吉文元是太平军北伐的主要统帅之一。
他是参加金田团营的老兄弟,在太平军中是以勇于冲锋、善于拼搏而闻名的。1853年3月,太平军进攻南京,首先挥旗登上城墙的就是吉文元,由此立了大功。在设天官、地官、春官等三官副丞相时,就从殿右六指挥越级提升为春官副丞相。一个月后,吉文元与林凤祥、李开芳统兵北伐,转战数省。晋封平胡侯。直抵天津杨柳青、静海、独流,每战必先陷阵。1855年3月,北伐军退至河北阜城,战死。
吉文元是因轻敌在赌武时死去的。当时为太平军的小兵陈思伯在若干年后写的《复生录》中回忆道:“有一天,吉文元与僧格林沁马队中一个蓝顶花翎武官比枪。两人同时对射,吉文元用的则是自制土枪。磺少力缓,而对方用的则是洋枪。当枪声同响时,吉文元的子弹才刚射出,因此先中了洋枪弹跌于马下。吉文元的小弟吉子麻只有十三岁,誓为老兄报仇。第二天全身披白,一骑冲入敌阵,寻找昨日放枪杀兄的武官。第一次没有找到,第二次又跃马冲阵,终于把他击毙,自己却毫毛未损。”
但据僧格林沁向皇帝报告,说是吉文元在阜城城外迎战时。被甲兵金升、伊勒喜箭中腰肋,当场死去。