天的司法部长、最高人民法院院长，以后王朝改称廷尉卿或大理卿）、宗正（相当于后来的皇族事务部长，以后王朝改称大宗正院或宗人府）、卫尉（相当于今天的国防部长、皇宫警卫长，以后王朝改称执金吾或卫尉卿）、太仆（相当于今天的交通部长，以后王朝改称太仆卿）、少府（相当于今天的财政经济部长，以后王朝改称少府卿）、典客（相当于今天的外交部长，主管少数民族，以后王朝改称大鸿卢、鸿卢卿）、治粟内史（相当于今天的农业粮食部长，以后王朝改称大农令、大司农、司农卿）、郎中令（相当于后来的宫廷事务部长，以后王朝改称光禄勋、光禄卿、大内总管）。前221年秦朝初立时，丞相是王绾，御史大夫是冯劫，而始皇帝最宠幸的李斯当时还只是廷尉。
政治（行政）、军事、监察（特务），互不统摄，三权分立，就保证了权力的制衡，避免了各种矛盾。所有官员都是在为皇帝做私事，也同时是在为国家做公事，基本上家国不分。这是秦政府的组织精神与体系核心。
秦朝的郡县制度，系采纳李斯建议，完全遵照商鞅当年在秦国变法的那一套做法，即废除过去的藩王与诸侯分封制，把整个帝国划为41个郡（最初只有36郡，后来经过边地征服、领土拓展，又增加了几个），直属中央政府，由皇帝亲自统辖和任免；郡下再设县，县下又分乡，一乡辖十亭，各郡县也采取类似中央的三权分立做法。郡县制度是秦始皇最洋洋得意、也确实要大大先进于昔日周朝的做法，层层统权、层层分权，有利于巩固统一，后来也被历朝历代沿用两千余年而大体不变，奠定了一种封建行政区划的权威性规范。
这41个郡是：内史郡（首都咸阳）、上郡（今陕西延安——以下均为今之地名）、汉中郡（陕西南郑）、北地郡（甘肃庆阳）、陇西郡（甘肃临洮）、河东郡（山西安邑）、上党郡（山西长治）、太原郡（山西太原）、雁门郡（山西右玉）、九原郡（内蒙古包头南）、云中郡（内蒙古托克托）、渔阳郡（北京密云）、辽东郡（辽宁辽阳）、辽西郡（河北平泉）、右北平郡（河北卢龙）、代郡（河北蔚县）、上谷郡（河北怀来）、巨鹿郡（河北平乡）、邯郸郡（河北邯郸）、三川郡（河南洛阳）、颖川郡（河南禹县）、南阳郡（河南南阳）、东郡（河南濮阳）、齐郡（山东临淄）、薛郡（山东滕县）、琅邪郡（山东诸城）、蜀郡（四川成都）、巴郡（重庆）、南郡（湖北江陵）、长沙郡（湖南长沙）、黔中郡（湖南沅陵）、鞍郡（安徽宿县）、九江郡（安徽寿县）、砀郡（安徽砀山）、泗水郡（江苏沛县）、会稽郡（江苏吴县）、鄣郡（浙江长兴）、闽中郡（福建福州）、南海郡（广东广州）、桂林（广西桂林）、象郡（越南河内）。